# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj11471.fasta.huge -Q ../query/KIAA1695.ptfa ./tmplib.25089 2
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007
Please cite:
 W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

 KIAA1695, 1199 aa
 vs ./tmplib.25089 library

1986306 residues in  2037 sequences
  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.8247+/-0.0103; mu= -21.8390+/- 0.691
 mean_var=460.0604+/-112.906, 0's: 0 Z-trim: 9  B-trim: 0 in 0/40
 Lambda= 0.059795

FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width:  16
The best scores are:                                      opt bits E(2037)
KIAA0381  ( 1114 res)   ah04695                    (1114)  506 59.0 4.9e-09
KIAA1727  ( 1130 res)   pg00153                    (1130)  415 51.1 1.1e-06
KIAA2014  ( 1032 res)   ff00951s1                  (1032)  375 47.6 1.2e-05


>>KIAA0381  ( 1114 res)   ah04695                         (1114 aa)
 initn: 151 init1: 151 opt: 506  Z-score: 254.1  bits: 59.0 E(): 4.9e-09
Smith-Waterman score: 506;  26.128% identity (55.639% similar) in 532 aa overlap (606-1120:587-1098)

         580       590       600       610       620       630     
KIAA16 RIQDMDFTDLGEEDDIDVLDVDLGHREAPGPPPPPPPTFLGLPPPPPPPLLDSIPPPPVP
                                     ::::::  :   ::::::::  . :: : :
KIAA03 LSELSTGPVSSPPPPGGPLTLSSSMTTNDLPPPPPPLPFACCPPPPPPPLPPGGPPTP-P
        560       570       580       590       600       610      

         640       650       660       670       680       690     
KIAA16 GNLLVPPPPVFNAPQGLGWSQVPRGQPTFTKKKKTIRLFWNEVRPFDWPCKNNRRCREFL
       :      :: ..  .::   : :  .     .:: .    . .. :.:   :..:    .
KIAA03 GA-----PPCLG--MGLPLPQDPYPSSDVPLRKKRVPQPSHPLKSFNWVKLNEERVPGTV
              620         630       640       650       660        

         700           710          720        730       740       
KIAA16 WSKLEPIKV----DTSRLEHLF---ESKSKELSVSKKTA-ADGKRQEIIVLDSKRSNAIN
       :.... ..:    :   .:..:   . ..:::. ..    :. : .:. :.:..:..   
KIAA03 WNEIDDMQVFRILDLEDFEKMFSAYQRHQKELGSTEDIYLASRKVKELSVIDGRRAQNCI
      670       680       690       700       710       720        

       750        760       770        780       790       800     
KIAA16 IGLTVLP-PPRTIKIAILNFDEYA-LNKEGIEKILTMIPTDEEKQKIQEAQLANPEIP-L
       : :. :    . :. :::..::   : :. .:..: .::   ::. :.  .  . ::  .
KIAA03 ILLSKLKLSNEEIRQAILKMDEQEDLAKDMLEQLLKFIP---EKSDIDLLEEHKHEIERM
      730       740       750       760          770       780     

          810       820       830       840       850       860    
KIAA16 GSAEQFLLTLSSISELSARLHLWAFKMDYETTEKEVAEPLLDLKEGIDQLENNKTLGFIL
       . :..::  .: :.. . ::.   ::  ..    :.   .  .  .  .:  .: :  .:
KIAA03 ARADRFLYEMSRIDHYQQRLQALFFKKKFQERLAEAKPKVEAILLASRELVRSKRLRQML
         790       800       810       820       830       840     

          870          880       890       900        910       920
KIAA16 STLLAIGNFLN-GT--NAKAFELSYLEKVPEVKDTVHKQ-SLLHHVCTMVVENFPDSSDL
        ..::::::.: :   .: .:... :.:. ..:... .. ::::..  .. ..:::  ..
KIAA03 EVILAIGNFMNKGQRGGAYGFRVASLNKIADTKSSIDRNISLLHYLIMILEKHFPDILNM
         850       860       870       880       890       900     

