# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj04778s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1476.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1476, 2142 aa vs ./tmplib.24314 library 1985363 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.1186+/-0.0113; mu= -27.6894+/- 0.759 mean_var=529.7570+/-127.353, 0's: 0 Z-trim: 11 B-trim: 8 in 2/38 Lambda= 0.055723 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 43, opt: 31, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0314 ( 1899 res) af02425 (1899) 904 89.1 1.2e-17 >>KIAA0314 ( 1899 res) af02425 (1899 aa) initn: 2988 init1: 840 opt: 904 Z-score: 408.5 bits: 89.1 E(): 1.2e-17 Smith-Waterman score: 2932; 36.554% identity (61.030% similar) in 1573 aa overlap (685-2140:467-1893) 660 670 680 690 700 710 KIAA14 EEEDDDDKDQDESDSDTEGEKTSMKLNKTTSSVKSPSMSLTGHSTPRNLHIAKAPGSAPA ::. :..:: : .: ..:: KIAA03 PAASPEISPEVCPAASTVVSPAVFSVVSPASSAVLPAVSLEVPLTASVTSPKASPVTSPA 440 450 460 470 480 490 720 730 740 750 760 KIAA14 ALCSESQSPA------FLGTSSST-------LTSSPHSGTSKRRRVTDERELRIPLEYGW : . ::: :: :.... ::.: :: :::.. .:.:.::..:: KIAA03 AAFP-TASPANKDVSSFLETTADVEEITGEGLTASG-SGDVMRRRIATPEEVRLPLQHGW 500 510 520 530 540 550 770 780 790 KIAA14 QRETRIRNFGGRLQGEVAYYAPCGKKLRQYPEVIK------------------------- .::.::.. . : :::. ::.::::...:.::::: KIAA03 RREVRIKKGSHRWQGETWYYGPCGKRMKQFPEVIKYLSRNVVHSVRREHFSFSPRMPVGD 560 570 580 590 600 610 800 810 820 830 840 KIAA14 ---------GMQWCLLKEEDVIPRIRAMEGRRGRPPNPDRQRAREESRMRRRKGRPPNVG :.:: :. :.. ::.:. :.:::: : .. ...: ...: .::::.: KIAA03 FFEERDTPEGLQWVQLSAEEIPSRIQAITGKRGRPRNTEKAKTKEVPKVKRGRGRPPKVK 620 630 640 650 660 670 850 860 870 880 890 900 KIAA14 NAEFLDNADAKLLRKLQAQEIARQAAQIKLLRKLQKQEQARVAKEAKKQQAIMAAEEKRK .:.:...: . :.::.::: :.....:..:: ::.. .: . 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KIAA03 TDSLKVAAHASLNPALFSMKMELAGSNTTASSPARARGRPRKTKPGSMQPRHLKSPVRGQ 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1440 1450 1460 1470 1480 1490 KIAA14 FSKLSKLLEVAKMPPESEVMTP-KPNAGANGCTLSY-----QNSGKHSLGSVQSTATQSN :. . :.. ::... .: .:. . :. :... :::. : .:: KIAA03 DSEQPQ----AQLQPEAQLHAPAQPQPQLQLQLQSHKGFLEQEGSPLSLGQSQHDLSQSA 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1500 1510 1520 1530 KIAA14 ----VEKADSNNLFNTGS-----SGPGKFYSPLPND-------QLLKTLTEKNRQWFSLL . ...:.. . ..: :.:::. .: :.. . .. . . ::.. 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KIAA03 YSLNFS-----EGDGRRRRVLLRGRESPAAGPRYSEEGLSPSKRRRLSM-------RNHH 1750 1760 1770 1780 1790 2040 2050 2060 2070 2080 2090 KIAA14 KDLALCSMILTEMETHEDAWPFLLPVNLKLVPGYKKVIKKPMDFSTIREKLSSGQYPNLE .::..: .:: :::.:. ::::: ::: .:: ::...::.::::::.::.: : : . : KIAA03 SDLTFCEIILMEMESHDAAWPFLEPVNPRLVSGYRRIIKNPMDFSTMRERLLRGGYTSSE 1800 1810 1820 1830 1840 1850 2100 2110 2120 2130 2140 KIAA14 TFALDVRLVFDNCETFNEDDSDIGRAGHNMRKYFEKKWTDTFKVS :: :. ::::::.:::::::..:.::: ::..::..: . .. KIAA03 EFAADALLVFDNCQTFNEDDSEVGKAGHIMRRFFESRWEEFYQGKQANL 1860 1870 1880 1890 2142 residues in 1 query sequences 1985363 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:23:59 2008 done: Thu Dec 18 15:24:00 2008 Total Scan time: 1.090 Total Display time: 0.180 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]