# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj05645.fasta.huge -Q ../query/KIAA1480.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1480, 682 aa vs ./tmplib.24314 library 1986823 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.5551+/-0.00517; mu= 18.0392+/- 0.352 mean_var=96.1340+/-22.206, 0's: 0 Z-trim: 5 B-trim: 3 in 1/39 Lambda= 0.130808 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0951 ( 679 res) hj05306 ( 679) 3569 684.2 1e-197 KIAA1260 ( 817 res) hh15752 ( 817) 3538 678.4 6.7e-196 KIAA1070 ( 826 res) hj05602 ( 826) 2081 403.5 4e-113 KIAA1366 ( 550 res) fj02695 ( 550) 2056 398.5 8.2e-112 >>KIAA0951 ( 679 res) hj05306 (679 aa) initn: 3228 init1: 2817 opt: 3569 Z-score: 3641.4 bits: 684.2 E(): 1e-197 Smith-Waterman score: 3569; 75.735% identity (90.882% similar) in 680 aa overlap (7-682:1-679) 10 20 30 40 50 KIAA14 PRVWSPGSGAKKQGEDLADNDGDEDEDIRDSGAK-PVMVYIHGGSYMEGTGNMIDGSILA :.. :....:...:: ::.::.....: ::::::::::::::::::::::::: KIAA09 GTNIKRNADDITSNDHGEDKDIHEQNSKKPVMVYIHGGSYMEGTGNMIDGSILA 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 KIAA14 SYGNVIVITLNYRVGVLGFLSTGDQAAKGNYGLLDQIQALRWVSENIAFFGGDPRRITVF :::::::::.:::.:.::::::::::::::::::::::::::. ::.. :::::.:.:.: KIAA09 SYGNVIVITINYRLGILGFLSTGDQAAKGNYGLLDQIQALRWIEENVGAFGGDPKRVTIF 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 KIAA14 GSGIGASCVSLLTLSHHSEGLFQRAIIQSGSALSSWAVNYQPVKYTSLLADKVGCNVLDT ::: ::::::::::::.::::::.::::::.:::::::::::.::: .::::::::.::: KIAA09 GSGAGASCVSLLTLSHYSEGLFQKAIIQSGTALSSWAVNYQPAKYTRILADKVGCNMLDT 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 KIAA14 VDMVDCLRQKSAKELVEQDIQPARYHVAFGPVIDGDVIPDDPEILMEQGEFLNYDIMLGV .:::.::..:. :::..: : :: ::.:::::::::::::::.::::::::::::::::: KIAA09 TDMVECLKNKNYKELIQQTITPATYHIAFGPVIDGDVIPDDPQILMEQGEFLNYDIMLGV 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 KIAA14 NQGEGLKFVEGVVDPEDGVSGTDFDYSVSNFVDNLYGYPEGKDTLRETIKFMYTDWADRD :::::::::.:.:: ::::. .:::.::::::::::::::::::::::::::::::::.. KIAA09 NQGEGLKFVDGIVDNEDGVTPNDFDFSVSNFVDNLYGYPEGKDTLRETIKFMYTDWADKE 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 KIAA14 NPETRRKTLVALFTDHQWVEPSVVTADLHARYGSPTYFYAFYHHCQSLMKPAWSDAAHGD ::::::::::::::::::: :.:.::::::.:::::::::::::::: :::.:.:.:::: KIAA09 NPETRRKTLVALFTDHQWVAPAVATADLHAQYGSPTYFYAFYHHCQSEMKPSWADSAHGD 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 KIAA14 EVPYVFGVPMVGPTDLFPCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGDPNKPVPQDTKFIHTKA :::::::.::.:::.:: ::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::: KIAA09 EVPYVFGIPMIGPTELFSCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGDPNQPVPQDTKFIHTKP 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 