# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj18750.fasta.huge -Q ../query/KIAA1711.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1711, 1090 aa vs ./tmplib.25089 library 1986415 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.2596+/-0.00707; mu= 5.2409+/- 0.477 mean_var=196.4656+/-47.640, 0's: 0 Z-trim: 4 B-trim: 7 in 1/39 Lambda= 0.091502 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0191 ( 1516 res) ha02719 (1516) 2037 282.7 2.7e-76 >>KIAA0191 ( 1516 res) ha02719 (1516 aa) initn: 2938 init1: 1400 opt: 2037 Z-score: 1461.6 bits: 282.7 E(): 2.7e-76 Smith-Waterman score: 2732; 45.069% identity (65.161% similar) in 1085 aa overlap (1-1065:338-1248) 10 20 30 KIAA17 LCKVSAGNENACLTTKHLTALGKLEPKLVP ::.:::::. ::::: ::::::.:: ..: KIAA01 LKKNVLYVDVESDFHAKVPVVVCRDRKSGLLCRVSAGNDMACLTTDLLTALGKIEPVFIP 310 320 330 340 350 360 40 50 60 70 80 90 KIAA17 LVIAFRYWAKLCSIDRPEEGGLPPYVFALMAIFFLQQRKEPLLPVYLGSWIEGFSLSKLG ::.::::::::: :: .::.: : ::::..::::::: :::: ::::::::. ... KIAA01 LVLAFRYWAKLCYIDSQTDGGIPSYCFALMVMFFLQQRKPPLLPCLLGSWIEGFDPKRMD 370 380 390 400 410 420 100 110 120 130 140 KIAA17 NFNLQDI-EKDVVIWEHTDSAAGDTGITKEE--APRETP---IKRGQV---SLILDVKHQ .:.:. : :. : :: ..:.: . . :: : . : :. .. : . :: KIAA01 DFQLKGIVEEKFVKWECNSSSATEKNSIAEENKAKADQPKDDTKKTETDNQSNAMKEKHG 430 440 450 460 470 480 150 160 170 180 190 KIAA17 PS---------VPVGQLWVELLRFYALEFNLADLVISIRVKELVSRELKDWPKKRIAIED : : .::::.:::.::.:.: : . :: .:......:: :.:::.:::::: KIAA01 KSPLALETPNRVSLGQLWLELLKFYTLDFALEEYVICVRIQDILTRENKNWPKRRIAIED 490 500 510 520 530 540 200 210 220 230 240 250 KIAA17 PYSVKRNVARTLNSQPVFEYILHCLRTTYKYFALPHKITKSSLLKPLNAITCISEHSKEV :.::::::::.:::: :.::... .:..:.::: :. ::.. .: . KIAA01 PFSVKRNVARSLNSQLVYEYVVERFRAAYRYFACPQ--TKGG--------------NKST 550 560 570 580 590 260 270 280 290 300 310 KIAA17 INHHPDVQTKDDKLKNSVLAQGPGATSS-AANTCKVQPLTLKETAESFGSPPKEEMGNEH . : . .. :... . : ... :.: : . : ::.:.... .:. KIAA01 V----DFKKRE---KGKISNKKPVKSNNMATNGC----ILLGETTEKINAE-REQ----- 600 610 620 630 320 330 340 350 360 370 KIAA17 ISVHPENSDCIQADVNSDDYKGDKVYHPETGRKNEKEKVGRKGKHLLTVDQKRGEHVVCG :. .. :: ..:. : KIAA01 -PVQCDEMDC--------------------------------------TSQR------CI 640 380 390 400 410 420 430 KIAA17 STRNNESESTLDLEGFQNPTAKECEGLATLDNKADLDGESTEGTEELEDSLNHFTHSVQG :: . ::. :. : .. :: . :.: .:.. KIAA01 IDNNNLLVNELDFA----------------DHGQDSSSLSTSKSSEIEPKLDK------- 650 660 670 680 440 450 460 470 480 490 KIAA17 QTSEMIPSDEEEEDDEEEEEEEEPRLTINQREDEDGMANEDELDNTYTGSGDEDALSEED . ... :: : ..: . . ... : : .. : .: : :. ... .. . KIAA01 KQDDLAPS----ETCLKKELSQCNCIDLSKSPDPDKSTGTDCRSNLETESSHQSVCTDTS 690 700 710 720 730 740 500 510 520 530 540 550 KIAA17 