# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh24594.fasta.huge -Q ../query/KIAA1684.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1684, 762 aa vs ./tmplib.25089 library 1986743 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.9465+/-0.0114; mu= -7.6487+/- 0.776 mean_var=481.8861+/-114.431, 0's: 0 Z-trim: 1 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.058425 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1217 ( 1339 res) fh03001s1 (1339) 929 93.1 2e-19 >>KIAA1217 ( 1339 res) fh03001s1 (1339 aa) initn: 1156 init1: 651 opt: 929 Z-score: 440.8 bits: 93.1 E(): 2e-19 Smith-Waterman score: 1320; 35.442% identity (61.217% similar) in 838 aa overlap (6-760:419-1211) 10 20 30 KIAA16 GAGGLYKRGSVRSLSTYSAAALQSDL--EDSLYKA :.: ..:: :.: ..:... :.:::. KIAA12 ADPYLYHEGRMSIASSHGGHPLDVPDHIIAYHRTAIRSASAYCNPSMQAEMHMEQSLYRQ 390 400 410 420 430 440 40 50 60 70 80 KIAA16 AGGGGP-LYGDGYGFRLPPSSPQKLADVA-----APPGGPPPPHSPYSGPPSRGSPVRQS . : . : . ::.::....:. : .. :::. :.:.:: ::. KIAA12 KSRKYPDSHLPTLGSKTPPASPHRVSDLRMIDMHAHYNAHGPPHT---MQPDRASPSRQA 450 460 470 480 490 500 90 100 110 120 130 140 KIAA16 FRKDSGSSSVFAESPGGKTRSAGSASTAGAPPSELFPGPGERSLVGFGPPVPAKDTETRE :.:. :. :. :.: :::.. :. .: : :... ... . :: :::: KIAA12 FKKEPGTL-VYIEKP----RSAAGLSSL----VDLGPPLMEKQVFAYSTATIPKDRETRE 510 520 530 540 550 150 160 170 180 190 200 KIAA16 RMEAMEKQIASLTGLVQSALLRGSEPETPSEKIEGSNGAATPSAPCGSGGRSSGATP-VS ::.:::::::::::::::::..: : : : .:. .: . . .:..:: :: KIAA12 RMQAMEKQIASLTGLVQSALFKG--PITSYSKDASSEKMMKTTA--NRNHTDSAGTPHVS 560 570 580 590 600 610 210 220 230 240 250 260 KIAA16 GPPPPSA--SSTPAGQPTAVSRLQMQLHLRGLQNSASDLRGQLQQLRKLQLQNQESVRAL : :: :..: .:: :. ... : .. :...:: ::::.:.::::::: .::. KIAA12 GGKMLSALESTVPPSQPPPVGTSAIHMSLLEMRRSVAELRLQLQQMRQLQLQNQELLRAM 620 630 640 650 660 670 270 280 290 300 310 320 KIAA16 LKRTEAELSMRVSEAARRQEDPLQRQRTLVEEERLRYLNDEELITQQLNDLEKSVEKIQR .:..: :.: .: :. .: :::.::::.:::.:: .::..:: :...: .:: :: ... KIAA12 MKKAELEISGKVMETMKRLEDPVQRQRVLVEQERQKYLHEEEKIVKKLCELEDFVEDLKK 680 690 700 710 720 730 330 340 350 360 370 380 KIAA16 DVSHNHRLVPGPELEEKALVLKQLGETLTELKAHFPGLQSKMRVVLRVEVEAVKFLKEEP : . ::: ..:. :..:.:.::... ::..:: ::.:::..::.:::::.:::::: KIAA12 DSTAASRLVTLKDVEDGAFLLRQVGEAVATLKGEFPTLQNKMRAILRIEVEAVRFLKEEP 740 750 760 770 780 790 390 400 410 420 KIAA16 QRLDGLLKRCRGVTDTLAQIRRQVDEGVWPPPNN-----------------LLSQSPKKV ..::.:::: :..::.:...::.: .:. . : :: KIAA12 HKLDSLLKRVRSMTDVLTMLRRHVTDGLLKGTDAAQAAQYMAMEKATAAEVLKSQEEAAH 800 810 820 830 840 850 430 440 450 KIAA16 TAETDFNKS-----VDFEMPP-----------------PS--------PPLNL-HELSGP :. :... . :. : :: : :: : :.: KIAA12 TSGQPFHSTGAPGDAKSEVVPLSGMMVRHAQSSPVVIQPSQHSVALLNPAQNLPHVASSP 860 870 880 890 900 910 460 470 480 490 KIAA16 A---EGASLT-----------PKGGNPTKGLDTPGKRSV---DKAVSVEAAERDWEEKRA : :..: : .:. ..: .:: ..:::.: ::. ::::: KIAA12 AVPQEATSTLQMSQAPQSPQIPMNGSAMQSLFIEEIHSVSAKNRAVSIEKAEKKWEEKRQ 920 930 940 950 960 970 500 510 520 530 540 550 KIAA16 ALTQYSAKDINRLLEETQAELLKAIPDLDCASKAHPGPAPTPDHKPPKAPHGQKAAPRTE : .:..:....::::.::...:.::.:. : :: : :.:. . ..: KIAA12 NLDHYNGKEFEKLLEEAQANIMKSIPNLE-----MP-PATGP------LPRGDAPVDKVE 980 990 1000 1010 1020 560 570 580 590 600 610 KIAA16 PSGRRGSDELTVPRYRTEKPSKSPPPPPPRRSFPSSHGLTTTRTGEVVVTSKKDSAFIKK : ..: . . ..: :::::::::. . ::::::.:.:: :..:.. . : KIAA12 LSEDSPNSEQDLEKLGGKSPP--PPPPPPRRSYLPGSGLTTTRSGDVVYTGRKEN-ITAK 1030 1040 1050 1060 1070 620 630 640 650 660 670 KIAA16 AESEELEVQKPQVKLRRAVSEVARPA---STPPIMASAIKDEDDE----DRIIAELESGG : ::. .::.. . .: : : ::. .:. :::..: :.:.:::.... KIAA12 ASSEDAG-PSPQTRATKYPAEEPASAWTPSPPPVTTSSSKDEEEEEEEGDKIMAELQGSS 1080 1090 1100 1110 1120 1130 680 690 700 710 720 730 KIAA16 GSVPPMKVVTPGASRLKAAQGQAGSPDKSKHGKQRAEYMRIQAQQQATKPSKEMSGSNET :. .. .: .:... :. :: ::: ..: .: . . . :. KIAA12 GAPQTSRMPVP-----MSAKNRPGTLDKP--GKQS----KLQDPRQYRQANGSAKKSGGD 1140 1150 1160 1170 1180 740 750 760 KIAA16 SSPVSEKPSASRTSIPVLTSFGARNSSISF .:.: :: ..::.:. ....::. KIAA12 FKPTS--PSLPASKIPALSPSSGKSSSLPSSSGDSSNLPNPPATKPSIASNPLSPQTGPP 1190 1200 1210 1220 1230 1240 762 residues in 1 query sequences 1986743 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:12:51 2008 done: Thu Dec 18 15:12:52 2008 Total Scan time: 0.590 Total Display time: 0.040 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]