KIAA14 NRFEEVAWSKYNPRDQLYLHIGLKPRVRDHYRATKVAFWKHLVPHLYNLHDMFHYTSTTT :::::::::::::.::::::::::::::::::::::::: .:::::.::...:.:.:::: KIAA09 NRFEEVAWSKYNPKDQLYLHIGLKPRVRDHYRATKVAFWLELVPHLHNLNEIFQYVSTTT 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 KIAA14 KVPPPDTTHSSHITRRPNGKTW-STKRPAISPAYSNENAQGSWNGDQDAGPLLVENPRDY :::::: : . ::: .: : .::::::.:: . .... . . .:.:. ::: KIAA09 KVPPPDMTSFPYGTRRSPAKIWPTTKRPAITPANNPKHSKDPHKTGPEDTTVLIETKRDY 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 KIAA14 STELSVTIAVGASLLFLNVLAFAALYYRKDKRRQEPLRQPSPQRGAGAPELGAAPEEELA ::::::::::::::::::.::::::::.:::::.: :.:::::.. . .. .::. KIAA09 STELSVTIAVGASLLFLNILAFAALYYKKDKRRHETHRHPSPQRNT-TNDITHIQNEEIM 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 KIAA14 ALQLGPTHH--ECEAGPPHDTLRLTALPDYTLTLRRSPDDIPLMTPNTITMIPNSLVGLQ .::. .: :::. ::::::: :::::::::::::::.:::::::::::.:.:.: KIAA09 SLQMKQLEHDHECESLQAHDTLRLTCPPDYTLTLRRSPDDIPFMTPNTITMIPNTLMGMQ 600 610 620 630 640 650 660 670 680 KIAA14 TLHPYNTFAAGFNSTGLPHSHSTTRV :: ..::..: :::.:::.:::::: KIAA09 PLHTFKTFSGGQNSTNLPHGHSTTRV 660 670 >>KIAA1260 ( 817 res) hh15752 (817 aa) initn: 3213 init1: 2827 opt: 3538 Z-score: 3608.9 bits: 678.4 E(): 6.7e-196 Smith-Waterman score: 3538; 77.341% identity (91.239% similar) in 662 aa overlap (25-682:157-817) 10 20 30 40 50 KIAA14 PRVWSPGSGAKKQGEDLADNDGDEDEDIRDSGAK-PVMVYIHGGSYMEGTGNMI ..::.:...: ::::::::::::::::::: KIAA12 IWFTANLDTLMTYVQDQNEDCLYLNIYVPTEDDIHDQNSKKPVMVYIHGGSYMEGTGNMI 130 140 150 160 170 180 60 70 80 90 100 110 KIAA14 DGSILASYGNVIVITLNYRVGVLGFLSTGDQAAKGNYGLLDQIQALRWVSENIAFFGGDP :::::::::::::::.:::.:.::::::::::::::::::::::::::. ::.. ::::: KIAA12 DGSILASYGNVIVITINYRLGILGFLSTGDQAAKGNYGLLDQIQALRWIEENVGAFGGDP 190 200 210 220 230 240 120 130 140 150 160 170 KIAA14 RRITVFGSGIGASCVSLLTLSHHSEGLFQRAIIQSGSALSSWAVNYQPVKYTSLLADKVG .:.:.:::: ::::::::::::.::::::.::::::.:::::::::::.::: .:::::: KIAA12 KRVTIFGSGAGASCVSLLTLSHYSEGLFQKAIIQSGTALSSWAVNYQPAKYTRILADKVG 250 260 270 280 290 300 180 190 200 210 220 230 KIAA14 CNVLDTVDMVDCLRQKSAKELVEQDIQPARYHVAFGPVIDGDVIPDDPEILMEQGEFLNY ::.:::.:::.:::.:. :::..: : :: ::.:::::::::::::::.::::::::::: KIAA12 CNMLDTTDMVECLRNKNYKELIQQTITPATYHIAFGPVIDGDVIPDDPQILMEQGEFLNY 310 320 330 340 350 360 240 250 260 270 280 290 KIAA14 DIMLGVNQGEGLKFVEGVVDPEDGVSGTDFDYSVSNFVDNLYGYPEGKDTLRETIKFMYT :::::::::::::::.:.:: ::::. .:::.:::::::::::::::::::::::::::: KIAA12 DIMLGVNQGEGLKFVDGIVDNEDGVTPNDFDFSVSNFVDNLYGYPEGKDTLRETIKFMYT 370 380 390 400 410 420 300 310 320 330 340 350 KIAA14 DWADRDNPETRRKTLVALFTDHQWVEPSVVTADLHARYGSPTYFYAFYHHCQSLMKPAWS ::::..::::::::::::::::::: :.:.::::::.:::::::::::::::: :::.:. KIAA12 DWADKENPETRRKTLVALFTDHQWVAPAVATADLHAQYGSPTYFYAFYHHCQSEMKPSWA 