# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj10228.fasta.huge -Q ../query/KIAA1601.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1601, 690 aa vs ./tmplib.25089 library 1986815 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.9904+/-0.00974; mu= -16.5661+/- 0.654 mean_var=503.9977+/-123.171, 0's: 0 Z-trim: 24 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.057129 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1793 ( 1270 res) fj07087 (1270) 430 50.9 8.5e-07 KIAA1565 ( 1313 res) bf00184 (1313) 334 43.0 0.00021 KIAA1319 ( 1208 res) fh13717 (1208) 322 42.0 0.00039 KIAA0635 ( 864 res) hj03253 ( 864) 295 39.6 0.0015 KIAA1749 ( 1047 res) pj02119y1 (1047) 283 38.7 0.0033 KIAA1937 ( 704 res) fk04595 ( 704) 277 38.0 0.0037 KIAA1334 ( 989 res) fh15842 ( 989) 272 37.7 0.006 KIAA0619 ( 1428 res) hg04117 (1428) 274 38.1 0.0068 KIAA1275 ( 1140 res) hk10413 (1140) 271 37.7 0.007 KIAA1561 ( 1416 res) fh20178s1 (1416) 272 37.9 0.0075 KIAA0949 ( 1559 res) af07325 (1559) 272 38.0 0.008 KIAA0373 ( 1540 res) hh00281 (1540) 271 37.9 0.0084 KIAA0336 ( 1635 res) hg01120 (1635) 271 37.9 0.0087 >>KIAA1793 ( 1270 res) fj07087 (1270 aa) initn: 353 init1: 307 opt: 430 Z-score: 213.9 bits: 50.9 E(): 8.5e-07 Smith-Waterman score: 430; 30.986% identity (63.380% similar) in 355 aa overlap (313-655:129-470) 290 300 310 320 330 340 KIAA16 VEGHLTKAVEETKLSKENQTRAKESDFSDTLSPSKEKSSDDTTDAQMDEQDLNEPLAKVS : .:. .. ... .:..... . : KIAA17 EGCERKKGQRWGSLERRGMQAMEGEVLLPALYEEEEEEEEEEEEVEEEEEQVQKGGSVGS 100 110 120 130 140 150 350 360 370 380 390 KIAA16 LLKDDLQG---AQSEIEA-KQEIQHLRKELIEAQELARTSKQKCFELQALLEEERKAYRN : . .: ...:.: . .. .: :: :..::: .. .:::.:::.:: : . 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KIAA06 SREIAFKENRRLQDDLATMARENQEISLELEAAVQEKEEMKSRVHKYITEVSRWESLMAA 540 550 560 570 580 590 490 500 510 520 530 540 KIAA16 YEKEITSLQNSFQLRCQQCEDQQREEATRLQGELEKLRKEWNALETECHSLKRENVLLSS ::: .: . ::. .. :: . . : . .:: ..: : ...:: . :... :: . KIAA06 KEKENQDLLDRFQMLHNRAEDWEVK-AHQAEGESSSVRLELLSIDTERRHLRERVELLEK 600 610 620 630 640 650 550 560 570 580 590 600 KIAA16 ELQRQEKELHNSQKQSLELTSDLSILQMSRKELENQVGSLKEQHLRDSADLKTLLSKAEN :.:.. . : ..: ... .: :. .::..: : : : ..:. : : .. KIAA06 EIQEHINAHHAYESQISSMAKAMSRLE---EELRHQEDE-KATVLNDLSSLRELCIKLDS 660 670 680 690 700 710 610 620 630 640 650 660 KIAA16 QAKDVQKEYEKTQTVLSE-LKLKFEMTEQEKQSITDELKQCKNNLKLLREKGNNKPWPWM .::.. . ..... : . ...: ...:.. . .:.. ....: : KIAA06 -GKDIMTQQLNSKNLEFERVVVELENVKSESDLLKKQLSNERHTVKNLESLLATNRDKEF 720 730 740 750 760 670 680 690 KIAA16 PMLAALVAVTAIVLYVPGLARASP