# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh15267mrp1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1630.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1630, 901 aa vs ./tmplib.25089 library 1986604 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0481+/-0.00487; mu= 14.9025+/- 0.332 mean_var=82.7969+/-19.451, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.140951 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1290 ( 1011 res) hj00086s2 (1011) 1556 326.9 7.2e-90 >>KIAA1290 ( 1011 res) hj00086s2 (1011 aa) initn: 1839 init1: 543 opt: 1556 Z-score: 1705.3 bits: 326.9 E(): 7.2e-90 Smith-Waterman score: 1980; 39.732% identity (66.853% similar) in 896 aa overlap (46-891:88-960) 20 30 40 50 60 KIAA16 ATAAAARRGLGRALPLLWRGYQTERGVYGYRPRKP----ESREPQGALERPPV---DH-G .:: : ::: .. . :: . KIAA12 FAWLENPQSVHKSWDSFFREASEEAFSGSAQPRPPSVVHESRSAVSSRTKTSKLVEDHLA 60 70 80 90 100 110 70 80 90 100 110 KIAA16 LARLVTVYCEHGHKAAKINPLFTGQALLEN-VPE-----IQALV------QTLQGPFHTA . :. .: .::..:...:: .: :.. :: :. :. :. :. KIAA12 VQSLIRAYQIRGHHVAQLDPLGILDADLDSFVPSDLITTIDKLAFYDLQEADLDKEFQLP 120 130 140 150 160 170 120 130 140 150 160 170 KIAA16 GLLNMGKEEA--SLEEVLVYLNQIYCGQISIETSQLQSQDEKDWFAKRFEELQKETFTTE .: : ::.:.. :.. :: .:..: ... .. .:. ..:: :..: KIAA12 TTTFIGGSENTLSLREIIRRLENTYCQHIGLEFMFINDVEQCQWIRQKFETPGVMQFSSE 180 190 200 210 220 230 180 190 200 210 220 230 KIAA16 ERKHLSKLMLESQEFDHFLATKFSTVKRYGGEGAESMMGFFHELLKMSAYSGITDVIIGM :.. : ...:..:. ::: :.:. ::.: :: : :. .. .. :. :: .::.:: KIAA12 EKRTLLARLVRSMRFEDFLARKWSSEKRFGLEGCEVMIPALKTIIDKSSEMGIENVILGM 240 250 260 270 280 290 240 250 260 270 280 290 KIAA16 PHRGRLNLLTGLLQFPPELMFRKMRGLSEFPENFSATGDVLSHLTSSVD-LDFGAHHPLH :::::::.:..... : .: .. : .. ..::: :: . .. ... . KIAA12 PHRGRLNVLANVIRKDLEQIFCQFDPKLEAADE--GSGDVKYHLGMYHERINRVTNRNIT 300 310 320 330 340 350 300 310 320 330 340 350 KIAA16 VTMLPNPSHLEAVNPVAVGKTRGRQQSRQDGDYSPDNSAQPGDRVICLQVHGDASFCGQG .... ::::::::.::. :::...: : : :: : .:. . :::::.: ::: KIAA12 LSLVANPSHLEAVDPVVQGKTKAEQFYRGD--------AQ-GKKVMSILVHGDAAFAGQG 360 370 380 390 400 360 370 380 390 400 410 KIAA16 IVPETFTLSNLPHFRIGGSVHLIVNNQLGYTTPAERGRSSLYCSDIGKLVGCAIIHVNGD .: ::: ::.:: . .:.::..::::.:.:: . .::: : .:....:. :.:::.: KIAA12 VVYETFHLSDLPSYTTNGTVHVVVNNQIGFTTDPRMARSSPYPTDVARVVNAPIFHVNAD 410 420 430 440 450 460 