# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fg04486mrp1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1511.ptfa ./tmplib.25089 2
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
KIAA1511, 1253 aa
vs ./tmplib.25089 library
1986252 residues in 2037 sequences
Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.2541+/-0.00998; mu= -0.1901+/- 0.676
mean_var=397.5564+/-93.454, 0's: 0 Z-trim: 5 B-trim: 0 in 0/40
Lambda= 0.064324
FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16
The best scores are: opt bits E(2037)
KIAA1577 ( 743 res) fj03457 ( 743) 3711 359.4 1.2e-99
KIAA0913 ( 1881 res) fh07519s2 (1881) 570 68.4 1.2e-11
>>KIAA1577 ( 743 res) fj03457 (743 aa)
initn: 3702 init1: 2853 opt: 3711 Z-score: 1880.6 bits: 359.4 E(): 1.2e-99
Smith-Waterman score: 3711; 74.597% identity (91.129% similar) in 744 aa overlap (514-1253:1-743)
490 500 510 520 530 540
KIAA15 ELGALWVCIILNPHCKLEEKSCWLQQLQKWSDLDVCPLEDGNYGHELPNITNALPQSAIH
...:::: ::::.: ::::.::::::.:
KIAA15 NSVDVCPWEDGNHGSELPNLTNALPQGANA
10 20 30
550 560 570 580 590 600
KIAA15 SPDSLSRPRRTVFTRAIEGRELHWQDSHLQRIISSDVYTAPACQRESERLLFNSQGQPLW
. :: .::.:::::::::. .:::::::::.:::::.:: . ..: ::.:.: :::
KIAA15 NQDSSNRPHRTVFTRAIEACDLHWQDSHLQHIISSDLYTNYCYHDDTENSLFDSRGWPLW
40 50 60 70 80 90
610 620 630 640 650 660
KIAA15 LEHVPTACARVDALRSHGYPKEALRLTVAIINTLRLQQQRQLEIYKHQKKELLQRGTTTI
:::::::::::::::::::.:::::..::.:::: :::.:::... ::::: ... :.:
KIAA15 HEHVPTACARVDALRSHGYPREALRLAIAIVNTLRRQQQKQLEMFRTQKKELPHKNITSI
100 110 120 130 140 150
670 680 690 700 710
KIAA15 TNLEGWVGHPLDPIDCLFLTLTEACRLNDDGYLEMSD----MNESRPPVYQHVPVAAGSP
:::::::::::::. :: .: ::::..:.. .:: :.. . :::.: :
KIAA15 TNLEGWVGHPLDPVGTLFSSLMEACRIDDENLSGFSDFTENMGQCKSLEYQHLP-AHKFL
160 170 180 190 200
720 730 740 750 760 770
KIAA15 NSSESYLSLALEVALMGLGQQRLMPEGLYAQDKVCRNEEQLLSQLQELQLDDELVQTLQK
. .::::.::.::::.::::::.::.:::.:.:::::::::.:.:::..::: ::. ..:
KIAA15 EEGESYLTLAVEVALIGLGQQRIMPDGLYTQEKVCRNEEQLISKLQEIELDDTLVKIFRK
210 220 230 240 250 260
780 790 800 810 820 830
KIAA15 QCILLLEGGPFSGLGEVIHRESVPMHTFAKYLFSALLPHDPDLSYKLALRAMRLPVLENS
: ..:::.::.:::::.::::::::::::::::..::::: .:.::.::::::: :::..
