# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh01611.fasta.huge -Q ../query/KIAA1498.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1498, 1731 aa vs ./tmplib.24314 library 1985774 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.8126+/-0.0115; mu= -16.2204+/- 0.777 mean_var=577.8144+/-135.088, 0's: 0 Z-trim: 15 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.053356 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0309 ( 3053 res) hg00096s1 (3053) 1609 140.4 6e-33 KIAA1259 ( 1561 res) hh15706 (1561) 546 58.2 1.6e-08 KIAA1122 ( 1048 res) hj01698 (1048) 465 51.8 9.4e-07 KIAA1564 ( 2432 res) fh20840s1 (2432) 448 50.9 4.1e-06 KIAA0308 ( 2759 res) ee00163 (2759) 356 43.9 0.00061 KIAA1416 ( 1966 res) hh02957s1 (1966) 329 41.6 0.002 >>KIAA0309 ( 3053 res) hg00096s1 (3053 aa) initn: 2382 init1: 863 opt: 1609 Z-score: 683.3 bits: 140.4 E(): 6e-33 Smith-Waterman score: 2126; 35.012% identity (58.216% similar) in 1211 aa overlap (664-1622:10-1192) 640 650 660 670 680 690 KIAA14 VQASQLSSLPQMVASTRLPVDPAPPCPRPLPTSSTSSLAPVSGSGPGPSP---ARSSPVN :.: .:: .:.:... : :: :..: .. 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KIAA11 YAIFDEGHMLKNMGSIRYQHLMTINANNRLLLTGTPVQNNLLELMSLLNFVMPHMFSSST 650 660 670 680 690 700 1240 1250 1260 1270 1280 1290 KIAA14 ---RPYLSSPLRAPSEESQDYYHKVVIRLHRVTQPFILRRTKRDVEKQLTKKYEHVLKCR : ..:: .. .:.: : .. . . ... .::::::.:..: ::: : ... : KIAA11 SEIRRMFSSKTKSADEQSI-YEKERIAHAKQIIKPFILRRVKEEVLKQLPPKKDRIELCA 710 720 730 740 750 760 1300 1310 1320 1330 1340 1350 KIAA14 LSNRQKALYEDVILQ-PGTQEALKSGHFVNVLSILVRLQRICNHPGLVEPRHPGSSYVAG .:..:. :: .. . . . : . . ... .....:... ::: : KIAA11 MSEKQEQLYLGLFNRLKKSINNLVTEKNTEMCNVMMQLRKMANHPLLHRQYYTAEKLKEM 770 780 790 800 810 820 1360 1370 1380 1390 1400 1410 KIAA14 PLEYPSASLILKALERDFWKEADLSMFDLIGLENKITRHEAELLSKKKIPRKLMEEISTS KIAA11 SQLMLKEPTHCEANPDLIFEDMEVMTDFELHVLCKQYRHINNFQLDMDLILDSGKFRVLG 830 840 850 860 870 880 >>KIAA1564 ( 2432 res) fh20840s1 (2432 aa) initn: 446 init1: 132 opt: 448 Z-score: 201.6 bits: 50.9 E(): 4.1e-06 Smith-Waterman score: 599; 23.850% identity (50.481% similar) in 935 aa overlap (481-1339:91-952) 460 470 480 490 500 510 KIAA14 AGSLVAGAGSTVETDLFKRQQAMPSTGMAEQSKRPRLEVGHQGVVFQHPGADAGVPLQQL : .:: .. : : . :... :. : KIAA15 PLRPGVSIVSGNTVLAAKVPGNQAAVQRIVQPSRPVKQLVLQPVKGSAPAGNPGATGPPL 70 80 90 100 110 120 520 530 540 550 560 570 KIAA14 MPTAQGGMPPTPQAAQLAGQRQSQQQYDPSTGPPVQNAASLHTPLPQLPGRLPPAGVPTA :.. . :: .: ..: . .:..: : . :. : .:::.. : : KIAA15 KPAVT--LTSTP--TQGESKRITLVLQQPQSGGP---QGHRHVVLGSLPGKIVLQGNQLA 130 140 150 160 170 580 590 600 610 620 KIAA14 ALSSALQFAQQP-QVVEAQTQLQIPVKTQQPNVPIPAPPSSQLPIPPSQPAQLALHVPTP ::..: . :: .:: : :.: : :: .: ::::: : :: : KIAA15 ALTQAKNAQGQPAKVVTIQLQVQQP---QQKIQIVPQPPSSQ-P----QPQQ-------- 180 190 200 210 630 640 650 660 670 680 KIAA14 GKVQVQASQLSSLPQMVASTRLPVDPAPPCPRPLPTSSTSSLAPVSGSGPGPSPARSSPV :: .:. ::... : . : : .:. : :: KIAA15 ---------------------------PPSTQPVTLSSVQQ-AQIMGPGQSPGQRLSVPV 220 230 240 690 700 710 720 730 740 KIAA14 N---RPSSATNKALSPVTSRTPGVVASAPTKPQSPAQNATSSQDSSQDTLTEQITLENQV . .:....... : : . . :: . .:::..: : ... . :. ::.: KIAA15 KVVLQPQAGSSQGASSGLSVVKVLSASEVAALSSPASSAPHS--GGKTGMEENRRLEHQK 250 260 270 280 290 300 750 760 770 780 790 800 KIAA14 HQRIAELRKAGLWSQRRLPKLQEAPRPKSHWDYLLEEMQWM-ATDFAQERRWKVAAAKKL .:. :. : .. : :. :: .. .:. . . ....: : .:...: KIAA15 KQEKANRIVAEAIARARARGEQNIPRVLNE-----DELPSVRPEEEGEKKRRKKSAGERL 310 320 330 340 350 360 810 820 830 840 850 860 KIAA14 VRTVVRHHEEKQLREERGKKEEQSRLRRIAASTAREIECFWSNIEQVVEIKLRVELEEKR . .. . . . .::.. .. .. . :. :..: . . : . : . 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KIAA14 NFTFLSKGGGQANVPNLLNTMMELRKCCNHPYLINGAEEKILEEFKETHNAESPDFQLQA 470 480 490 500 510 520 1370 1380 1390 1400 1410 1420 KIAA14 ERDFWKEADLSMFDLIGLENKITRHEAELLSKKKIPRKLMEEISTSAAPAARPAAAKLKA KIAA14 MIQAAGKLVLIDKLLPKLKAGGHRVLIFSQMVRCLDILEDYLIQRRYPYERIDGRVRGNL 530 540 550 560 570 580 1731 residues in 1 query sequences 1985774 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:24:50 2008 done: Thu Dec 18 15:24:52 2008 Total Scan time: 0.920 Total Display time: 0.560 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]