KIAA06 HSHLTSHEKDTEIQLLKEKLTLSESKLTSQSRENTMLRAKVAQLQTDYDALKRQISTERY 770 780 790 800 810 820 >>KIAA1749 ( 1047 res) pj02119y1 (1047 aa) initn: 146 init1: 92 opt: 283 Z-score: 149.4 bits: 38.7 E(): 0.0033 Smith-Waterman score: 379; 23.716% identity (57.100% similar) in 662 aa overlap (30-653:390-1004) 10 20 30 40 50 KIAA16 VSTIKLFLPDGMEARLRSDVIHAPLPSPVDKVAANTPSMYSQELFQLSQYLQEALHREQ ... :: . ::. .. ..: .: KIAA17 QKSKLTIEVAELQRQLQLEVKNQQNIKEERERMRANLEELRSQH----NEKVEENSTLQQ 360 370 380 390 400 410 60 70 80 90 100 110 KIAA16 MLEQKLATLQRLLAITQEASDTSWQALIDEDRLLSRLEVMGNQLQAC--SKNQTEDSLRK ::.. . :.. : ... : . : ..: : ..:.. :... . .: . KIAA17 RLEESEGELRKNLEELFQVKMEREQHQTEIRDLQDQLSEMHDELDSAKRSEDREKGALIE 420 430 440 450 460 470 120 130 140 150 160 170 KIAA16 ELIALQEDKHNYETTAKESLRRVLQEKIEVVRKLSEVERSLSNTEDECTHLKEMN---ER ::. ..: .. ::: . .:... :.:. .. .:. :. .: .::. :. KIAA17 ELLQAKQDLQDL-LIAKEEQEDLLRKR---ERELTALKGALK--EEVSSHDQEMDKLKEQ 480 490 500 510 520 180 190 200 210 220 230 KIAA16 TQEELRELANKYNGAVNEIKDLSDKLKVAEGKQE--EIQQKG-QAEKKELQHKIDEMEEK . ::. : .. . :..... :... ...: : :.. : : :...:: . .:.:.. KIAA17 YDAELQALRESVEEATKNVEVLASRSNTSEQDQAGTEMRVKLLQEENEKLQGRSEELERR 530 540 550 560 570 580 240 250 260 270 280 290 KIAA16 EQELQAKIEALQADNDFTNERLTALQEHLLSKSGGDCTFIHQFIECQKKLIVEGHLTKAV .:: .:: :..:. : .. :.: :. :.:. .. :. . : . KIAA17 VAQLQRQIEDLKGDE--------AKAKETLKKYEGE---IRQL---EEALVHARKEEKEA 590 600 610 620 630 300 310 320 330 340 350 KIAA16 EETKLSKENQTRAKESDFSDTLSPSKEKSSDDTTDAQMDEQDLNEPLAKVSLLKDDLQGA .. . ::. .: ....:.: . .:. : .... :: . ::..... KIAA17 VSARRALENELEAAQGNLSQTTQEQKQLSEKLKEESEQKEQ--------LRRLKNEMENE 640 650 660 670 680 360 370 380 390 400 KIAA16 QSEIEAKQEIQHLRKELIEAQELARTSKQKCFELQALLEEERKAYRNQVEESTKQIQ--V . .. . :..:.::. . : .::: .::: :.: .. : .. : .:.. . KIAA17 RWHL--GKTIEKLQKEMADIVEASRTST---LELQNQLDEYKEKNRRELAEMQRQLKEKT 690 700 710 720 730 740 410 420 430 440 450 460 KIAA16 LQAQLQRLHI----DTENLREEKDSEITSTRDELLSARDEILLLHQAAAKVASERDTDIA :.:. .:: : : ::. . ..:: :. :. ::.:. . : .. . KIAA17 LEAEKSRLTAMKMQDEMRLMEEELRDYQRAQDEALTKRQ---LLEQTLKDLEYELEAK-S 750 760 770 780 790 470 480 490 500 510 520 KIAA16 SLQEELKKVRAELERWRKAASEYEKEITSLQNSFQLRCQQCEDQQREEATRLQGELEKLR :... ... ..: .:. : :. .:. .: .. ...::. ....:: . : KIAA17 HLKDDRSRLVKQME---DKVSQLEMELEEERNNSDLLSERI-SRSREQMEQVRNELLQER 800 810 820 830 840 850 530 540 550 560 570 KIAA16 KEWNALETECHSLKRENVLLSSELQRQEKELHNSQK----------QSLE--LTS---DL . :: . ::.:.: :.:.. . : ..:.. :: : : : KIAA17 AARQDLECDKISLERQNKDLKSRIIHLEGSYRSSKEGLVVQMEARIAELEDRLESEERDR 860 870 880 890 900 910 580 