# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fk04105.fasta.huge -Q ../query/KIAA1449.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1449, 680 aa vs ./tmplib.24314 library 1986825 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0489+/-0.00523; mu= 13.4115+/- 0.356 mean_var=97.2294+/-22.941, 0's: 0 Z-trim: 19 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.130069 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0413 ( 1237 res) hh00077s1 (1237) 224 53.3 1.6e-07 KIAA0893 ( 974 res) hk08702 ( 974) 203 49.2 2e-06 KIAA0696 ( 550 res) hk04053 ( 550) 186 45.8 1.3e-05 KIAA1708 ( 1657 res) fj17878y1 (1657) 179 45.0 6.6e-05 KIAA1435 ( 415 res) hh13841 ( 415) 172 43.0 6.6e-05 KIAA1261 ( 787 res) hh15855b ( 787) 174 43.7 7.7e-05 KIAA1547 ( 863 res) fh14154 ( 863) 172 43.3 0.00011 KIAA1242 ( 504 res) fh10406 ( 504) 161 41.0 0.00031 KIAA1942 ( 445 res) fg00781 ( 445) 148 38.5 0.0016 KIAA0905 ( 1229 res) hk10341 (1229) 150 39.4 0.0024 KIAA0449 ( 1628 res) ff06247 (1628) 150 39.5 0.0028 KIAA0993 ( 1556 res) bf03014 (1556) 147 39.0 0.0041 KIAA0124 ( 682 res) ha01534 ( 682) 139 37.0 0.0067 KIAA0982 ( 502 res) hj07125 ( 502) 135 36.1 0.0092 >>KIAA0413 ( 1237 res) hh00077s1 (1237 aa) initn: 108 init1: 108 opt: 224 Z-score: 227.1 bits: 53.3 E(): 1.6e-07 Smith-Waterman score: 224; 25.301% identity (60.843% similar) in 166 aa overlap (77-240:603-759) 50 60 70 80 90 100 KIAA14 RLFTAGRDSIIRIWSVNQHKQDPYIASMEHHTDWVNDIVLCCNGKTLISASSDTTVKVWN ::: : . .:. . : ..: :..:.. 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KIAA06 --EKIISGLRDNSIKIWDKTSLE---CLKVLTGHTGSV--LCLQYDERVIVTGSSDSTVR 260 270 280 290 300 310 110 120 130 140 150 160 KIAA14 VWNAHKGFCMSTLRTHKDYVKALAYAKDKELVASAGLDRQIFLWDVNTLTALTASNNTVT ::... : ..:: :.. : : ... :... . ::.: .::. . : .: KIAA06 VWDVNTGEVLNTLIHHNEAVLHLRFSNG--LMVTCSKDRSIAVWDMASATDIT------L 320 330 340 350 360 170 180 190 200 210 220 KIAA14 TSSLSGNKDSIYSLAMNQLGTIIVSGSTEKVLRVWDPRTCAKLMKLKGHTDNVKALLLNR : :.. .. . ... :::.: .....::. :: . :.:: .. : : : KIAA06 RRVLVGHRAAVNVVDFDD--KYIVSASGDRTIKVWSTSTCEFVRTLNGHKRGI-ACLQYR 370 380 390 400 410 420 230 240 250 260 270 280 KIAA14 DGTQCLSGSSDGTIRLWSLGQQRCIATYRVHDEGVWALQVNDAFTHVYSGGRDRKIYCTD : .:::::.:::::.. :. . . :.: : .. .. .. ::. : :: : KIAA06 D-RLVVSGSSDNTIRLWDIECGACLRVLEGHEELVRCIRFDNK--RIVSGAYDGKIKVWD 430 440 450 460 470 290 300 310 320 KIAA14 L------RNPD----IRVLICEEKAPVLKMELDR------SADPPPAIWVATTKSTVNKW : : : .:.:. :... :.....:. : : :: KIAA06 LQAALDPRAPASTLCLRTLV-EHSGRVFRLQFDEFQIISSSHDDTILIWDFLNVPPSAQN 480 490 500 510 520 530 330 340 350 360 370 380 KIAA14 TLKGIHNFRASGDYDNDCTNPITPLCTQPDQVIKGGASIIQCHILNDKRHILTKDTNNNV KIAA06 ETRSPSRTYTYISR 540 550 >>KIAA1708 ( 1657 res) fj17878y1 (1657 aa) initn: 229 init1: 90 opt: 179 Z-score: 180.0 bits: 45.0 E(): 6.6e-05 Smith-Waterman score: 217; 22.030% identity (53.465% similar) in 404 aa overlap (25-388:1264-1655) 10 20 30 40 KIAA14 TCKMAAHHRQNTAGRRKVQVSYVIRDEVEKYNR----NGVNALQLDPA------ :.:.. .:: .: ...: : . KIAA17 EKSKAKEQKHSDSGTSEASLSPPSSPPSRPRNELNVFNRLTVSQGNTSVQQDKSDESDSS 1240 1250 1260 1270 1280 1290 50 60 70 80 90 100 KIAA14 LNRLFTAGRDSIIRIWSVNQHKQDPYIASMEHHTDWVNDIVLCCNGKT--LISASSDTTV :... ..: .:: . ... . . . : .. . ::: .. :...:.: : KIAA17 LSEVHRSSRRGIINPFPASKGIRAFPLQCI-HIAEGHTKAVLCVDSTDDLLFTGSKDRTC 1300 1310 1320 1330 1340 1350 110 120 130 140 150 KIAA14 KVWNAHKGFCMSTLRTHKDYVKALAYAKDKELVASAGLDRQIFLWDV----NTLTALTAS :::: : . .: : . : .. : . :: ... . : .::. . . .::.: KIAA17 KVWNLVTGQEIMSLGGHPNNVVSVKYCNYTSLVFTVSTSY-IKVWDIRDSAKCIRTLTSS 1360 1370 1380 1390 1400 1410 160 170 180 190 200 KIAA14 N----------NTVTTSSLSGNKDSIYSLAMNQLGTIIVSGSTEKVLRVWDPRTCAKLMK . .: : .. .....: ..:.: ::.. ..: . : :.:: . . : KIAA17 GQVTLGDACSASTSRTVAIPSGENQINQIALNPTGTFLYAASGNAV-RMWDLKRFQSTGK 1420 1430 1440 1450 1460 1470 210 220 230 240 250 KIAA14 LKGHTDNVKALLLNR--DGTQCL-SGSSDGTIRLW-----SLGQQRCIATYRV-HDEGVW : :: : : ... .: . . .::.: :... .:: ... : .:. KIAA17 LTGHLGPVMCLTVDQISSGQDLIITGSKDHYIKMFDVTEGALGTVSPTHNFEPPHYDGIE 1480 1490 1500 1510 1520 1530 260 270 280 290 300 310 KIAA14 ALQVNDAFTHVYSGGRDRKIYCTDLRNPDIRVLICEEKAPVLKMELDRSADPPPAIWVAT :: .. ...::.:: : :: . :. . . . . : : : . .. KIAA17 ALTIQG--DNLFSGSRDNGIKKWDLTQKDLLQQVPNAHKDWV-CALGVVPDHP--VLLSG 1540 1550 1560 1570 1580 320 330 340 350 360 370 KIAA14 TKSTVNK-WTLKGIHNFRASGDYDNDCTNPITPLCTQPDQVIKGG----ASIIQCHILND .. . : :.. .: :.. . .::. .:.. ... .. . : . . :.: KIAA17 CRGGILKVWNMD---TFMPVGEMKGH-DSPINAICVNSTHIFTAADDRTVRIWKARNLQD 1590 