              930       940       950       960         970        
KIAA16 YSEIGAITRSAKVDFDQLQDNLCQMERRCKASWDHLKAIAKHEMKPVLK--QRMSEFLKD
        ::.  . ..:::.. .:. .. ...:  .:   .:.   ..  .:  :    ::.:.  
KIAA03 PSELQHLPEAAKVNLAELEKEVGNLRRGLRAVEVELEYQRRQVREPSDKFVPVMSDFITV
         910       920       930       940       950       960     

      980       990      1000      1010      1020      1030        
KIAA16 CAERIIILKIVHRRIINRFHSFLLFMGHPPYAIREVNINKFCRIISEFALEYRTTRERVL
        .  .  :.    .  ..: . :. .:.    ..    ..:  :.. :   .  .:.  :
KIAA03 SSFSFSELEDQLNEARDKFAKALMHFGEHDSKMQP---DEFFGIFDTFLQAFSEARQD-L
         970       980       990      1000         1010      1020  

     1040      1050      1060      1070      1080      1090        
KIAA16 QQKQKRANHRERNKTRGKMITDSGKFSGSSPAPPSQPQGLSYAEDAAEHENMKAVLKTSS
       .  ..: ...::      :. .. .    .        : :  :...: ... ..:... 
KIAA03 EAMRRRKEEEERRARMEAMLKEQRERERWQRQRKVLAAG-SSLEEGGEFDDLVSALRSGE
            1030      1040      1050      1060       1070      1080

     1100      1110      1120      1130      1140      1150        
KIAA16 PSVEDATPALGVRTRSRASRGSTSSWTMGTDDSPNVTDDAADEIMDRIVKSATQVPSQRV
          .:    :    :::   ::                                      
KIAA03 VFDKD----LCKLKRSRKRSGSQALEVTRERAINRLNY                      
                 1090      1100      1110                          

>>KIAA1727  ( 1130 res)   pg00153                         (1130 aa)
 initn: 329 init1: 140 opt: 415  Z-score: 211.6  bits: 51.1 E(): 1.1e-06
Smith-Waterman score: 422;  24.866% identity (53.488% similar) in 559 aa overlap (598-1122:13-534)

       570       580       590       600       610       620       
KIAA16 LMANPRELRIQDMDFTDLGEEDDIDVLDVDLGHREAPGPPPPPPPTFLGLPPP-------
                                     .:.   :.:::::::     :::       
KIAA17                   ENGNIATAPGFMIGQTPPPAPPPPPPP-----PPPSPPCSCS
                                 10        20             30       

                     630       640       650       660       670   
KIAA16 -------PPPPLLDSIPPPPVPGNLLVPPPPVFNAPQGLGWSQVPRGQPTFTKKKKTIRL
              ::::     ::::.::.  .::::    : ::  .    :   . :::.   .
KIAA17 REECPSSPPPP-----PPPPLPGEPPIPPPP----P-GLPPTTHMNGYSHLGKKKRMRSF
        40             50        60             70        80       

           680       690           700       710           720     
KIAA16 FWNEVRPFDWPCKNNRRCREFLWS----KLEPIKVDTSRLEHLF---ESKSKE-LSVSKK
       ::. . :     ... : .  .:.    . .  ..::. .:.::   :. .:  :    .
KIAA17 FWKTI-P-----EEQVRGKTNIWTLAARQEHHYQIDTKTIEELFGQQEDTTKSSLPRRGR
        90             100       110       120       130       140 

         730          740       750        760       770       780 
KIAA16 TAADG---KRQEIIVLDSKRSNAINIGLTVLPP-PRTIKIAILNFDEYALNKEGIEKILT
       :  ..    :.:: .::.:::  :.: :  .   ::.:   : .      ..: ....: 
KIAA17 TLNSSFREAREEITILDAKRSMNIGIFLKQFKKSPRSIVEDIHQGKSEHYGSETLREFLK
             150       160       170       180       190       200 

             790       800       810       820       830       840 
KIAA16 MIPTDEEKQKIQEAQLANPEIPLGSAEQFLLTLSSISELSARLHLWAFKMDYETTEKEVA
       ..: .:: .:..   ...    :. :..::  : .. . : :..  ..: ..  . . . 
KIAA17 FLPESEEVKKLK--AFSGDVSKLSLADSFLYGLIQVPNYSLRIEAMVLKKEFLPSCSSLY
             210         220       230       240       250         

