# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj14720.fasta.nr -Q ../query/KIAA1619.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1619, 869 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7820270 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6570+/-0.000196; mu= 12.2278+/- 0.011 mean_var=102.9390+/-19.625, 0's: 40 Z-trim: 52 B-trim: 110 in 1/67 Lambda= 0.126411 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|56462541|emb|CAI10916.1| sema domain, immunoglo ( 843) 5728 1055.8 0 gi|13633937|sp|Q9NTN9.1|SEM4G_HUMAN RecName: Full= ( 838) 5676 1046.3 0 gi|109090285|ref|XP_001109124.1| PREDICTED: sema d ( 844) 5656 1042.6 0 gi|109090287|ref|XP_001109068.1| PREDICTED: semaph ( 839) 5604 1033.1 0 gi|194205755|ref|XP_001916730.1| PREDICTED: sema d ( 844) 5460 1006.9 0 gi|151554276|gb|AAI48104.1| SEMA4G protein [Bos ta ( 844) 5396 995.2 0 gi|73998651|ref|XP_543973.2| PREDICTED: similar to ( 840) 5379 992.1 0 gi|149040257|gb|EDL94295.1| sema domain, immunoglo ( 837) 5260 970.4 0 gi|8134702|sp|Q9WUH7.1|SEM4G_MOUSE RecName: Full=S ( 837) 5207 960.7 0 gi|148709996|gb|EDL41942.1| sema domain, immunoglo ( 776) 4600 850.0 0 gi|126273501|ref|XP_001379491.1| PREDICTED: simila ( 840) 4458 824.1 0 gi|118763944|gb|AAI28580.1| SEMA4G protein [Homo s ( 702) 3869 716.7 8.8e-204 gi|194386986|dbj|BAG59859.1| unnamed protein produ ( 552) 3555 659.3 1.3e-186 gi|119570187|gb|EAW49802.1| sema domain, immunoglo ( 458) 3060 568.9 1.7e-159 gi|47123219|gb|AAH70859.1| MGC84614 protein [Xenop ( 830) 2140 401.4 8.3e-109 gi|114632485|ref|XP_507985.2| PREDICTED: similar t ( 536) 1857 349.6 2.1e-93 gi|189526148|ref|XP_693092.3| PREDICTED: similar t ( 879) 1858 350.0 2.6e-93 gi|47220634|emb|CAG06556.1| unnamed protein produc ( 836) 1852 348.9 5.4e-93 gi|50415520|gb|AAH78116.1| Unknown (protein for MG ( 834) 1828 344.5 1.1e-91 gi|134054524|emb|CAM73256.1| unnamed protein produ ( 863) 1828 344.5 1.1e-91 gi|148682548|gb|EDL14495.1| mCG17761, isoform CRA_ ( 914) 1824 343.8 2e-91 gi|126303453|ref|XP_001379915.1| PREDICTED: simila ( 832) 1822 343.4 2.4e-91 gi|8134699|sp|Q64151.1|SEM4C_MOUSE RecName: Full=S ( 834) 1820 343.0 3.1e-91 gi|122891339|emb|CAM14131.1| novel protein similar ( 811) 1809 341.0 1.2e-90 gi|194671303|ref|XP_604387.4| PREDICTED: similar t ( 833) 1806 340.5 1.8e-90 gi|149046375|gb|EDL99268.1| sema domain, immunoglo ( 834) 1805 340.3 2e-90 gi|109103896|ref|XP_001100467.1| PREDICTED: semaph ( 833) 1792 337.9 1.1e-89 gi|119591731|gb|EAW71325.1| sema domain, immunoglo ( 886) 1791 337.8 1.3e-89 gi|47606208|sp|Q9C0C4.2|SEM4C_HUMAN RecName: Full= ( 833) 1789 337.4 1.5e-89 gi|37182802|gb|AAQ89201.1| SEMA4C [Homo sapiens] ( 833) 1789 337.4 1.5e-89 gi|73970098|ref|XP_538464.2| PREDICTED: similar to ( 849) 1780 335.8 4.9e-89 gi|47223294|emb|CAF98678.1| unnamed protein produc ( 870) 1761 332.3 5.5e-88 gi|114579013|ref|XP_515634.2| PREDICTED: semaphori ( 858) 1718 324.5 1.2e-85 gi|194224945|ref|XP_001493931.2| PREDICTED: simila ( 937) 1549 293.7 2.5e-76 gi|74210023|dbj|BAE21302.1| unnamed protein produc ( 814) 1533 290.7 1.7e-75 gi|49248072|gb|AAH49780.2| Sema domain, immunoglob ( 861) 1533 290.7 1.8e-75 gi|8134689|sp|O09126.1|SEM4D_MOUSE RecName: Full=S ( 861) 1523 288.9 6.3e-75 gi|194041392|ref|XP_001928494.1| PREDICTED: simila ( 865) 1496 284.0 1.9e-73 gi|68533115|dbj|BAE06112.1| SEMA4D variant protein ( 870) 1495 283.8 2.2e-73 gi|114625455|ref|XP_001141771.1| PREDICTED: semaph ( 928) 1494 283.6 2.6e-73 gi|118104200|ref|XP_424426.2| PREDICTED: similar t ( 845) 1487 282.3 5.9e-73 gi|37927181|pdb|1OLZ|A Chain A, The Ligand-Binding ( 663) 1485 281.9 6.4e-73 gi|119583171|gb|EAW62767.1| hCG1985052, isoform CR ( 853) 1486 282.1 6.8e-73 gi|168270916|dbj|BAG10251.1| semaphorin-4D precurs ( 862) 1486 282.1 6.8e-73 gi|8134701|sp|Q92854.1|SEM4D_HUMAN RecName: Full=S ( 862) 1485 282.0 7.7e-73 gi|109112122|ref|XP_001090890.1| PREDICTED: semaph ( 862) 1483 281.6 9.9e-73 gi|32493365|gb|AAH54500.1| Sema domain, immunoglob ( 862) 1478 280.7 1.9e-72 gi|47219866|emb|CAF97136.1| unnamed protein produc ( 835) 1473 279.8 3.4e-72 gi|26353700|dbj|BAC40480.1| unnamed protein produc ( 799) 1470 279.2 4.9e-72 gi|126333806|ref|XP_001375624.1| PREDICTED: simila ( 678) 1467 278.6 6.3e-72 >>gi|56462541|emb|CAI10916.1| sema domain, immunoglobuli (843 aa) initn: 5728 init1: 5728 opt: 5728 Z-score: 5646.0 bits: 1055.8 E(): 0 Smith-Waterman score: 5728; 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