1600 1610 1620 1630 1640 380 390 400 410 420 430 KIAA14 KRHILTKDTNNNVAYWDVLKACKVEDLGKVDFEDEIKKRFKMVYVPNWFSVDLKTGMLTI . : : ....: KIAA17 GQISDTGDLGEDIASN 1650 >>KIAA1435 ( 415 res) hh13841 (415 aa) initn: 224 init1: 97 opt: 172 Z-score: 180.0 bits: 43.0 E(): 6.6e-05 Smith-Waterman score: 173; 22.772% identity (54.950% similar) in 202 aa overlap (47-246:87-280) 20 30 40 50 60 70 KIAA14 KVQVSYVIRDEVEKYNRNGVNALQLDPALNRLFTAGRDSIIRIWSVNQH-KQDPYIASME :.:.. .. . . :.. .. .: .. KIAA14 LKRDSGQYWPSIYHTMASPCSAMAYHHDSRRIFVGQDNGAVMEFHVSEDFNKMNFIKTYP 60 70 80 90 100 110 80 90 100 110 120 130 KIAA14 HHTDWVNDIVLCCNGKTLISASSDTTVKVWNAHKGFCMSTLRTHKDYVKALAYAKDKELV : . :. :.. . .::.. : :. : .. : . .... : : : . . KIAA14 AHQNRVSAIIFSLATEWVISTGHDKCVS-WMCTRSGNMLGRHFFTSWASCLQYDFDTQYA 120 130 140 150 160 170 140 150 160 170 180 190 KIAA14 ASAGLDRQIFLWDVNTLTALTASNNTVTTSSLSGNKDSIYSLAMNQLGTIIVSGSTEKVL . . :: :: : .. .: :. :.:.. :. : . . .. ::.... . KIAA14 FVGDYSGQI------TLLKLEQNTCSVITT-LKGHEGSVACLWWDPIQRLLFSGASDNSI 180 190 200 210 220 200 210 220 230 240 250 KIAA14 RVWD-PRTCAKLMKLKGHTDNVKALLLNRDGTQCLSGSSDGTIRLWSLGQQRCIATYRVH .:: .. . :.:: :.:..: . : .: :::: : .:.. .: KIAA14 IMWDIGGRKGRTLLLQGHHDKVQSLCYLQLTRQLVSCSSDGGIAVWNMDVSREEAPQWLE 230 240 250 260 270 280 260 270 280 290 300 310 KIAA14 DEGVWALQVNDAFTHVYSGGRDRKIYCTDLRNPDIRVLICEEKAPVLKMELDRSADPPPA KIAA14 SDSCQKCEQPFFWNIKQMWDTKTLGLRQHHCRKCGQAVCGKCSSKRSSYPVMGFEFQVRV 290 300 310 320 330 340 >>KIAA1261 ( 787 res) hh15855b (787 aa) initn: 145 init1: 145 opt: 174 Z-score: 178.7 bits: 43.7 E(): 7.7e-05 Smith-Waterman score: 186; 22.667% identity (52.667% similar) in 300 aa overlap (102-393:524-786) 80 90 100 110 120 KIAA14 ASMEHHTDWVNDIVLCCNGKTLISASSDTTVKVWN-AHKGFC--MSTLRT-HKD-YVKAL ::::. .: : .: : ..: :... KIAA12 QINTLNHGEVVCAVTISNPTRHVYTGGKGCVKVWDISHPGNKSPVSQLDCLNRDNYIRSC 500 510 520 530 540 550 130 140 150 160 170 180 KIAA14 AYAKDKELVASAGLDRQIFLWDVNTLTALTASNNTVTTSSLSGNKDSIYSLAMNQLGTII : . . .: . .:: :.: . . . :... . :.::.. . . KIAA12 RLLPDGRTLIVGGEASTLSIWD------LAAPTPRIK-AELTSSAPACYALAISPDSKVC 560 570 580 590 600 190 200 210 220 230 240 KIAA14 VSGSTEKVLRVWDPRTCAKLMKLKGHTDNVKALLLNRDGTQCLSGSSDGTIRLWSLGQQR : .. . ::: .. . . ...::::... . .. :::. .:. :.:.: :.: . : KIAA12 