# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh22344.fasta.huge -Q ../query/KIAA1713.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1713, 1652 aa vs ./tmplib.25089 library 1985853 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.0815+/-0.0118; mu= -19.5240+/- 0.798 mean_var=619.6280+/-147.421, 0's: 0 Z-trim: 10 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.051524 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0978 ( 1368 res) fg02182 (1368) 376 44.3 0.00021 KIAA1685 ( 1505 res) pf04287 (1505) 311 39.5 0.0064 >>KIAA0978 ( 1368 res) fg02182 (1368 aa) initn: 822 init1: 335 opt: 376 Z-score: 170.9 bits: 44.3 E(): 0.00021 Smith-Waterman score: 593; 24.006% identity (48.879% similar) in 1383 aa overlap (295-1652:278-1368) 270 280 290 300 310 320 KIAA17 IKVKNHSVLQRTEKKVLPSPLELSVFSEGTDNKGNELPSAKLQDKQYISSVDKAPFSEGS :.... : : :.. . .. . :: :: KIAA09 RRNLYKKQESEQAGVAKDAKSVASDVPLYKDGEAKTDP-AGLSSPHLPGTSSAAPDLEGP 250 260 270 280 290 300 330 340 350 360 370 KIAA17 RNKTHKQGSTQSRLETSHTSKSSEPSKSPDGIRS---ESRDSEIS--KRKTAEQHSFGIC . .. :. ::.. .. .. .. : ::: : : :. :.: . :::. :: . . 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