# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh14247mrp1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1628.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1628, 980 aa vs ./tmplib.25089 library 1986525 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0546+/-0.00717; mu= 8.5593+/- 0.484 mean_var=194.1087+/-46.498, 0's: 0 Z-trim: 14 B-trim: 149 in 1/39 Lambda= 0.092056 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1132 ( 2092 res) hh01132s1 (2092) 258 47.8 1.7e-05 KIAA1514 ( 1598 res) fh00815(revised) (1598) 253 47.0 2.3e-05 KIAA1568 ( 1380 res) fh22308 (1380) 222 42.8 0.00037 KIAA1496 ( 920 res) fj09513 ( 920) 217 41.9 0.00045 KIAA0343 ( 1187 res) hg01457 (1187) 207 40.7 0.0013 KIAA1263 ( 850 res) hj00608 ( 850) 198 39.3 0.0024 KIAA1459 ( 853 res) fh16961 ( 853) 198 39.3 0.0024 KIAA0230 ( 1496 res) ha02538 (1496) 197 39.5 0.0039 KIAA1497 ( 730 res) hg01608 ( 730) 189 38.1 0.0051 >>KIAA1132 ( 2092 res) hh01132s1 (2092 aa) initn: 294 init1: 122 opt: 258 Z-score: 190.3 bits: 47.8 E(): 1.7e-05 Smith-Waterman score: 438; 22.979% identity (51.189% similar) in 631 aa overlap (65-662:729-1313) 40 50 60 70 80 90 KIAA16 GGQAWGTGGGGRDLSCGIPRSASPLAPLAAPAITQAPEALSRTRASTARFVCRASGEPRP : .. :. . .... . : ..: : : KIAA11 SLKHNGNYTCIASNAAATVSRERQLIVRVPPRFVVQPNNQDGIYGKAGVLNCSVDGYPPP 700 710 720 730 740 750 100 110 120 130 140 KIAA16 ALRWLH---NGAPLR--P---NGRVKVQGGGGSLVITQIGLQDAGYYQCVAENSAGMACA . : : .: : . : .::... .. ::.: .. .: ::: : : :..: . KIAA11 KVMWKHAKGSGNPQQYHPVPLTGRIQILPNS-SLLIRHVLEEDIGYYLCQASNGVGTDIS 760 770 780 790 800 810 150 160 170 180 190 KIAA16 AAS-LAVVVREGLPSAPTRVTATP-----LSSSA-----VLVAWERPE--MHSEQIIGFS . :.: . . : :. . : :. .: ... ::. . . .... .. KIAA11 KSMFLTVKIPAMITSHPNTTIAIKGHAKELNCTARGERPIIIRWEKGDTVIDPDRVMRYA 820 830 840 850 860 870 200 210 220 230 240 250 KIAA16 LHYQKARGMDNVEYQFAVNNDTTELQVRDLEPNTDYEFYVVAYSQLGASRTSTPALVHTL . : : :.: .. :... . . . : : .. : .: .:.. KIAA11 IA-TKDNG-DEV---------VSTLKLKPADRGDSVFFSCHAINSYGEDR----GLIQLT 880 890 900 910 920 260 270 280 290 300 310 KIAA16 DDVPSAAPQLSLSSPNPSDIRVAWLPLPPSLSNGQVVKYKIEYGLGKEDQIFSTEVRGNE . : :.: . . .. . : . :. .. . ::: ... :. .:. KIAA11 