# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh20460s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1563.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1563, 1658 aa vs ./tmplib.25089 library 1985847 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.9879+/-0.00574; mu= 19.2724+/- 0.390 mean_var=117.6517+/-27.532, 0's: 0 Z-trim: 10 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.118243 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0032 ( 1054 res) ha01920 (1054) 298 63.2 3.4e-10 KIAA1470 ( 564 res) fj01953 ( 564) 249 54.5 7.7e-08 KIAA1593 ( 953 res) fj09260 ( 953) 213 48.6 7.4e-06 KIAA1417 ( 1379 res) fh14782 (1379) 192 45.3 0.00011 KIAA1995 ( 1011 res) bh00088 (1011) 167 40.8 0.0018 >>KIAA0032 ( 1054 res) ha01920 (1054 aa) initn: 516 init1: 170 opt: 298 Z-score: 275.0 bits: 63.2 E(): 3.4e-10 Smith-Waterman score: 298; 35.556% identity (62.222% similar) in 180 aa overlap (42-217:38-209) 20 30 40 50 60 70 KIAA15 AEGSKERGLVHIWQAGSFPITPERLPGWGGKTVLQAALGVKHGVLLTEDGEVYSFGTLPW ..: ..: : .:.:.: ::::::. : KIAA00 WGYWSLGQPGISTNLQGIVAEPQVCGFISDRSVKEVACGGNHSVFLLEDGEVYTCGLNTK 10 20 30 40 50 60 80 90 100 110 120 130 KIAA15 RSGPVEICPSSPILENALVGQYVITVATGSFHSGAVTDNGVAYMWGENSAGQCAV-ANQQ . : ..: .::. :..: :: : :: :..: : . :: .: :: .. .... KIAA00 GQLGHEREGNKPEQIGALADQHIIHVACGESHSLALSDRGQLFSWGAGSDGQLGLMTTED 70 80 90 100 110 120 140 150 160 170 180 KIAA15 YVPEPNPVSIADSEASPLLAVRILQLACGEEHTLALSISREIWAWGTGC--QLGLITTAF : : .. .... :::..::. : :::. . ....:: . :::: : KIAA00 SVAVPRLIQKLNQQT-------ILQVSCGNWHCLALAADGQFFTWGKNSHGQLGL-GKEF 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 KIAA15 PV-TKPQKVEHLAGRVVLQVACGAFHSLALVQCLPSQDLKPVPERCNQCSQLLITMTDKE : ..::.:. : : . ::: :. ::.:: KIAA00 PSQASPQRVRSLEGIPLAQVAAGGAHSFALSLSGAVFGWGMNNAGQLGLSDEKDRESPCH 180 190 200 210 220 230 >>KIAA1470 ( 564 res) fj01953 (564 aa) initn: 211 init1: 211 opt: 249 Z-score: 232.7 bits: 54.5 E(): 7.7e-08 Smith-Waterman score: 249; 28.270% identity (55.696% similar) in 237 aa overlap (430-656:114-334) 400 410 420 430 440 450 KIAA15 CASAVGVRVAATYEAGALSLKKVMNFYSTTPCETGAQAGSSAIGPEGLKDSREEQVKQES : .: .:.... : . .:.:: :. KIAA14 CSSSSGGGSSGDEDGLELDGAPGGGKRAARPATAGKAGGAAVVITE--PEHTKERVKLEG 90 100 110 120 130 140 460 470 480 490 500 510 KIAA15 MQ--------GKKSSSLVDIREEETEGGSRRLSLPGLLSQVSPRLLRKAARVKTRTVVLT . : . .:. .: . .. : .: .:. : :..:::: KIAA14 SKCKGQLLIFGATNWDLIGRKEVPKQQAAYRNLGQNLW---GPHRYGCLAGVRVRTVV-- 150 160 170 180 190 520 530 540 550 560 570 KIAA15 PTYSGEADALLPSLRTEVWTWGKGKEGQLGHGDVLPRLQPLCVKCLDGKEVIHLEAGGYH . : : .:: . . ..:.::....:::::::. : .. :. . .. : : KIAA14 -SGSCAAHSLLITTEGKLWSWGRNEKGQLGHGDTKRVEAPRLIEGLSHEVIVSAACGRNH 200 210 220 230 240 250 580 590 600 610 620 KIAA15 SLALTAKSQVYSWGSNTFGQLGHSDFPTTVPRLAKISSENG--VWSIAAGRDYSLFLVDT .:::: ..:...: : .:::: .. .:: :.: :: . ..: : ..:... KIAA14 TLALTETGSVFAFGENKMGQLGLGNQTDAVPSPAQIMY-NGQPITKMACGAEFSMIM--- 260 270 280 290 300 310 630 640 650 660 670 680 KIAA15 EDFQPGLYYSGRQDPTEGDNLPENHSGSKTPVLLSCSKLGYISRVTAGKDSYLALVDKNI : . .:: : : :. : .: .: KIAA14 -DCKGNLYSFG--CPEYGQ-LGHNSDGKFIARAQRIEYDCELVPRRVAIFIEKTKDGQIL 320 330 340 350 360 >>KIAA1593 ( 953 res) fj09260 (953 aa) initn: 399 init1: 168 opt: 213 Z-score: 197.1 bits: 48.6 E(): 7.4e-06 Smith-Waterman score: 273; 32.418% identity (62.088% similar) in 182 aa overlap (44-218:35-206) 20 30 40 50 60 70 KIAA15 GSKERGLVHIWQAGSFPITPERLPGWGGKTVLQAALGVKHGVLLTEDGEVYSFGTLPW-R ..:.: : :.. :.. .::. .: . . KIAA15 KIMCVDSLVRICSGLSYGRIRNIKSLSDIQIVQVACGYYHSLALSKASEVFCWGQNKYGQ 10 20 30 40 50 60 80 90 100 110 120 KIAA15 SGPVEICP--SSPILENALVGQYVITVATGSFHSGAVTDNGVAYMWGENSAGQCAVA--N : : .:: : ..:.: . ::.:. :: ..: .:. . ::.:. :: .. : KIAA15 LGLGTDCKKQTSPQLLKSLLGIPFMQVAAGGAHSFVLTLSGAIFGWGRNKFGQLGLNDEN 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 KIAA15 QQYVPEPNPVSIADSEASPLLAVRILQLACGEEHTLALSISREIWAWGTGC--QLGLITT ..::: .. : : . .:. . :::.:: ::. ....:.: ::: .: KIAA15 DRYVP-----NLLKS----LRSQKIVYICCGEDHTAALTKEGGVFTFGAGGYGQLGHNST 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 KIAA15 AFPVTKPQKVEHLAGRVVLQVACGAFHSLALVQCLPSQDLKPVPERCNQCSQLLITMTDK . .. :.:: .: : .: ..::: :. :.: KIAA15 SHEIN-PRKVFELMGSIVTEIACGRQHTSAFVPSSGRIYSFGLGGNGQLGTGSTSNRKSP 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 300 KIAA15 EDHVIISDSHCCPLGVTLTESQAENHASTALSPSTETLDRQEEVFENTLVANDQSVATEL KIAA15 FTVKGNWYPYNGQCLPDIDSEEYFCVKRIFSGGDQSFSHYSSPQNCGPPDDFRCPNPTKQ 240 250 260 270 280 290 >>KIAA1417 ( 1379 res) fh14782 (1379 aa) initn: 143 init1: 143 opt: 192 Z-score: 176.0 bits: 45.3 E(): 0.00011 Smith-Waterman score: 192; 30.682% identity (55.682% similar) in 176 aa overlap (470-636:166-335) 440 450 460 470 480 490 KIAA15 