KIAA15 QAVFLLEAGPYSGLGEIIHRESVPMHTFAKYLFTSLLPHDAELAYKIALRAMRLLVLEST
270 280 290 300 310 320
840 850 860 870 880 890
KIAA15 ASAGDTSHPHHMVSVVPSRYPRWFTLGHLESQQCELASTMLTAAKGDTLRLRTILEAIQK
: .:: ..:::..::::.::::::::.:.::::::::::::::::::. ::.:.::.:::
KIAA15 APSGDLTRPHHIASVVPNRYPRWFTLSHIESQQCELASTMLTAAKGDVRRLETVLESIQK
330 340 350 360 370 380
900 910 920 930 940 950
KIAA15 HIHSSSLIFKLAQDAFKIATPTDSSTDSTLLNVALELGLQVMRMTLSTLNWRRREMVRWL
.::::: ::::::::::::: :: : :::.:.::::::::::::::::::::::::::
KIAA15 NIHSSSHIFKLAQDAFKIATLMDSLPDITLLKVSLELGLQVMRMTLSTLNWRRREMVRWL
390 400 410 420 430 440
960 970 980 990 1000 1010
KIAA15 VTCATEVGVRALVSILQSWYTLFTPTEATSIVAATAVSHTTILRLSLDYPQREELASCAR
::::::::: :: ::.:.:.:::::::::::::.:..:..::.:: :: :.:.::: ::
KIAA15 VTCATEVGVYALDSIMQTWFTLFTPTEATSIVATTVMSNSTIVRLHLDCHQQEKLASSAR
450 460 470 480 490 500
1020 1030 1040 1050 1060 1070
KIAA15 TLALQCAMKDPQSCALSALTLCEKDHIAFEAAYQIAIDAAAGGMTHSQLFTIARYMELRG
::::::::::::.:::::::::::::::::.::::..:::. ::...:::::::::: ::
KIAA15 TLALQCAMKDPQNCALSALTLCEKDHIAFETAYQIVLDAATTGMSYTQLFTIARYMEHRG
510 520 530 540 550 560
1080 1090 1100 1110 1120 1130
KIAA15 YPLRAFKLASLAMSHLNLAYNQDTHPAINDVLWACALSHSLGKNELAALIPLVVKSVHCA
::.::.:::.:::.::::.:::::::::::::::::::::::::::::.::::::::.::
KIAA15 YPMRAYKLATLAMTHLNLSYNQDTHPAINDVLWACALSHSLGKNELAAIIPLVVKSVKCA
570 580 590 600 610 620
1140 1150 1160 1170 1180 1190
KIAA15 TVLSDILRRCTVTAPGLAGIPGRRSSGKLMSTDKAPLRQLLDATINAYINTTHSRLTHIS
:::::::::::.:.::..:. :::.:::::: :::::::::::::.::::::::::::::
KIAA15 TVLSDILRRCTLTTPGMVGLHGRRNSGKLMSLDKAPLRQLLDATIGAYINTTHSRLTHIS
630 640 650 660 670 680
1200 1210 1220 1230 1240 1250
KIAA15 PRHYGEFIEFLSKARETFLLPQDGHLQFAQFIDNLKQIYKGKKKLMLLVRERFG
::::.::::::::::::::. .:::.::.:::::::::::::::::.:::::::
KIAA15 PRHYSEFIEFLSKARETFLMAHDGHIQFTQFIDNLKQIYKGKKKLMMLVRERFG
690 700 710 720 730 740
>>KIAA0913 ( 1881 res) fh07519s2 (1881 aa)
initn: 835 init1: 253 opt: 570 Z-score: 301.0 bits: 68.4 E(): 1.2e-11
Smith-Waterman score: 719; 31.092% identity (52.773% similar) in 595 aa overlap (4-538:39-558)
10 20 30
KIAA15 AGRPRLPSRRAPG-PGRGSPLGPAGSRVLSPRP
: . ::. :. :::: : .: :.:
KIAA09 LSLGDWPRSPLAPRCWARPGPVSFPGLRFSPGTAALSAPATPSPGSPLRPRAS----PQP
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
KIAA15 PRRHRWALARGAWPWPGSPPQPEQPPPPQSVSQSPAMADGGEREELLSPSPVSPAKRQC-
: . :. : ::. : .. .. :. . :: : .: :. :
