# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/pf00674s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1722.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1722, 1499 aa vs ./tmplib.25089 library 1986006 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.7362+/-0.00767; mu= -6.4251+/- 0.518 mean_var=258.4494+/-63.220, 0's: 0 Z-trim: 19 B-trim: 8 in 1/39 Lambda= 0.079779 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1501 ( 735 res) hh12863 ( 735) 408 61.2 8.4e-10 KIAA0672 ( 824 res) hk02382 ( 824) 385 58.6 5.8e-09 KIAA1424 ( 1944 res) ha06448 (1944) 385 58.9 1.1e-08 KIAA0621 ( 753 res) hg04539 ( 753) 347 54.2 1.1e-07 KIAA0411 ( 1061 res) hg02120 (1061) 339 53.4 2.8e-07 KIAA0456 ( 1095 res) hg00633 (1095) 334 52.8 4.2e-07 KIAA0131 ( 942 res) ha01235 ( 942) 330 52.3 5.2e-07 KIAA0782 ( 1281 res) hk05405s1 (1281) 331 52.5 6e-07 KIAA1304 ( 1051 res) fh04032 (1051) 326 51.9 7.7e-07 KIAA0712 ( 1770 res) hg04169 (1770) 313 50.6 3.3e-06 KIAA1204 ( 1445 res) fg03451 (1445) 302 49.2 6.7e-06 KIAA0189 ( 1132 res) ha02928 (1132) 285 47.2 2.2e-05 KIAA0053 ( 666 res) ha01417 ( 666) 279 46.3 2.3e-05 KIAA1723 ( 1554 res) pf00881 (1554) 287 47.5 2.3e-05 KIAA1478 ( 570 res) fj05212 ( 570) 260 44.1 9.3e-05 KIAA1314 ( 681 res) fh12718 ( 681) 257 43.8 0.00014 KIAA0013 ( 1086 res) ha00450s1 (1086) 210 38.5 0.0083 KIAA0580 ( 1631 res) hj00601s1 (1631) 213 39.0 0.0089 >>KIAA1501 ( 735 res) hh12863 (735 aa) initn: 335 init1: 219 opt: 408 Z-score: 267.8 bits: 61.2 E(): 8.4e-10 Smith-Waterman score: 429; 27.467% identity (57.067% similar) in 375 aa overlap (1110-1477:385-727) 1080 1090 1100 1110 1120 1130 KIAA17 DGFDPSDYAEPMDAVVKPRNEEENIYSVPHDSTQGKIITIRNINKAQSNGSGNGSDSEMD :. : : .::. ..:... : ... . 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KIAA15 NVISSLLKSFFRKLPEPLFTDDKYNDFIEANRIEDARERMRTLRKLIRDLPGHYYETLKF 570 580 590 600 610 620 1380 1390 1400 1410 1420 1430 KIAA17 VISHLNKVSHNNKVNLMTSENLSICFWPTLMRPDFSTM-DALTATRTYQTIIELFIQQCP ...::. .. ... : : .::.. : :::.: . ..: : .: :.: .::. KIAA15 LVGHLKTIADHSEKNKMEPRNLALVFGPTLVRTSEDNMTDMVTHMPDRYKIVETLIQHSD 630 640 650 660 670 680 1440 1450 1460 1470 1480 1490 KIAA17 FFFYNRPITEPPGARPSSPSAVASTVPFLTST-PVTSQPSPPQSPPPTPQSPMQPLLPSQ .:: .. : : : . ..:: . : .. :: .: KIAA15 WFFSDE---EDKGERTPVGDKEPQAVPNIEYLLPNIGRTVPPGDPGSADLLEI 690 700 710 720 730 KIAA17 LQAEHTL >>KIAA0672 ( 824 res) hk02382 (824 aa) initn: 318 init1: 239 opt: 385 Z-score: 252.8 bits: 58.6 E(): 5.8e-09 Smith-Waterman score: 385; 28.676% identity (62.868% similar) in 272 aa overlap (1233-1499:244-506) 1210 1220 1230 1240 1250 1260 KIAA17 AVIPYETDEDPRRRNILRSLRRNTKKPKPKPRPSITKATW-ESNYFGVPLTTVVTPE-KP :. . . .: :. :: :: .: . 