420 430 440 450 460 470 KIAA16 SPEEVVRATRLAFEYQRQFRKDVIIDLLCYRQWGHNELDEPFYTNPIMYKIIRARKSIPD .:: :. . .: :.. : :::..::.:::. ::::.:::..:.:.::: :. . . KIAA12 DPEAVIYVCSVAAEWRNTFNKDVVVDLVCYRRRGHNEMDEPMFTQPLMYKQIHRQVPVLK 470 480 490 500 510 520 480 490 500 510 520 KIAA16 TYAEHLIAGGLMTQEEVSEIKSSY-------YAKLNDH-LNNMAHYRPPALNLQAHWQGL ::..::: : .: .: : ..: :.. .:. . .. :. :.. : :. KIAA12 KYADKLIAEGTVTLQEFEEEIAKYDRICEEAYGRSKDKKILHIKHW------LDSPWPGF 530 540 550 560 570 580 530 540 550 560 570 KIAA16 ----AQPEAQITTWSTGVPLDLLRFVGMKSVEVPRE-LQMHSHLLKTHVQSRMEKMMDGI ..:.. .: .::.: :.: .: . :: : ...:. : . ...: . : . KIAA12 FNVDGEPKS-MTCPATGIPEDMLTHIGSVASSVPLEDFKIHTGLSRI-LRGRAD-MTKNR 590 600 610 620 630 580 590 600 610 620 630 KIAA16 KLDWATAEALALGSLLAQGFNVRLSGQDVGRGTFSQRHAMVVCQETDD-TYIPLNHMDPN .::: :: .:.:::: .:..:::::::: :::::.:: .. ::.: : .:.::. :. KIAA12 TVDWALAEYMAFGSLLKEGIHVRLSGQDVERGTFSHRHHVLHDQEVDRRTCVPMNHLWPD 640 650 660 670 680 690 640 650 660 670 680 690 KIAA16 QKGFLEVSNSPLSEEAVLGFEYGMSIESPKLLPLWEAQFGDFFNGAQIIFDTFISGGEAK : . : :: ::: .::::: :... ::. : ::::::::: : :: :.: ::: :.:: KIAA12 QAPYT-VCNSSLSEYGVLGFELGYAMASPNALVLWEAQFGDFHNTAQCIIDQFISTGQAK 700 710 720 730 740 750 700 710 720 730 740 KIAA16 WLLQSGIVILLPHGYDGAGPDHSSCRIERFLQMCDSAEEGVDGDT----------VNMFV :. ..:::.:::::..: ::.::: : :::::: .. .. . : : .: KIAA12 WVRHNGIVLLLPHGMEGMGPEHSSARPERFLQMSNDDSDAYPAFTKDFEVSQLYDCNWIV 760 770 780 790 800 810 750 760 770 780 790 800 KIAA16 VHPTTPAQYFHLLRRQMVRNFRKPLIVASPKMLLRLPAAVSTLQEMAPGTTFNPVI---G :. .:::.:::.::::.. ::::::. .:: ::: : : :....:. ::.:. :: : KIAA12 VNCSTPANYFHVLRRQILLPFRKPLIIFTPKSLLRHPEAKSSFDQMVSGTSFQRVIPEDG 820 830 840 850 860 870 810 820 830 840 850 860 KIAA16 DSSVDPKKVKTLVFCSGKHFYSLVKQRESLGAKKHDFAIIRVEELCPFPLDSLQQEMSKY .. :..:. :.::.:: .:.:::.: : ... :: :.:.. :::.: ..:: :: KIAA12 AAARAPEQVQRLIFCTGKVYYDLVKERSSQDLEEK-VAITRLEQISPFPFDLIKQEAEKY 880 890 900 910 920 930 870 880 890 900 KIAA16 KHVKDHIWSQEEPQNMGPWSFVSPRFEKQLACKSNF . . : ::: .::: ....:::: KIAA12 PGA-ELAWCQEEHKNMGYYDYISPRFMTILRRARPIWYVGRDPAAAPATGNRNTHLVSLK 940 950 960 970 980 990 901 residues in 1 query sequences 1986604 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:10:53 2008 done: Thu Dec 18 15:10:54 2008 Total Scan time: 0.630 Total Display time: 0.050 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]