# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj03879s1.fasta.nr -Q ../query/KIAA1662.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1662, 1653 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7802291 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.9275+/-0.000215; mu= 8.8494+/- 0.012 mean_var=177.2531+/-33.745, 0's: 42 Z-trim: 115 B-trim: 461 in 1/65 Lambda= 0.096334 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|81176579|gb|ABB59559.1| TRIOBP isoform 3 [Homo (2193) 11407 1599.3 0 gi|90110075|sp|Q9H2D6.3|TARA_HUMAN RecName: Full=T (2365) 11407 1599.4 0 gi|114686389|ref|XP_515120.2| PREDICTED: TRIO and (2187) 10900 1528.9 0 gi|119580589|gb|EAW60185.1| TRIO and F-actin bindi (1215) 8319 1169.9 0 gi|194226812|ref|XP_001916851.1| PREDICTED: TRIO a (2250) 5318 753.1 5.8e-214 gi|90110076|sp|Q99KW3.3|TARA_MOUSE RecName: Full=T (2014) 4531 643.7 4.5e-181 gi|82469902|gb|ABB77204.1| trio-associated repeat (2266) 4420 628.3 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3258 466.2 3.8e-128 gi|13278325|gb|AAH03984.1| Triobp protein [Mus mus ( 561) 3250 465.0 7.5e-128 gi|26343303|dbj|BAC35308.1| unnamed protein produc ( 580) 3250 465.0 7.7e-128 gi|88501745|ref|NP_001019887.1| TRIO and F-actin b ( 627) 3250 465.1 8.1e-128 gi|27503073|gb|AAH42760.1| Triobp protein [Mus mus ( 580) 3241 463.8 1.8e-127 gi|84798610|gb|ABB59558.2| TRIOBP isoform 4 [Mus m ( 980) 3135 449.3 7.1e-123 gi|74199130|dbj|BAE33111.1| unnamed protein produc (1330) 3074 441.0 3.1e-120 gi|13279176|gb|AAH04303.1| TRIOBP protein [Homo sa ( 455) 2912 417.9 9.1e-114 gi|124289160|gb|ABM98430.1| Trio and actin binding ( 541) 2793 401.5 9.7e-109 gi|39644673|gb|AAH13278.2| TRIOBP protein [Homo sa ( 379) 2484 358.4 6.5e-96 gi|88501741|ref|NP_619538.2| TRIO and F-actin bind ( 431) 2246 325.4 6.4e-86 gi|119580587|gb|EAW60183.1| TRIO and F-actin bindi ( 407) 2241 324.6 9.9e-86 gi|117644264|emb|CAL37626.1| hypothetical protein ( 372) 2226 322.5 4e-85 gi|119580588|gb|EAW60184.1| TRIO and F-actin bindi ( 360) 2148 311.6 7.1e-82 gi|119580586|gb|EAW60182.1| TRIO and F-actin bindi ( 615) 2045 297.6 2.1e-77 gi|19584412|emb|CAD28497.1| hypothetical protein [ ( 353) 1976 287.7 1.1e-74 gi|119580585|gb|EAW60181.1| TRIO and F-actin bindi ( 544) 1947 283.9 2.4e-73 gi|118082735|ref|XP_416272.2| PREDICTED: hypotheti ( 591) 1870 273.2 4.2e-70 gi|211829229|gb|AAH88419.2| Triobp protein [Rattus ( 402) 1744 255.6 6.1e-65 gi|151358005|emb|CAO78085.1| TRIO and F-actin bind ( 380) 1731 253.7 2.1e-64 gi|169145172|emb|CAQ09790.1| TRIO and F-actin