# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh20705.fasta.huge -Q ../query/KIAA1678.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1678, 1302 aa vs ./tmplib.25089 library 1986203 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.8471+/-0.00681; mu= 2.8561+/- 0.464 mean_var=167.6160+/-39.048, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.099064 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0629 ( 1272 res) pf00524 (1272) 259 50.1 2.8e-06 >>KIAA0629 ( 1272 res) pf00524 (1272 aa) initn: 616 init1: 122 opt: 259 Z-score: 204.5 bits: 50.1 E(): 2.8e-06 Smith-Waterman score: 609; 22.820% identity (50.945% similar) in 1376 aa overlap (22-1300:60-1270) 10 20 30 40 50 KIAA16 DHEDTRNALPPRQDGEVTTGKYATNLAESVLQDAFIRLSQSQSTLPQESAV :: .:.:::.:.:::.::: . :. ..:: KIAA06 IMEVCQFSYPQTPASPQCGSFDFEDKVVKLYAKDLSESVIQEAFIELSQVDVTFTTKAAV 30 40 50 60 70 80 60 70 80 90 100 110 KIAA16 SVSVGSSLLPSCYSTKDTVVSRSWNELPKIVVVQSPDGSDAAPQPGISSWPEMEVSVETS :::. . : . ..:: . .:. ::. . : . . : .: . : . 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