# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ph00937.fasta.huge -Q ../query/KIAA1531.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1531, 1206 aa vs ./tmplib.25089 library 1986299 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.3410+/-0.00898; mu= 3.1806+/- 0.611 mean_var=306.9321+/-72.099, 0's: 0 Z-trim: 20 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.073207 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1828 ( 496 res) ha06249 ( 496) 444 61.1 4.9e-10 KIAA0230 ( 1496 res) ha02538 (1496) 334 50.1 3e-06 KIAA0814 ( 1559 res) fh16048 (1559) 315 48.1 1.2e-05 KIAA0813 ( 1618 res) pf00581 (1618) 313 47.9 1.5e-05 KIAA1465 ( 785 res) fh13187 ( 785) 284 44.5 7.9e-05 >>KIAA1828 ( 496 res) ha06249 (496 aa) initn: 757 init1: 287 opt: 444 Z-score: 272.1 bits: 61.1 E(): 4.9e-10 Smith-Waterman score: 889; 39.197% identity (58.509% similar) in 523 aa overlap (706-1206:22-496) 680 690 700 710 720 730 KIAA15 LLNLCFHIAMTSAVFAGGITLTNYQMVCQAVGITLHYSSLSTLLWMGVKARVLHKELTWR :::.::::.:::.::.:: :: ..:..: . 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KIAA18 SLGAFYGPAAIITLVTCVYFLGTYVQLR----RHP--GRRYELRTQPEEQR-----RLAT 120 130 140 150 860 870 880 890 900 KIAA15 PLLSDSGSLLATGSARVGTPGPPED--GDSL----YSPGVQLGALVTTHFLYLAMWACGA : ..: . : ::: : .: : :. .: .:: : . : ::. : :: :: KIAA18 P---EGGR-----GIRPGTP-PAHDAPGASVLQNEHSFQAQLRAAAFTLFLFTATWAFGA 160 170 180 190 200 210 910 920 930 940 950 960 KIAA15 LAVSQRWLPRVVCSCLYGVAASALGLFVFTHHCARRRDVRASWRACCPPASPAAP--HAP ::::: . .: :::::. .:::::. ::::.:.:: : ::::: . : : : KIAA18 LAVSQGHFLDMVFSCLYGAFCVTLGLFVLIHHCAKREDVWQCWWACCPPRKDAHPALDAN 220 230 240 250 260 270 970 980 990 1000 1010 1020 KIAA15 PRALPAAAEDGSPVFGEGPPSLKSSPSGSSGHPLALGPCKLTNLQLAQSQV-CEAGAA-- :: :: :: .:. : : . :: ::::.:::: ::... : . :. 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KIAA08 ELMLTGNQLETVHGRVFRGLSGLKTLMLRSNLIGCVSNDTFAGLSSVRLLSLYDNRITTI 630 640 650 660 670 680 260 270 280 290 300 310 KIAA15 QPGVFDELPALKVVDLGTEFLTCDCHLRWLLPWAQNRSLQLSEHTLCAYPSALHAQALGS ::.: : .:....: .. ..:.::: :: : ..: . .: . : : :. . . KIAA08 TPGAFTTLVSLSTINLLSNPFNCNCHLAWLGKWLRKRRI-VSGNPRCQKPFFLKEIPIQD 690 700 710 720 730 320 330 340 350 360 370 KIAA15 LQEAQLCCEGALELHTHHLIPSLRQVVFQGDRLPFQCSASYLGNDTRIRWYHNRAPVEGD . .. :.: : . .: : : : ::. 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KIAA08 SSAGPVRPELWLLLWAAAWRLGASACP-ALCTCTGTTVDCHGTGLQAIPKNIPRNTER-L 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 KIAA15 VCSGGDLPEPPEPGLLPNGTVTLL-LSNNKITGLRNGSFLGLSLLEKL------------ .:... . . . . .: : .:.: .. :.: .. ::.: KIAA08 ELNGNNITRIHKNDFAGLKQLRVLQLMENQIGVVERGAFDDMKELERLRLNRNQLHMLPE 160 170 180 190 200 210 200 210 220 230 240 KIAA15 ------------DLRNNIISTVQPGAFLGLGELKRLDLSNNRIGCLTSETFQGLPRLLRL :: .: :... :: : .:: :.:..:.:.:. .:..: : : KIAA08 LLFQNNQALSRLDLSENAIQAIPRKAFRGATDLKNLQLDKNQISCIEEGAFRALRGLEVL 220 230 240 250 260 270 250 260 270 280 290 300 KIAA15 NISGNIFSSLQPGVFDELPALKVVDLGTEFLTCDCHLRWLLPWAQNRSLQLSEHTLCAYP ....: .... . :...: :.. : .. : ::::: :: : ..: .. : :. : KIAA08 TLNNNNITTIPVSSFNHMPKLRTFRLHSNHLFCDCHLAWLSQWLRQRPT-IGLFTQCSGP 280 290 300 310 320 310 320 330 340 350 360 KIAA15 SALHAQALGSLQEAQLCCEGALELHTHHLIPSLRQVVFQGDRLPFQCSASYLGNDTRIRW ..:.. .. .:.... : : : .:. .... : .:. : : : KIAA08 ASLRGLNVAEVQKSEFSCSGQGEAGR---VPT---CTLSSGSCPAMCTCSNGIVDCRGKG 330 340 350 360 370 380 370 380 390 400 410 420 KIAA15 YHNRAPVEGDEQAGILLAESLIHDCTFITSELTLSHIGVWASGEWECTVSMAQGNASKKV KIAA08 LTAIPANLPETMTEIRLELNGIKSIPPGAFSPYRKLRRIDLSNNQIAEIAPDAFQGLRSL 390 400 410 420 430 440 >>KIAA1465 ( 785 res) fh13187 (785 aa) initn: 439 init1: 228 opt: 284 Z-score: 178.6 bits: 44.5 E(): 7.9e-05 Smith-Waterman score: 326; 31.475% identity (51.803% similar) in 305 aa overlap (91-366:34-312) 70 80 90 100 110 KIAA15 PARLGPSGRRAARPQRCGSPRGDGLMGAGGRRMRGAPARLLLPLLP-WLLLLLAPEARGA ::. :: ..:: ::. : :. 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KIAA14 NPFHCGCGLVWLQAWAASTRVSLPEPDSIACASPPALQGVPVYRLP-ALPCAPPSVHLSA 230 240 250 260 270 340 350 360 370 380 390 KIAA15 HHLIPSLRQVVFQGDRLPFQCSASYLGNDT-RIRWYHNRAPVEGDEQAGILLAESLIHDC . . . . : . ..: :. :. : :..: KIAA14 EPPLEAPGTPLRAGLAFVLHCIAD--GHPTPRLQWQLQIPGGTVVLEPPVLSGEDDGVGA 280 290 300 310 320 330 400 410 420 430 440 450 KIAA15 TFITSELTLSHIGVWASGEWECTVSMAQGNASKKVEIVVLETSASYCPAERVANNRGDFR KIAA14 EEGEGEGDGDLLTQTQAQTPTPAPAWPAPPATPRFLALANGSLLVPLLSAKEAGVYTCRA 340 350 360 370 380 390 1206 residues in 1 query sequences 1986299 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:06:59 2008 done: Thu Dec 18 15:07:00 2008 Total Scan time: 0.740 Total Display time: 0.160 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]