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KIAA06 GEIEFNITGNY-GSPVHVNHNANY------SSMPSPDMDPADRRQ-PEQARRPLSVATDN 460 470 480 490 500 KIAA17 TL . KIAA06 MMLEFYKKDGLRKIQSMGVRVMDTNWVARRGSSAGRKVSCAPPSMQPPAPPAELAAPLPS 510 520 530 540 550 560 >>KIAA1424 ( 1944 res) ha06448 (1944 aa) initn: 433 init1: 247 opt: 385 Z-score: 247.6 bits: 58.9 E(): 1.1e-08 Smith-Waterman score: 404; 27.562% identity (61.837% similar) in 283 aa overlap (1179-1444:1052-1333) 1150 1160 1170 1180 1190 1200 KIAA17 VSIVSKPVLYRTRCTRLGRFASYRTSFSVGSDDELGPIRKKEEDQASQGYKGDNAVIPYE : : : .. . : : .. . KIAA14 QESSNLNEEDTGVTNRDLISRRIKEYNNLMSKAEQLPKTPRQSLSIRQTLLGAKSEPKTQ 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1210 1220 1230 1240 1250 KIAA17 TDEDPRRRNILRSLRRNTKKPKPKPR-------PSITKATWE-----SNYFGVPLTTV-- . ..:.... . : .. .: :: . ::: . :.: .. ::: : KIAA14 SPHSPKEESERKLLSKDDTSP-PKDKGTWRKGIPSIMRKTFEKKPTATGTFGVRLDDCPP 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1260 1270 1280 1290 1300 1310 KIAA17 VTPEKPIPIFIERCIEYIEATGLSTEGIYRVSGNKSEMESLQRQFDQDH-NLDLAEKDFT . .. ::.... : . .: :: ::::: ::.. . :.:..... ..:. . . KIAA14 AHTNRYIPLIVDICCKLVEERGLEYTGIYRVPGNNAAISSMQEELNKGMADIDIQDDKWR 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1320 1330 1340 1350 1360 1370 KIAA17 -VNTVAGAMKSFFSELPDPLVPYNMQIDLVEAHKINDREQKLHALKEVLKKFPKENHEVF .:.... .:::: .::.:: . :..::.. .: ..:..::.... .:....:.. KIAA14 DLNVISSLLKSFFRKLPEPLFTNDKYADFIEANRKEDPLDRLKTLKRLIHDLPEHHYETL 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1380 1390 1400 1410 1420 1430 KIAA17 KYVISHLNKVSHNNKVNLMTSENLSICFWPTLMRPDFSTMDALTATRTYQ-TIIELFIQQ :.. .::. :..:.. : : .::.: : :::.: . ..: ... : :.: .::. KIAA14 KFLSAHLKTVAENSEKNKMEPRNLAIVFGPTLVRTSEDNMTHMVTHMPDQYKIVETLIQH 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1440 1450 1460 1470 1480 1490 KIAA17 CPFFFYNRPITEPPGARPSSPSAVASTVPFLTSTPVTSQPSPPQSPPPTPQSPMQPLLPS .:: .. :: KIAA14 HDWFFTEEGAEEPLTTVQEESTVDSQPVPNIDHLLTNIGRTGVSPGDVSDSATSDSTKSK 1330 1340 1350 1360 1370 1380 >>KIAA0621 ( 753 res) hg04539 (753 aa) initn: 336 init1: 241 opt: 347 Z-score: 229.7 bits: 54.2 E(): 1.1e-07 Smith-Waterman score: 347; 28.333% identity (73.333% similar) in 180 aa overlap (1265-1440:332-511) 1240 1250 1260 1270 1280 1290 KIAA17 PSITKATWESNYFGVPLTTVVTPEKPIPIFIERCIEYIEATGLSTEGIYRVSGNKSEMES :..::. .:. :.. .:.::. : .:.... KIAA06 AMDGREPVYNSNKDSQSEGTAQLDSIGFSIIRKCIHAVETRGINEQGLYRIVGVNSRVQK 310 320 330 340 350 360 1300 1310 1320 1330 1340 1350 KIAA17 LQRQFDQDHNLDLAEKD----FTVNTVAGAMKSFFSELPDPLVPYNMQIDLVEAHKINDR : . . .. . .: : . ..:...:.:... :: ::. :..: ....: :.... KIAA06 LLSVLMDPKTASETETDICAEWEIKTITSALKTYLRMLPGPLMMYQFQRSFIKAAKLENQ 370 380 390 400 410 420 1360 1370 1380 1390 1400 1410 KIAA17 EQKLHALKEVLKKFPKENHEVFKYVISHLNKVSHNNKVNLMTSENLSICFWPTLMRPDFS :... .. .....:..:..... ...:: .:..:.: :::: ::.. : :::.::. KIAA06 