# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk03917mrp1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1420.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1420, 1349 aa vs ./tmplib.24314 library 1986156 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.1733+/-0.00752; mu= -2.4752+/- 0.509 mean_var=253.3828+/-60.208, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.080572 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0437 ( 1605 res) hj00203s1 (1605) 864 114.7 1.3e-25 >>KIAA0437 ( 1605 res) hj00203s1 (1605 aa) initn: 1002 init1: 338 opt: 864 Z-score: 551.8 bits: 114.7 E(): 1.3e-25 Smith-Waterman score: 1033; 32.306% identity (57.877% similar) in 876 aa overlap (505-1347:240-1018) 480 490 500 510 520 530 KIAA14 RQNKESILEKFSVRKEIINLEKEMFNEGTCIQQDSFSSSEKGSYETSKHEKQPPVYCTSP . :. : : :.: ::.. : : . .. KIAA04 FTGDTLKPKHQQKSSSQNHMDWSTNSDSGPVTQNCFISPESGR-ETASTSKIPALEPVAS 210 220 230 240 250 260 540 550 560 570 580 KIAA14 DFKMGGASDVSTAKSPFSAVGESNLP------SPSPTVSVNPLTRSPPETSSQLAPNPLL : : . ..: . .: ....: .:::. .: .:: .:.. : KIAA04 FAKAQGKK--GSAGNTWSQLSNNNKDLLLGGVAPSPSSHSSP---APPSSSAECNGLQPL 270 280 290 300 310 320 590 600 610 620 630 640 KIAA14 LSSTTELIEEISE--SVGKNQFTSESTHLNVGHRSVGHSISIECKGIDKEVNDSKTTHID ... .: : .::... .:.. . : .: .: : .:. KIAA04 VDQDGGGTKEPPEPPTVGSKKKSSKKDVI---------SQTIPNPDLDWVKNAQKA---- 330 340 350 360 370 650 660 670 680 690 700 KIAA14 IPRISSSLGKKPSLTSESSIHTITPSVVNFTSLFSNKPFLKLGAVSASDKHCQV-----A .... ::. . ...:. . .:. : .: ...: ...: .. : KIAA04 ---FDNTEGKREGYSADSA-QEASPARQNVSS--ASNP-------ENDSSHVRITIPIKA 380 390 400 410 710 720 730 740 750 760 KIAA14 ESLSTSLQSKPLKKRKGRKPRWTKVVARSTCRSPKGLELERSELFKNVSCSSLSNSNSEP ::. . ... :::.. : :.. ... : :. . ::. . . ::::.. KIAA04 PSLDPTNHKR--KKRQSIKAVVEKIMPEKALAS--GITMS-SEVVNRI----LSNSEG-- 420 430 440 450 460 770 780 790 800 810 KIAA14 AKFMKNIGPPSFVDHDFLKRRLPKLSK---STAPSLALLA--DSEKPSHKSFATHKLSSS : : :.::::: . .::..: . ..:: . . . . KIAA04 -----NKKDP----------RVPKLSKMIENESPSVGLETGGNAEKVIPGGVSKPR-KPP 470 480 490 500 510 820 830 840 850 860 870 KIAA14 MCVSSDLLSDIYKPKRGRPKSKEMPQLEGPPKRTLKIPASK------VFSLQSKEEQEPP : .. .: ..:.: :. .. :.. . . : . : . :.. ..: ::: KIAA04 MVMTPPTCTD-HSPSRKLPEIQH-PKFAAKRRWTCSKPKPSTMLREAVMATSDKLMLEPP 520 530 540 550 560 880 890 900 910 920 KIAA14 I---LQPEIEIPSFKQGLSV-SPFPKKRGRPKRQMRSPVKMKPPVLSVAPFVATESPSKL . : . . ..:.: .: :::::::.: :. :..: :: . KIAA04 SAYPITPSSPLYTNTDSLTVITPVKKKRGRPKKQPLLTVETIHEGTSTSPV----SPISR 570 580 590 600 610 620 930 940 950 960 970 980 KIAA14 ESESDNHRSSSDFFESEDQLQDPDDLDDSHRPSVCSMSDLEMEPDKKITKRNNGQLMKTI : . ..:. . . :: .: .: :: ::. ::. : : : : KIAA04 EFPGTKKRKRRRNLAKLAQLVPGED-----KP----MS--EMKFHKKVGKL--GVLDKKT 630 640 650 660 670 990 1000 1010 1020 1030 1040 KIAA14 IRKINKMKTLKRKKLLNQILSSSVESSNKGKVQSKLHNTVSSLAATFGSKLGQQINVSKK :. ::::::::::..:::::: : . :.:. . .: ::.. ::::.::::::. KIAA04 IKTINKMKTLKRKNILNQILSCSSSVALKAKAPPE----TSPGAAAIESKLGKQINVSKR 680 690 700 710 720 1050 1060 1070 1080 1090 1100 KIAA14 GTIYIGKRRGRKPKTVLNGILSGSPTSLAVLEQTAQQAAGSALGQILPPLLPSS----AS :::::::.:::::.. : : : .:: . . .: : .::. .. KIAA04 GTIYIGKKRGRKPRAEL------PPPSEE--PKTAIKHPRPVSSQPDVPAVPSNFQSLVA 730 740 750 760 770 1110 1120 1130 1140 1150 1160 KIAA14 SSEILPSPICSQSSGTSGGQSPVSSDAGFVEPSSVPYLHLHSRQGSMIQTLAMKKASKGR :: :. .: .:..:. ::.:....: : ...: :. : . : ..: .: KIAA04 SSPAAMHPLSTQLGGSNGNLSPASTETNFSELKTMPNLQ----PISALPTKTQKGIHSGT 780 790 800 810 820 830 1170 1180 1190 1200 1210 1220 KIAA14 RRLSPPTLLPNSPSHLSELTSLKEATPSPISESHSDETIPSDSGIGTDNNSTSDRAEKFC .:::: :. :::::: :. :::: : ::.:::::.::::::::::::::::::.::: KIAA04 WKLSPPRLMANSPSHLCEIGSLKEITLSPVSESHSEETIPSDSGIGTDNNSTSDQAEK-S 840 850 860 870 880 890 1230 1240 1250 1260 1270 1280 KIAA14 GQKKRRHSFEHVSLIPPETSTVLSSLKEKHKHKCKRRNHD-YLSYDKMKRQKRKRKKKYP ....::.::. :: ::. .: :..: :. :. : .:.....:. :.:::.: KIAA04 SESRRRYSFDFCSLDNPEAIPSDTSTKNRHGHRQKHLIVDNFLAHESLKKPKHKRKRK-- 900 910 920 930 940 950 1290 1300 1310 1320 1330 1340 KIAA14 QLRNRQDPDFIAELEELISRLSEIRITHRSHHFIPRDLLPTIFRINFNSFYTHPSFPLDP .:.::.: .:.:.:::::.... .::.:::. : .. :.::::::. .: : . :: KIAA04 SLQNRDDLQFLADLEELITKFQVFRISHRSYTFYHENPYPSIFRINFDHYYPVPYIQYDP 960 970 980 990 1000 1010 KIAA14 LHYIRKPD : :.:. KIAA04 LLYLRRTSDLKSKKKRGRPAKTNDTMTKVPFLQGFSYPIPSGSYYAPYGMPYTSMPMMNL 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1349 residues in 1 query sequences 1986156 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:21:46 2008 done: Thu Dec 18 15:21:47 2008 Total Scan time: 0.820 Total Display time: 0.070 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]