# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj01441.fasta.nr -Q ../query/KIAA1466.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1466, 505 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7817129 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0198+/-0.000182; mu= 12.6459+/- 0.010 mean_var=69.2934+/-13.455, 0's: 42 Z-trim: 118 B-trim: 0 in 0/67 Lambda= 0.154074 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|30026465|gb|AAP06677.1| pol protein [Human endo (1183) 1465 335.0 6.9e-89 gi|83630414|gb|ABC26820.1| polymerase [Reticuloend (1152) 1301 298.5 6.3e-78 gi|215398752|gb|ACJ65653.1| pol protein [Reticuloe (1193) 1301 298.5 6.5e-78 gi|88605104|gb|ABD46829.1| pol protein [Reticuloen (1193) 1301 298.5 6.5e-78 gi|83630411|gb|ABC26818.1| polymerase [Reticuloend (1152) 1297 297.6 1.2e-77 gi|57865346|gb|AAW57300.1| protease/polymerase [Re (1193) 1297 297.6 1.2e-77 gi|28927669|gb|AAF81697.2|AF246698_1 protease/poly (1193) 1290 296.1 3.6e-77 gi|71980394|gb|AAZ57418.1| polymerase [Reticuloend (1193) 1288 295.6 4.8e-77 gi|215398756|gb|ACJ65656.1| pol protein [Reticuloe (1193) 1287 295.4 5.6e-77 gi|199851|gb|AAA39757.1| pol protein ( 707) 1115 257.0 1.2e-65 gi|927201|gb|AAA79247.1| putative reverse transcri (1038) 1116 257.3 1.4e-65 gi|13940448|gb|AAK50381.1|U43202_2 pol precursor p (1196) 1116 257.4 1.6e-65 gi|13959690|sp|P03356.2|POL_MLVAV RecName: Full=Po (1196) 1116 257.4 1.6e-65 gi|331995|gb|AAB03091.1| gag-pol polyprotein (tag (1734) 1116 257.5 2.1e-65 gi|86651866|gb|ABD14433.1| gag-pro-pol polyprotein (1734) 1115 257.3 2.4e-65 gi|86651894|gb|ABD14439.1| gag-pro-pol polyprotein (1734) 1115 257.3 2.4e-65 gi|30908471|gb|AAP37287.1| gag-pol polyprotein [Mu (1734) 1112 256.6 3.9e-65 gi|86651882|gb|ABD14436.1| gag-pro-pol polyprotein (1734) 1112 256.6 3.9e-65 gi|400824|sp|P31795.1|POL_MLVRK RecName: Full=Pol ( 581) 1106 254.9 4.2e-65 gi|1237256|gb|AAA93092.1| gag-pol precursor polypr (1784) 1111 256.4 4.6e-65 gi|4959869|gb|AAD34536.1| polymerase [Murine leuke (1180) 1108 255.6 5.3e-65 gi|130645|sp|P11227.1|POL_MLVRD RecName: Full=Pol (1196) 1107 255.4 6.3e-65 gi|40796124|ref|NP_955577.1| pol gene polyprotein (1210) 1107 255.4 6.3e-65 gi|1498648|gb|AAB06450.1| Gag-Pol polyprotein (1734) 1108 255.7 7.2e-65 gi|3420023|gb|AAC31801.1| gag-pol precursor polypr (1786) 1107 255.5 8.5e-65 gi|82582301|gb|ABB83228.1| putative gag-pro-pol po (1733) 1104 254.8 1.3e-64 gi|121104178|gb|ABM47428.1| putative gag-pro-pol p (1733) 1103 254.6 1.5e-64 gi|88765819|gb|ABD49687.1| putative gag-pro-pol po (1733) 1103 254.6 1.5e-64 gi|82582297|gb|ABB83225.1| putative gag-pro-pol po (1733) 1100 253.9 2.5e-64 gi|11078529|gb|AAG29093.1|AF221065_1 putative gag- (1733) 1099 253.7 2.9e-64 gi|5881091|gb|AAD55051.1| putative gag-pol polypro (1734) 1098 253.5 3.3e-64 gi|44890289|gb|AAH66867.1| Unknown (protein for MG ( 690) 1082 249.6 1.9e-63 gi|55979254|gb|AAV68488.1| gag-pol polyprotein [Mu (1736) 1080 249.5 5.3e-63 gi|994732|gb|AAC78249.1| polymerase [Rat leukemia ( 672) 1072 247.4 8.8e-63 gi|63028017|gb|AAY27069.1| truncated polyprotein [ (1674) 1071 247.5 2.1e-62 gi|34391481|gb|AAN46639.1| truncated pol/envelope ( 690) 1066 246.1 2.3e-62 gi|130585|sp|P10272.1|POL_BAEVM RecName: Full=Pol (1189) 1068 246.7 2.5e-62 gi|6723273|dbj|BAA89659.1| gag-pol precursor polyp (1727) 1068 246.8 3.4e-62 gi|28827198|gb|AAO46152.1| pol protein [Recombinan (1204) 1066 246.3 3.5e-62 gi|535518|gb|AAA92679.1| gag-pol polyprotein (1736) 1067 246.6 4e-62 gi|1346748|sp|P03355.2|POL_MLVMO RecName: Full=Pol (1199) 1064 245.8 4.7e-62 gi|2281588|gb|AAB64160.1| Pol [synthetic construct (1199) 1063 245.6 5.5e-62 gi|156153242|gb|ABU54794.1| gag-pro-pol polyprotei (1736) 1064 245.9 6.3e-62 gi|2801471|gb|AAC82568.1| Pr180 [Moloney murine le (1737) 1064 245.9 6.3e-62 gi|9965930|gb|AAG10201.1| polyprotein [Murine leuk ( 669) 1059 244.5 6.5e-62 gi|156153250|gb|ABU54793.1| gag-pro-pol polyprotei (1736) 1063 245.7 7.3e-62 gi|28892671|gb|AAO61197.1|AF411814_3 Gag-Pro-Pol p (1736) 1063 245.7 7.3e-62 gi|156153244|gb|ABU54795.1| gag-pro-pol polyprotei (1736) 1063 245.7 7.3e-62 gi|223354|prf||0711245A protein gag/pol/env (2514) 1064 246.1 8.4e-62 gi|130643|sp|P26808.1|POL_MLVFP RecName: Full=Pol (1204) 1060 244.9 8.8e-62 >>gi|30026465|gb|AAP06677.1| pol protein [Human endogeno (1183 aa) initn: 1300 init1: 665 opt: 1465 Z-score: 1752.1 bits: 335.0 E(): 6.9e-89 Smith-Waterman score: 1465; 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