VQEPPDPPELEIREVKARSMNLRWTQRFDG--NSIITGFDIEYKNKSDSWDFKQSTRNIS 930 940 950 960 970 980 320 330 340 350 360 KIAA16 ---TQLMLNSLQPNKVYRVRISAGTAAGFGAPSQWMHHRTPSMHNQSHVPFAPA-ELKVQ .: . .:.: .:: .:. . . : . ::. . .. .. .: .: .. .: KIAA11 PTINQANIVDLHPASVYSIRMYSFNKIGRSEPSKEL-----TISTEEAAPDGPPMDVTLQ 990 1000 1010 1020 1030 370 380 390 400 410 420 KIAA16 -AKMESLVVSWQPPPHPTQ---ISGYKLYWREVGAEEEANGDRLPGGRGDQAWDVGPVRL . .:. :.:. : . : : ::.. .:: . ::. :. ... .. KIAA11 PVTSQSIQVTWKAPKKELQNGVIRGYQIGYRENS----------PGSNGQ--YSIVEMKA 1040 1050 1060 1070 1080 430 440 450 460 470 480 KIAA16 KKKVKQYELTQLVPGRLYEVKLVAFNKHEDGYAAVWKGKTEKAPAPDMPIQRGPPLPPAH . : : .: : : . :::. : .. .. . . :.: : :: . 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KIAA15 QAKGVPPPSITWYKDAAVVEVEKLTRFRQRNDGGLQISGLVPDDTGMFQCFARNAAGE-- 10 20 30 40 50 60 50 60 70 80 90 100 KIAA16 SCGIPRSASPLAPLAAPAITQAPEALSRTRASTARFVCRASGEPRPALRWLHNGAPLRPN . :. . :: ::..: . . .. ..:..:: ::::. : ..: . . KIAA15 ---VQTSTYLAVTSIAPNITRGPLDSTVIDGMSVVLACETSGAPRPAITW-QKGERILAS 70 80 90 100 110 120 110 120 130 140 150 160 KIAA16 GRVKVQG----GGGSLVITQIGLQDAGYYQCVAENSAGMACAAASLAVVVREGLPSAPTR : :.. .:::.:. ..::: : :.: :: :. :.:.:.: .: :: KIAA15 GSVQLPRFTPLESGSLLISPTHISDAGTYTCLATNSRGVDEASADLVVWAR-------TR 130 140 150 160 170 170 180 190 200 210 220 KIAA16 VTATPLSSSAV---LVAWERPEMHSEQIIGFSLHYQKARGMDNVEYQFAVNNDTT-ELQV .: : ..:.. .. :. .. . ..: . ..: . . : . :.. KIAA15 ITKPPQDQSVIKGTQASMVCGVTHDPRVT-IRYIWEKDGATLGTESHPRIRLDRNGSLHI 180 190 200 210 220 230 230 240 250 260 270 280 KIAA16 RDLEPNTDYEFYVVAYSQLGASRTSTPALVHTLDDVPSAAPQLSLSSPNPSDIRVAWLPL . . . . : : . :. :. : .: : .::. . : ..: KIAA15 SQTWSGDIGTYTCRVISAGGNDSRSAHLRVRQLPHAPEH-PVATLSTVERRAINLTWT-- 240 250 260 270 280 290 290 300 310 320 330 KIAA16 PPSLSNGQVVKYKIEYGLGKEDQ-IFSTEVRGNETQLMLNSLQPNKVYRVRISAGTAAGF : .:. ...: .:.. .. .. . : . :.. ...: : . :. :. : . .: KIAA15 KPFDGNSPLIRYILEMSENNAPWTVLLASVDPKATSVTVKGLVPARSYQFRLCAVNDVGK 300 310 320 330 340 350 340 350 360 370 380 390 KIAA16 GAPSQWMHHRTPSMHNQSHVPFAPAELKVQA--KMESLVVSWQPPPHPTQ---ISGYKLY : :. : . . : :: . . . .:....:::::. : ..:: . KIAA15 GQFSK----DTERVSLPEEPPTAPPQNVIASGRTNQSIMIQWQPPPESHQNGILKGYIIR 360 370 380 390 