# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj03457.fasta.huge -Q ../query/KIAA1577.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1577, 743 aa vs ./tmplib.25089 library 1986762 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.2915+/-0.00473; mu= 17.9573+/- 0.323 mean_var=77.1500+/-17.788, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.146018 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1511 ( 1253 res) fg04486(revised) (1253) 3711 792.2 0 KIAA0913 ( 1881 res) fh07519s2 (1881) 154 43.1 0.0003 >>KIAA1511 ( 1253 res) fg04486(revised) (1253 aa) initn: 3702 init1: 2853 opt: 3711 Z-score: 4219.7 bits: 792.2 E(): 0 Smith-Waterman score: 3711; 74.597% identity (91.129% similar) in 744 aa overlap (1-743:514-1253) 10 20 30 KIAA15 NSVDVCPWEDGNHGSELPNLTNALPQGANA ...:::: ::::.: ::::.::::::.: KIAA15 ELGALWVCIILNPHCKLEEKSCWLQQLQKWSDLDVCPLEDGNYGHELPNITNALPQSAIH 490 500 510 520 530 540 40 50 60 70 80 90 KIAA15 NQDSSNRPHRTVFTRAIEACDLHWQDSHLQHIISSDLYTNYCYHDDTENSLFDSRGWPLW . :: .::.:::::::::. .:::::::::.:::::.:: . ..: ::.:.: ::: KIAA15 SPDSLSRPRRTVFTRAIEGRELHWQDSHLQRIISSDVYTAPACQRESERLLFNSQGQPLW 550 560 570 580 590 600 100 110 120 130 140 150 KIAA15 HEHVPTACARVDALRSHGYPREALRLAIAIVNTLRRQQQKQLEMFRTQKKELPHKNITSI :::::::::::::::::::.:::::..::.:::: :::.:::... ::::: ... :.: KIAA15 LEHVPTACARVDALRSHGYPKEALRLTVAIINTLRLQQQRQLEIYKHQKKELLQRGTTTI 610 620 630 640 650 660 160 170 180 190 200 KIAA15 TNLEGWVGHPLDPVGTLFSSLMEACRIDDENLSGFSDFTENMGQCKSLEYQHLP-AHKFL :::::::::::::. :: .: ::::..:.. .:: :.. . :::.: : KIAA15 TNLEGWVGHPLDPIDCLFLTLTEACRLNDDGYLEMSD----MNESRPPVYQHVPVAAGSP 670 680 690 700 710 210 220 230 240 250 260 KIAA15 EEGESYLTLAVEVALIGLGQQRIMPDGLYTQEKVCRNEEQLISKLQEIELDDTLVKIFRK . .::::.::.::::.::::::.::.:::.:.:::::::::.:.:::..::: ::. ..: KIAA15 NSSESYLSLALEVALMGLGQQRLMPEGLYAQDKVCRNEEQLLSQLQELQLDDELVQTLQK 720 730 740 750 760 770 270 280 290 300 310 320 KIAA15 QAVFLLEAGPYSGLGEIIHRESVPMHTFAKYLFTSLLPHDAELAYKIALRAMRLLVLEST : ..:::.::.:::::.::::::::::::::::..::::: .:.::.::::::: :::.. KIAA15 QCILLLEGGPFSGLGEVIHRESVPMHTFAKYLFSALLPHDPDLSYKLALRAMRLPVLENS 780 790 800 810 820 830 330 340 350 360 370 380 KIAA15 APSGDLTRPHHIASVVPNRYPRWFTLSHIESQQCELASTMLTAAKGDVRRLETVLESIQK : .:: ..:::..::::.::::::::.:.::::::::::::::::::. ::.:.::.::: KIAA15 ASAGDTSHPHHMVSVVPSRYPRWFTLGHLESQQCELASTMLTAAKGDTLRLRTILEAIQK 840 850 860 870 880 890 390 400 410 420 430 440 KIAA15 NIHSSSHIFKLAQDAFKIATLMDSLPDITLLKVSLELGLQVMRMTLSTLNWRRREMVRWL .::::: ::::::::::::: :: : :::.:.:::::::::::::::::::::::::: KIAA15 