590 600 610 620 KIAA16 SILQMSRKELENQVGSL----KEQHLR--DSADLKTLLSKA-ENQAKDVQKEYEKTQTVL . ::.: ..:: .: : ..:: :. : .: :: . :......: .. .. KIAA17 ANLQLSNRRLERKVKELVMQVDDEHLSLTDQKDQLSLRLKAMKRQVEEAEEEIDRLES-- 920 930 940 950 960 970 630 640 650 660 670 680 KIAA16 SELKLKFEMTEQE--KQSITDELKQCKNNLKLLREKGNNKPWPWMPMLAALVAVTAIVLY :. ::. :. :: .. . .:.. :..:.: KIAA17 SKKKLQRELEEQMDMNEHLQGQLNSMKKDLRLKKLPSKVLDDMDDDDDLSTDGGSLYEAP 980 990 1000 1010 1020 1030 690 KIAA16 VPGLARASP KIAA17 VSYTFSKDSTVASQI 1040 >>KIAA1937 ( 704 res) fk04595 (704 aa) initn: 217 init1: 59 opt: 277 Z-score: 148.7 bits: 38.0 E(): 0.0037 Smith-Waterman score: 320; 24.709% identity (55.523% similar) in 688 aa overlap (52-656:33-681) 30 40 50 60 70 KIAA16 HAPLPSPVDKVAANTPSMYSQELFQLSQYLQEALHREQMLEQKLATLQRLLA-----ITQ .: :..:. :. :. : . : ::: KIAA19 GGLLLLGVAQLGLFLEEKLREHLAEKEKLNEERLEQEEKLKAKIRQLTEEKAALEEYITQ 10 20 30 40 50 60 80 90 100 110 120 130 KIAA16 EASDTSWQALIDEDRLLSRLE-VMGNQLQACSKNQTEDSLR-KELIALQEDKHNYETTAK : . . ..: .: . ...:: ....: .: .:. :... : :: ::.:.. : .. 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KIAA19 RLILQQKMVKALQDEQESQRHG---FGEEIMEYKEQIKQHAQTIVSLEE-KLQKVTQHHK 230 240 250 260 270 280 310 320 330 340 350 360 KIAA16 K-ESDFS---DTLSPSKEKSSDDTTDAQMDEQDLNEPLAKVSLLKDDLQGAQSEIEAKQE : :.... :. ::. .: : : :.. .. .: :. ::: .::.:: ..:: KIAA19 KIEGEIATLKDNDPAPKEERPQDPLVAPMTESSAKD-MAYEHLI-DDLLAAQKEILSQQE 290 300 310 320 330 370 380 390 400 KIAA16 -IQHLRKELIEAQ--------ELARTSK-----------QKCFELQALLEEERKAYRNQV :..:::.: ::. :: . .: :. :: ..:.:. . . : KIAA19 VIMKLRKDLTEAHSRMSDLRGELNEKQKMELEQNVVLVQQQSKEL-SVLKEKMAQMSSLV 340 350 360 370 380 390 410 420 430 440 450 KIAA16 EESTKQIQVLQAQLQ------RLHIDTENLREEKDSEITSTRDELLSARDEILLLHQAAA :.. .....:. :. ::...:: .:.: . :.: : . .: .: : KIAA19 EKKDRELKALEEALRASQEKHRLQLNTE--KEQKPRKKTQTCDTSV----QIEPVHTEAF 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 KIAA16 KVASERDTDIASLQEELKKVRAE--LERWRKAASEYEKEITSLQNSFQLRCQQCEDQQRE . ..:... ...: . : : : ..: .:: :: . .: :... : . .:.: : KIAA19 SSSQEQQS-FSDLGVRCKGSRHEEVIQRQKKALSELRARIKELEKA---RSPDHKDHQNE 460 470 480 490 500 520 530 540 550 KIAA16 EATRLQGELEKLRKEWNALET------ECHSLKRENVL----------LSSELQRQEK-- .:..:: : :. . . .:.: ..: ..: .... : KIAA19 SFL----DLKNLRMENNVQKILLDAKPDLPTLSRIEILAPQNGLCNARFGSAMEKSGKMD 510 520 530 540 550 560 560 570 580 590 KIAA16 ---ELHNSQKQSLELTSDL-------------SILQMSRKELENQVGSLKEQHLRDSADL :. :.: :.... : :. .::.: : .:..:... : : KIAA19 VAEALELSEKLYLDMSKTLGSLMNIKNMSGHVSMKYLSRQERE-KVNQLRQRDLDLVFDK 570 580 590 600 610 620 600 610 620 630 640 650 KIAA16 