# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh12401b.fasta.huge -Q ../query/KIAA1450.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1450, 1139 aa vs ./tmplib.24314 library 1986366 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9768+/-0.00606; mu= 13.9667+/- 0.412 mean_var=134.0262+/-32.366, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 52 in 1/39 Lambda= 0.110785 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1961 ( 943 res) hk07733 ( 943) 1608 269.1 2.2e-72 >>KIAA1961 ( 943 res) hk07733 (943 aa) initn: 2023 init1: 843 opt: 1608 Z-score: 1391.5 bits: 269.1 E(): 2.2e-72 Smith-Waterman score: 2643; 50.266% identity (70.138% similar) in 941 aa overlap (242-1139:11-943) 220 230 240 250 260 270 KIAA14 QDSFEYINQDPNLGKLNTNQNSLGPCRTGSNLAHSTPVDMPSRGQNEDRDSGIARSASLS :..::.:.:::.: ::::::::::::::: KIAA19 NNTVINGLLGNIVHSNPMDMPGRELNEDRDSGIARSASLS 10 20 30 40 280 290 300 310 320 KIAA14 SLLITPFPSPSSSTSSS--SSYQRRWLRSQTTSLENGIIPRRSTDETFSLAEETCSSNPA ::::::::::.:: . : ::::::: ::::::::::..:: : .:.:.:..:.:. ::. KIAA19 SLLITPFPSPNSSLTRSCASSYQRRWRRSQTTSLENGVFPRWSIEESFNLSDESCGPNPG 50 60 70 80 90 100 330 340 350 360 370 380 KIAA14 MVRRKKIAISIIFSLCEKEEAQRNFQDFFFSHFPLFESHMNRLKSAIEKAMISCRKIAES .::.:::::..:::: . :. . .:..::::::::::::::.::::::.:: :. :.. KIAA19 IVRKKKIAIGVIFSLSKDEDENNKFNEFFFSHFPLFESHMNKLKSAIEQAMKMSRRSADA 110 120 130 140 150 160 390 400 410 420 430 440 KIAA14 SLRVQFYVSRLMEALGEFRGTIWNLYSVPRIAEPVWLTMMSGTLEKNQLCQRFLKEFTLL : : : .:...::.::: :: :::..:::.::::::::::: :::.:: ::.::::.: KIAA19 SQRSLAY-NRIVDALNEFRTTICNLYTMPRIGEPVWLTMMSGTPEKNHLCYRFMKEFTFL 170 180 190 200 210 450 460 470 480 490 500 KIAA14 IEQINKNQFFAALLTAVLTYHLAWVPTVMPVDHPPIKAFSEKRTSQSVNMLAKTHPYNPL .:. .::::. ::.::::: :::::::::: .:::: : ::..::::.::::::::::: KIAA19 MENASKNQFLPALITAVLTNHLAWVPTVMPNGQPPIKIFLEKHSSQSVDMLAKTHPYNPL 220 230 240 250 260 270 510 520 530 540 550 560 KIAA14 WAQLGDLYGAIGSPVRLTRTVVVGKQKDLVQRILYVLTYFLRCSELQENQLTWSGNHGEG :::::::::::::::::.:::::::..:.:::.:: ::::.:::::::..: ..:: KIAA19 WAQLGDLYGAIGSPVRLARTVVVGKRQDMVQRLLYFLTYFIRCSELQETHLL---ENGED 280 290 300 310 320 330 570 580 590 600 610 620 KIAA14 DQ-VLNGSKIITALEKGEVEESEYVVITV-RNEPALVPPILPPTAAERHNPWPTGFPECP . :. :. : :.:::::.::::::..:. ::. .:. . : . : KIAA19 EAIVMPGTVITTTLEKGEIEESEYVLVTMHRNKSSLLFKESEEIRTPNCNCKYCSHPLLG 340 350 360 370 380 390 630 640 650 660 670 680 KIAA14 