# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj10609s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1641.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1641, 718 aa vs ./tmplib.25089 library 1986787 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.1453+/-0.00772; mu= -6.7452+/- 0.519 mean_var=351.8368+/-89.457, 0's: 0 Z-trim: 17 B-trim: 135 in 1/39 Lambda= 0.068376 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1074 ( 1715 res) hj06637 (1715) 715 85.5 4.4e-17 KIAA0565 ( 641 res) hh01904(revised) ( 641) 690 82.5 1.3e-16 KIAA2015 ( 996 res) fk09763 ( 996) 651 78.9 2.5e-15 KIAA0336 ( 1635 res) hg01120 (1635) 258 40.4 0.0016 KIAA1275 ( 1140 res) hk10413 (1140) 231 37.6 0.0081 >>KIAA1074 ( 1715 res) hj06637 (1715 aa) initn: 1515 init1: 612 opt: 715 Z-score: 398.5 bits: 85.5 E(): 4.4e-17 Smith-Waterman score: 1647; 46.296% identity (72.222% similar) in 648 aa overlap (119-706:633-1275) 90 100 110 120 130 140 KIAA16 IFKKKVSLLNIATRITGGWKSGTEYPENLPTLKATIENKNSVLNTATKMKDVQTSTPEQD .... . .: :.:. . . : ..: : : KIAA10 RKENKEYASGPALQMKEVKSTEKEKRTSKESVNSPVFGKASLLTGGLLQVDDDSSLSEID 610 620 630 640 650 660 150 160 170 180 190 200 KIAA16 LEMASEGEQKRLEEYENNQPQVKNQIHSRDDLDDIIQSSQTVSEDGDSLCCNCKNVILLI : : . .. :.. .:::::.: ::.::. :::.:.::: . . :: .::: KIAA10 -----EDEGRPTKKTSNEKNKVKNQIQSMDDVDDLTQSSETASEDCELPHSSYKNFMLLI 670 680 690 700 710 210 220 230 240 250 260 KIAA16 DQHEMKCKDCVHLLKIKNTFCLWKRLIKLKDNHCEQLRVKIRKLKNKASVLQKRISEKEE .: :.::: : ::::... .::..:: :::: : :::.:...:..:::...:: .: KIAA10 EQLGMECKDSVSLLKIQDAALSCERLLELKKNHCELLTVKIKKMEDKVNVLQRELSETKE 720 730 740 750 760 770 270 280 290 300 310 320 KIAA16 IKSQLKHEILELEKELCSLRFAIQQEKKKRRNVEELHQKVREKLRITEEQYRIEADVTKP :::::.:. .: :.:::::::...::..::::.. :..:.::.:: ::::: :..: . KIAA10 IKSQLEHQKVEWERELCSLRFSLNQEEEKRRNADTLYEKIREQLRRKEEQYRKEVEVKQQ 780 790 800 810 820 830 330 340 350 KIAA16 IKPALKSAEVELKTGGNNSNQV-------------------------------------- .. .:.. :.::.: .: ::: KIAA10 LELSLQTLEMELRTVKSNLNQVVQERNDAQRQLSREQNARMLQDGILTNHLSKQKEIEMA 840 850 860 870 880 890 360 370 380 390 KIAA16 -----SET----DEKEDLLHENRLMQDEIARLRLEKDTIKNQNLEK--KYLKDFEIVKRK ::. .:..:: :.: ..:.::: :::: ::::::: :: : ..:..:::.: KIAA10 QKKMNSENSHSHEEEKDLSHKNSMLQEEIAMLRLEIDTIKNQNQEKEKKCFEDLKIVKEK 900 910 920 930 940 950 400 410 420 430 440 450 KIAA16 HEDLQKALKRNGETLAKTIACYSGQLAALTDENTTLRSKLEKQRESRQRLETEMQSYHCR .:::::..:.: :::..::. :.:.:..:: ::. : ::::....:..:::.:..::: : KIAA10 NEDLQKTIKQNEETLTQTISQYNGRLSVLTAENAMLNSKLENEKQSKERLEAEVESYHSR 960 970 980 990 1000 1010 460 470 480 490 500 510 KIAA16 LNAARCDHDQSHSSKRDQELAFQGTVDKCRHLQENLNSHVL-------ILSLQLSKAESK : :: :.:::..:::. ::::: . :.: .::...: : ::: :: :.::: KIAA10 LAAAIHDRDQSETSKRELELAFQRARDECSRLQDKMNFDVSNLKDNNEILSQQLFKTESK 1020 1030 1040 1050 1060 1070 520 530 540 550 560 570 KIAA16 SRVLKTELHYTGEALKEKALVFEHVQSELKQKQSQMKDIEKMYKSGYNTMEKCIEKQE-- :. :.:.: .::.::.: .:.::..:.: : :::..:. :.. ..: : ::: KIAA10 LNSLEIEFHHTRDALREKTLGLERVQKDLSQTQCQMKEMEQKYQNEQVKVNKYIGKQESV 1080 1090 1100 1110 1120 1130 580 590 600 610 620 KIAA16 --RFCQLKKQNMLLQQQLDDARNKADNQEKAILNIQARCDARVQNLQAECRKHRLLLEED :. ::...::::.::::::.:::::.::...::: . : ::.:::: .:. ::::: KIAA10 EERLSQLQSENMLLRQQLDDAHNKADNKEKTVINIQDQFHAIVQKLQAESEKQSLLLEER 1140 1150 1160 1170 1180 1190 630 640 650 660 670 680 KIAA16 NKMLVNELTHSKEKECQYEKEKAEREVAVRQLQQKRDDVLNKGSATKALLDASSRHCTYL :: :..: .: ::.. :::.:::::::.::::::. :.:.: : ..: :...::. : KIAA10 NKELISECNHLKERQYQYENEKAEREVVVRQLQQELADTLKKQSMSEASLEVTSRYRINL 1200 1210 1220 1230 1240 1250 690 700 710 KIAA16 ENGMQDSRKKLDQMRSQVCMQLCTPTTVNL :. :: .::: :.:.:. 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KIAA05 QLKWNLRRLVKELRTVRNNLDLVVQERNDAQKQLSEEQ---DARILQDQILTSKQKELEM 50 60 70 80 90 100 350 360 370 380 390 KIAA16 KTGGNNSNQVSETDEKE-DLLHENRLMQDEIARLRLEKDTIKNQNL--EKKYLKDFEIVK :: ..:. .:: ::.::. ..:.::: :::: ::::::: ::::..:.: :: KIAA05 ARKKMNS-EISHRHQKEKDLFHEDCMLQEEIALLRLEIDTIKNQNKQKEKKYFEDIEAVK 110 120 130 140 150 160 400 410 420 430 440 450 KIAA16 RKHEDLQKALKRNGETLAKTIACYSGQLAALTDENTTLRSKLEKQRESRQRLETEMQSYH .:...::: .: : :::..:: ::::: :: :: : :.::. .....::: ::.::. KIAA05 EKNDNLQKIIKLNEETLTETILQYSGQLNNLTAENKILNSELENGKQNQERLEIEMESYR 170 180 190 200 210 220 460 470 480 490 500 510 KIAA16 CRLNAARCDHDQSHSSKRDQELAFQGTV-------DKCRHLQENLNSHVLILSLQLSKAE ::: :: : :::... :: .: :: : :: . . .:... ::: .::.:: KIAA05 