# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj08327.fasta.huge -Q ../query/KIAA1587.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1587, 991 aa vs ./tmplib.25089 library 1986514 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.5696+/- 0.013; mu= -29.8645+/- 0.874 mean_var=874.3149+/-209.071, 0's: 0 Z-trim: 12 B-trim: 8 in 1/39 Lambda= 0.043375 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1114 ( 1458 res) fj15925 (1458) 648 57.1 1.9e-08 KIAA1859 ( 761 res) bm01165 ( 761) 634 55.9 2.4e-08 >>KIAA1114 ( 1458 res) fj15925 (1458 aa) initn: 862 init1: 435 opt: 648 Z-score: 243.4 bits: 57.1 E(): 1.9e-08 Smith-Waterman score: 698; 25.655% identity (57.379% similar) in 725 aa overlap (28-735:14-683) 10 20 30 40 50 60 KIAA15 RQFCAEAPTHLPSSLPDRGPVGVCSYTPTPVGRTMSLVSQNSRRRRRRVAKATAHNSSWG : : : : :.. :. :: . : KIAA11 GESRRLLDSRRRGPFPSG---SPVTRPPRKMDRRNDYGYRVPLFQG 10 20 30 40 70 80 90 100 110 KIAA15 EMQAPNAPGLPADVPGSDVPQGPSDSQIL-QGLCASEGPSTSVLPTSAEGPSTFVPPTIS . :.. ::: : .. :: .: . : :. : .. : .. :. : KIAA11 PLPPPGSLGLPFP-PDIQTETTEEDSVLLMHTLLAATKDSLAMDPPVVNRPKK------S 50 60 70 80 90 120 130 140 150 160 170 KIAA15 EASSASGQPTISEGPGTSVLPTPSEGLSTSGPPTISKGLCTSVTLAASEGRNTSRPPTSS ....: . . .:.. .:. .: ..:. : ..: : :.. :.. ... KIAA11 KTKKAPIKTITKAAPAAPPVPAANE-IATNKPKITWQALNLPVITQISQALPTTEVTNTQ 100 110 120 130 140 150 180 190 200 210 220 230 KIAA15 EEPSTSVPPTASEVPSTSLPPTPGEGTSTSVPPTAYEGPSTSVVPTPDEGPSTSVLPTPG :. : :... .. . : : ::..:: .: . .: .:: : KIAA11 ASSVTAQPKKANKMKRVTAKAAQG-----SQSPTGHEG-GTIQLKSP-----LQVLKLPV 160 170 180 190 200 240 250 260 270 280 290 KIAA15 EGPGTSVPLAATEGLSTSVQATPDEGPSTSVPPTATEGLSTPVPPTRDEGPSTSVPATPG . . .:.: . : .. .. .... .:...... . . . .: . .: : KIAA11 ISQNIHAPIANESASSQALITSIKPKKASKAKKAANKAIASATEVSL-AATATHTATTQG 210 220 230 240 250 260 300 310 320 330 340 350 KIAA15 E--GPSTSVLPAASDGQSISLVPTRGKGSSTSVPPTATEGL-STSVQPTAG---EGSSTS . . ..:. .:.. .. . .... . ..: : :: . . .: .: :.: .. KIAA11 QITNETASIHTTAASIRTKK--ASKARKTIAKVINTDTEHIEALNVTDAATRQIEASVVA 270 280 290 300 310 320 360 370 380 390 400 410 KIAA15 VPPTPGGGL-STSVPPTATEELSTSVPPTPGEGPSTSVLPIPGEGLSTSVPPTASDGSDT . : . : ..: :... :.: :.: .. . . ...:.... .. :: . KIAA11 IRPKKSKGKKAASRGPNSVSEIS--------EAPLATQI-VTNQALAATL--RVKRGSRA 330 340 350 360 370 420 430 440 450 460 470 KIAA15 