KTLLSKAENQAKDVQKEYEKTQTVLSELKLKFEMTEQEKQSITDELKQCKNNLKLLREKG : :.. .. ... . ::: : . :...:: ... .. :.. . .. ::.: KIAA19 ITQLKNQLGRKEELLRGYEKDVEQLRRSKVSIEMYQSQVAKLEDDIYKEAEEKALLKEAL 630 640 650 660 670 680 660 670 680 690 KIAA16 NNKPWPWMPMLAALVAVTAIVLYVPGLARASP KIAA19 ERMEHQLCQEKRINRAIRQQK 690 700 >>KIAA1334 ( 989 res) fh15842 (989 aa) initn: 130 init1: 65 opt: 272 Z-score: 144.8 bits: 37.7 E(): 0.006 Smith-Waterman score: 320; 21.793% identity (56.878% similar) in 647 aa overlap (60-649:360-984) 30 40 50 60 70 80 KIAA16 DKVAANTPSMYSQELFQLSQYLQEALHREQMLEQKLATL----QRLLAITQEASDTSWQA .:. :.:.: ..: : : .: KIAA13 ENKDRLSDSTTGADSLLDISSEADQQDLLSLLQAKVASLTLHNKELQDKLQAKSPKEAEA 330 340 350 360 370 380 90 100 110 120 130 140 KIAA16 LIDEDRLLSRLEVMGNQLQACSKNQTEDSLRKELIALQE-DKHNYETTAK-ESLRRVLQ- .. : : .: .: .... :: . . .. : . .. .. ..:...:: KIAA13 DLSFDSYHSTQTDLGPSLGKPGETSPPDSKSSPSVLIHSLGKSTTDNDVRIQQLQEILQD 390 400 410 420 430 440 150 160 170 180 190 KIAA16 -----EKIEVVRKLSEVERSLSNTEDECTHLKEMNERTQE---ELRELANKYNGAVNEIK :. :. :: .:: . .: : . :..: ... .:.: .::. :..:. KIAA13 LQKRLESSEAERKQLQVELQSRRAELVCLNNTEISENSSDLSQKLKETQSKYEEAMKEVL 450 460 470 480 490 500 200 210 220 230 240 250 KIAA16 DLSDKLKVAEGKQEEIQQKGQAEKKELQHKIDEMEEKEQELQAKIEALQADNDFTNERLT ... ..:.. . : ... .. .::. .:.. .:.:: .: ... ..:.. KIAA13 SVQKQMKLGLVSPESMDN--YSHFHELRVTEEEINVLKQDLQNALE----ESERNKEKVR 510 520 530 540 550 560 260 270 280 290 300 KIAA16 ALQEHLLSKSGGDCTFIHQFIECQKKLIVEGHLTKAVEETKLSK----ENQTRAKES--D :.:.:. . : : :. .: ... .. ...:. . : :. .:.: KIAA13 ELEEKLVEREKG--TVIKPPVEEYEEM--KSSYCSVIENMNKEKAFLFEKYQEAQEEIMK 570 580 590 600 610 310 320 330 340 350 360 KIAA16 FSDTL-SPSKEKSSDDTTDAQMDEQDLNEPLAK-VSLLKDDLQGAQSEIEAKQEIQHLRK ..::: : ...::.. : . . . . : : :: :.. . ::.:.: .. . : KIAA13 LKDTLKSQMTQEASDEAEDMKEAMNRMIDELNKQVSELSQLYKEAQAELEDYRKRKSL-- 620 630 640 650 660 670 370 380 390 400 410 KIAA16 ELIEAQELARTSKQKCFELQAL--------LEEERKAYRNQVEESTKQIQVLQAQLQRLH : . :. . .. ..: ..: . : : .. : . ..: :. :...:: . KIAA13 EDVTAEYIHKAEHEKLMQLTNVSRAKAEDALSEMKSQYSKVLNELTQLKQLVDAQKENSV 680 690 700 710 720 730 420 430 440 450 460 470 KIAA16 IDTENLREEKDSEITSTRDELLSARDEILLLHQAAAKVASERDTDIASLQEELKKVRAEL ::.:. ::. : ...: :.. :. .....:.:...: . .: . KIAA13 SITEHLQV-----ITTLRTAAKEMEEKISNLKEHLAS----KEVEVAKLEKQLLEEKAAM 740 750 760 770 780 480 490 500 510 520 530 KIAA16 ERWRKAASEYEKEITSLQNSFQLRCQQCEDQQRE------EATRLQGELEKLRKEWNALE : ::: .::.. .. .. ... .: :......:. ....: . .. KIAA13 TDAMVPRSSYEKLQSSLESEVSVLASKLKESVKEKEKVHSEVVQIRSEVSQVKREKENIQ 790 800 810 820 830 840 540 550 560 570 580 KIAA16 