# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh18619.fasta.nr -Q ../query/KIAA1556.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1556, 1595 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7821337 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.9934+/-0.000193; mu= 13.7545+/- 0.011 mean_var=79.7834+/-15.958, 0's: 37 Z-trim: 73 B-trim: 3074 in 2/65 Lambda= 0.143588 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|21104338|emb|CAC85752.1| obscurin [Homo sapiens (2212) 10374 2160.8 0 gi|55666435|emb|CAH71673.1| obscurin, cytoskeletal (6620) 8514 1775.9 0 gi|58331253|ref|NP_443075.2| obscurin, cytoskeleta (6620) 8514 1775.9 0 gi|148833506|ref|NP_001092093.1| obscurin, cytoske (7968) 8514 1776.0 0 gi|215274225|sp|Q5VST9.3|OBSCN_HUMAN RecName: Full (7968) 8514 1776.0 0 gi|15026974|emb|CAC44768.1| obscurin [Homo sapiens (6620) 8505 1774.1 0 gi|119590273|gb|EAW69867.1| obscurin, cytoskeletal (5693) 8498 1772.5 0 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unnamed protein produc (5505) 1328 287.2 2.3e-73 gi|114573060|ref|XP_001142766.1| PREDICTED: obscur (1694) 1313 283.7 8.7e-73 gi|118093534|ref|XP_001234116.1| PREDICTED: simila (13256) 1262 273.9 5.7e-69 gi|94732358|emb|CAD60685.2| novel protein similar (22017) 1250 271.6 4.6e-68 gi|169154862|emb|CAQ15248.1| titin-like [Danio rer (22189) 1250 271.7 4.7e-68 gi|110005908|gb|ABG48499.1| titin b [Danio rerio] (28835) 1250 271.8 5.6e-68 gi|189523697|ref|XP_001341635.2| PREDICTED: im:691 (28836) 1250 271.8 5.6e-68 gi|169154588|emb|CAQ15251.1| novel protein similar (22088) 1239 269.4 2.2e-67 gi|110005909|gb|ABG48500.1| titin a [Danio rerio] (32757) 1239 269.5 3e-67 gi|189523699|ref|XP_001923800.1| PREDICTED: titin (32757) 1239 269.5 3e-67 gi|194222358|ref|XP_001917584.1| PREDICTED: simila (33403) 1233 268.3 7.2e-67 gi|47211686|emb|CAF92338.1| unnamed protein produc (9369) 1225 266.1 9.1e-67 gi|123232572|emb|CAM24263.1| titin [Mus musculus] (26886) 1213 264.1 1.1e-65 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3.3e-56 gi|110349715|ref|NP_003310.3| titin isoform N2-B [ (26926) 1061 232.6 3.3e-56 gi|17066104|emb|CAD12455.1| N2B-Titin Isoform [Hom (26926) 1061 232.6 3.3e-56 gi|110349713|ref|NP_597676.2| titin isoform novex- (27051) 1061 232.6 3.3e-56 gi|119631423|gb|EAX11018.1| titin, isoform CRA_d [ (27051) 1061 232.6 3.3e-56 >>gi|21104338|emb|CAC85752.1| obscurin [Homo sapiens] (2212 aa) initn: 13764 init1: 8640 opt: 10374 Z-score: 11605.8 bits: 2160.8 E(): 0 Smith-Waterman score: 10374; 98.489% identity (99.055% similar) in 1588 aa overlap (9-1590:1-1588) 10 20 30 40 50 60 KIAA15 RARVRVHDLHVGITKRLKTMEVLEGESCSFECVLSHESASDPAMWTVGGKTVGSSSRFQA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|211 LHVGITKRLKTMEVLEGESCSFECVLSHESASDPAMWTVGGKTVGSSSRFQA 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 KIAA15 TRQGRKYILVVREAAPSDAGEVVFSVRGLTSKASLIVRERPAAIIKPLEDQWVAPGEDVE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|211 TRQGRKYILVVREAAPSDAGEVVFSVRGLTSKASLIVRERPAAIIKPLEDQWVAPGEDVE 60 70 80 90 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