bind ( 256) 1690 247.8 8.2e-63 gi|169145170|emb|CAQ09788.1| TRIO and F-actin bind ( 265) 1635 240.2 1.7e-60 gi|169145169|emb|CAQ09787.1| TRIO and F-actin bind ( 262) 1594 234.5 8.7e-59 gi|169145166|emb|CAQ09784.1| TRIO and F-actin bind ( 262) 1593 234.4 9.6e-59 gi|161612095|gb|AAI55851.1| Zgc:175222 protein [Da ( 638) 1481 219.2 8.4e-54 gi|189525667|ref|XP_001920156.1| PREDICTED: simila (1023) 1481 219.4 1.2e-53 gi|118082742|ref|XP_423522.2| PREDICTED: hypotheti ( 414) 1289 192.3 6.8e-46 gi|73969716|ref|XP_852819.1| PREDICTED: hypothetic ( 468) 1158 174.2 2.2e-40 gi|157279334|gb|AAI53231.1| M-RIP protein [Bos tau (1006) 1048 159.3 1.5e-35 gi|114668918|ref|XP_001160751.1| PREDICTED: myosin ( 573) 989 150.8 3e-33 gi|3970872|dbj|BAA34800.1| HRIHFB2122 [Homo sapien ( 224) 889 136.4 2.4e-29 >>gi|81176579|gb|ABB59559.1| TRIOBP isoform 3 [Homo sapi (2193 aa) initn: 11407 init1: 11407 opt: 11407 Z-score: 8571.2 bits: 1599.3 E(): 0 Smith-Waterman score: 11407; 99.818% identity (99.939% similar) in 1646 aa overlap (8-1653:548-2193) 10 20 30 KIAA16 KSTFGCLPRTSCARRDNPRASSRNRTIQRDNPRTSCA :::::::::::::::::::::::::::::: gi|811 TIQQENPRTSCAQRDDPRASSPNRTTQQENPRTSCARRDNPRASSRNRTIQRDNPRTSCA 520 530 540 550 560 570 40 50 60 70 80 90 KIAA16 QRDNPRASSPNRTIQQENLRTSCTRQDNPRTSSPNRATRDNPRTSCAQRDNLRASSPIRA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|811 QRDNPRASSPNRTIQQENLRTSCTRQDNPRTSSPNRATRDNPRTSCAQRDNLRASSPIRA 580 590 600 610 620 630 100 110 120 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::::: : gi|109 TIHQDNPRTSCVSQNTPRTSSTQVDKTTASCSRWEHLRSACT----------QRDNPRTL 500 510 520 530 540 160 170 180 190 200 210 KIAA16 SSQCCTQKENLRPSSPHRSTQWNNPRNSSPHRTNKDIPWASFPLRPTQSDGPRTSSPSRS : : ::::.: ::::::.:: .. :: ::::::::::::::::::::::. :::::::. gi|109 S-QGCTQKDNPGPSSPHRATQGSSSRNPSPHRTNKDIPWASFPLRPTQSDSSRTSSPSRT 550 560 570 580 590 600 220 230 240 250 260 270 KIAA16 KQSEVPWASIALRPTQGDRPQTSSPSRPAQHDPPQSSFGPTQYNLPSRATSSS--HNPGH ::..::::::.:::::::.::::.::. :..:::: ::. :: ::::: ::::: gi|109 KQNQVPWASISLRPTQGDKPQTSAPSKLAHNDPPQ------QYS-PSLATSSSSSHNPGH 610 620 630 640 650 280 290 300 310 320 330 KIAA16 QSTSRTSSPVYPAAYGAPLTSPEPSQPPCAVCIGHRDAPRASSPPRYLQHDPFPFFPEPR :.::::::..:: ::: :: :::::::::::::::::::::::::.:.:::::::.:: gi|109 PSASRTSSPLHPAPRGAPQTSLEPSQPPCAVCIGHRDAPRASSPPRYFQYDPFPFFPDPR 660 670 680 690 700 710 340 350 360 370 380 390 KIAA16 APESEPPHHEPPYIPPAVCIGHRDAPRASSPPRHTQFDPFPFLPDTSDAEHQCQSPQHEP . ::: :::::::.::::::::::::::.:::::::::::::::::::::.. ::::.: gi|109 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