# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj09605.fasta.nr -Q ../query/KIAA1596.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1596, 1151 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7825723 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7133+/-0.000189; mu= 11.0458+/- 0.011 mean_var=89.3106+/-16.999, 0's: 37 Z-trim: 47 B-trim: 0 in 0/64 Lambda= 0.135713 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|119586187|gb|EAW65783.1| Fanconi anemia, comple (1979) 7523 1484.2 0 gi|187954507|gb|AAI40777.1| FANCM protein [Homo sa (2022) 7523 1484.3 0 gi|78099254|sp|Q8IYD8.2|FANCM_HUMAN RecName: Full= (2048) 7523 1484.3 0 gi|114652855|ref|XP_509928.2| PREDICTED: Fanconi a (2048) 7446 1469.2 0 gi|109083475|ref|XP_001096470.1| PREDICTED: simila (1660) 6964 1374.7 0 gi|109083473|ref|XP_001096802.1| PREDICTED: simila (2050) 6964 1374.8 0 gi|119586186|gb|EAW65782.1| Fanconi anemia, comple (2083) 5807 1148.3 0 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gi|126843130|gb|ABO27624.1| Fanconi anemia M [Dani (1761) 729 154.0 7e-34 gi|194676946|ref|XP_001788313.1| PREDICTED: simila ( 296) 703 148.3 6e-33 gi|47230040|emb|CAG10454.1| unnamed protein produc (1724) 642 137.0 9.2e-29 gi|115613179|ref|XP_781239.2| PREDICTED: similar t (2463) 528 114.7 6.4e-22 gi|210127015|gb|EEA74699.1| hypothetical protein B (2342) 509 111.0 8.1e-21 gi|210127019|gb|EEA74703.1| hypothetical protein B (2295) 475 104.3 8e-19 gi|15621433|dbj|BAB65428.1| 232aa long conserved h ( 232) 272 63.9 1.2e-07 gi|2649107|gb|AAB89786.1| ATP-dependent RNA helica ( 741) 273 64.4 2.7e-07 gi|6015747|emb|CAB57574.1| ATP-dependent RNA helic ( 233) 262 61.9 4.9e-07 gi|145701118|gb|ABP94260.1| ERCC4 domain protein [ ( 230) 249 59.4 2.8e-06 gi|57159280|dbj|BAD85210.1| helicase-associated en ( 804) 256 61.1 2.9e-06 gi|5457712|emb|CAB49203.1| Putative ATP-dependent ( 752) 255 60.9 3.1e-06 gi|214032443|gb|EEB73273.1| Type III restriction e ( 807) 253 60.5 4.3e-06 gi|20905864|gb|AAM31083.1| ATP-dependent RNA helic ( 864) 250 60.0 6.9e-06 gi|212009175|gb|ACJ16557.1| helicase-associated en ( 789) 248 59.6 8.4e-06 gi|110621285|emb|CAJ36563.1| putative type III res ( 792) 247 59.4 9.6e-06 gi|18894225|gb|AAL82139.1| ATP-dependent RNA helic ( 764) 237 57.4 3.6e-05 gi|14591755|ref|NP_143722.1| Hef nuclease [Pyrococ ( 748) 234 56.8 5.4e-05 gi|91085743|ref|XP_973670.1| PREDICTED: similar to (1401) 237 57.6 5.8e-05 gi|2622527|gb|AAB85892.1| ATP-dependent RNA helica ( 738) 231 56.2 8e-05 gi|68567067|gb|AAY79996.1| XPF/RAD1 repair endonuc ( 236) 223 54.3 9.8e-05 gi|61680885|pdb|2BHN|A Chain A, Xpf From Aeropyrum ( 214) 214 52.5 0.00031 gi|61680877|pdb|2BGW|A Chain A, Xpf From Aeropyrum ( 219) 214 52.5 0.00031 gi|72395902|gb|AAZ70175.1| ATP-dependent RNA helic ( 938) 222 54.5 0.00033 gi|116062779|dbj|BAA80433.2| repair endonuclease X ( 248) 214 52.5 0.00034 gi|197628092|gb|EDY40637.1| Type III restriction e ( 770) 218 53.7 0.00048 gi|156566835|gb|ABU82240.1| ERCC4 domain protein [ ( 246) 211 51.9 0.00051 gi|19913848|gb|AAM03550.1| helicase [Methanosarcin ( 821) 216 53.3 0.00066 gi|148552264|gb|ABQ87392.1| ERCC4-like helicase [M ( 772) 214 52.9 0.00083 gi|198432334|ref|XP_002123226.1| PREDICTED: simila (1371) 217 53.7 0.00086 >>gi|119586187|gb|EAW65783.1| Fanconi anemia, complement (1979 aa) initn: 7523 init1: 7523 opt: 7523 Z-score: 7952.9 bits: 1484.2 E(): 0 Smith-Waterman score: 7523; 99.826% identity (99.913% similar) in 1151 aa overlap (1-1151:829-1979) 10 20 30 KIAA15 KRTSDTDEIAATCTINENVIKEPCVLLTEC :::::::::::::::::::::::::::::: gi|119 KENNHGIIDSVDNDRNSTVENIFQEDLPNDKRTSDTDEIAATCTINENVIKEPCVLLTEC 800 810 820 830 840 850 40 50 60 70 80 90 KIAA15 QFTNKSTSSLAGNVLDSGYNSFNDEKSVSSNLFLPFEEELYIVRTDDQFYNCHSLTKEVL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|119 QFTNKSTSSLAGNVLDSGYNSFNDEKSVSSNLFLPFEEELYIVRTDDQFYNCHSLTKEVL 860 870 880 890 900 910 100 110 120 130 140 150 KIAA15 ANVERFLSYSPPPLSGLSDLEYEIAKGTALENLLFLPCAEHLRSDKCTCLLSHSAVNSQQ 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