# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh23414.fasta.nr -Q ../query/KIAA1680.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1680, 902 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7825684 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8624+/-0.000188; mu= 9.8726+/- 0.010 mean_var=89.9685+/-17.383, 0's: 44 Z-trim: 50 B-trim: 85 in 2/66 Lambda= 0.135216 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|109075001|ref|XP_001095828.1| PREDICTED: simila ( 724) 4559 900.0 0 gi|114595183|ref|XP_001162951.1| PREDICTED: hypoth ( 677) 4300 849.5 0 gi|194208973|ref|XP_001495561.2| PREDICTED: hypoth ( 779) 4230 835.9 0 gi|148666349|gb|EDK98765.1| mCG122811, isoform CRA ( 723) 3608 714.5 4.1e-203 gi|50746405|ref|XP_420481.1| PREDICTED: hypothetic ( 746) 2912 578.8 3.1e-162 gi|76826717|gb|AAI07399.1| C130092O11Rik protein [ ( 485) 2213 442.3 2.5e-121 gi|26327587|dbj|BAC27537.1| unnamed protein produc ( 485) 2202 440.1 1.1e-120 gi|26339474|dbj|BAC33408.1| unnamed protein produc ( 231) 1130 230.8 5.5e-58 gi|119626447|gb|EAX06042.1| hCG2027654 [Homo sapie ( 161) 1054 215.9 1.2e-53 gi|109075080|ref|XP_001096267.1| PREDICTED: hypoth ( 185) 1029 211.0 3.9e-52 gi|148666348|gb|EDK98764.1| mCG122811, isoform CRA ( 168) 838 173.7 6e-41 gi|63994431|gb|AAY41009.1| unknown [Homo sapiens] ( 95) 626 132.2 1.1e-28 gi|148666346|gb|EDK98762.1| mCG122811, isoform CRA ( 143) 425 93.1 9.4e-17 gi|189522597|ref|XP_001335269.2| PREDICTED: hypoth ( 665) 355 79.9 4.1e-12 gi|169158804|emb|CAQ13636.1| novel protein [Danio ( 607) 352 79.3 5.7e-12 gi|169642042|gb|AAI60783.1| LOC100158327 protein [ ( 719) 336 76.2 5.7e-11 gi|149409996|ref|XP_001508052.1| PREDICTED: simila ( 836) 289 67.1 3.7e-08 gi|149409994|ref|XP_001508027.1| PREDICTED: simila ( 839) 285 66.3 6.4e-08 gi|47212727|emb|CAF90465.1| unnamed protein produc ( 631) 263 62.0 1e-06 gi|47210968|emb|CAF92464.1| unnamed protein produc ( 43) 222 53.2 3e-05 gi|81704939|sp|Q7A362.1|SRAP_STAAN RecName: Full=S (2271) 243 58.4 4.1e-05 gi|221137559|ref|ZP_03562365.1| serine-rich repeat (1759) 215 52.9 0.0015 gi|32447582|emb|CAD79181.1| hypothetical protein-s ( 669) 202 50.1 0.004 gi|116102027|gb|ABJ67170.1| Subtilisin-like serine (2334) 208 51.6 0.0048 gi|57636368|gb|AAW53156.1| serine threonine rich a (1870) 206 51.2 0.0052 gi|68445765|dbj|BAE03349.1| unnamed protein produc (1563) 203 50.5 0.0068 gi|27316716|gb|AAO05891.1|AE016751_186 streptococc (2310) 205 51.0 0.0071 >>gi|109075001|ref|XP_001095828.1| PREDICTED: similar to (724 aa) initn: 4559 init1: 4559 opt: 4559 Z-score: 4805.3 bits: 900.0 E(): 0 Smith-Waterman score: 4559; 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