FSCCSDGNIAVWDLHNQTLVRQFQGHTDGASCIDISNDGTKLWTGGLDNTVRSWDLREGR 610 620 630 640 650 660 250 260 270 280 290 300 KIAA14 CIATYRVHDEGVWALQVNDAFTHVYSGGR--DRKIYCTDLRNPDIRVLICEEKAPVLKME :: .: ....: : . . ..: ...:: : ... KIAA12 -------------QLQQHDFTSQIFSLGYCPTGEWLAVGMENSNVEVLHVT-KPDKYQLH 670 680 690 700 710 310 320 330 340 350 360 KIAA14 LDRSADPPPAIWVATTK-STVNKWTLKGIHNFRASGDYDNDCTNPITPLCTQPDQVIKGG : .: : . : . .:: : ..: :: . :: .. : : . 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KIAA15 KLLPDGRTLIVGGEASTLTIWDL-------ASPTPRIKAELTSSAPACYALAISPDAKVC 630 640 650 660 670 680 190 200 210 220 230 240 KIAA14 VSGSTEKVLRVWDPRTCAKLMKLKGHTDNVKALLLNRDGTQCLSGSSDGTIRLWSLGQQR : .. . ::: .. . . ...::::... . ...:::. .:. :.:.: :.: . : KIAA15 FSCCSDGNIAVWDLHNQTLVRQFQGHTDGASCIDISHDGTKLWTGGLDNTVRSWDLREGR 690 700 710 720 730 740 250 260 270 280 290 300 KIAA14 CIATYRVHDEGVWALQVNDAFTHVYSGGR--DRKIYCTDLRNPDIRVLICEEKAPVLKME :: .: ....: : . . ... ...:: . : ... KIAA15 -------------QLQQHDFTSQIFSLGYCPTGEWLAVGMESSNVEVL-HHTKPDKYQLH 750 760 770 780 310 320 330 340 350 360 KIAA14 LDRSADPPPAIWVATTK-STVNKWTLKGIHNFRASGDYDNDCTNPITPLCTQPDQVIKGG : .: : . : . .:: : ..: :: . :: .. : : . KIAA15 LHESC-------VLSLKFAYCGKW-------FVSTGK-DNLLNAWRTPYGASIFQS-KES 790 800 810 820 830 370 380 390 400 410 420 KIAA14 ASIIQCHILNDKRHILTKDTNNNVAYWDVLKACKVEDLGKVDFEDEIKKRFKMVYVPNWF .:...: : : ..:.: . ..... ..:. KIAA15 SSVLSCDISADDKYIVTGSGDKKATVYEVIY 840 850 860 >>KIAA1242 ( 504 res) fh10406 (504 aa) initn: 205 init1: 113 opt: 161 Z-score: 167.8 bits: 41.0 E(): 0.00031 Smith-Waterman score: 198; 23.019% identity (53.208% similar) in 265 aa overlap (16-272:180-432) 10 20 30 40 KIAA14 TCKMAAHHRQNTAGRRKV-QVSYVIRDEVEKYNRNGVNALQLDPA ::. .. . . : : . .: .. . . KIAA12 PDDGNDVSPYSLSPVSNKSQKLLRSPRKPTRKISKIPFKVLDAPELQDDFYLNLVDWS-S 150 160 170 180 190 200 50 60 70 80 90 100 KIAA14 LNRLFTAGRDSIIRIWSVNQHKQDPYIASMEHHTDWVNDIVLCCNGKTLISASSDTTVKV :: ....: . . .::. .: . .. . : :... :. . .. :.. KIAA12 LN-VLSVGLGTCVYLWSACT-SQVTRLCDLSVEGDSVTSVGWSERGNLVAVGTHKGFVQI 210 220 230 240 250 260 110 120 130 140 150 160 KIAA14 WNAHKGFCMSTLRTHKDYVKALAYAKDKELVASAGLDRQIFLWDVNTLTALTASNNTVTT :.: : .: :. : : :::. . : ..:.. ::.:. :. : . 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