# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh12031s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1500.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1500, 2240 aa vs ./tmplib.24314 library 1985265 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4250+/-0.00524; mu= 15.3748+/- 0.356 mean_var=90.3435+/-21.095, 0's: 0 Z-trim: 4 B-trim: 5 in 1/39 Lambda= 0.134935 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 43, opt: 31, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1943 ( 1054 res) fh10956 (1054) 191 48.8 9.5e-06 KIAA1087 ( 952 res) hk02378 ( 952) 172 45.1 0.00011 >>KIAA1943 ( 1054 res) fh10956 (1054 aa) initn: 141 init1: 86 opt: 191 Z-score: 195.0 bits: 48.8 E(): 9.5e-06 Smith-Waterman score: 219; 21.991% identity (50.223% similar) in 673 aa overlap (772-1408:99-720) 750 760 770 780 790 KIAA15 LIRYVLHKEKIREMMDSFQFLVKDSKPNVVSDNVFHIQWSLISF-KYTSYNVSEKAGS-- ::.:. .::.: . . .. . : KIAA19 EAYLLQILPHTIRGGAEVSEPAELLFYIQDSDDVY----GLITFFPMENQKIESSPGERY 70 80 90 100 110 120 800 810 820 830 840 850 KIAA15 VSVTVQRTGNLNQYAIVLCRTEQGTASSSSRVSSQPGQQDYVEYAGQVQFDEREDTKSCT .:.. : :. . . .: . :.. . .... : . . ... : :.. . 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