DELGEAAKYEDVKECGKHVERALLVELNKISLKEENVCEEKNSPVDQSDFFYEFSKLIFT . ::... :: .. : :... ..: :.:.:.: KIAA01 ATSCNCKATEDASD------------LN----------DDDNLPTQE--LYYVFDKFILT 750 760 770 560 570 580 590 600 610 KIAA17 KGKSPTVVCSLCKREGHLKKDCPEDFKRIQLEPLPPLTPKFLNILDQVCIQCYKDFSPTI .:: ::.:::.::..:: :.::::::..:.:.::::.: .: .::: :: .:. ..:: KIAA01 SGKPPTIVCSICKKDGHSKNDCPEDFRKIDLKPLPPMTNRFREILDLVCKRCFDELSPPC 780 790 800 810 820 830 620 630 640 650 660 670 KIAA17 IEDQAREHIRQNLESFIRQDFP-GTKLSLFGSSKNGFGFKQSDLDVCMTINGLETAEGLD :.. ::.: .::.::.... ..: :::::::::::..::::.:::..: :.:: :. KIAA01 SEQHNREQILIGLEKFIQKEYDEKARLCLFGSSKNGFGFRDSDLDICMTLEGHENAEKLN 840 850 860 870 880 890 680 690 700 710 720 730 KIAA17 CVRTIEELARVLRKHSGLRNILPITTAKVPIVKFFHLRSGLEVDISLYNTLALHNTRLLS : . ::.::..:..: :::::::::::::::::: : ::::: ::::::::: ::::.:. KIAA01 CKEIIENLAKILKRHPGLRNILPITTAKVPIVKFEHRRSGLEGDISLYNTLAQHNTRMLA 900 910 920 930 940 950 740 750 760 770 780 790 KIAA17 AYSAIDPRVKYLCYTMKVFTKMCDIGDASRGSLSSYAYTLMVLYFLQQRNPPVIPVLQEI .:.::::::.:: ::::::.: :::::::::::::::: ::::::::::.:::::::::: KIAA01 TYAAIDPRVQYLGYTMKVFAKRCDIGDASRGSLSSYAYILMVLYFLQQRKPPVIPVLQEI 960 970 980 990 1000 1010 800 810 820 830 840 850 KIAA17 YKGEKKPEIFVDGWNIYFFDQIDELPTYWSECGKNTESVGQLWLGLLRFYTEEFDFKEHV . :.. :. .::::: .:::. .:: ::::::.:.:::::::::::::::::.: KIAA01 FDGKQIPQRMVDGWNAFFFDKTEELKKRLPSLGKNTESLGELWLGLLRFYTEEFDFKEYV 1020 1030 1040 1050 1060 1070 860 870 880 890 900 910 KIAA17 ISIRRKSLLTTFKKQWTSKYIVIEDPFDLNHNLGAGLSRKMTNFIMKAFINGRRVFGIPV ::::.:.:::::.:::::: :.::::::::::::::.::::::::::::::::..:: : KIAA01 ISIRQKKLLTTFEKQWTSKCIAIEDPFDLNHNLGAGVSRKMTNFIMKAFINGRKLFGTP- 1080 1090 1100 1110 1120 1130 920 930 940 950 960 970 KIAA17 KGFPKDYPSKMEYFFDPDVLTEGELAPNDRCCRICGKIGHFMKDCPMRRKVRRRRDQEDA : . ::::: :::.:::::::::::.::::::.::::: :... : KIAA01 --FYPLIGREAEYFFDSRVLTDGELAPNDRCCRVCGKIGHYMKDCPKRKSLLFRL----- 1140 1150 1160 1170 1180 1190 980 990 1000 1010 1020 1030 KIAA17 LNQRYPENKEKRSKEDKEIHNKYTEREVSTKEDKPIQCTPQKAKPMRAAADLGREKILRP :.: :.:.:: ...:.: : . : KIAA01 --------KKKDSEEEKE----------GNEEEK----------DSRDVLD--------- 1200 1210 1040 1050 1060 1070 1080 1090 KIAA17 PVEKWKRQDDKDLREKRCFICGREGHIKKECPQFKGSSGSLSSKYMTQGKASAKRTQQES : . .: .: :. :::::: ::...:::. : KIAA01 PRDLHDTRDFRDPRDLRCFICGDAGHVRRECPEVKLARQRNSSVAAAQLVRNLVNAQQVA 1220 1230 1240 1250 1260 1270 KIAA01 GSAQQQGDQSIRTRQSSECSESPSYSPQPQPFPQNSSQSAAITQPSSQPGSQPKLGPPQQ 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1090 residues in 1 query sequences 1986415 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:13:55 2008 done: Thu Dec 18 15:13:56 2008 Total Scan time: 0.700 Total Display time: 0.080 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]