SVPPTPGEGASTLVQPTAPDGPGSSVLPNPGEGPSTLFSSSASVDRNPSKCSLVLPSPRV : .... . . :.: .: ... .. .. .... . . .: . . KIAA11 RKAATKARATESQT-PNADQGAQAKI--------ASAQTNVSALETQVAAAVQALADDYL 380 390 400 410 420 480 490 500 510 520 KIAA15 TKASVDSDSEGPKGAEGPIEFEVLRDCESPNSISIMGLNTSRVAITLKPQDP-----MEQ .. :.. .. .: .. : . :. : : :. .: : ... KIAA11 AQLSLEPTTR-TRGKRN-------RKSKHLNGDERSGSNYRRIPWGRRPAPPRDVAILQE 430 440 450 460 470 530 540 550 560 570 580 KIAA15 NVAELLQFLLVKDQSKYPIRESEMREYIVKEYRNQFPEILRRAAAHLECIFRFELRELDP . .:...::::::.: ::..:.: . ...:: . ::::..::. :: .:: .:.:.: KIAA11 RANKLVKYLLVKDQTKIPIKRSDMLRDVIQEYDEYFPEIIERASYTLEKMFRVNLKEIDK 480 490 500 510 520 530 590 600 610 620 630 640 KIAA15 EAHTYILLN-KLGPVPFEGLEESPNGPKMGLLMMILGQIFLNGNQAKEAEIWEMLWRMGV .. :::.. . . . . : . . ::.::::.::. ::.:::.:.:: :::.: ..:. KIAA11 QSSLYILISTQESSAGILG--TTKDTPKLGLLMVILSVIFMNGNKASEAVIWEVLRKLGL 540 550 560 570 580 590 650 660 670 680 690 700 KIAA15 QRERRLSIFGNPKRLLSVEFVWQRYLDYRPVTDCKPVEYEFFWGPRSHLETTKMKILKFM . : :.::. ..:.. ::: :.::.:. : . .: ::::::: ::. ::.:::.::: KIAA11 RPGVRHSLFGEVRKLITDEFVKQKYLEYKRVPNSRPPEYEFFWGLRSYHETSKMKVLKFA 600 610 620 630 640 650 710 720 730 740 750 760 KIAA15 AKIYNKDPMDWPEKYNEALEED---AARAFAEGWQALPHFRRPFFEEAAAEVPSPDSEVS .. .::: :: .: ::.: . :: : :: KIAA11 CRVQKKDPKDWAVQYREAVEMEVQAAAVAVAEAEARAEARAQMGIGEEAVAGPWNWDDMD 660 670 680 690 700 710 770 780 790 800 810 820 KIAA15 SYSSKYAPHSWPESRLESKARKLVQLFLLMDSTKLPIPKKGILYYIGRECSKVFPDLLNR KIAA11 IDCLTREELGDDAQAWSRFSFEIEARAQENADASTNVNFSRGASTRAGFSDGASISFNGA 720 730 740 750 760 770 >>KIAA1859 ( 761 res) bm01165 (761 aa) initn: 565 init1: 379 opt: 634 Z-score: 241.8 bits: 55.9 E(): 2.4e-08 Smith-Waterman score: 635; 26.116% identity (56.364% similar) in 605 aa overlap (131-727:81-634) 110 120 130 140 150 160 KIAA15 SVLPTSAEGPSTFVPPTISEASSASGQPTISEGPGTSVLPTPSEGLSTSGPPTISKGLCT : ::: .: . : . :.... : KIAA18 VEGNDYEEFGAFGGYGTLTSFDIHILRAFGSLGPGLRILSNEPWELEN---PVLAQTLVE 60 70 80 90 100 170 180 190 200 210 KIAA15 SVTLAASEGRNTSRPPTSSEEPSTSVPPTASEVPSTSLPPTPGEGTSTSVPPT-AYEGPS .. : : : ..: .. . .: . :. . . .. :. . : . . KIAA18 ALQLD---------PETLANETAARAANVARAAASNRAARAAAAAARTAFSQVVASHRVA 110 120 130 140 150 220 230 240 250 260 270 KIAA15 TSVVPTPDEGPSTSVLPTPGEGPGTSVPLAA---TEGLSTSVQATPDEGPSTSVPPTATE : : : :.: . . ..:: :::. .. : :: .:.: :.:.:: : KIAA18 