             850       860       870           880       890       
KIAA16 EPLLDLKEGIDQLENNKTLGFILSTLLAIGNFLNGT----NAKAFELSYLEKVPEVKDTV
         .  :. .: .: . . :  ::  .:  ::..:.     :: .:.:: : :. ..: . 
KIAA17 TDITVLRTAIKELMSCEELHSILHLVLQAGNIMNAGGYAGNAVGFKLSSLLKLADTKANK
     260       270       280       290       300       310         

       900       910       920         930       940       950     
KIAA16 HKQSLLHHVCTMVVENFPDSSDL-YSE-IGAITRSAKVDFDQLQDNLCQMERRCKASWDH
         ..::: :   . ..  :.  : .:: .  . ..:...... . .:  .  : :.    
KIAA17 PGMNLLHFVAQEAQKK--DTILLNFSEKLHHVQKTARLSLENTEAELHLLFVRTKS----
     320       330         340       350       360       370       

         960       970       980       990      1000      1010     
KIAA16 LKAIAKHEMKPVLKQRMSEFLKDCAERIIILKIVHRRIINRFHSFLLFMGHPPYAIR-EV
       ::   ... .  : :.: .::.   :..  :.  .... .. .... :. .   ... . 
KIAA17 LKENIQRDGE--LCQQMEDFLQFAIEKLRELECWKQELQDEAYTLIDFFCEDKKTMKLDE
           380         390       400       410       420       430 

         1020      1030      1040       1050      1060      1070   
KIAA16 NINKFCRIISEFALEYRTTRERVLQQ-KQKRANHRERNKTRGKMITDSGKFSGSSPAPPS
        .. :  . ..:    . ...:  :. .: .  .....: :.    . : :. ::     
KIAA17 CFQIFRDFCTKFNKAVKDNHDREAQELRQLQRLKEQEQKQRSWATGELGAFGRSSSENDV
             440       450       460       470       480       490 

          1080      1090      1100      1110      1120      1130   
KIAA16 QPQGLSYAEDAAEHENMKAVLKTSSPSVEDATPALGVRTRSRASRGSTSSWTMGTDDSPN
       .    . ::      . . .    :::  .  :  ..: ::: : : ..           
KIAA17 ELLTKKGAEGLLPFLHPRPI----SPSSPSYRPP-NTR-RSRLSLGPSADRELLTFLESS
             500       510           520         530       540     

          1140      1150      1160      1170      1180      1190   
KIAA16 VTDDAADEIMDRIVKSATQVPSQRVVPRERKRSRANRKSLRRTLKSGLTPEEARALGLVG
                                                                   
KIAA17 TGSPEEPNKFHSLPRSSPRQARPTIACLEPAEVRHQDSSFAHKPQASGGQEEAPNPPSAQ
         550       560       570       580       590       600     

>>KIAA2014  ( 1032 res)   ff00951s1                       (1032 aa)
 initn: 201 init1: 122 opt: 375  Z-score: 193.5  bits: 47.6 E(): 1.2e-05
Smith-Waterman score: 438;  21.739% identity (55.797% similar) in 552 aa overlap (576-1108:493-1005)

         550       560       570       580       590       600     
KIAA16 NDKVPETAPVQPKTESDYIWDQLMANPRELRIQDMDFTDLGEEDDIDVLDVDLGHREA-P
                                     :.   ....    .:.:.:      .:. :
KIAA20 IKEKEEAFQRRCHLEPNVRGLESVDSEALARVGPAELSEGMPPSDLDLLAPAPPPEEVLP
            470       480       490       500       510       520  

          610       620       630        640       650       660   
KIAA16 GPPPPPPPTFLGLPPPPPPPLLDSIPP-PPVPGNLLVPPPPVFNAPQGLGWSQVPRGQPT
        :::: ::      ::::::: :. :: ::.::   . :  :..    .: : .   .: 
KIAA20 LPPPPAPPL-----PPPPPPLPDKCPPAPPLPG---AAPSVVLT----VGLSAIRIKKPI
            530            540       550              560       570

