# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj20142.fasta.huge -Q ../query/KIAA1608.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1608, 872 aa vs ./tmplib.25089 library 1986633 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.4358+/-0.0106; mu= -18.8588+/- 0.710 mean_var=580.4989+/-138.073, 0's: 0 Z-trim: 13 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.053232 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1277 ( 1039 res) fj11251 (1039) 344 41.9 0.00046 KIAA0309 ( 3053 res) hg00096s1 (3053) 314 40.1 0.0047 KIAA1091 ( 1359 res) hk04373 (1359) 297 38.4 0.0068 >>KIAA1277 ( 1039 res) fj11251 (1039 aa) initn: 303 init1: 303 opt: 344 Z-score: 164.8 bits: 41.9 E(): 0.00046 Smith-Waterman score: 344; 31.609% identity (66.092% similar) in 174 aa overlap (29-197:728-901) 10 20 30 40 50 KIAA16 QQTEIRVLPLIFRSEELLLYLKENQWNELLETLHKLPIPDPGVSV----HLSVHSYFT :.... . :.: : .. : . . 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