# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh17578.fasta.huge -Q ../query/KIAA1461.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1461, 1498 aa vs ./tmplib.24314 library 1986007 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.0293+/-0.0106; mu= -21.3166+/- 0.713 mean_var=552.9591+/-133.984, 0's: 0 Z-trim: 8 B-trim: 8 in 1/39 Lambda= 0.054542 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1887 ( 967 res) fk02232 ( 967) 483 53.9 1.7e-07 >>KIAA1887 ( 967 res) fk02232 (967 aa) initn: 460 init1: 248 opt: 483 Z-score: 226.4 bits: 53.9 E(): 1.7e-07 Smith-Waterman score: 572; 28.068% identity (47.023% similar) in 823 aa overlap (41-816:1-731) 20 30 40 50 60 70 KIAA14 CDGGDKEGGLPAIQVPVGWQRRVDQNGVLYVSPSGSLLSCLEQVKTYLLTDGTCKCGLEC .::::. :: :::...:::.:::::::::: KIAA18 ISPSGTELSSLEQTRSYLLSDGTCKCGLEC 10 20 30 80 90 100 110 120 KIAA14 PLILPKVFNFDPGAAVKQRTAEDVKA-DEDVTKLCIHKRKIIAVATLHKSMEAPHPSLVL :: .:::::::: : : : : .::.:::: :.:: .:.:::..:::. . KIAA18 PLNVPKVFNFDPLAPVTPGGAGVGPASEEDMTKLCNHRRKAVAMATLYRSMET---TCSH 40 50 60 70 80 130 140 150 160 170 180 KIAA14 TSPGGGTNATP-VVPSRAATPRSVRNKSHEGITNSVMPECKNPFKLMIGSSNAMGRLYVQ .::: : :.: . . . : :.: . :. : .: .: .. . . KIAA18 SSPGEG--ASPQMFHTVSPGPPSARPPCRVPPTT---PLNGGPGSLPPEPPSVSQAFPTL 90 100 110 120 130 140 190 200 210 220 230 KIAA14 ELPGSQQQELHPVYPRQRLGSSEHGQKSPFRGSHGGLPSPA-------SSGSQIYGDG-- ::. : : :: :..:: .:. :::: : .. :. : KIAA18 AGPGG----LFP--PRLADPVPSGGSSSPRFLPRGNAPSPAPPPPPAISLNAPSYNWGAA 150 160 170 180 190 240 250 260 270 280 290 KIAA14 ---SISPRTDPLGSPDV-FTRSNPGFHGAPNSSPIHLNRTPLSPPSVMLHGSPVQSSCAM :. : .: :::: . . :.: :.. :. :.:: . : .. : KIAA18 LRSSLVP-SD-LGSPPAPHASSSP-----PSDPPLFHCSDALTPPPL----PPSNNLPAH 200 210 220 230 240 300 310 320 330 340 KIAA14 AGRTNIPLSPTLTTKSPVMKKPMCNFSTNMEIPRA-------MFHHKPPQGPPPPPPPSC : .. : . : . :.. :. . : .: : : .. :: :::: KIAA18 PGPASQPPVSSATMHLPLVLGPLGGAPT-VEGPGAPPFLASSLLSAAAKAQHPPLPPPST 250 260 270 280 290 300 350 360 370 380 390 400 KIAA14 ALQKKPLTSEKDPLGILDPIPSKPVNQNPVIINPTSFH--SNVHSQVPMMNVSMPPAVVP ..: .. . . ::. . : :: :. . :.: . :: :: KIAA18 LQGRRPRAQAPSASHSSSLRPSQRRPRRP----PTVFRLLEGRGPQTPRRSRPRAPAPVP 310 320 330 340 350 360 410 420 430 440 450 460 KIAA14 LPSNLPLPTVKPGHMNHGSHVQRVQHSASTSLSPSPVTSPVHMMGTG--IGRIEASPQRS : .:: :. : . :. :: :. .: : :. .: : KIAA18 QPFSLPEPS------------QPILPSV-LSLLGLPTPGPSHSDGSFNLLGSDAHLPPPP 370 380 390 400 470 480 490 500 510 520 KIAA14 RSSSTSSDHGNFMMPPVGPQATSSGIKVPPRSPRSTIGSPRPSMPS----SPSTKSDGHH :: : . . : : .::.... : .: .: : .:: ::: .. : KIAA18 TLSSGSPPQPRHPIQPSLPGTTSGSLSSVPGAPAPPAASKAPVVPSPVLQSPS-EGLGMG 410 420 430 440 450 460 530 540 550 560 570 KIAA14 QYKDIPNPLIAGISNVLNTPSSAAFPTASAGSS-SVKSQPGLLG-MPLNQILNQHNAASF : : .:: . ::. : . : . ::.:: .:: :.: KIAA18 AGPACPLPPLAG-------GEAFPFPSPEQGLALSGAGFPGMLGALPLPLSLGQP----- 470 480 490 500 510 580 590 600 610 620 630 KIAA14 PASSLLSAAAKAQLANQNKLAGNNSSSSSNSGAVAGSGNTEGHSTLNTMFPPTANMLLPT : : ::. : :...:.: :. . ..:: .. : KIAA18 PPSPLLN--------------------HSLFGVLTGGG---GQPPPEPLLPPPGGPGPPL 520 530 540 550 640 650 660 670 680 KIAA14 GEGQS-GRAALRDKLMSQQ-KDALRKRKQPPTTVL-SLL-------RQSQMDSSAVPKPG . :. : . : .:. .: : . ::...: :.: .. ..:: : KIAA18 APGEPEGPSLLVASLLPPPPSDLLPPPSAPPSNLLASFLPLLALGPTAGDGEGSAEGAGG 560 570 580 590 600 610 690 700 710 720 730 740 KIAA14 PDLLRKQGQGS-----FPISSMSQLLQSMSCQSSHLSSNSTPGCGASNTALPCSANQLHF :. .: :. :: : : ... :. :... : :. :: . . KIAA18 PSGEPFSGLGDLSPLLFPPLSAPPTLIALN--SALLAATLDPPSGT--PPQPCVLSAPQP 620 630 640 650 660 750 760 770 780 790 800 KIAA14 TDPSMNSSVLQNIPLRGEAVHCHNANTNFVHSNSPVPNHHLAGLINQIQASGNCGMLSQS :. ::: : .. . . ::: : . :. :.. . :. . :..: KIAA18 GPPT--SSVTTATTDPGA------SSLGKAPSNSGRPPQLLSPLLGA-SLLGDLSSLTSS 670 680 690 700 710 810 820 830 840 850 860 KIAA14 GMALGNSLHPNPPQSRISTSSTPVIPNSIVSSYNQTSSEAGGSGPSSSIAIAGTNHPAIT :: . :.: : KIAA18 PGALPSLLQPPGPLLSGQLGLQLLPGGGAPPPLSEASSPLACLLQSLQIPPEQPEAPCLP 720 730 740 750 760 770 1498 residues in 1 query sequences 1986007 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:23:25 2008 done: Thu Dec 18 15:23:26 2008 Total Scan time: 0.840 Total Display time: 0.050 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]