TPQVSGEDTQPTTYA--AEAQGPTPEPPLASPQTSQMLVTSKMAAP-EAPATS----AQS 160 170 180 190 200 210 280 290 300 310 320 330 KIAA15 GLSTPVPPTRDEGPSTSVPATPGEGPSTSVLPAASDGQSISLVPTRGKGSSTSVPPTATE ..:. . ::::.. . ..: . . : . : ... :.. : KIAA18 QTGSPAQEAATEGPSSACAFS--QAPCAREVDA--NRPSTAFL-----GQNDVFDFTQPA 220 230 240 250 260 340 350 360 370 380 390 KIAA15 GLSTSVQPTAGEGSSTSVPPTPGGGLSTSVPPTAT-EELSTSVPPTPGEGPSTSVLPIPG :.: . : . . .. : : . ...:: :. .:.... : : : . . KIAA18 GVSGMAFPRPKRPAPAQEAATEGPSAASGVPQTGPGREVAATRPKTTKSGKALAKTRWV- 270 280 290 300 310 320 400 410 420 430 440 450 KIAA15 EGLSTSVPPTASDGSDTSVPPTPGEGASTLVQPTAPDGPGSSVLPNPGEGPSTLFSSSAS : .. . .:. ::.: : .:.: . . : . .. . .. . . :: KIAA18 EPQNVVAAAAAKAKMATSIPEPEGAAAATAQHSAEPWARMGGKRTKKSKHLDDEYESSEE 330 340 350 360 370 380 460 470 480 490 500 510 KIAA15 VDRNPSKCSLVLPSPRVTKASVDSDSE-GPKGAEGPIEFEVLRDCESPNSISIMGLNTSR ..:. : :. :... :. .. .:. .: . : :: KIAA18 ERETPA----VPPTWRASQPSLTVRAQLAPRPPMAP-------RSQIP----------SR 390 400 410 420 520 530 540 550 560 570 KIAA15 VAITLKPQDP--MEQNVAELLQFLLVKDQSKYPIRESEMREYIVKEYRNQFPEILRRAAA .. : :.. ... . .:...:..:: .: ::....: . ...:: ..::::..::. KIAA18 HVLCLPPRNVTLLQERANKLVKYLMIKDYKKIPIKRADMLKDVIREYDEHFPEIIERATY 430 440 450 460 470 480 580 590 600 610 620 630 KIAA15 HLECIFRFELRELDPEAHTYILLNKLGPVPFEGLEESPNGPKMGLLMMILGQIFLNGNQA :: : ..:.:.: : : :::. . : .. . :...::..::: ::.:::.: KIAA18 TLEKKFGIHLKEIDKEEHLYILVCTRDSSA-RLLGKTKDTPRLSLLLVILGVIFMNGNRA 490 500 510 520 530 640 650 660 670 680 690 KIAA15 KEAEIWEMLWRMGVQRERRLSIFGNPKRLLSVEFVWQRYLDYRPVTDCKPVEYEFFWGPR .:: .:: : .::.. : ..:. ..:.. .:: :.::.:. . . .: ::::.:: : KIAA18 SEAVLWEALRKMGLRPGVRHPFLGDLRKLITDDFVKQKYLEYKKIPNSNPPEYEFLWGLR 540 550 560 570 580 590 700 710 720 730 740 750 KIAA15 SHLETTKMKILKFMAKIYNKDPMDWPEKYNEALEEDAARAFAEGWQALPHFRRPFFEEAA .. ::.::..:.:.:. :.:: .: .. ::... KIAA18 ARHETSKMRVLRFIAQNQNRDPREWKAHFLEAVDDAFKTMDVDMAEEHARAQMRAQMNIG 600 610 620 630 640 650 760 770 780 790 800 810 KIAA15 AEVPSPDSEVSSYSSKYAPHSWPESRLESKARKLVQLFLLMDSTKLPIPKKGILYYIGRE KIAA18 DEALIGRWSWDDIQVELLTWDEDGDFGDAWARIPFAFWARYHQYILNSNRANRRATWRAG 660 670 680 690 700 710 991 residues in 1 query sequences 1986514 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:09:12 2008 done: Thu Dec 18 15:09:13 2008 Total Scan time: 0.680 Total Display time: 0.070 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]