# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh14782.fasta.huge -Q ../query/KIAA1417.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1417, 1379 aa vs ./tmplib.24314 library 1986126 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2565+/-0.00683; mu= 18.6975+/- 0.467 mean_var=204.9004+/-50.570, 0's: 0 Z-trim: 13 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.089599 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1593 ( 953 res) fj09260 ( 953) 302 53.1 2.7e-07 KIAA1470 ( 564 res) fj01953 ( 564) 276 49.4 2.2e-06 KIAA0032 ( 1054 res) ha01920 (1054) 253 46.9 2.3e-05 KIAA1995 ( 1011 res) bh00088 (1011) 223 43.0 0.00033 KIAA0469 ( 559 res) hg01666 ( 559) 203 39.9 0.0015 KIAA1561 ( 1416 res) fh20178s1 (1416) 195 39.6 0.0048 KIAA1563 ( 1658 res) fh20460s1 (1658) 192 39.3 0.0068 >>KIAA1593 ( 953 res) fj09260 (953 aa) initn: 177 init1: 177 opt: 302 Z-score: 222.7 bits: 53.1 E(): 2.7e-07 Smith-Waterman score: 302; 31.718% identity (59.471% similar) in 227 aa overlap (122-341:3-224) 100 110 120 130 140 KIAA14 GVLDWLIQKGVDLLVKDKESGWTALHRSIFYGHIDCVWSLLK--HGVSL-YIQDKEGLSA . .: :: ::.. :.: :.. ..:: KIAA15 SCFPKIMCVDSLVRICSGLSYGRIRNIKSLSD 10 20 30 150 160 170 180 190 200 KIAA14 LDLVMKDRPTHVVFKNTDPTDVYTWGDNTNFTLGHGSQNSKH-HPELVDLFSRSGIYIKQ ...:. . . . ..:. ::.: :: :.. .:. :.: : : :: . : KIAA15 IQIVQVACGYYHSLALSKASEVFCWGQNKYGQLGLGTDCKKQTSPQL--LKSLLGIPFMQ 40 50 60 70 80 90 210 220 230 240 250 260 KIAA14 VVLCKFHSVFLSQKGQVYTCGHGPGGRLGHGDEQTCLVPRLVEGLNGHNCSQVAAAKDHT :. :: :. .: .. :.. :.:: .::. :: :...: ... . ..::: KIAA15 VAAGGAHSFVLTLSGAIFGWGRNKFGQLGLNDENDRYVPNLLKSLRSQKIVYICCGEDHT 100 110 120 130 140 150 270 280 290 300 310 320 KIAA14 VVLTEDGCVYTFGLNIFHQLGIIPPPSSCNVPRQIQAKYLKGRTIIGVAAGRFHTVLWTR ..::..: :.::: . . ::: : ::.. : : . .: :: :: .. KIAA15 AALTKEGGVFTFGAGGYGQLGHNSTSHEIN-PRKVFE--LMGSIVTEIACGRQHTSAFVP 160 170 180 190 200 330 340 350 360 370 380 KIAA14 EA--VYTMGLNG-GQLGCLLDPNGEKCVTAPRQVSALHHKDIALSLVAASDGATVCVTTR . .:..::.: :::: KIAA15 SSGRIYSFGLGGNGQLGTGSTSNRKSPFTVKGNWYPYNGQCLPDIDSEEYFCVKRIFSGG 210 220 230 240 250 260 >>KIAA1470 ( 564 res) fj01953 (564 aa) initn: 227 init1: 227 opt: 276 Z-score: 206.5 bits: 49.4 E(): 2.2e-06 Smith-Waterman score: 299; 27.931% identity (55.517% similar) in 290 aa overlap (201-464:188-466) 180 190 200 210 220 KIAA14 YTWGDNTNFTLGHGSQNSKHHPELVDLFSRSGIYIKQVVL--CKFHSVFLSQKGQVYTCG .:. .. :: : ::.... .:.... : KIAA14 LIGRKEVPKQQAAYRNLGQNLWGPHRYGCLAGVRVRTVVSGSCAAHSLLITTEGKLWSWG 160 170 180 190 200 210 230 240 250 260 270 280 KIAA14 HGPGGRLGHGDEQTCLVPRLVEGLNGHNCSQVAAAKDHTVVLTEDGCVYTFGLNIFHQLG .. :.::::: . .:::.:::. . ..: ...::..::: : :..:: : . ::: KIAA14 