# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj17662.fasta.huge -Q ../query/KIAA1707.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1707, 756 aa vs ./tmplib.25089 library 1986749 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3455+/-0.00501; mu= 13.4643+/- 0.341 mean_var=100.1914+/-23.667, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.128132 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0797 ( 1126 res) hk06406s1 (1126) 504 104.3 7.1e-23 >>KIAA0797 ( 1126 res) hk06406s1 (1126 aa) initn: 1201 init1: 502 opt: 504 Z-score: 502.5 bits: 104.3 E(): 7.1e-23 Smith-Waterman score: 918; 29.925% identity (52.314% similar) in 929 aa overlap (33-752:203-1098) 10 20 30 40 50 60 KIAA17 LISRKTKRRLRNNLPDSQYCTSLDKSTEQTKKQEDDSTISTEFE-KPSENYHQDPKLPEE : .:..: . :.. : ... : . : KIAA07 ERKEYPPHVQKVEINPVRLSRLQGVERIMKKTEESESQVEPEIKRKVQQKRHCSTYQPTP 180 190 200 210 220 230 70 80 90 100 KIAA17 ITTKPTKSDFTKLSSLNS---QELTLSNAT---------------KSASAGSTTETVENS . .:. .:.: .:. : .::...: :: ..: ::. .. KIAA07 PLSPASKKCLTHLEDLQRNCRQAITLNESTGPLLRTSIHQNSGGQKSQNTGLTTKKFYGN 240 250 260 270 280 290 110 120 130 140 150 KIAA17 NSIDIVGISSLVEKDENE---LNTIEKPILRGHN--------EGNQSLIS-AEPIVVSSD : .. : :. .:. :... :.: : :: : . : . :: . .::..::: KIAA07 N-VEKVPIDIIVNCDDSKHTYLQTNGKVILPGAKIPKITNLKERKTSLSDLNDPIILSSD 300 310 320 330 340 350 160 170 180 190 200 KIAA17 EEGPVEHKSSEILKLQSKQDRETTNENESTS--ESALLELPLITCE------SVQMSSEL .. .. . . . : .. ::. :.:: : ::. :. .::: KIAA07 DDDDNDRTNRRESISPQPADSACSSPAPSTGKVEAALNE---NTCRAERELRSIPEDSEL 360 370 380 390 400 210 220 230 240 KIAA17 C----PYNPVMEN---------------ISSIMPSNEMDLQLDFIFTSVYIGKIKGASKG : . :.. . : : . . :. . : :: : . .. : KIAA07 NTVTLPRKARMKDQFGNSIINTPLKRRKVFSQEPPDALALSCQSSFDSV-ILNCRSIRVG 410 420 430 440 450 460 250 260 270 280 290 KIAA17 CVTITKKYIKIPFQVSLNEISLLVDTT-HLKRFGLWKSKDDNHSK----RSHAILFFWVS :. . :. : :. :.. .: : . ...: .. . :. ..:. . KIAA07 --TLFRLLIE-PVIFCLDFIKIQLDEPDHDPVEIILNTSDLTKCEWCNVRKLPVVFLQAI 470 480 490 500 510 520 300 310 320 330 340 KIAA17 SDYLQEIQTQLEHS-----------VLSQHSKSSEFIFLELHNPVSQREELKLKDIMTEI :... ::. . : . . ..:.: ..: .. .. ...:..:: KIAA07 PAVYQKLSIQLQMNKEDKVWNDCKGVNKLTNLEEQYIILIFQNGLDPPANMVFESIINEI 530 540 550 560 570 580 350 360 370 380 390 400 KIAA17 SIISGELELSYPLSWVQAFPLFQNLSSKESSFIHYYCVSTCSFPA-GVAVAEEMKLKSVS .: .. .. : : .. .:.. :. : : .: :.:.:: KIAA07 GIKNN----------ISNF--FAKIPFEEANGRLVACTRTYEESIKGSCGQKENKIKTVS 590 600 610 620 630 410 420 430 440 450 460 KIAA17 QPSNTDA-AKPTYTFLQKQSSGCYSLSITSNPDEEWREVRHTGLVQKLIVYPPPPTKGGL :. . .: . :.... . .: .: :.:::::::::.:::. KIAA07 FESKIQLRSKQEFQFFDEEEETGENHTIFIGP------------VEKLIVYPPPPAKGGI 640 650 660 670 680 470 480 490 500 510 520 KIAA17 GVTNEDLECLEEGEFLNDVIIDFYLKYLILEKASDELVERSHIFSSFFYKCLTRKENNLT .::::::.::.:::::::::::::::::.::: . : ..: ::::::::: :...: . KIAA07 SVTNEDLHCLNEGEFLNDVIIDFYLKYLVLEKLKKEDADRIHIFSSFFYKRLNQRERR-N 690 700 710 720 730 530 540 550 560 570 580 KIAA17 EDNPNLSMAQRRHKRVRTWTRHINIFNKDYIFVPVNESSHWYLAVICFPWLEEAVYEDFP ... :::. :.:: ::.:::::..::.::.::::.::..::.:::.::: ::. :: : KIAA07 HETTNLSIQQKRHGRVKTWTRHVDIFEKDFIFVPLNEAAHWFLAVVCFPGLEKPKYEPNP 740 750 760 770 780 790 590 KIAA17 --------------------------QTVSQQSQAQ---------------------QSQ .. ::.:.:. : . KIAA07 HYHENAVIQKCSTVEDSCISSSASEMESCSQNSSAKPVIKKMLNKKHCIAVIDSNPGQEE 800 810 820 830 840 850 600 610 KIAA17 ND-----------------NKTI----------------------DNDLRTTSTLS---- .: :.: .: :.. : : KIAA07 SDPRYKRNICSVKYSVKKINHTASENEEFNKGESTSQKVADRTKSENGLQNESLSSTHHT 860 870 880 890 900 910 620 630 KIAA17 --LS----------------------------------------AEDSQSTE-SNMSVPK :: :.:. :.: .. . KIAA07 DGLSKIRLNYSDESPEAGKMLEDELVDFSEDQDNQDDSSDDGFLADDNCSSEIGQWHLKP 920 930 940 950 960 970 640 650 660 670 680 690 KIAA17 KMCKRPCILILDSLKAASVQNTVQNLREYLEVEWEVKLKTHRQFSKTNMVDLCPKVPKQD .::.::::..:::.. : .:.:. :::::::::::: ..:.::: : ::::.:. KIAA07 TICKQPCILLMDSLRGPSRSNVVKILREYLEVEWEVKKGSKRSFSKDVMKGSNPKVPQQN 980 990 1000 1010 1020 1030 700 710 720 730 740 750 KIAA17 NSSDCGVYLLQYVESFFKDPIVNFELPIHLEKWFPRHVIKTKREDIRELILKLHLQQQKG : ::::::.::::::::..::..::::..: .::: ..::::.::..::::. .:.: KIAA07 NFSDCGVYVLQYVESFFENPILSFELPMNLANWFPPPRMRTKREEIRNIILKLQEDQSKE 1040 1050 1060 1070 1080 1090 KIAA17 SSS KIAA07 KRKHKDTYSTEAPLGEGTEQCVNSISD 1100 1110 1120 756 residues in 1 query sequences 1986749 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:13:45 2008 done: Thu Dec 18 15:13:46 2008 Total Scan time: 0.580 Total Display time: 0.040 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]