400 400 410 420 430 440 450 KIAA16 WREVGAEEEANGDRLPGGRGDQAWDVGPVRLKKKVKQYELTQLVPGRLYEVKLVAFNKHE . .: :: : : .. . :.. : .:. ::....:.:. KIAA15 YCLAG---------LPVGY--QFKNITDA----DVNNLLLEDLIIWTNYEIEVAAYNSAG 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 KIAA16 DGYAAVWKGKTEKAPAPDMPIQRGPPLPPAHVHAESNSSTSIWLRWKKPDFTTVKIVNYT : :...:. . .: : .::..::::...::.: . :. :. .. .: KIAA15 LG---VYSSKVT-----EWTLQGVPTVPPGNVHAEATNSTTIRFTWNAPSPQFINGINQG 460 470 480 490 500 520 530 540 550 560 KIAA16 VRFSPW---GLRNASLVTYYTSSGEDILIG---GLKPFTKYEFAVQSHGVDMDGPFGSVV .. : .....:: . ..: .: ::: ::.: .: . ::: .. KIAA15 YKLIAWEPEQEEEVTMVTARPNFQDSIHVGFVSGLKKFTEYFTSVLCFTTPGDGPRSTPQ 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 KIAA16 ERSTLPDRPSTPPSDLRLSPLTPSTVRLHWCPPTEPNGEIVEYLIL---YSSNHTQPEHQ : : :. : . : .: . ..... : : : :: .. : : :. ..:. : KIAA15 LVRTHEDVPG-PVGHLSFSEILDTSLKVSWQEPGEKNGILTGYRISWEEYNRTNTRVTHY 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 KIAA16 WTLLTTQGNIFSAEVHGLESDTRYFFKMGARTEVGPGPFSRLQDVITLQEKLSDSLDMHS .: . .: :: . : : ....: : : : : KIAA15 LPNVTLE-----YRVTGLTALTTYTIEVAAMTSKGQGQVSASTISSGVPPELPGPPTNLG 630 640 650 660 670 690 700 710 720 730 740 KIAA16 VTGIIVGVCLGLLCLLACMCAGLRRSPHRESLPGLSSTATPGNPALYSRARLGPPSPPAA KIAA15 ISNIGPRSVTLQFRPGYDGKTSISRWLVEAQVGVVGEGEEWLLIHQLSNEPDARSMEVPD 680 690 700 710 720 730 >>KIAA1568 ( 1380 res) fh22308 (1380 aa) initn: 207 init1: 94 opt: 222 Z-score: 166.6 bits: 42.8 E(): 0.00037 Smith-Waterman score: 311; 26.075% identity (53.495% similar) in 372 aa overlap (65-395:420-780) 40 50 60 70 80 90 KIAA16 GGQAWGTGGGGRDLSCGIPRSASPLAPLAAPAITQAPEALSRTRASTARFVCRASGEPRP : : :.: . . .:: . :.:.:.: : KIAA15 YYICQALTVAGSILAKAQLEVTDVLTDRPPPIILQGPANQTLAVDGTALLKCKATGDPLP 390 400 410 420 430 440 100 110 120 130 140 150 KIAA16 ALRWLHNGA--PLR-PNGRVKVQGGGGSLVITQIGLQDAGYYQCVAENSAGMACAAASL- .. ::..: : : : . .. :: .: : .. ..:.: : ::: .:.: . .: : KIAA15 VISWLKEGFTFPGRDPRATIQEQG---TLQIKNLRISDTGTYTCVATSSSGETSWSAVLD 450 460 470 480 490 500 160 170 180 190 200 KIAA16 -----AVVVRE----GLPSAPTRVTATPLSSSAVLVAWERPEMHSEQIIGFSLHYQKARG :.. .. ::. :.. .: .....: ..:. : . . . ... KIAA15 VTESGATISKNYDLSDLPGPPSKPQVTDVTKNSVTLSWQ-PGTPGTLPASAYIIEAFSQS 