430 440 450 460 470 480 360 370 380 390 400 410 KIAA14 DAAHGDEVPYVFGVPMVGPTDLFPCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGDPNKPVPQDTK :.:::::::::::.::.:::.:: ::::::::::::::::::::::::::::.::::::: KIAA12 DSAHGDEVPYVFGIPMIGPTELFSCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGDPNQPVPQDTK 490 500 510 520 530 540 420 430 440 450 460 470 KIAA14 FIHTKANRFEEVAWSKYNPRDQLYLHIGLKPRVRDHYRATKVAFWKHLVPHLYNLHDMFH ::::: :::::::::::::.::::::::::::::::::::::::: .:::::.::...:. KIAA12 FIHTKPNRFEEVAWSKYNPKDQLYLHIGLKPRVRDHYRATKVAFWLELVPHLHNLNEIFQ 550 560 570 580 590 600 480 490 500 510 520 530 KIAA14 YTSTTTKVPPPDTTHSSHITRRPNGKTW-STKRPAISPAYSNENAQGSWNGDQDAGPLLV :.:::::::::: : . ::: .: : .::::::.:: . .... . . .:. KIAA12 YVSTTTKVPPPDMTSFPYGTRRSPAKIWPTTKRPAITPANNPKHSKDPHKTGPEDTTVLI 610 620 630 640 650 660 540 550 560 570 580 590 KIAA14 ENPRDYSTELSVTIAVGASLLFLNVLAFAALYYRKDKRRQEPLRQPSPQRGAGAPELGAA :. :::::::::::::::::::::.::::::::.:::::.: :.:::::.. . ... KIAA12 ETKRDYSTELSVTIAVGASLLFLNILAFAALYYKKDKRRHETHRRPSPQRNT-TNDIAHI 670 680 690 700 710 720 600 610 620 630 640 650 KIAA14 PEEELAALQLGPTHH--ECEAGPPHDTLRLTALPDYTLTLRRSPDDIPLMTPNTITMIPN .::. .::. .: :::. ::::::: ::::::::::::::::::::::::::: KIAA12 QNEEIMSLQMKQLEHDHECESLQAHDTLRLTCPPDYTLTLRRSPDDIPLMTPNTITMIPN 730 740 750 760 770 780 660 670 680 KIAA14 SLVGLQTLHPYNTFAAGFNSTGLPHSHSTTRV .:.:.: :: .:::..: :::.:::.:::::: KIAA12 TLTGMQPLHTFNTFSGGQNSTNLPHGHSTTRV 790 800 810 >>KIAA1070 ( 826 res) hj05602 (826 aa) initn: 3227 init1: 2030 opt: 2081 Z-score: 2122.8 bits: 403.5 E(): 4e-113 Smith-Waterman score: 3225; 71.746% identity (86.686% similar) in 676 aa overlap (25-682:166-826) 10 20 30 40 50 KIAA14 PRVWSPGSGAKKQGEDLADNDGDEDEDIRDSGA-KPVMVYIHGGSYMEGTGNMI ..::::::. ::::::::::::::::::. 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KIAA10 LHNLNDISQYTSTTTKVPSTD------ITFRPTRKN-SVPVTSAFPTAKQDDPK------ 620 630 640 650 660 530 540 550 560 570 580 KIAA14 QDAGPLLVENPRDYSTELSVTIAVGASLLFLNVLAFAALYYRKDKRRQEPLRQPSPQRGA :. .:. :.. :::::::::::::::::::::.::::::::.:::::.. :. :::: . KIAA10 QQPSPFSVDQ-RDYSTELSVTIAVGASLLFLNILAFAALYYKKDKRRHDVHRRCSPQR-T 670 680 690 700 710 720 590 600 610 620 630 640 KIAA14 GAPELGAAPEEELAALQLGPTH--HECEAGPPHDT-LRLTALPDYTLTLRRSPDDIPLMT . .: : :::. .::. : ::::. ::.. :: . :::::..::::::.:::: KIAA10 TTNDLTHAQEEEIMSLQMKHTDLDHECESIHPHEVVLRTACPPDYTLAMRRSPDDVPLMT 730 740 750 760 770 780 650 660 670 680 KIAA14 PNTITMIPNSLVGLQTLHPYNTFAAGFNST-----GLPHSHSTTRV :::::::::.. :.: :: .:::..: :.: ::::::::: KIAA10 PNTITMIPNTIPGIQPLHTFNTFTGGQNNTLPHPHPHPHSHSTTRV 790 800 810 820 >>KIAA1366 ( 550 res) fj02695 (550 aa) initn: 2182 init1: 1862 opt: 2056 Z-score: 2099.2 bits: 398.5 E(): 8.2e-112 Smith-Waterman