ESRVSEIHSLVHRLPEKNRQMLQLLMNHLANVANNHKQNLMTVANLGVVFGPTLLRPQEE 430 440 450 460 470 480 1420 1430 1440 1450 1460 1470 KIAA17 TMDALTATRTYQTIIELFIQQCPFFFYNRPITEPPGARPSSPSAVASTVPFLTSTPVTSQ :. :. . . .::..:.. .: . : KIAA06 TVAAIMDIKFQNIVIEILIENHEKIFNTVPDMPLTNAQLHLSRKKSSDSKPPSCSERPLT 490 500 510 520 530 540 >>KIAA0411 ( 1061 res) hg02120 (1061 aa) initn: 354 init1: 216 opt: 339 Z-score: 222.7 bits: 53.4 E(): 2.8e-07 Smith-Waterman score: 339; 30.890% identity (65.445% similar) in 191 aa overlap (1259-1444:479-665) 1230 1240 1250 1260 1270 1280 KIAA17 PKPKPRPSITKATWESNYFGVPLTTVVTPEKPIPIFIERCIEYIEATGLSTEGIYRVSGN . ::. .: ::.::. ::. .::.:: :. KIAA04 LKQTLGEGERAECGTTRGRRNARTRNQDSGQAIPLVVESCIRYINLYGLQQQGIFRVPGS 450 460 470 480 490 500 1290 1300 1310 1320 1330 1340 KIAA17 KSEMESLQRQFDQDHNL---DLAEKDFTVNTVAGAMKSFFSELPDPLVPYNMQIDLVEAH . :..... .:.. .. : :.: .:.:::..: .: : .:: : . ::. . KIAA04 QVEVNDIKNSFERGEDPLVDDQNERD--INSVAGVLKLYFRGLENPLFPKERFQDLISTI 510 520 530 540 550 560 1350 1360 1370 1380 1390 1400 KIAA17 KINDREQKLHALKEVLKKFPKENHEVFKYVISHLNKVSHNNKVNLMTSENLSICFWPTLM :... ...: ....: .:. :..:... ::..:. . :.: ::.::: :::: KIAA04 KLENPAERVHQIQQILVTLPRVVIVVMRYLFAFLNHLSQYSDENMMDPYNLAICFGPTLM 570 580 590 600 610 620 1410 1420 1430 1440 1450 1460 KIAA17 R-PDFSTMDALTATRTYQTIIE-LFIQQCPFFFYNRPITEPPGARPSSPSAVASTVPFLT . :: .: .. . .:. ..:.. .: : . : KIAA04 HIPD--GQDPVSCQAHINEVIKTIIIHHEAIFPSPRELEGPVYEKCMAGGEEYCDSPHSE 630 640 650 660 670 680 1470 1480 1490 KIAA17 STPVTSQPSPPQSPPPTPQSPMQPLLPSQLQAEHTL KIAA04 PGAIDEVDHDNGTEPHTSDEEVEQIEAIAKFDYMGRSPRELSFKKGASLLLYHRASEDWW 690 700 710 720 730 740 >>KIAA0456 ( 1095 res) hg00633 (1095 aa) initn: 311 init1: 197 opt: 334 Z-score: 219.4 bits: 52.8 E(): 4.2e-07 Smith-Waterman score: 334; 27.586% identity (61.638% similar) in 232 aa overlap (1259-1488:526-755) 1230 1240 1250 1260 1270 1280 KIAA17 PKPKPRPSITKATWESNYFGVPLTTVVTPEKPIPIFIERCIEYIEATGLSTEGIYRVSGN . ::. .: ::..: ::. :::.::::. KIAA04 DLLQKTLGESQRTDCSLARRSSTVRKQDSSQAIPLVVESCIRFISRHGLQHEGIFRVSGS 500 510 520 530 540 550 1290 1300 1310 1320 1330 1340 KIAA17 KSEMESLQRQFDQDHN-LDLAEKDFTVNTVAGAMKSFFSELPDPLVPYNMQIDLVEAHKI . :..... :.. .. : ..: ....::..: .: : :: : .. ::. . KIAA04 QVEVNDIKNAFERGEDPLAGDQNDHDMDSIAGVLKLYFRGLEHPLFPKDIFHDLMACVTM 560 570 580 590 600 610 1350 1360 1370 1380 1390 1400 KIAA17 ND-REQKLHALKEVLKKFPKENHEVFKYVISHLNKVSHNNKVNLMTSENLSICFWPTLMR .. .:. :: ...:: .:: . ...:... ::..:. .. :.: ::.::: :.:: KIAA04 DNLQERALH-IRKVLLVLPKTTLIIMRYLFAFLNHLSQFSEENMMDPYNLAICFGPSLMS 620 630 640 650 660 670 1410 1420 1430 1440 1450 1460 KIAA17 PDFSTMDALTATRTYQTIIELFIQQCPFFFYNRPITEPPGARPSSPSAVASTVPFLTSTP . .. ... . : ..::. .: : . : .: .: .. : .:: KIAA04 VPEGHDQVSCQAHVNELIKTIIIQHENIFPSPRELEGPVYSRGGSMEDYCDS-PHGETTP 680 690 700 710 720 730 1470 1480 1490 KIAA17 VTSQPSPPQSPPPTPQSPMQPLLPSQLQAEHTL : .. . . : .. .:. KIAA04 VEDSTQDVTAEHHTSDDECEPIEAIAKFDYVGRTARELSFKKGASLLLYQRASDDWWEGR 740 750 760 770 780 790 >>KIAA0131 ( 942 res) ha01235 (942 aa) initn: 330 init1: 172 opt: 330 Z-score: 217.8 bits: 52.3 E(): 5.2e-07 Smith-Waterman score: 330; 26.141% identity (61.411% similar) in 241 aa overlap (1210-1446:468-699) 1180 1190 1200 1210 1220 1230 KIAA17 DDELGPIRKKEEDQASQGYKGDNAVIPYETDEDPRRRNILRSLRRNTKKPKPKPRPSITK :.. .. . . .:. .: . .:::: KIAA01 TKLQEYLSGRSILAKLQAKHEKLQEALQRGDKEEQEVSWTQYTQRKFQKSR-QPRPS--- 440 450 460 470 480 490 1240 1250 1260 1270 1280 1290 KIAA17 ATWESNYFGVPLTTVV-TPEKPIPIFIERCIEYIEATGLSTEGIYRVSGNKSEMESLQRQ . ... :: . . . .:.:. .: ::..:. .::. :::.:::: . .. .. KIAA01 SQYNQRLFGGDMEKFIQSSGQPVPLVVESCIRFINLNGLQHEGIFRVSGAQLRVSEIRDA 500 510 520 530 540 550 1300 1310 1320 1330 1340 1350 KIAA17 FDQDHNLDLAE--KDFTVNTVAGAMKSFFSELPDPLVPYNMQIDLVEAHKINDREQKLHA :.. .. :.: ...:::..: .: : :: : .. .:. . ... .... KIAA01 FERGED-PLVEGCTAHDLDSVAGVLKLYFRSLEPPLFPPDLFGELLASSELEATAERVEH 560 570 580 590 600 610 1360 1370 1380 1390 1400 1410 KIAA17 LKEVLKKFPKENHEVFKYVISHLNKVSHNNKVNLMTSENLSICFWPTLMRPDFSTMDALT ....: ..: :..:... ::.... . :.: ::..:: :::. : . .: .. 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KIAA07 QTSKTQRLLESLRQDARSVHLKEGEQHVDDVSSALKRFLRDLPDGLFTRAQRLTWLEASE 830 840 850 860 870 880 1350 1360 1370 1380 1390 1400 KIAA17 INDREQKLHALKEVLKKFPKENHEVFKYVISHLNKVSHNNKVNLMTSENLSICFWPTLMR :.:.:.:. .:.: ..: :. . : .:::: :. . .: :. .::.: : :::.. KIAA07 IEDEEEKVSRYRELLVRLPPVNRATVKALISHLYCVQCFSDTNQMNVHNLAIVFGPTLFQ 890 900 910 920 930 940 1410 1420 1430 1440 1450 1460 KIAA17 PDFSTMDALTATRTYQTIIELFIQQCPFFFYNRPITEPPGARPSSPSAVASTVPFLTSTP : KIAA07 TDGQDYKAGRVVEDLINHYVVVFSVDEEELRKQREEITAIVKMRVAGTASGTQHAGDFIC 950 960 970 980 990 1000 >>KIAA1304 ( 1051 res) fh04032 (1051 aa) initn: 318 init1: 200 opt: 326 Z-score: 214.6 bits: 51.9 E(): 7.7e-07 Smith-Waterman score: 326; 31.551% identity (64.706% similar) in 187 aa overlap (1261-1445:485-669) 1240 1250 1260 1270 1280 1290 KIAA17 PKPRPSITKATWESNYFGVPLTTVVTPEKPIPIFIERCIEYIEATGLSTEGIYRVSGNKS ::...: ::..:. ::. .::.::::.. 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KIAA07 FMEVRIQSVVVEFILNHVDVLFSGRISMAMQEGAASLSRPKSLLVSSPSTKLLTLEEAQA 230 240 250 260 270 280 1470 1480 1490 KIAA17 QPSPPQSPPPTPQSPMQPLL--PSQLQAE-HTL . . . : . .. . . :. ::.. ::. KIAA07 RTQAQVNSPIVTENKYIEVGEGPAALQGKFHTIIEFPLERKRPQNKMKKSPVGSWRSFFN 290 300 310 320 330 340 KIAA07 LGKSSSVSKRKLQRNESEPSEMKAMALKGGRAEGTLRSAKSEESLTSLHAVDGDSKLFRP 350 360 370 380 390 400 1499 residues in 1 query sequences 1986006 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:14:19 2008 done: Thu Dec 18 15:14:20 2008 Total Scan time: 0.800 Total Display time: 0.390 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]