EGTDSRDLGLKPDKEANRRPEQG-SEACS----AGCLGP-ASDAS-WKPQNAFCGDEKNK ..... . . : . . . : :. : . : : :.. .. . : : : . KIAA19 QNVENISQQEREDIQNSSKELLGISDECRMISPSDCQEENAVDVKQYRDKLRTCFDAKLE 400 410 420 430 440 450 690 700 710 720 730 KIAA14 EAPQDGSSRLPSCEVLGAGMKMDQQA--VCELLKVEMPTRLPDRS----VAWPCPDRHLR . :: . .: . .:.. ... .:: . : :: : ::. . KIAA19 TVVCTGSVPVDKCALSESGLESTEETWQSEKLLDSDSHTGKAMRSTGMVVEKKPPDKIVP 460 470 480 490 500 510 740 750 760 770 780 KIAA14 EKPSLE----KVTFQIGSFASPESDFESRMKKMEERV--KACGPSLEASEAADVAQDP-- . : : :::: ::. ::.:: : : . . ... . : : : : :. KIAA19 ASFSCEAAQTKVTFLIGDSMSPDSDTELRSQAVVDQITRHHTKPLKEERGAIDQHQETKQ 520 530 540 550 560 570 790 800 810 820 830 KIAA14 ----QVSRSPFKPGFQENVC---CPQNRLSEGDEGESDKGFAEDRGSRNDMAADIAGQLS : ..: . .:. : : :. . . . :. : .: . :. . : KIAA19 TTKDQSGESDTQNMVSEEPCELPC-WNHSDPESMSLFDEYFNDDSIETRTID-DVPFKTS 580 590 600 610 620 630 840 850 860 870 880 890 KIAA14 HAADLGTASHGAGGTGGRRLEATRGLYVKAAEGPVLEPVAPRCV-QRGPGLVAGANIPCG . . . . . . : : : . : :. . . .: : KIAA19 TDSKDHCCMLEFSKILCTKNNKQNNEFCKCIE-TVPQDSCKTCFPQQDQRDTLSILVPHG 640 650 660 670 680 690 900 910 920 930 940 950 KIAA14 D---DNKKANFRTEGDIPRNESSDSALGDSDDEACASAM---LDLGHGGDRTGGSLEVEL : ..:: :: :::::::::::::::..: . : .. .::.. . : :. KIAA19 DKESSDKKIAVGTEWDIPRNESSDSALGDSESEDTGHDMTRQVSSYYGGEQEDWAEEDEI 700 710 720 730 740 750 960 970 980 990 1000 KIAA14 PLPRSQSISTQ----NVRNFGRSLLAGYCPTYMPDLVLHGTGSDEKLKQCLVADLVHTVH :.: :. : .. :. :::::::.::: .:.::.::.: ::::...:::..:: :.:. KIAA19 PFPGSKLIEVSAVQPNIANFGRSLLGGYCSSYVPDFVLQGIGSDERFRQCLMSDLSHAVQ 760 770 780 790 800 810 1010 1020 1030 1040 1050 1060 KIAA14 HPVLDEPIAEAVCIIADTDKWSVQVATSQRKVTDNMKLGQDVLVSSQVSSLLQSILQLYK ::::::::::::::::: :::.::::.:::.:::: :::..::::: ::.::.: ::::: KIAA19 HPVLDEPIAEAVCIIADMDKWTVQVASSQRRVTDN-KLGKEVLVSSLVSNLLHSTLQLYK 820 830 840 850 860 870 1070 1080 1090 1100 1110 1120 KIAA14 LHLPADFCIMHLEDRLQEMYLKSKMLSEYLRGHTRVHVKELGVVLGIESNDLPLLTAIAS .: .::.:::::::::.:.:::::::::::. :::::::::::::::.:::::.:.:: KIAA19 HNLSPNFCVMHLEDRLQELYFKSKMLSEYLRGQMRVHVKELGVVLGIESSDLPLLAAVAS 880 890 900 910 920 930 1130 KIAA14 THSPYVAQILL ::::::::::: KIAA19 THSPYVAQILL 940 1139 residues in 1 query sequences 1986366 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:22:58 2008 done: Thu Dec 18 15:22:59 2008 Total Scan time: 0.730 Total Display time: 0.060 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]