score: 2304; 62.544% identity (80.035% similar) in 566 aa overlap (143-682:1-550) 120 130 140 150 160 170 KIAA14 PRRITVFGSGIGASCVSLLTLSHHSEGLFQRAIIQSGSALSSWAVNYQPVKYTSLLADKV .:: :::.:.:::.:::::.::: ::: :: KIAA13 KAIAQSGTAISSWSVNYQPLKYTRLLAAKV 10 20 30 180 190 200 210 220 230 KIAA14 GCNVLDTVDMVDCLRQKSAKELVEQDIQPARYHVAFGPVIDGDVIPDDPEILMEQGEFLN ::. :... :.:::.: ..:::.::.::::::.:::::.::::.::::::::.:::::: KIAA13 GCDREDSAEAVECLRRKPSRELVDQDVQPARYHIAFGPVVDGDVVPDDPEILMQQGEFLN 40 50 60 70 80 90 240 250 260 270 280 290 KIAA14 YDIMLGVNQGEGLKFVEGVVDPEDGVSGTDFDYSVSNFVDNLYGYPEGKDTLRETIKFMY ::...:::::::::::: .. :::::.. ::..::::::::::::::::.::::::::: KIAA13 YDMLIGVNQGEGLKFVEDSAESEDGVSASAFDFTVSNFVDNLYGYPEGKDVLRETIKFMY 100 110 120 130 140 150 300 310 320 330 340 350 KIAA14 TDWADRDNPETRRKTLVALFTDHQWVEPSVVTADLHARYGSPTYFYAFYHHCQSLMKPAW :::::::: : :::::.::::::::: :.:.:: ::: : ::.:::.::::::. .: : KIAA13 TDWADRDNGEMRRKTLLALFTDHQWVAPAVATAKLHADYQSPVYFYTFYHHCQAEGRPEW 160 170 180 190 200 210 360 370 380 390 400 410 KIAA14 SDAAHGDEVPYVFGVPMVGPTDLFPCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGDPNKPVPQDT .:::::::.:::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::: KIAA13 ADAAHGDELPYVFGVPMVGATDLFPCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGDPNQPVPQDT 220 230 240 250 260 270 420 430 440 450 460 470 KIAA14 KFIHTKANRFEEVAWSKYNPRDQLYLHIGLKPRVRDHYRATKVAFWKHLVPHLYNLH-DM :::::: ::::::.:::.: ... ::::::::::::.:::.::::: .:::::.::: .. KIAA13 KFIHTKPNRFEEVVWSKFNSKEKQYLHIGLKPRVRDNYRANKVAFWLELVPHLHNLHTEL 280 290 300 310 320 330 480 490 500 510 520 KIAA14 FHYTSTTTKVPPPDTTHSSHITRRPNGKTWSTKRPAISPAY---SNENAQGSWNGDQDAG : .:::..:: .... :: . . .:.:: :: : : :. : KIAA13 F---TTTTRLPP----YATRWPPRPPAGAPGTRRPP-PPATLPPEPEPEPGPRAYDRFPG 340 350 360 370 380 530 540 550 560 570 580 KIAA14 PLLVENPRDYSTELSVTIAVGASLLFLNVLAFAALYYRKDKRRQEPLRQPSPQRGAGA-- . ::::::::::.::::::::::.::::::::..:.:.. :. :: :.:. KIAA13 -----DSRDYSTELSVTVAVGASLLFLNILAFAALYYKRDRRQELRCRRLSPPGGSGSGV 390 400 410 420 430 590 600 610 620 630 KIAA14 ----PELGAA-----PEEELAALQLGPTHHECEAGPPHDTLRLTALPDYTLTLRRSPDDI : : :: :::::..::: . .. : ..:: . :::::.:::.:::. KIAA13 PGGGPLLPAAGRELPPEEELVSLQL--KRGGGVGADPAEALRPACPPDYTLALRRAPDDV 440 450 460 470 480 490 640 650 660 670 680 KIAA14 PLMTPNTITMIPNSL-----VGLQTLHPYNTF------AAGFNSTGLPHSHSTTRV ::..:...:..:..: .:::.. : :.. :.: ::: :::::: KIAA13 PLLAPGALTLLPSGLGPPPPPPPPSLHPFGPFPPPPPTATSHNNT-LPHPHSTTRV 500 510 520 530 540 550 682 residues in 1 query sequences 1986823 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:24:09 2008 done: Thu Dec 18 15:24:10 2008 Total Scan time: 0.530 Total Display time: 0.100 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]