HIHSSSLIFKLAQDAFKIATPTDSSTDSTLLNVALELGLQVMRMTLSTLNWRRREMVRWL 900 910 920 930 940 950 450 460 470 480 490 500 KIAA15 VTCATEVGVYALDSIMQTWFTLFTPTEATSIVATTVMSNSTIVRLHLDCHQQEKLASSAR ::::::::: :: ::.:.:.:::::::::::::.:..:..::.:: :: :.:.::: :: KIAA15 VTCATEVGVRALVSILQSWYTLFTPTEATSIVAATAVSHTTILRLSLDYPQREELASCAR 960 970 980 990 1000 1010 510 520 530 540 550 560 KIAA15 TLALQCAMKDPQNCALSALTLCEKDHIAFETAYQIVLDAATTGMSYTQLFTIARYMEHRG ::::::::::::.:::::::::::::::::.::::..:::. ::...:::::::::: :: KIAA15 TLALQCAMKDPQSCALSALTLCEKDHIAFEAAYQIAIDAAAGGMTHSQLFTIARYMELRG 1020 1030 1040 1050 1060 1070 570 580 590 600 610 620 KIAA15 YPMRAYKLATLAMTHLNLSYNQDTHPAINDVLWACALSHSLGKNELAAIIPLVVKSVKCA ::.::.:::.:::.::::.:::::::::::::::::::::::::::::.::::::::.:: KIAA15 YPLRAFKLASLAMSHLNLAYNQDTHPAINDVLWACALSHSLGKNELAALIPLVVKSVHCA 1080 1090 1100 1110 1120 1130 630 640 650 660 670 680 KIAA15 TVLSDILRRCTLTTPGMVGLHGRRNSGKLMSLDKAPLRQLLDATIGAYINTTHSRLTHIS :::::::::::.:.::..:. :::.:::::: :::::::::::::.:::::::::::::: KIAA15 TVLSDILRRCTVTAPGLAGIPGRRSSGKLMSTDKAPLRQLLDATINAYINTTHSRLTHIS 1140 1150 1160 1170 1180 1190 690 700 710 720 730 740 KIAA15 PRHYSEFIEFLSKARETFLMAHDGHIQFTQFIDNLKQIYKGKKKLMMLVRERFG ::::.::::::::::::::. .:::.::.:::::::::::::::::.::::::: KIAA15 PRHYGEFIEFLSKARETFLLPQDGHLQFAQFIDNLKQIYKGKKKLMLLVRERFG 1200 1210 1220 1230 1240 1250 >>KIAA0913 ( 1881 res) fh07519s2 (1881 aa) initn: 238 init1: 137 opt: 154 Z-score: 168.0 bits: 43.1 E(): 0.0003 Smith-Waterman score: 182; 26.786% identity (56.548% similar) in 168 aa overlap (574-732:1711-1867) 550 560 570 580 590 KIAA15 IVLDAATTGMSYTQLFTIARYMEHRGYPMRAYKLATLAMTHLNLSYNQD-------THPA ::... ::. :. ..: . : KIAA09 SPLVSGGFPPPEEETHSQPVNPHSLHHLHAAYRVGMLALEMLGRRAHNDHPNNFSRSPPY 1690 1700 1710 1720 1730 1740 600 610 620 630 640 650 KIAA15 INDVLWACALSHSLGKNELAAIIPLVVKSVKCATVLSDI-LRRCTLTTPGMVGLHGRRNS .:: : .:. .:: : . . ..:.: ::..: .. .:. . : : KIAA09 TDDVKWLLGLAAKLGVNYVHQFCVGAAKGVLSPFVLQEIVMETLQRLSPAHAHNHLR--- 1750 1760 1770 1780 1790 660 670 680 690 700 710 KIAA15 GKLMSLDKAP-LRQLLDATIGAYINTTHSRLTHISPRHYSEFIEFLSKARETFLMAHDGH :: ..::.. ::.. : :: :..: :..:.. . .:: .: .. : KIAA09 --------APAFHQLVQRCQQAYMQYIHHRLIHLTPADYDDFVNAIRSARSAFCLTPMGM 1800 1810 1820 1830 1840 720 730 740 KIAA15 IQFTQFIDNLKQIYKGKKKLMMLVRERFG .::.....:::. . :. KIAA09 MQFNDILQNLKRSKQTKELWQRVSLEMATFSP 1850 1860 1870 1880 743 residues in 1 query sequences 1986762 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:08:49 2008 done: Thu Dec 18 15:08:50 2008 Total Scan time: 0.560 Total Display time: 0.070 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]