# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj09928.fasta.huge -Q ../query/KIAA1599.ptfa ./tmplib.25089 2
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
KIAA1599, 608 aa
vs ./tmplib.25089 library
1986897 residues in 2037 sequences
Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3356+/-0.00629; mu= 9.5642+/- 0.428
mean_var=161.5671+/-38.926, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 0 in 0/40
Lambda= 0.100902
FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16
The best scores are: opt bits E(2037)
KIAA0636 ( 540 res) hj03289 ( 540) 1453 223.5 3.6e-59
>>KIAA0636 ( 540 res) hj03289 (540 aa)
initn: 1178 init1: 677 opt: 1453 Z-score: 1154.2 bits: 223.5 E(): 3.6e-59
Smith-Waterman score: 1813; 52.080% identity (75.588% similar) in 553 aa overlap (38-585:10-534)
10 20 30 40 50 60
KIAA15 LGWGVRWAMEQPEDMASLSEFDSLAGSIPATKVEITVSCRNLLDKDMFSKSDPLCVMYTQ
::: ..::: ::::::. ::::::::.. .
KIAA06 TQDMAAQCVTKVALNVSCANLLDKDIGSKSDPLCVLFLN
10 20 30
70 80 90 100 110 120
KIAA15 GMENKQWREFGRTEVIDNTLNPDFVRKFIVDYFFEEKQNLRFDLYDVDSKSPDLSKHDFL
..:: : ::: : : :::.: . ::.::.:: :.:.: .::.:.:. .:: :::
KIAA06 -TSGQQWYEVERTERIKNCLNPQFSKTFIIDYYFEVVQKLKFGVYDIDNKTIELSDDDFL
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
KIAA15 GQAFCTLGEIVGSPGSRLEKPLTIGAFSLNSRTGKPMPAVSNGGVPGKKCGTIILSAEEL
:. ::::.::.: ..: .::.. .::.: :: :.: .::::.
KIAA06 GECECTLGQIVSS--KKLTRPLVM-------KTGRPA---------GK--GSITISAEEI
100 110 120 130
190 200 210 220 230 240
KIAA15 SNCRDVATMQFCANKLDKKDFFGKSDPFLVFYRSNEDGTFTICHKTEVMKNTLNPVWQTF
.. : :. ... : :::.::.::::::.: :.... ::.. . :.:::.::.:::::. :
KIAA06 KDNR-VVLFEMEARKLDNKDLFGKSDPYLEFHKQTSDGNWLMVHRTEVVKNNLNPVWRPF
140 150 160 170 180 190
250 260 270 280 290 300
KIAA15 SIPVRALCNGDYDRTIKVEVYDWDRDGSHDFIGEFTTSYRELARGQSQFNI-YEVVNPKK
.: . .:: ::.:.::::: ::.: :::::.:: : :.. .: ... . . .: .: ::
KIAA06 KISLNSLCYGDMDKTIKVECYDYDNDGSHDLIGTFQTTMTKLKEASRSSPVEFECINEKK
200 210 220 230 240 250
310 320 330 340 350 360
KIAA15 KMKKKKYVNSGTVTLLSFAVESECTFLDYIKGGTQINFTVAIDFTASNGNPSQSTSLHYM
..:::.: :::.... . . :::::::: :: :.::::..:::.:::.: . ::::.
KIAA06 RQKKKSYKNSGVISVKQCEITVECTFLDYIMGGCQLNFTVGVDFTGSNGDPRSPDSLHYI
260 270 280 290 300 310
370 380 390 400 410 420
KIAA15 SPYQLNAYALALTAVGEIIQHYDSDKMFPALGFGAKLPPDGRVSHEFPLNGNQENPSCCG
:: .: : :: .:: .:: ::.::::::.::::..::. .::::::.: : :: : :
KIAA06 SPNGVNEYLTALWSVGLVIQDYDADKMFPAFGFGAQIPPQWQVSHEFPMNFNPSNPYCNG
320 330 340 350 360 370
430 440 450 460 470 480
KIAA15 IDGILEAYHRSLRTVQLYGPTNFAPVVTHVARNAAAV---QDGSQYSVLLIITDGVISDM
:.::.:::. : ..:::::::.:...:::: :::. : .::: ::::::::::.:.
KIAA06 IQGIVEAYRSCLPQIKLYGPTNFSPIINHVARFAAAATQQQTASQYFVLLIITDGVITDL
380 390 400 410 420 430
490 500 510 520 530 540
KIAA15 AQTKEAIVNAAKLPMSIIIVGVGQAEFDAMVELDGDDVRISSR-GKLAERDIVQFVPFRD
.:..:::::..::::::::::: :.:.:: :::: . : :..: ::::::::::.
KIAA06 DETRQAIVNASRLPMSIIIVGVGGADFSAMEFLDGDGGSLRSPLGEVAIRDIVQFVPFRQ
440 450 460 470 480 490
550 560 570 580 590 600
KIAA15 YVDRTGNHVLSMARLARDVLAEIPDQLVSYMKAQGIRPRPPPAAPTHSPSQSPARTPPAS
. . . ::. ::::::.:.:.:... . : ::
KIAA06 FQNAPKEA------LAQCVLAEIPQQVVGYFNTYKLLPPKNPATKQQKQ
500 510 520 530 540
KIAA15 PLHTHI
608 residues in 1 query sequences
1986897 residues in 2037 library sequences
Scomplib [34.26]
start: Thu Dec 18 15:09:40 2008 done: Thu Dec 18 15:09:41 2008
Total Scan time: 0.480 Total Display time: 0.020
Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]