CRLAAAVRDCDQSQTA-RDLKLDFQRTRQEWVRLHDKMKVDMSGLQAKNEILSEKLSNAE 230 240 250 260 270 280 520 530 540 550 560 570 KIAA16 SKSRVLKTELHYTGEALKEKALVFEHVQSELKQKQSQMKDIEKMYKSGYNTMEKCIEKQE :: :. .:: : .:: ...:..:.:: .:.: : : :. :.::. . ..: : ::: KIAA05 SKINSLQIQLHNTRDALGRESLILERVQRDLSQTQCQKKETEQMYQIEQSKLKKYIAKQE 290 300 310 320 330 340 580 590 600 610 620 KIAA16 ----RFCQLKKQNMLLQQQLDDARNKADNQEKAILNIQARCDARVQNLQAECRKHRLLLE :. ::...::::.::::::..::..:::. .:: . . ..::::: .:. : :. KIAA05 SVEERLSQLQSENMLLRQQLDDAHKKANSQEKTSSTIQDQFHSAAKNLQAESEKQILSLQ 350 360 370 380 390 400 630 640 650 660 670 680 KIAA16 EDNKMLVNELTHSKEKECQYEKEKAEREVAVRQLQQKRDDVLNKGSATKALLDASSRHCT : :: :..: .: ::. : ::::: :.. . . :. KIAA05 EKNKELMDEYNHLKERMDQCEKEKAGRKIDLTEAQETVPSRCLHLDAENEVLQLQQTLFS 410 420 430 440 450 460 690 700 710 KIAA16 YLENGMQDSRKKLDQMRSQVCMQLCTPTTVNL KIAA05 MKAIQKQCETLQKNKKQLKQEVVNLKSYMERNMLERGKAEWHKLLIEERARKEIEEKLNE 470 480 490 500 510 520 >>KIAA2015 ( 996 res) fk09763 (996 aa) initn: 633 init1: 187 opt: 651 Z-score: 367.0 bits: 78.9 E(): 2.5e-15 Smith-Waterman score: 656; 32.766% identity (64.043% similar) in 470 aa overlap (254-705:215-672) 230 240 250 260 270 280 KIAA16 IKNTFCLWKRLIKLKDNHCEQLRVKIRKLKNKASVLQKRISEKEEIKSQLKHEILELEKE : .:.. .... .:.:: . KIAA20 HMVEFLLKNQANIHAVDNFKRTALILAVQHNLSSIVTLLLQQNIRISSQDMFGQTAEDYA 190 200 210 220 230 240 290 300 310 320 330 KIAA16 LCS-LRFAIQQ--EKKKRRNVEELHQKVREK--LRITEEQYRIE-ADVTKPIKPALKSAE ::: :: :: :.:.. ..:.. .: .. .. . : : : . . .: : . . KIAA20 LCSDLRSIRQQILEHKNKMLKNHLRNDNQETAAMKPANLKKRKERAKAEHNLKVASEEKQ 250 260 270 280 290 300 340 350 360 370 380 390 KIAA16 VELKTGGNNSNQVSET-DEKEDLLHENRLMQDEIARLRLEKDTIKNQNL--EKKYLKDFE .:. . :.. : :.. .:.: .. : ... .:: :. : .:::..: ::::..... KIAA20 ERLQRSENKQPQDSQSYGKKKDAMYGNFMLKKDIAMLKEELYAIKNDSLRKEKKYIQEIK 310 320 330 340 350 360 400 410 420 430 440 450 KIAA16 IVKRKHEDLQKALKRNGETLAKTIACYSGQLAALTDENTTLRSKLEKQRESRQRLETEMQ . . . ...:... : . ..::.: :: :: : ::. : :.:::......:::.:.. KIAA20 SITEINANFEKSVRLNEKMITKTVARYSQQLNDLKAENARLNSELEKEKHNKERLEAEVE 370 380 390 400 410 420 460 470 480 490 500 KIAA16 SYHCRLNAARCDHDQSHSSKRDQELAFQGTVDKCRHLQENLNSHVL-----ILSLQLSKA : : : .: .... ..: ::.. . : :: . . : : .:. :. :: KIAA20 SLHSSLATAINEYNEI-VERKDLELVLWRADDVSRHEKMGSNISQLTDKNELLTEQVHKA 430 440 450 460 470 480 510 520 530 540 550 560 KIAA16 ESKSRVLKTELHYTGEALKEKALVFEHVQSELKQKQSQMKDIEKMYKSGYNTMEKCIEKQ . : .:: .:. : .::.::.:.. :: .:.: : ..:....:. .: . : :: KIAA20 RVKFNTLKGKLRETRDALREKTLALGSVQLDLRQAQHRIKEMKQMHPNGEAKESQSIGKQ 490 500 510 520 530 540 570 580 590 600 610 620 KIAA16 ----ERFCQLKKQNMLLQQQLDDARNKADNQEKAILNIQARCDARVQNLQAECRKHRLLL ::. : . .:.::..::.:::...::.: ..::. : ..: . . :: KIAA20 NSLEERIRQQELENLLLERQLEDARKEGDNKE-IVINIHRDC---LENGKED------LL 550 560 570 580 590 630 640 650 660 670 680 KIAA16 EEDNKMLVNELTHSKEKECQYEKEKAEREVAVRQLQQKRDDVLNKGSATKALLDASSRHC :: :: :..: .. ::: : ::::::::: ::..:.. : :. : ... :...: :: KIAA20 EERNKELMKEYNYLKEKLLQCEKEKAEREVIVREFQEELVDHLKTFSISESPLEGTS-HC 600 610 620 630 640 650 690 700 710 KIAA16 TYLENGMQDSRKKLDQMRSQVCMQLCTPTTVNL : :.::: :.. : KIAA20 HINLNETWTSKKKLFQVEIQPEEKHEEFRKLFELISLLNYTADQIRKKNRELEEEATGYK 660 670 680 690 700 710 >>KIAA0336 ( 1635 res) hg01120 (1635 aa) initn: 265 init1: 98 opt: 258 Z-score: 155.1 bits: 40.4 E(): 0.0016 Smith-Waterman score: 290; 20.827% identity (58.347% similar) in 629 aa overlap (53-665:885-1450) 30 40 50 60 70 80 KIAA16 DKKDSVSNIPTEIKDGQQSGTVSSQKQPAWKATSVKKDSVSNIATEIKDGQIRGTVSPQK :. :::.: .:.. :... .:.. . : KIAA03 KEHENLKPLLEQKELRDRRAELILLKDSLAKSPSVKNDPLSSVK-ELEE-KIENLEKECK 860 870 880 890 900 910 90 100 110 120 130 KIAA16 QSAQKVIFKKKVSLLNIATR--ITGGWKSGTEYPENLPTLKATIENKNSVLNTATKMKD- .. .:. .:..:. . .. . .. : :.: .:.. .:... ...:.: KIAA03 EKEEKI---NKIKLVAVKAKKELDSSRKETQTVKEELESLRS---EKDQL---SASMRDL 920 930 940 950 960 140 150 160 170 180 190 KIAA16 VQTSTPEQDLEMASEGEQKRLEEYENNQPQVKNQIHSRDDLDDIIQSS----QTVSEDGD .: . ..: . : :. :. . .. ...: : .:: ...: .:.. :.. KIAA03 IQGAESYKNLLLEYE---KQSEQLDVEKERANNFEHRIEDLTRQLRNSTLQCETINSDNE 970 980 990 1000 1010 1020 200 210 220 230 240 250 KIAA16 SLCCNCKNVILLIDQHEMKCKDCVHLLKIKNTFCLWKRLIKLKDNHCEQLRVKIRKLKNK .: ... : . : . :..:... . : .. :. . :.:. : .:.:.. KIAA03 DLLARIETL-----QSNAKLLE-VQILEVQRA----KAMVD-KELEAEKLQ-KEQKIKEH 1030 1040 1050 1060 260 270 280 290 300 310 KIAA16 ASVLQKRISEKEEIKSQLKHEILELEKELCSLRFAIQQEKKKRRNVEELHQKVREKLRIT :.. ..: ::.. ::..: .:.: . :... :: ... ..... . :. KIAA03 ATT----VNELEELQVQLQKEKKQLQKTMQELELV----KKDAQQTTLMNMEIADYERLM 1070 1080 1090 1100 1110 1120 320 330 340 350 360 370 KIAA16 EEQYRIEADVTKPIKPALKSAEVELKTGGNNSNQVSETDEKEDLLHENRLMQDEIARLRL .: .. .:. . ... : :.: ..: .:: ..: .. ..: : .. KIAA03 KE---LNQKLTNK-NNKIEDLEQEIKI----QKQKQETLQEEITSLQSSVQQYEEKNTKI 1130 1140 1150 1160 1170 380 390 400 410 420 430 KIAA16 EKDTIKNQNLEKKYLKDFEIVKRKHEDLQKALKRNGETLAKTIACYSGQLAALTDENTTL .. .:. :: : : . .. : :: .:: . :. . . :. ::: .:.:. . KIAA03 KQLLVKT----KKELADSKQAETDHLILQASLKGELEASQQQVEVYKIQLAEITSEKHKI 1180 1190 1200 1210 1220 440 450 460 470 480 490 KIAA16 RSKLEKQRESRQRLETEMQSYHCRLNAAR--CDHDQSHSSKRDQEL-AFQGTVDKCRHLQ . .:. . :..:: ...:. :..: . : ..... .:. ... : . . : KIAA03 HEHLKTSAEQHQRT---LSAYQQRVTALQEECRAAKAEQATVTSEFESYKVRVHNVLKQQ 1230 1240 1250 1260 1270 1280 500 510 520 530 540 KIAA16 ENLNSHVLILSLQLSKAESK-SRVLKTELHYTGEALKEKALVFEH-VQ---SELKQKQSQ .: . .:.::.. .. . .:.. . :: : .. .: :::. ::. KIAA03 KNKS---------MSQAETEGAKQEREHLEMLIDQLKIKLQDSQNNLQINVSELQTLQSE 1290 1300 1310 1320 1330 550 560 570 580 590 600 KIAA16 MKDI-EKMYKSGYNTMEKCIEKQERFCQLKKQNMLLQQQLDDARNKADNQEKAILNIQAR . :. : .:. : : .:..:.....::..... .. .. .:.... : KIAA03 HDTLLERHNKMLQETVSKEAELREKLCSIQSENMMMKSEHTQTVSQLTSQNEVLRN---S 1340 1350 1360 1370 1380 1390 610 620 630 640 650 660 KIAA16 CDARVQNLQAECRKHRLLLEEDNKMLVNELTHSKEKECQYEKEKAEREVAVRQLQQKRDD .:..:: : :: :... . . .: . :.. . . . ....:...:. KIAA03 FRDQVRHLQEEHRKTVETLQQQLSKMEAQLFQLKNEPTT--RSPVSSQQSLKNLRERRNT 1400 1410 1420 1430 1440 1450 670 680 690 700 710 KIAA16 VLNKGSATKALLDASSRHCTYLENGMQDSRKKLDQMRSQVCMQLCTPTTVNL KIAA03 DLPLLDMHTVTREEGEGMETTDTESVSSASTYTQSLEQLLNSPETKLEPPLWHAEFTKEE 1460 1470 1480 1490 1500 1510 >>KIAA1275 ( 1140 res) hk10413 (1140 aa) initn: 131 init1: 85 opt: 231 Z-score: 142.4 bits: 37.6 E(): 0.0081 Smith-Waterman score: 262; 25.466% identity (57.143% similar) in 483 aa overlap (240-702:129-573) 210 220 230 240 250 260 KIAA16 QHEMKCKDCVHLLKIKNTFCLWKRLIKLKDNHCEQLRVKIRKLKNKASVLQKRISEKEEI : :: : ...:: .. .. : : .:::. KIAA12 AEKCHRRTVYELENEKHKHTDYMNKSDDFTNLLEQERERLKKLLEQEKAYQAR-KEKENA 100 