# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/pf04287.fasta.huge -Q ../query/KIAA1685.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1685, 1505 aa vs ./tmplib.25089 library 1986000 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.5420+/-0.0109; mu= -10.5626+/- 0.741 mean_var=502.5798+/-117.800, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.057210 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0978 ( 1368 res) fg02182 (1368) 686 72.4 6.6e-13 KIAA1713 ( 1652 res) fh22344 (1652) 311 41.6 0.0016 >>KIAA0978 ( 1368 res) fg02182 (1368 aa) initn: 1154 init1: 629 opt: 686 Z-score: 323.5 bits: 72.4 E(): 6.6e-13 Smith-Waterman score: 1153; 28.329% identity (52.691% similar) in 1412 aa overlap (285-1505:19-1368) 260 270 280 290 300 310 KIAA16 SISISSNQHLSLKTVKAASDSVPAKPATWEGKQSDGQTGSPQNSNSSF----SSSVKVEN : ..::..:::..:.:. :.... . 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KIAA17 KEQLKAFALKSAD--FSSYLLSEP-QKPFTQ-LAAQKMQVQQ----QQQLCGNY-PTIHF 1520 1530 1540 1550 1560 1410 1420 1430 1440 1450 1460 KIAA16 STSSDMDHNSAVPGSQVSSNVGDVMSFSVTVTTIPASQAMNPSSHGQTIPVQAFSEENSI ...: ::. : .: . : : .: . ...:. .::: :.. .. KIAA17 GSTSFKRAASAIEKS-----IGILGSGSNPATGLSGQNAQ--------MPVQNFADSSNA 1570 1580 1590 1600 1610 1470 1480 1490 1500 KIAA16 EGTPSKCYCRLKAMIMCKGCGAFCHDDCIGPSKLCVSCLVVR . :: :::::::.::::::::::::::::::::.::::: KIAA17 DELELKCSCRLKAMIVCKGCGAFCHDDCIGPSKLCVACLVVR 1620 1630 1640 1650 1505 residues in 1 query sequences 1986000 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:12:53 2008 done: Thu Dec 18 15:12:54 2008 Total Scan time: 0.850 Total Display time: 0.230 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]