510 520 530 540 550 560 210 220 230 240 250 260 KIAA16 MDNVEYQFAVNNDTTELQVRDLEPNTDYEFYVVAYSQLGASRTSTPAL-VHTLDDVPSAA ..: : . :: :: :.::: : :.: : . : : : . :.: : : : KIAA15 VSNSWQTVANHVKTTLYTVRGLRPNTIYLFMVRAINPQGLSDPSPMSDPVRTQDISPPAQ 570 580 590 600 610 620 270 280 290 300 KIAA16 P----QLS---------LSSP---NPSDIRVAW-LPLPPSLSNGQVVKYKIEYGLGKED- :.. : .: .:. ..:.: . :.. .: : :. :: . KIAA15 GVDHRQVQKELGDVLVRLHNPVVLTPTTVQVTWTVDRQPQFIQGYRVMYRQTSGLQATSS 630 640 650 660 670 680 310 320 330 340 350 360 KIAA16 -QIFSTEVRGNETQLMLNSLQPNKVYRVRISAGTAAGFGAPSQWMHHRTPSMHNQSHVPF : ....: ... ...: :. . .:.... . : : .. .... ..: KIAA15 WQNLDAKVPTERSAVLVN-LKKGVTYEIKVRP-----YFNEFQGMDSESKTVRTTEEAPS 690 700 710 720 730 370 380 390 400 410 KIAA16 APAE----LKVQA-KMESLVVSWQPPPHPTQ---ISGYKLYWREVGAEEEANGDRLPGGR :: . : : . . :. :::.::: : :. ::. : KIAA15 APPQSVTVLTVGSYNSTSISVSWDPPPPDHQNGIIQEYKI-WCLGNETRFHINKTVDAAI 740 750 760 770 780 790 420 430 440 450 460 470 KIAA16 GDQAWDVGPVRLKKKVKQYELTQLVPGRLYEVKLVAFNKHEDGYAAVWKGKTEKAPAPDM KIAA15 RSVIIGGLFPGIQYRVEVAASTSAGVGVKSEPQPIIIGRRNEVVITENNNSITEQITDVV 800 810 820 830 840 850 >>KIAA1496 ( 920 res) fj09513 (920 aa) initn: 355 init1: 113 opt: 217 Z-score: 165.1 bits: 41.9 E(): 0.00045 Smith-Waterman score: 437; 22.158% identity (53.813% similar) in 695 aa overlap (3-672:155-790) 10 20 30 KIAA16 MGRRKGRSALSRSSLERVNQGEVKVIGRGARE : : :. .:.. . : ... . .. KIAA14 FPETLPAAKGSTVKLECFALGNPIPQINWRRSDGLPFSSKIKLRKFS-GVLEIPNFQQED 130 140 150 160 170 180 40 50 60 70 80 90 KIAA16 GGGGQAWGTGGGGRDLSCGIPRSASPLAPLAAPAITQAPEALSRTRASTARFVCRASGEP .:. . . .. :.... : : :. : : .: . . . .. . :::::.: KIAA14 AGSYECIAENSRGKNVARG--R----LTYYAKPHWVQLIKDVEIAVEDSLYWECRASGKP 190 200 210 220 230 100 110 120 130 140 150 KIAA16 RPALRWLHNGAPLRPNGRVKVQGGGGSLVITQIGLQDAGYYQCVAENSAGMACAAASLAV .:. :::.::: : . :.....: .:.:..... :.:..::.:::. :.. ..: : : KIAA14 KPSYRWLKNGAALVLEERTQIENG--ALTISNLSVTDSGMFQCIAENKHGLVYSSAELKV 240 250 260 270 280 290 160 170 180 190 200 KIAA16 VVREGLPSAPTRVTATPLSS-----SAVLVAWE-RPEMHSEQIIGFSLHYQKARGMDNVE :. ::: . .:... . ::. . .:. . .: : .. : KIAA14 VA-----SAPD-FSKNPMKKLVQVQVGSLVSLDCKPRASPR-----ALSSWKKGDVSVQE 300 310 320 330 340 210 220 230 