TECHSLKRENVLLSSELQRQEKELHNSQKQS-----LELTSDLSILQMSRK--ELENQVG : .: ..: : ...:. ..:: . .. : :: .: .: .::.. .:.. .. KIAA13 TLLKSKEQEVNELLQKFQQAQEELAEMKRYSESSSKLEEDKDKKINEMSKEVTKLKEALN 850 860 870 880 890 900 590 600 610 620 630 KIAA16 SLKEQHL------RDSADLKTL---LSKAENQAKDVQKEYEKTQTVLSELKLKFEMTEQE ::.. :.: .:..: ... .:: . .:..... .: ...: . . : KIAA13 SLSQLSYSTSSSKRQSQQLEALQQQVKQLQNQLAECKKQHQEVISVY-RMHLLYAVQGQM 910 920 930 940 950 960 640 650 660 670 680 690 KIAA16 KQSITDELKQ----CKNNLKLLREKGNNKPWPWMPMLAALVAVTAIVLYVPGLARASP ... ::: ::: KIAA13 DEDVQKVLKQILTMCKNQSQKK 970 980 >>KIAA0619 ( 1428 res) hg04117 (1428 aa) initn: 126 init1: 71 opt: 274 Z-score: 143.9 bits: 38.1 E(): 0.0068 Smith-Waterman score: 314; 21.909% identity (56.808% similar) in 639 aa overlap (44-651:517-1135) 20 30 40 50 60 70 KIAA16 ARLRSDVIHAPLPSPVDKVAANTPSMYSQELFQLSQYLQEALHREQMLEQKLATLQRLLA : . .. :.: . .. .:. : :.: : KIAA06 KKLYTLEEHLSNEMQAKEELEQKCKSVNTRLEKTAKELEEEITLRKSVESALRQLEREKA 490 500 510 520 530 540 80 90 100 110 120 130 KIAA16 ITQEASDTSWQALIDEDRLLSR-LEVMGNQLQACSKNQTEDSLRKELIALQEDKHNYETT . :. ... .: :.. .: :: :.: :.: :: :.:. .... .: KIAA06 LLQH-KNAEYQRKADHEADKKRNLENDVNSL----KDQLED-LKKR------NQNSQIST 550 560 570 580 590 140 150 160 170 180 190 KIAA16 AK-ESLRRVLQEKIEVVRKLSEVERSLSNTEDECTHLKEMNERTQEELRELANKYNGAVN : ..:.: :.: ..: :.. : .:. : .. .. : ....:.. . : KIAA06 EKVNQLQRQLDETNALLRTESDTAARLRKTQAESSKQIQQLESNNRDLQDKNCLLETAKL 600 610 620 630 640 650 200 210 220 230 240 250 KIAA16 EIKDLSDKLKVAEGKQEEIQQKGQAEKKELQHKIDEMEEKEQELQAKIEALQADNDFTNE ... .:. : .... . .:. ..:: .: .:: .. . . .. .. .: KIAA06 KLEKEFINLQSALESERRDRTHGSEIINDLQGRICGLEEDLKNGKILLAKVELEKRQLQE 660 670 680 690 700 710 260 270 280 290 300 310 KIAA16 RLTALQEHLLSKSGGDCTFIHQFIECQKKLIVEGHLTKAVEETKLSKENQTRAKESDFSD :.: :... ::. . . .:. :..: : ::.. .:.. .. : :. 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KIAA06 SLAAQLEITLTK-ADSEQLARSIAEEQYSDLEKEKIMKELEIKEMMARHKQELTEKDATI 950 960 970 980 990 1000 540 550 560 570 580 KIAA16 HSLKRENVLLSSE---LQRQEKELHNSQKQSLELTSDLSILQMS----RKELENQVGSLK ::.. : :.:. : ...::.:. :. : : :. ..: . ..:.:. : KIAA06 ASLEETNRTLTSDVANLANEKEELNNKLKDVQEQLSRLKDEEISAAAIKAQFEKQL--LT 1010 1020 1030 1040 1050 1060 590 600 610 620 630 640 KIAA16 EQHLRDSA--DLKTLLSKAENQAK----DVQKEYEKTQTVLSELKLKFEMTEQEKQSITD :. :. .: : .... : . ::... .... . ::: . : :. . KIAA06 ERTLKTQAVNKLAEIMNRKEPVKRGNDTDVRRKEKENRKLHMELKSEREKLTQQMIKYQK 1070 1080 1090 1100 1110 1120 650 660 670 680 690 KIAA16 ELKQCKNNLKLLREKGNNKPWPWMPMLAALVAVTAIVLYVPGLARASP ::.. . .. 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