# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj14026s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1545.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1545, 968 aa vs ./tmplib.25089 library 1986537 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.7375+/-0.0113; mu= -19.3682+/- 0.764 mean_var=576.4804+/-139.180, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 8 in 1/39 Lambda= 0.053417 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0442 ( 1266 res) hh03913 (1266) 781 75.7 4e-14 >>KIAA0442 ( 1266 res) hh03913 (1266 aa) initn: 1435 init1: 327 opt: 781 Z-score: 345.5 bits: 75.7 E(): 4e-14 Smith-Waterman score: 2034; 38.392% identity (56.522% similar) in 1219 aa overlap (1-968:115-1266) 10 20 30 KIAA15 EEEVIDGFAIASFSTLEALEKDMALKPHER ::..:::::..:: :.::::::.::::.:: KIAA04 SDKEDNGKPPSSAPSRPRPPRRKRRESTSAEEDIIDGFAMTSFVTFEALEKDVALKPQER 90 100 110 120 130 140 40 50 60 70 80 KIAA15 KEKWERRLIKKPRESETCPPAEPSENRR---PLEAGSPGQDLEPACDGARKVPLQPSKQM :: . : :: ::. : . :.. : : . .: .. . :. : .:. KIAA04 VEKRQTPLTKKKREALTNGLSFHSKKSRLSHPHHYSSDRENDRNLCQHLGKRKKMPKALR 150 160 170 180 190 200 90 100 110 120 130 140 KIAA15 KVTVSKGGDRDSDDDSV------LEATSSRDPLSDSSAHAVSGRGYSCDSESGPDDKAS- .. .... ::::..:. .. .:::. :::::: . : :: :::.: ..::: KIAA04 QLKSGQNSCRDSDSESASGESKGFHRSSSRERLSDSSAPSSLGTGYFCDSDSDQEEKASD 210 220 230 240 250 260 150 160 170 180 KIAA15 VGSEKLFAPG-TDKGPAL------EKSEAKAGP-VPKVSGLERSRELSAES-----FLPT ..::::: ..: : : :.. ::: :::.::::::.: : . : :. KIAA04 ASSEKLFNTVIVNKDPELGVGTLPEHDSQDAGPIVPKISGLERSQEKSQDCCKEPIFEPV 270 280 290 300 310 320 190 200 210 220 KIAA15 A--SPAPHAA-PCPGPP--PGSRA---NP-LVKKE--PPAPHRHTPQPP--PPQ------ . .: :..: : : : : :: .: ::.. :: : . ::: ::. KIAA04 VLKDPCPQVAQPIPQPQTEPQLRAPSPDPDLVQRTEAPPQPPPLSTQPPQGPPEAQLQPA 330 340 350 360 370 380 230 240 250 260 KIAA15 --------PRGLLPTHV-PASLGAFAGHSQA--------AANG----LHGLSRS-SSAPL :: ::.. .: .: .: : :. :..:: : ::.: KIAA04 PQPQVQRPPRPQSPTQLLHQNLPPVQAHPSAQSLSQPLSAYNSSSLSLNSLSSSRSSTPA 390 400 410 420 430 440 270 280 290 300 310 KIAA15 GLGK---HVSLSPHG-PGPHLSTSHLALRS------QAQHQLHAAMFAAPPTLPPPPALP :.: : . : : .: :.: :. : ::: : .::::: : KIAA04 KTQPAPPHISHHPSASPFPLSLPNHSPLHSFTPTLQPPAHSHHPNMFAPPTALPPPPPLT 450 460 470 480 490 500 320 330 340 350 360 370 KIAA15 ASSLVLPGHPA-----DHELLRQELNTRFLV-QSAERPGASLGPGALLRAEFHQHQHTHQ ..:: . :::: ....::::::::::. :::.: :::::: ::.::::::: :: KIAA04 SGSLQVAGHPAGSTYSEQDILRQELNTRFLASQSADR-GASLGPPPYLRTEFHQHQHQHQ 510 520 530 540 550 560 380 390 400 410 420 KIAA15 HTHQHTHQHQHTFAPFPAGLPPT---PPAAPPPFDKYAPKLDSPYFRHSSVSFFPSFPPA :::::::: :::.::: ..::: : ::: :::: :.: :..:: :.: :.::: KIAA04 HTHQHTHQ--HTFTPFPHAIPPTAIMPTPAPPMFDKYPTKVD-PFYRH---SLFHSYPPA 570 580 590 600 610 430 440 450 460 470 480 KIAA15 IPGLPTLLPHPGPFGSLQGAFQPKVSDPYRAVVKVSTCWEGPWQGRTLVPPGRPRGARDS . :.: ..: :::::::::::::..::.: ... KIAA04 VSGIPPMIPPTGPFGSLQGAFQPKLTDPFRPMLR-------------------------- 620 630 640 650 490 500 510 520 530 540 KIAA15 RSLQKTWVGVAPAPLSASILSQKPGRWCAVHVQIAWQIYRHQQKIK-EMQLDPHKLEVGA :::.:::.::.::::::.::::.: .:: :::::. : KIAA04 ----------------------KPGKWCAMHVHIAWQIYHHQQKVKKQMQSDPHKLDFGL 660 670 680 550 560 570 580 590 600 KIAA15 KLDLFGRPPAPGVFAGFHYPQDLARP--LFPSTGAAHPASNPFGPSAHPGSFLPTGPLTD : ....:::.:..:...:.:.::::: :: ..:::::...:::: : ..:: . . KIAA04 KPEFLSRPPGPSLFGAIHHPHDLARPSTLFSAAGAAHPTGTPFGPPPHHSNFLNPAAHLE 690 700 710 720 730 740 610 620 630 640 650 660 KIAA15 PFSRPSTFGGLGSLSSHAFGGLGSHALAPGGSIFAPKEGSSVHGLPSPHEAWNRLHRAPP ::.::::: ::......::::::. ...:. :.:. :.: ::... .::: ::::::.:: KIAA04 PFNRPSTFTGLAAVGGNAFGGLGNPSVTPN-SMFGHKDGPSVQNFSNPHEPWNRLHRTPP 750 760 770 780 790 800 670 680 690 700 710 KIAA15 SFPAPPPWPKSVDAERVSALTNHDREPDN-------GKEEQERDLLEKTRLLSRASPAT- :::.:::: : . :: .. . :::. : .:...::. .:: : :. ::: KIAA04 SFPTPPPWLKPGELERSASAAAHDRDRDVDKRDSSVSKDDKERESVEK-RHSSHPSPAPV 810 820 830 840 850 860 720 730 740 750 KIAA15 -PA---GHPVSGL-LLRAQ--SELGRSGAPAEREA------------EPRVKESRSPAKE :. :: :. .::. .: .. : ::: : ..::.. : :. KIAA04 LPVNALGHTRSSTEQIRAHLNTEAREKDKPKERERDHSESRKDLAADEHKAKEGHLPEKD 870 880 890 900 910 920 760 770 KIAA15 ----------EVAKMPARA-SP-----------PHS----KAAP-------------GDV : ::. ::. :: :.: .: : ..: KIAA04 GHGHEGRAAGEEAKQLARVPSPYVRTPVVESARPNSTSSREAEPRKGEPAYENPKKSSEV 930 940 950 960 970 980 780 790 800 KIAA15 KVKEERGEDE-----------ASEPP----AGGLHPAPLQ-------------------- :::::: ::. ::::: ....::.:: KIAA04 KVKEERKEDHDLPPEAPQTHRASEPPPPNSSSSVHPGPLASMPMTVGVTGIHPMNSISSL 990 1000 1010 1020 1030 1040 810 820 830 840 KIAA15 ---------LGL----GRERLGAPGFAWEPFRG-LELPRRAFPAAAPAP-GSAALL--EP .:. : ::. :.: :.:.: :. : : . : : :: .: KIAA04 DRTRMMTPFMGISPLPGGERFPYPSFHWDPIRDPLRDPYRELDIHRRDPLGRDFLLRNDP 1050 1060 1070 1080 1090 1100 850 860 KIAA15 ------P-----ERPYRDREPHGYS-------------PER----------------LRG : .: .:::::: :: :.: :: KIAA04 LHRLSTPRLYEADRSFRDREPHDYSHHHHHHHHPLSVDPRREHERGGHLDERERLHMLRE 1110 1120 1130 1140 1150 1160 870 880 890 900 910 KIAA15 ELERARAPHLPPAAPALDGAL------LPSLGALHFPRLSPAALH-NGLLARTPPAAAAL . :..: . ::. ::: : :.: ..:.::.::.: . :::: .:::.:: : KIAA04 DYEHTRLHSVHPAS--LDGHLPHPSLITPGLPSMHYPRISPTAGNQNGLLNKTPPTAA-L 1170 1180 1190 1200 1210 1220 920 930 940 950 960 KIAA15 GAPPPLVTAAGPPTPPGPPRSRTTPLGGLGPGEARDYSPSRNPPEVEAR .:::::... : : :: :::::.. : :. ::.. ..::: KIAA04 SAPPPLISTLGG--RPVSPR-RTTPLSA----EIRERPPSHTLKDIEAR 1230 1240 1250 1260 968 residues in 1 query sequences 1986537 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:07:30 2008 done: Thu Dec 18 15:07:31 2008 Total Scan time: 0.670 Total Display time: 0.060 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]