RNEKGQLGHGDTKRVEAPRLIEGLSHEVIVSAACGRNHTLALTETGSVFAFGENKMGQLG 220 230 240 250 260 270 290 300 310 320 330 340 KIAA14 IIPPPSSCNVPRQIQAKYLKGRTIIGVAAG-RFHTVLWTREAVYTMGL-NGGQLGCLLDP . .. :: : : .:. : .: : .: .. . .:..: . :::: . KIAA14 LGNQTDA--VPSPAQIMY-NGQPITKMACGAEFSMIMDCKGNLYSFGCPEYGQLGH--NS 280 290 300 310 320 330 350 360 370 380 390 400 KIAA14 NGEKCVTAPR--QVSALHHKDIALSLVAASDGATVCVTTRGDIYLLADYQCKKMASKQLN .:. . : : : . .:. . ..:: . : . .. : : . :. KIAA14 DGKFIARAQRIEYDCELVPRRVAIFIEKTKDGQILPVPN----VVVRDVACGANHTLVLD 340 350 360 370 380 410 420 430 440 KIAA14 LKKVLVS-G-------GHMEYKVD--PEHLKE-----NGGQKI-----CILAMDGAGRVF .: . : : :: : : . :. .: :...: : .:.. .: .: KIAA14 SQKRVFSWGFGGYGRLGHAEQKDEMVPRLVKLFDFPGRGASQIYAGYTCSFAVSEVGGLF 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 KIAA14 CWRSVNSSLKQCRWAYPRQVFISDIALNRNEILFVTQDGEGFRGRWFEEKRKSSEKKEIL : ..:.: .. ::. : KIAA14 FWGATNTSREST--MYPKAVQDLCGWRIRSLACGKSSIIVAADESTISWGPSPTFGELGY 450 460 470 480 490 500 >>KIAA0032 ( 1054 res) ha01920 (1054 aa) initn: 172 init1: 160 opt: 253 Z-score: 188.1 bits: 46.9 E(): 2.3e-05 Smith-Waterman score: 330; 30.690% identity (57.241% similar) in 290 aa overlap (129-404:11-284) 100 110 120 130 140 150 KIAA14 QKGVDLLVKDKESGWTALHRSIFYGHIDCVWSLLKHGVSLYIQDKEGLSALDLV---MKD ::: . :.: .: :. : : ..: KIAA00 KIRTMLCWGYWSLGQPGISTNLQ---GIVAEPQVCGFISD 10 20 30 160 170 180 190 200 KIAA14 RPT--------HVVFKNTDPTDVYTWGDNTNFTLGHGSQNSKHHPELVDLFSRSGIYIKQ : . : :: : .::: : ::. ::: ...: :: . .. . .: . KIAA00 RSVKEVACGGNHSVFLLEDG-EVYTCGLNTKGQLGHEREGNK--PEQIGALADQ--HIIH 40 50 60 70 80 90 210 220 230 240 250 260 KIAA14 VVLCKFHSVFLSQKGQVYTCGHGPGGRLG-HGDEQTCLVPRLVEGLNGHNCSQVAAAKDH :. . ::. ::..::... : : :.:: :.. ::::.. :: .. ::. .. : KIAA00 VACGESHSLALSDRGQLFSWGAGSDGQLGLMTTEDSVAVPRLIQKLNQQTILQVSCGNWH 100 110 120 130 140 150 270 280 290 300 310 320 KIAA14 TVVLTEDGCVYTFGLNIFHQLGIIPPPSSCNVPRQIQAKYLKGRTIIGVAAGRFHT-VLW ..:. :: .:.: : :::. : :..... :.: . :::: :. .: KIAA00 CLALAADGQFFTWGKNSHGQLGLGKEFPSQASPQRVRS--LEGIPLAQVAAGGAHSFALS 160 170 180 190 200 210 330 340 350 360 370 380 KIAA14 TREAVYTMGLNG-GQLGCLLDPNGEKCVTAPRQVSALHHKDIALSLVAASDGATVCVTTR ::. :.:. :::: : : :: .: .:. :. . .. .. .. :. .: KIAA00 LSGAVFGWGMNNAGQLG-LSD---EKDRESPCHVKLLRTQKVV--YISCGEEHTAVLTKS 220 230 240 250 260 390 400 410 420 430 440 KIAA14 GDIYLLADYQCKKMASKQLNLKKVLVSGGHMEYKVDPEHLKENGGQKICILAMDGAGRVF : .. .. .: ... ..: KIAA00 GGVFTFGAGSCGQLGHDSMNDEVNPRRVLELMGSEVTQIACGRQHTLAFVPSSGLIYAFG 270 280 290 300 310 320 >>KIAA1995 ( 1011 res) bh00088 (1011 aa) initn: 288 init1: 148 opt: 223 Z-score: 167.3 bits: 43.0 E(): 0.00033 Smith-Waterman score: 229; 27.899% identity (55.072% similar) in 276 aa overlap (157-421:370-615) 130 140 150 160 170 180 KIAA14 CVWSLLKHGVSLYIQDKEGLSALDLVMKDRPTHVVFKNTDPTDVYTWGDNTNFTLGHGSQ : :: . : ..::.:: KIAA19 LRKRRREMEEKVTLLNAPTKRPRSSTVTEAPIAVVTSRT--SEVYVWG------------ 340 350 360 370 380 190 200 210 220 230 240 KIAA14 NSKHHPELVDLFSRSGIYIKQVVLCKFHSVFLSQKGQVYTCGHGPGG-----RLGHGDEQ ..: :. .:.. .:: .:: . : . .. . ..:: . :: .:::::. KIAA19 GGKSTPQKLDVI-KSGCSARQVCAGNTHFAVVTVEKELYTWVNMQGGTKLHGQLGHGDKA 390 400 410 420 430 440 250 260 270 280 290 KIAA14 TCLVPRLVEGLNGHNCSQVAAAKDHTVVLTEDGCVYTFGLNIFHQLGI--IPPPSSCNVP . :. :: :.:. ::. . : :: .:..: .:.:: . . .:. . : .: KIAA19 SYRQPKHVEKLQGKAIHQVSCGDDFTVCVTDEGQLYAFGSDYYGCMGVDKVAGP---EVL 450 460 470 480 490 500 300 310 320 330 340 350 KIAA14 RQIQAKYLKGRTIIGVAAGRFHTVLWTR-EAVYTMGLNG-GQLGCLLDPNGEKCVTAPRQ . .: ... . . :. : :.:. :: . ::. : . :.:: :: .:. .:.. KIAA19 EPMQLNFFLSNPVEQVSCGDNHVVVLTRNKEVYSWGCGEYGRLG--LD--SEEDYYTPQK 510 520 530 540 550 360 370 380 390 400 410 KIAA14 VSALHHKDIALSLVAASDGATVCVTTRGDIYLLADYQCKKMASKQLNLKKVLVSG--GHM :. . . : ... . :: : .: : . :: : ..:.:.. . :: .: KIAA19 VD-VPKALIIVAVQCGCDG-TFLLTQSGKV--LA---CGLNEFNKLGLNQCM-SGIINHE 560 570 580 590 600 420 430 440 450 460 470 KIAA14 EYKVDPEHLKENGGQKICILAMDGAGRVFCWRSVNSSLKQCRWAYPRQVFISDIALNRNE :. : KIAA19 AYHEVPYTTSFTLAKQLSFYKIRTIAPGKTHTAAIDERGRLLTFGCNKCGQLGVGNYKKR 610 620 630 640 650 660 >>KIAA0469 ( 559 res) hg01666 (559 aa) initn: 266 init1: 137 opt: 203 Z-score: 155.5 bits: 39.9 E(): 0.0015 Smith-Waterman score: 203; 30.818% identity (61.635% similar) in 159 aa overlap (785-941:45-196) 760 770 780 790 800 810 KIAA14 FSNLSSRLDGVRFENEKINVIAKNTGNKLKLSQKKC--SFLCDVTMKSVDGKEFPCHKCV ::: . .:: :::.... :..:: :. : KIAA04 QPIEGAMERPAPLAVLPFSDPAHALSLLRGLSQLRAERKFL-DVTLEAAGGRDFPAHRAV 20 30 40 50 60 70 820 830 840 850 860 870 KIAA14 LCARLEYFHSMLSSSWIEASSCAALEMPIHSDILKVILDYLYTDEAVVIKESQNVDFICS : : ::..:.... :. . . . :.:...::. :: ...: ..:.. KIAA04 LAAASPYFRAMFAGQLRESRAERVRLHGVPPDMLQLLLDFSYTGRVAV--SGDNAE---P 80 90 100 110 120 880 890 900 910 920 930 KIAA14 VLVVADQLLITRLKEICEVALTEKLTLKNAAMLLEFAAMYSAKQLKLSCLQFIGLNMAAL .: .:: : . .:: : . : ..: : : . .:: .: . : . .:: : .. KIAA04 LLRAADLLQFPAVKEACGAFLQQQLDLANCLDMQDFAEAFSCSGLASAAQRFI-LRHVGE 130 140 150 160 170 180 940 950 960 970 980 990 KIAA14 LEARSLDVLSDGVLKDLSEFYRKMIPAMDRRVITPYQDGPDISYLEVEDGDIFLKEEINM : :..:. : KIAA04 LGAEQLERLPLARLLRYLRDDGLCVPKEEAAYQLALRWVRADPPRRAAHWPQLLEAVRLP 190 200 210 220 230 240 >>KIAA1561 ( 1416 res) fh20178s1 (1416 aa) initn: 194 init1: 83 opt: 195 Z-score: 146.5 bits: 39.6 E(): 0.0048 Smith-Waterman score: 198; 24.016% identity (54.331% similar) in 254 aa overlap (26-271:10-250) 10 20 30 40 50 KIAA14 HLCVLAFSFFKISFHDSEVSGIKTVRMSSPMPDCTSKCRSLKHALD-------VLSVVTK :.. : : .. . :: : ..... . KIAA15 MKSLKSRLRRQDVPGPASSGAAAASAHAADWNKYDDRLMKAAER 10 20 30 40 60 70 80 90 100 110 KIAA14 GSENQIKAFLSSHCYNAATIKDVFGRNALHLVSSCGKKGVLDWLIQKGVDLLVKDKESGW :. ... ..:... : . . :: ::...:.:.: :. :. .. .:::. ..: .: KIAA15 GDVEKVTSILAKKGVNPGKL-DVEGRSVFHVVTSKGNLECLNAILIHGVDITTSDT-AGR 50 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 170 KIAA14 TALHRSIFYGHIDCVWSLLKHGVSLYIQDKEGLSAL-DLVMKDRPTHVVFKNTDPTDVYT .::: . ::: :. .::... : .: .:: : .: : :. . . ..: . KIAA15 NALHLAAKYGHALCLQKLLQYNCPTEHADLQGRTALHDAAMADCPSSIQLLCDHGASVNA 110 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 KIAA14 WGDNTNFTLGHGSQNSKHHPELVDLFSRSGIYIKQVVLCKFHSVFLSQKGQVYTCGHGPG . : ..: :. : . .:. : ... . ...: : : : . KIAA15 KDVDGRTPLVLATQMSR--PTICQLLIDRGADVNSRDKQNRTALML---GCEYGCRDAVE 170 180 190 200 210 240 250 260 270 280 290 KIAA14 GRLGHGDEQTCLVPRLVEGLNGHNCSQVAAAKDHTVVLTEDGCVYTFGLNIFHQLGIIPP . .: . . :...: ::. : : :. .:: KIAA15 VLIKNGADIS-----LLDAL-GHDSSYYARIGDNLDILTLLKTASENTNKGRELWKKGPS 220 230 240 250 260 270 300 310 320 330 340 350 KIAA14 PSSCNVPRQIQAKYLKGRTIIGVAAGRFHTVLWTREAVYTMGLNGGQLGCLLDPNGEKCV KIAA15 LQQRNLTHMQDEVNVKSHQREHQNIQDLEIENEDLKERLRKIQQEQRILLDKVNGLQLQL 280 290 300 310 320 330 >>KIAA1563 ( 1658 res) fh20460s1 (1658 aa) initn: 143 init1: 143 opt: 192 Z-score: 143.8 bits: 39.3 E(): 0.0068 Smith-Waterman score: 192; 30.682% identity (55.682% similar) in 176 aa overlap (166-335:470-636) 140 150 160 170 180 190 KIAA14 VSLYIQDKEGLSALDLVMKDRPTHVVFKNTDPTDVYTWGDNTNFTL-GHGSQNSKHHPEL : . : : . ..: : :: : :.: KIAA15 SAIGPEGLKDSREEQVKQESMQGKKSSSLVDIREEETEGGSRRLSLPGLLSQVS---PRL 440 450 460 470 480 490 200 210 220 230 240 KIAA14 VDLFSRSGIYIKQVVLCKFHS-----VFLSQKGQVYTCGHGPGGRLGHGDEQTCLVPRLV . .: . . ::: .: .. : . .:.: :.: :.::::: : : : KIAA15 LRKAAR--VKTRTVVLTPTYSGEADALLPSLRTEVWTWGKGKEGQLGHGDVLPRLQPLCV 500 510 520 530 540 550 250 260 270 280 290 300 KIAA14 EGLNGHNCSQVAAAKDHTVVLTEDGCVYTFGLNIFHQLGIIPPPSSCNVPRQIQAKYLKG . :.:.. .. :. :...:: . ::..: : : ::: :.. ::: . . .: KIAA15 KCLDGKEVIHLEAGGYHSLALTAKSQVYSWGSNTFGQLGHSDFPTT--VPRLAKISSENG 560 570 580 590 600 610 310 320 330 340 350 360 KIAA14 RTIIGVAAGRFHTVLWTREAVYTMGLNGGQLGCLLDPNGEKCVTAPRQVSALHHKDIALS . ..:::: .... . . :: KIAA15 --VWSIAAGRDYSLFLVDTEDFQPGLYYSGRQDPTEGDNLPENHSGSKTPVLLSCSKLGY 620 630 640 650 660 670 1379 residues in 1 query sequences 1986126 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:21:38 2008 done: Thu Dec 18 15:21:39 2008 Total Scan time: 0.790 Total Display time: 0.210 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]