KIAA09 PAGGPGPGSAGGDPAPGGAGPMELMFAEWEDGERFSFEDSDRFEEDSLCSFISEAESLCQ
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140
KIAA15 SWPS--PQAHHPRGSPGAAGGGAGGVGSSCLVLGARPHLQPDSLLDCAAKTVAEKWAYER
.: . :. : .:: ..:::.:: :.. . : . : :.. .:: :: . .:
KIAA09 NWRGWRKQSAGP-NSP-TGGGGGGGSGGTRMRDGL---VIP--LVELSAKQVAFHIPFEV
130 140 150 160 170
150 160 170 180 190 200
KIAA15 VEERFERIPEPVQRRIVYWSFPRNEREICMYSSFQYRGGPGAGAAGGAAGASPAEEGPQP
::. . .:: .: ::..::::.::..: .:: . :.:.: .:
KIAA09 VEKVYPPVPEQLQLRIAFWSFPENEEDIRLYSCL----------ANGSA-----DE----
180 190 200 210
210 220 230 240 250 260
KIAA15 PPGAAAPAGSAPGGVAAGASPGLGAGAGAAGCGGEGLPFRRGIRLLDSGSVENVLQVGFH
:.:: .:. .:.. ::.:::
KIAA09 --------------------------------------FQRGDQLFRMRAVKDPLQIGFH
220 230 240
270 280 290 300 310 320
KIAA15 LSGTVTELATASEPAVTYKVAISFDRCKITSVTCGCGNKDIFYCAHVVALSLYRIRKPDQ
::.::. : .:.::. ::::..:: .: :: :.::::: :.::.. .
KIAA09 LSATVVP-PQMVPPKGAYNVAVMFDRCRVTSCSCTCGAGAKC-CTHVVALCLFRIHNASA
250 260 270 280 290
330 340 350 360 370 380
KIAA15 VKLRLPISETLFQMNRDQLQKFIQYLITAHHTEVLPTAQKLADEILSSNSE-INQVNGAP
: :: :.::.: ...::::::: ::::. ..:::::.: ::.:::.: :: : :::
KIAA09 VCLRAPVSESLSRLQRDQLQKFAQYLISELPQQILPTAQRLLDELLSSQSTAINTVCGAP
300 310 320 330 340 350
390 400 410 420 430
KIAA15 DPTAGASIDDENCWHLDEEQVKEQVKLFLSQGGYCGSG----KQLNSMFAK---------
::::: : .:.. :.::: . ...: : . .:: . ...:::. .
KIAA09 DPTAGPSASDQSTWYLDESTLTDNIKKTLHK--FCGPSPVVFSDVNSMYLSSTEPPAAAE
360 370 380 390 400 410
440 450 460
KIAA15 ----------------------VREMLRMRDSNGARMLTLITEQFVADPRLTLW------
::::.. ::::.: .: ..:.: .. ..: :
KIAA09 WACLLRPLRGREPEGVWNLLSIVREMFKRRDSNAAPLLEILTDQCLTYEQITGWWYSVRT
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510
KIAA15 ------------RQQGTN--MTDKCRQLWDELGALWVCIILNPHCKLEEKSCWLQQLQKW
:..: . . : .. ::. .:: .:.: . ... ::..:
KIAA09 SASHSSASGHTGRSNGQSEVAAHACASMCDEMVTLWRLAVLDPALSPQRRRELCTQLRQW
480 490 500 510 520 530
520 530 540 550 560 570
KIAA15 SDLDVCPLEDGNYGHELPNITNALPQSAIHSPDSLSRPRRTVFTRAIEGRELHWQDSHLQ
. : : .:. . :.. .. .:
KIAA09 Q-LKV--IENVKRGQHKKTLERLFPGFRPAVEACYFNWEEAYPLPGVTYSGTDRKLALCW
540 550 560 570 580 590
1253 residues in 1 query sequences
1986252 residues in 2037 library sequences
Scomplib [34.26]
start: Thu Dec 18 15:06:11 2008 done: Thu Dec 18 15:06:12 2008
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Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]