SAIGPEGLKDSREEQVKQESMQGKKSSSLVDIREEETEGGSRRLSLPGLLSQVS---PRL : . : : . ..: : :: : :.: KIAA14 VSLYIQDKEGLSALDLVMKDRPTHVVFKNTDPTDVYTWGDNTNFTL-GHGSQNSKHHPEL 140 150 160 170 180 190 500 510 520 530 540 550 KIAA15 LRKAAR--VKTRTVVLTPTYSGEADALLPSLRTEVWTWGKGKEGQLGHGDVLPRLQPLCV . .: . . ::: .: .. : . .:.: :.: :.::::: : : : KIAA14 VDLFSRSGIYIKQVVLCKFHS-----VFLSQKGQVYTCGHGPGGRLGHGDEQTCLVPRLV 200 210 220 230 240 560 570 580 590 600 610 KIAA15 KCLDGKEVIHLEAGGYHSLALTAKSQVYSWGSNTFGQLGHSDFPTT--VPRLAKISSENG . :.:.. .. :. :...:: . ::..: : : ::: :.. ::: . . .: KIAA14 EGLNGHNCSQVAAAKDHTVVLTEDGCVYTFGLNIFHQLGIIPPPSSCNVPRQIQAKYLKG 250 260 270 280 290 300 620 630 640 650 660 670 KIAA15 --VWSIAAGRDYSLFLVDTEDFQPGLYYSGRQDPTEGDNLPENHSGSKTPVLLSCSKLGY . ..:::: .... . . :: KIAA14 RTIIGVAAGRFHTVLWTREAVYTMGLNGGQLGCLLDPNGEKCVTAPRQVSALHHKDIALS 310 320 330 340 350 360 >>KIAA1995 ( 1011 res) bh00088 (1011 aa) initn: 198 init1: 137 opt: 167 Z-score: 154.4 bits: 40.8 E(): 0.0018 Smith-Waterman score: 202; 25.974% identity (55.844% similar) in 231 aa overlap (5-219:360-581) 10 20 KIAA15 PMDSKKRSSTEAEG-----SKERGLVHIWQAGSF . :::: .:. ... . :..: .:. KIAA19 TADELLDRPLLRKRRREMEEKVTLLNAPTKRPRSSTVTEAPIAVVTSRTSEVYVWGGGK- 330 340 350 360 370 380 30 40 50 60 70 80 KIAA15 PITPERLPGW-GGKTVLQAALGVKHGVLLTEDGEVYSF-----GT-LPWRSGPVEICP-S ::..: .: .. :. : : ...: . :.:.. :: : . : . KIAA19 -STPQKLDVIKSGCSARQVCAGNTHFAVVTVEKELYTWVNMQGGTKLHGQLGHGDKASYR 390 400 410 420 430 440 90 100 110 120 130 140 KIAA15 SPILENALVGQYVITVATGSFHSGAVTDNGVAYMWGENSAGQCAVANQQYVPEP-NPVSI .: . : :. . :. :. . :::.: : .: . : : ... :: .:... KIAA19 QPKHVEKLQGKAIHQVSCGDDFTVCVTDEGQLYAFGSDYYG-CMGVDKVAGPEVLEPMQL 450 460 470 480 490 500 150 160 170 180 190 KIAA15 ADSEASPLLAVRILQLACGEEHTLALSISREIWAWGTGC--QLGLITTAFPVTKPQKVEH ..: . :..::..:...:. ..:...:: : .::: . ::::. KIAA19 NFFLSNP-----VEQVSCGDNHVVVLTRNKEVYSWGCGEYGRLGL-DSEEDYYTPQKVDV 510 520 530 540 550 560 200 210 220 230 240 250 KIAA15 LAGRVVLQVACGAFHSLALVQCLPSQDLKPVPERCNQCSQLLITMTDKEDHVIISDSHCC . ... : :: .. :.: KIAA19 PKALIIVAVQCGCDGTFLLTQSGKVLACGLNEFNKLGLNQCMSGIINHEAYHEVPYTTSF 570 580 590 600 610 620 1658 residues in 1 query sequences 1985847 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:08:14 2008 done: Thu Dec 18 15:08:15 2008 Total Scan time: 0.900 Total Display time: 0.160 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]