110 120 130 140 150 270 280 290 300 310 320 KIAA16 K--SQLKHEILELEKELCSLRFAIQQEKKKRRNVEEL---HQKVRE---KLRITEEQYRI : ..:. :...:.. ::.. ... ..:.: :::.. ::: ::. . KIAA12 KRLNKLRDELVKLKS------FALMLVDERQMHIEQLGLQSQKVQDLTQKLREEEEKLKA 160 170 180 190 200 210 330 340 350 360 370 KIAA16 EADVTKPIKPALKSAEVELKTGGNNSNQVSETDEKEDLLHE--NRLMQDEIARL--RLEK .. .: . : . ::... .. .: : . . .: :: .. ... : :.:. KIAA12 ITSKSKEDRQKLLKLEVDFEHKASRFSQEHEEMNAKLANQESHNRQLRLKLVGLTQRIEE 220 230 240 250 260 270 380 390 400 410 420 430 KIAA16 DTIKNQNLEK--KYLKDFEIVKRKHEDLQKALKRNGETLAKTIACYSGQLAALTDENTTL :.::.: . :.... : : ...: . :.: : . . :. ::. : KIAA12 LEETNKNLQKAEEELQELRDKIAKGECGNSSLMAEVENLRKRVLEMEGK-----DEEIT- 280 290 300 310 320 440 450 460 470 480 490 KIAA16 RSKLEKQ-RESRQRL-ETEMQSYHCRLNAARCDHDQSHSSKRDQELAFQGTVDKCRHLQE : :.: :: :..: : : .: . ::.. . .. .:. : .. ::. . ..: .:. KIAA12 --KTESQCRELRKKLQEEEHHSKELRLEVEKLQKRMSELEKLEE--AFSKSKSECTQLHL 330 340 350 360 370 380 500 510 520 530 540 550 KIAA16 NLNSHVLILSLQLSKAES-KSRVLKTELHYTGEALKEKALVFEHVQSELKQKQSQMKDIE ::... . . :.. : :::: ::. . :.. : .. ..::. .. : . KIAA12 NLEKEKNLTKDLLNELEVVKSRV--KELECSESRLEKAELSLKDDLTKLKSFTVMLVDER 390 400 410 420 430 560 570 580 590 600 610 KIAA16 KMYKSGYNTMEKCIEKQERFCQLKKQNMLLQQQLDDARNKADNQEKAILNIQARCDARVQ : : ::: ..... :.:. . : .. :. .: .. : .:..... . .: KIAA12 K------NMMEKIKQEERKVDGLNKNFKVEQGKVMDVTEKLIEESKKLLKLKSEMEEKVY 440 450 460 470 480 490 620 630 640 650 660 KIAA16 NLQAECRKHRLLLEEDNKMLVNELTHSKEKECQYE--KEKAER-EVAVRQLQQKRDDVLN :: : . .:. . : .: .:.: :. . :.. . : . :.. . :. KIAA12 NLTRE--RDELIGK-----LKSEEEKSSELSCSVDLLKKRLDGIEEVEREITRGRS---R 500 510 520 530 540 670 680 690 700 710 KIAA16 KGSATKALLDASSRHCTYLENGMQDSRKKLDQMRSQVCMQLCTPTTVNL ::: : . .. : :: .. .:.:.:. KIAA12 KGSELTCPEDNKIKELT-LE--IERLKKRLQQLEVVEGDLMKTEDEYDQLEQKFRTEQDK 550 560 570 580 590 600 KIAA12 ANFLSQQLEEIKHQIAKNKAIEKGEVVSQEAELRHRFRLEEAKSRDLKAEVQALKEKIHE 610 620 630 640 650 660 718 residues in 1 query sequences 1986787 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:11:23 2008 done: Thu Dec 18 15:11:24 2008 Total Scan time: 0.560 Total Display time: 0.140 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]