# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj09928.fasta.huge -Q ../query/KIAA1599.ptfa ./tmplib.25089 2
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007
Please cite:
 W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

 KIAA1599, 608 aa
 vs ./tmplib.25089 library

1986897 residues in  2037 sequences
  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3356+/-0.00629; mu= 9.5642+/- 0.428
 mean_var=161.5671+/-38.926, 0's: 0 Z-trim: 3  B-trim: 0 in 0/40
 Lambda= 0.100902

FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width:  16
The best scores are:                                      opt bits E(2037)
KIAA0636  ( 540 res)   hj03289                     ( 540) 1453 223.5 3.6e-59


>>KIAA0636  ( 540 res)   hj03289                          (540 aa)
 initn: 1178 init1: 677 opt: 1453  Z-score: 1154.2  bits: 223.5 E(): 3.6e-59
Smith-Waterman score: 1813;  52.080% identity (75.588% similar) in 553 aa overlap (38-585:10-534)

        10        20        30        40        50        60       
KIAA15 LGWGVRWAMEQPEDMASLSEFDSLAGSIPATKVEITVSCRNLLDKDMFSKSDPLCVMYTQ
                                     ::: ..::: ::::::. ::::::::.. .
KIAA06                      TQDMAAQCVTKVALNVSCANLLDKDIGSKSDPLCVLFLN
                                    10        20        30         

        70        80        90       100       110       120       
KIAA15 GMENKQWREFGRTEVIDNTLNPDFVRKFIVDYFFEEKQNLRFDLYDVDSKSPDLSKHDFL
          ..:: :  ::: : : :::.: . ::.::.::  :.:.: .::.:.:. .::  :::
KIAA06 -TSGQQWYEVERTERIKNCLNPQFSKTFIIDYYFEVVQKLKFGVYDIDNKTIELSDDDFL
       40        50        60        70        80        90        

       130       140       150       160       170       180       
KIAA15 GQAFCTLGEIVGSPGSRLEKPLTIGAFSLNSRTGKPMPAVSNGGVPGKKCGTIILSAEEL
       :.  ::::.::.:  ..: .::..       .::.:          ::  :.: .::::.
KIAA06 GECECTLGQIVSS--KKLTRPLVM-------KTGRPA---------GK--GSITISAEEI
      100       110         120                         130        

       190       200       210       220       230       240       
KIAA15 SNCRDVATMQFCANKLDKKDFFGKSDPFLVFYRSNEDGTFTICHKTEVMKNTLNPVWQTF
       .. : :. ... : :::.::.::::::.: :.... ::.. . :.:::.::.:::::. :
KIAA06 KDNR-VVLFEMEARKLDNKDLFGKSDPYLEFHKQTSDGNWLMVHRTEVVKNNLNPVWRPF
      140        150       160       170       180       190       

       250       260       270       280       290        300      
KIAA15 SIPVRALCNGDYDRTIKVEVYDWDRDGSHDFIGEFTTSYRELARGQSQFNI-YEVVNPKK
       .: . .:: ::.:.::::: ::.: :::::.:: : :.. .: ... .  . .: .: ::
KIAA06 KISLNSLCYGDMDKTIKVECYDYDNDGSHDLIGTFQTTMTKLKEASRSSPVEFECINEKK
       200       210       220       230       240       250       

        310       320       330       340       350       360      
KIAA15 KMKKKKYVNSGTVTLLSFAVESECTFLDYIKGGTQINFTVAIDFTASNGNPSQSTSLHYM
       ..:::.: :::.... .  .  :::::::: :: :.::::..:::.:::.: .  ::::.
KIAA06 RQKKKSYKNSGVISVKQCEITVECTFLDYIMGGCQLNFTVGVDFTGSNGDPRSPDSLHYI
       260       270       280       290       300       310       

        370       380       390       400       410       420      
KIAA15 SPYQLNAYALALTAVGEIIQHYDSDKMFPALGFGAKLPPDGRVSHEFPLNGNQENPSCCG
       ::  .: :  :: .:: .:: ::.::::::.::::..::. .::::::.: :  :: : :
KIAA06 SPNGVNEYLTALWSVGLVIQDYDADKMFPAFGFGAQIPPQWQVSHEFPMNFNPSNPYCNG
       320       330       340       350       360       370       

        430       440       450       460          470       480   
KIAA15 IDGILEAYHRSLRTVQLYGPTNFAPVVTHVARNAAAV---QDGSQYSVLLIITDGVISDM
       :.::.:::.  :  ..:::::::.:...:::: :::.   : .::: ::::::::::.:.
KIAA06 IQGIVEAYRSCLPQIKLYGPTNFSPIINHVARFAAAATQQQTASQYFVLLIITDGVITDL
       380       390       400       410       420       430       

           490       500       510       520        530       540  
KIAA15 AQTKEAIVNAAKLPMSIIIVGVGQAEFDAMVELDGDDVRISSR-GKLAERDIVQFVPFRD
        .:..:::::..::::::::::: :.:.::  ::::   . :  :..: ::::::::::.
KIAA06 DETRQAIVNASRLPMSIIIVGVGGADFSAMEFLDGDGGSLRSPLGEVAIRDIVQFVPFRQ
       440       450       460       470       480       490       

            550       560       570       580       590       600  
KIAA15 YVDRTGNHVLSMARLARDVLAEIPDQLVSYMKAQGIRPRPPPAAPTHSPSQSPARTPPAS
       . .   .       ::. ::::::.:.:.:...  . :   ::                 
KIAA06 FQNAPKEA------LAQCVLAEIPQQVVGYFNTYKLLPPKNPATKQQKQ           
       500             510       520       530       540           

             
KIAA15 PLHTHI




608 residues in 1 query   sequences
1986897 residues in 2037 library sequences
 Scomplib [34.26]
 start: Thu Dec 18 15:09:40 2008 done: Thu Dec 18 15:09:41 2008
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Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]