240 250 260 KIAA16 YQ-FAVNNDTTELQVRDLEPNTDYEFYVVAYSQLGASRTSTPALVHTLDDVPSAAPQLSL .. ... :: :.. .. . .: .:.: . .: : . :. ...: KIAA14 HERISLLNDGG-LKIANVTKADAGTYTCMAENQFGKANGTT----HLVVTEPT---RITL 350 360 370 380 390 270 280 290 300 310 320 KIAA16 SSPNPSDIRVAWLPLPPSLSNGQVVKYKIEYGLGKEDQIFSTEVRGNETQLMLNSLQPNK . ::.. : :.... .. .... : ::. : ... .. . .: KIAA14 A---PSNMDV-------SVGESVILPCQVQHD-PLLDIIFTWYFNGALADFKKDGSHFEK 400 410 420 430 440 330 340 350 360 370 380 KIAA16 VYRVRISAGTAAGFGAPSQWMHHRTPSMHNQSHVPFAPAELKVQAKMESLVVSWQP-PPH : .:...: . : . :. ..: .. . . .. .:.: .: ::. KIAA14 V------GGSSSG-----DLMIRNIQLKHSGKYVCMVQTGVDSVSSAADLIVRGSPGPPE 450 460 470 480 490 390 400 410 420 430 KIAA16 PTQI-----SGYKLYWREVGAEEEAN------GDRLPGGRGDQAWDVGPVRLKKKVKQYE ... . .: :.: : .... : : . : :. . : . :.. KIAA14 NVKVDEITDTTAQLSWKE-GKDNHSPVISYSIQARTPFSVGWQTVTTVPEVIDGKTHTAT 500 510 520 530 540 550 440 450 460 470 480 490 KIAA16 LTQLVPGRLYEVKLVAFNKHEDGYAAVWKGKTEKAPAPDMPIQRGPPLPPAHVHAESNSS ...: : :: ..:: :: : .. . :.. : : .::..:.. ..: KIAA14 VVELNPWVEYEFRVVASNKIGGGEPSLPSEKVRTEEAV-------PEVPPSEVNGGGGSR 560 570 580 590 600 500 510 520 530 540 KIAA16 TSIWLRWKK-PD-FTTVKIVNYTVRFSPWGLRN--ASLVTYYTSSGEDILIGGLKPFTKY . . . : :. . . . .:.: : : :. . ..:: . . .. :.. : KIAA14 SELVITWDPVPEELQNGEGFGYVVAFRPLGVTTWIQTVVTSPDTPRYVFRNESIVPYSPY 610 620 630 640 650 660 550 560 570 580 590 600 KIAA16 EFAVQSHGVDMDGPFGSVVERSTLPDRPSTPPSDLRLSPLTPSTVRLHWC--PPTEPNGE : : .. .:::. :. . ..:.. ::.. . :. : ... : : ::. KIAA14 EVKVGVYNNKGEGPFSPVTTVFSAEEEPTVAPSQVSANSLSSSEIEVSWNTIPWKLSNGH 670 680 690 700 710 720 610 620 630 640 650 660 KIAA16 IVEYLILYSSNHTQPEHQWTLLTTQGNIFSAEVHGLESDTRYFFKMGARTEVGPGPFSRL .. : . : .. . : . . . . :: ::...::.:. :. . : . .: :::: KIAA14 LLGYEVRYWNGGGKEESS-SKMKVAGNETSARLRGLKSNLAYYTAVRAYNSAGAGPFSAT 730 740 750 760 770 780 670 680 690 700 710 720 KIAA16 QDVITLQEKLSDSLDMHSVTGIIVGVCLGLLCLLACMCAGLRRSPHRESLPGLSSTATPG .: : KIAA14 VNVTTKKTPPSQPPGNVVWNATDTKVLLNWEQVKAMENESEVTGYKVFYRTSSQNNVQVL 790 800 810 820 830 840 >>KIAA0343 ( 1187 res) hg01457 (1187 aa) initn: 429 init1: 131 opt: 207 Z-score: 156.6 bits: 40.7 E(): 0.0013 Smith-Waterman score: 431; 24.305% identity (51.977% similar) in 