           670       680       690       700           710         
KIAA16 FTKKKKTIRLFWNEVRPFDWPCKNNRRCREFLWSKLEPIKV----DTSRLEHLFESKSK-
        :: .  .         :.:   .  .    ..:.:.  :.    : ...:.::..:.. 
KIAA20 KTKFRLPV---------FNWTALKPNQISGTVFSELDDEKILEDLDLDKFEELFKTKAQG
                       580       590       600       610       620 

         720       730       740       750          760       770  
KIAA16 ---ELSVSKKTAADGKRQEIIVLDSKRSNAINIGLTVLPPPRT---IKIAILNFDEYALN
          .:  ::. .:.   ... .:...:  : :...:.    :.   :  :: .::  .: 
KIAA20 PALDLICSKNKTAQKAASKVTLLEANR--AKNLAITLRKAGRSAEEICRAIHTFDLQTLP
             630       640         650       660       670         

            780       790        800       810       820       830 
KIAA16 KEGIEKILTMIPTDEEKQKI-QEAQLANPEIPLGSAEQFLLTLSSISELSARLHLWAFKM
        . .: .. ..::. : . . :  .  .:   :.. ..:.: .:.. .:. :.   ::  
KIAA20 VDFVECLMRFLPTEAEVKLLRQYERERQPLEELAAEDRFMLLFSKVERLTQRMAGMAFLG
     680       690       700       710       720       730         

             840       850       860       870       880           
KIAA16 DYETTEKEVAEPLLDLKEGIDQLENNKTLGFILSTLLAIGNFLNGTNAKA---FELSYLE
       ... . . ..  :  .  .  ...... :  .:  .::.::..:...  :   :.:. :.
KIAA20 NFQDNLQMLTPQLNAIIAASASVKSSQKLKQMLEIILALGNYMNSSKRGAVYGFKLQSLD
     740       750       760       770       780       790         

      890       900       910       920       930       940        
KIAA16 KVPEVKDTVHKQSLLHHVCTMVVENFPDSSDLYSEIGAITRSAKVDFDQLQDNLCQMERR
        . ..:.: .:..::: .   : :..:: .... :.  . ..: :.....  .. .. : 
KIAA20 LLLDTKSTDRKMTLLHFIALTVKEKYPDLANFWHELHFVEKAAAVSLENVLLDVKELGRG
     800       810       820       830       840       850         

      950       960       970       980       990      1000        
KIAA16 CKASWDHLKAIAKHEMKPVLKQRMSEFLKDCAERIIILKIVHRRIINRFHSFLLFMGHPP
        .        . ..: .   .. . .::.    ..  :.   .   . ... . ..:. :
KIAA20 ME--------LIRRECSIHDNSVLRNFLSTNEGKLDKLQRDAKTAEEAYNAVVRYFGESP
     860               870       880       890       900       910 

     1010      1020      1030      1040      1050      1060        
KIAA16 YAIREVNINKFCRIISEFALEYRTTRERVLQQKQKRANHRERNKTRGKMITDSGKFSGSS
          . .  . :  .. .:   :. ....   .:...   ::.     ..  .. :.....
KIAA20 ---KTTPPSVFFPVFVRFIRSYKEAEQENEARKKQEEVMREK-----QLAQEAKKLDAKT
                920       930       940       950            960   

     1070        1080      1090      1100      1110      1120      
KIAA16 PAPPS--QPQGLSYAEDAAEHENMKAVLKTSSPSVEDATPALGVRTRSRASRGSTSSWTM
       :.  .  : : :       . .. . : . .. ..::   .:                  
KIAA20 PSQRNKWQQQELIAELRRRQAKEHRPVYEGKDGTIEDIITGLHCQPMVVRHQARSAAPPS
           970       980       990      1000      1010      1020   

       1130      1140      1150      1160      1170      1180      
KIAA16 GTDDSPNVTDDAADEIMDRIVKSATQVPSQRVVPRERKRSRANRKSLRRTLKSGLTPEEA
                                                                   
KIAA20 GPPRAPGPH                                                   
          1030                                                     




1199 residues in 1 query   sequences
1986306 residues in 2037 library sequences
 Scomplib [34.26]
 start: Thu Dec 18 15:13:16 2008 done: Thu Dec 18 15:13:17 2008
 Total Scan time:  0.780 Total Display time:  0.130

Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]