# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj04505.fasta.nr -Q ../query/KIAA1621.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1621, 787 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7823263 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3138+/-0.000184; mu= 12.5143+/- 0.010 mean_var=72.1651+/-14.129, 0's: 36 Z-trim: 68 B-trim: 17 in 1/64 Lambda= 0.150977 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|168278929|dbj|BAG11344.1| protocadherin beta 16 ( 776) 5044 1108.3 0 gi|13876376|gb|AAK21988.1| protocadherin beta 8a [ ( 776) 5007 1100.2 0 gi|108885347|sp|Q9NRJ7.2|PCDBG_HUMAN RecName: Full ( 776) 5002 1099.1 0 gi|8926619|gb|AAF81914.1|AF217757_1 protocadherin ( 776) 4983 1095.0 0 gi|23271279|gb|AAH36062.1| Protocadherin beta 16 [ ( 776) 4965 1091.1 0 gi|114602306|ref|XP_001146165.1| PREDICTED: protoc ( 776) 4949 1087.6 0 gi|109079041|ref|XP_001091535.1| PREDICTED: protoc ( 776) 4686 1030.3 0 gi|194219828|ref|XP_001504126.2| PREDICTED: simila ( 795) 4395 966.9 0 gi|194668981|ref|XP_869286.3| PREDICTED: similar t ( 799) 4264 938.4 0 gi|62510888|sp|Q5DRD6.1|PCDBD_PANTR RecName: Full= ( 798) 4011 883.3 0 gi|114602284|ref|XP_001144937.1| PREDICTED: protoc ( 798) 4010 883.1 0 gi|145559514|sp|Q9UN66.3|PCDB8_HUMAN RecName: Full ( 801) 3990 878.7 0 gi|119582380|gb|EAW61976.1| protocadherin beta 8 [ ( 801) 3990 878.7 0 gi|62510878|sp|Q5DRC6.1|PCDB8_PANTR RecName: Full= ( 801) 3984 877.4 0 gi|11142063|gb|AAD43762.2|AF152501_1 protocadherin ( 801) 3980 876.5 0 gi|62510887|sp|Q5DRD5.1|PCDBE_PANTR RecName: Full= ( 798) 3979 876.3 0 gi|13431377|sp|Q9Y5E6.1|PCDB3_HUMAN RecName: Full= ( 796) 3971 874.6 0 gi|62510883|sp|Q5DRD1.1|PCDB3_PANTR RecName: Full= ( 796) 3970 874.4 0 gi|85396890|gb|AAI04818.1| Protocadherin beta 3 [H ( 796) 3968 873.9 0 gi|13431380|sp|Q9Y5E9.1|PCDBE_HUMAN RecName: Full= ( 798) 3963 872.8 0 gi|68532427|gb|AAH98144.1| PCDHB14 protein [Homo s ( 797) 3956 871.3 0 gi|119582372|gb|EAW61968.1| protocadherin beta 15 ( 787) 3946 869.1 0 gi|62510884|sp|Q5DRD2.1|PCDB2_PANTR RecName: Full= ( 798) 3945 868.9 0 gi|13431381|sp|Q9Y5F0.1|PCDBD_HUMAN RecName: Full= ( 798) 3944 868.7 0 gi|24416520|gb|AAH38797.1| Protocadherin beta 15 [ ( 787) 3940 867.8 0 gi|13431379|sp|Q9Y5E8.1|PCDBF_HUMAN RecName: Full= ( 787) 3940 867.8 0 gi|189053489|dbj|BAG35655.1| unnamed protein produ ( 787) 3940 867.8 0 gi|62510885|sp|Q5DRD3.1|PCDBF_PANTR RecName: Full= ( 787) 3939 867.6 0 gi|194382270|dbj|BAG58890.1| unnamed protein produ ( 802) 3938 867.4 0 gi|158259103|dbj|BAF85510.1| unnamed protein produ ( 798) 3936 866.9 0 gi|109079018|ref|XP_001090814.1| PREDICTED: protoc ( 796) 3930 865.6 0 gi|109078990|ref|XP_001089770.1| PREDICTED: protoc ( 798) 3927 865.0 0 gi|119582382|gb|EAW61978.1| protocadherin beta 6 [ ( 794) 3922 863.9 0 gi|189054431|dbj|BAG37204.1| unnamed protein produ ( 798) 3922 863.9 0 gi|109079028|ref|XP_001091051.1| PREDICTED: simila ( 801) 3922 863.9 0 gi|13431378|sp|Q9Y5E7.1|PCDB2_HUMAN RecName: Full= ( 798) 3921 863.7 0 gi|114602248|ref|XP_001144032.1| PREDICTED: protoc ( 798) 3914 862.2 0 gi|62089076|dbj|BAD92982.1| protocadherin beta 2 p ( 784) 3912 861.7 0 gi|13431374|sp|Q9Y5E3.1|PCDB6_HUMAN RecName: Full= ( 794) 3912 861.7 0 gi|109079059|ref|XP_001092245.1| PREDICTED: protoc ( 787) 3911 861.5 0 gi|68534244|gb|AAH98575.1| Protocadherin beta 2 [H ( 798) 3910 861.3 0 gi|13876294|gb|AAK26067.1| protocadherin beta 17 [ ( 799) 3909 861.1 0 gi|189069234|dbj|BAG36266.1| unnamed protein produ ( 794) 3908 860.8 0 gi|62510880|sp|Q5DRC8.1|PCDB6_PANTR RecName: Full= ( 794) 3906 860.4 0 gi|62510881|sp|Q5DRC9.1|PCDB5_PANTR RecName: Full= ( 795) 3906 860.4 0 gi|114602272|ref|XP_001144780.1| PREDICTED: protoc ( 795) 3903 859.8 0 gi|13431375|sp|Q9Y5E4.1|PCDB5_HUMAN RecName: Full= ( 795) 3902 859.5 0 gi|109079047|ref|XP_001091889.1| PREDICTED: protoc ( 798) 3902 859.5 0 gi|149017304|gb|EDL76355.1| rCG49511 [Rattus norve ( 799) 3902 859.5 0 gi|194219820|ref|XP_001502241.2| PREDICTED: simila ( 795) 3900 859.1 0 >>gi|168278929|dbj|BAG11344.1| protocadherin beta 16 pre (776 aa) initn: 5044 init1: 5044 opt: 5044 Z-score: 5931.3 bits: 1108.3 E(): 0 Smith-Waterman score: 5044; 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