683 aa overlap (65-711:442-1076) 40 50 60 70 80 90 KIAA16 GGQAWGTGGGGRDLSCGIPRSASPLAPLAAPAITQAPEALSRTRASTARFV-CRASGEPR : : ..: .. :. .. : : : KIAA03 ERSSAVYQCNASNEYGYLLANAFVNVLAEPPRILTPANTLYQVIANRPALLDCAFFGSPL 420 430 440 450 460 470 100 110 120 130 140 150 KIAA16 PALRWLHN--GAPLRPNGRVKVQGGGGSLVITQIGLQDAGYYQCVAENSAGMACAAASLA :...:... :. :. . . : .:.: : ...: : :::.:. ::: . : KIAA03 PTIEWFKGAKGSALHED--IYVLHENGTLEIPVAQKDSTGTYTCVARNKLGMAKNEVHLE 480 490 500 510 520 160 170 180 190 200 210 KIAA16 VVVREGLPSAPTRVTATPLSSSAVLVAWERPEMHSEQIIGFSLHYQKARGMDNVEYQFAV . . . : ... . . .:..: :.. . : . : . . : .:.: KIAA03 IKDATWIVKQPEYAVV----QRGSMVSFECKVKHDHTLSLTVLWLKDNRELPSDE-RFTV 530 540 550 560 570 580 220 230 240 250 260 KIAA16 NNDTTELQVRDLEPNTDYEFYVVAYSQLGASRTS----------TPALVHTLDDVPSAAP ..: .: : :. . . . :: . : . .: ::: :. :::. 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KIAA14 NGQAPPPVFLPLHHPPGKL--PEPQFYAQPHT-YEEPGRAGRSFTREIEASRIHIEKIIG 440 450 460 470 480 490 800 810 820 830 840 850 KIAA16 WAQPSGLSWAGSWAGCELPQAGPRPALTRALLPPAGTGQTLLLQALVYDAIKGNGRKKSP :: : .. ..: :. .:: KIAA14 ----SGDSGEVCYGRLRVPGQRDVPVAIKALKAGYTERQRRDFLSEASIMGQFDHPNIIR 500 510 520 530 540 860 870 880 890 900 910 KIAA16 PACRNQVEAEVIVHSDFSASNGNPDLHLQDLEPEDPLPPEAPDLISGVGDPGQGAAWLDR KIAA14 LEGVVTRGRLAMIVTEYMENGSLDTFLRTHDGQFTIMQLVGMLRGVGAGMRYLSDLGYVH 550 560 570 580 590 600 >>KIAA0230 ( 1496 res) ha02538 (1496 aa) initn: 241 init1: 113 opt: 197 Z-score: 148.2 bits: 39.5 E(): 0.0039 Smith-Waterman score: 199; 30.275% identity (66.055% similar) in 109 aa overlap (61-165:538-645) 40 50 60 70 80 90 KIAA16 REGGGGQAWGTGGGGRDLSCGIPRSASPLAPLAAPAITQAPEALSRTRASTARFVCRASG : ..:.... : . ...... : ..: KIAA02 GVALHDQGQYECQAVNIIGSQKVVAHLTVQPRVTPVFASIPSDTTVEVGANVQLPCSSQG 510 520 530 540 550 560 100 110 120 130 140 150 KIAA16 EPRPALRWLHNGAPLRPNGRVKVQGGGGSLVITQIGLQDAGYYQCVAENSAGMACAAASL ::.::. : ..:. . .:. ... : :.:...: ::: :.:::.:. : : .. : KIAA02 EPEPAITWNKDGVQVTESGKFHISPEG-FLTINDVGPADAGRYECVARNTIGSASVSMVL 570 580 590 600 610 620 160 170 180 190 200 KIAA16 AV----VVREGLPSAPTRVTATPLSSSAVLVAWERPEMHSEQIIGFSLHYQKARGMDNVE .: : :.: : . : . 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