# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha04795.fasta.huge -Q ../query/KIAA1412.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1412, 1386 aa vs ./tmplib.24314 library 1986119 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2946+/-0.00578; mu= 16.8581+/- 0.394 mean_var=116.8299+/-26.978, 0's: 0 Z-trim: 1 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.118658 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1199 ( 1013 res) fg01973 (1013) 3076 538.7 2e-153 >>KIAA1199 ( 1013 res) fg01973 (1013 aa) initn: 1439 init1: 1300 opt: 3076 Z-score: 2846.3 bits: 538.7 E(): 2e-153 Smith-Waterman score: 3083; 48.666% identity (74.920% similar) in 937 aa overlap (416-1340:71-990) 390 400 410 420 430 440 KIAA14 FYTVDGQKFSVTAYSEWIEGVSLSGFRVEVVDGVKLNLLDDVSSWKPGDQIVVASTDYSM :... ::: :.:.:::::: .:.::::::: KIAA11 DRGRACRSYRVRFLCGKPVRPKLTVTIDTNVNSTILNLEDNVQSWKPGDTLVIASTDYSM 50 60 70 80 90 100 450 460 470 480 490 500 KIAA14 YQAEEFTLLPCSECSHFQVKVKETPQFLHMGEIIDGVDMRAEVGILTRNIVIQGEVEDSC :::::: .::: :. :::: :..::.:: :::::::::::.:.:::...::.::.: KIAA11 YQAEEFQVLPCRSCAPNQVKVAGKPMYLHIGEEIDGVDMRAEVGLLSRNIIVMGEMEDKC 110 120 130 140 150 160 510 520 530 540 550 560 KIAA14 YA-ENQ-CQFFDYDTFGGHIMIMKNFTSVHLSYVELKHMGQQQMGRYPVHFHLCGDVDYK : .:. :.:::.::::::: . .: ..:: .:::::::: .:.::.:::: :::: . 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KIAA11 EDVPITSRVFFGEPGPWFNQLDMDGDKTSVFHDVDGSVSEYPGSYLTKNDNWLVRHPDCI 580 590 600 610 620 630 990 1000 1010 1020 1030 1040 KIAA14 NVSKWNAVICSGTYAQVYVQTWSTQNLSMTITRDEYPSNPMVLRG-INQKAAFPQYQPVV :: : ..:::: :::.:.:...:.:: : : ....::.:. :.: ..... . :::::: KIAA11 NVPDWRGAICSGCYAQMYIQAYKTSNLRMKIIKNDFPSHPLYLEGALTRSTHYQQYQPVV 640 650 660 670 680 690 1050 1060 1070 1080 1090 1100 KIAA14 MLEKGYTIHWNGPAPRTTFLYLVNFNKNDWIRVGLCYPSNTSFQVTFGYLQRQNGSLSKI :.:::::::. :: ..:.::::.:::::::::: .:.:.. .: . :: KIAA11 TLQKGYTIHWDQTAPAELAIWLINFNKGDWIRVGLCYPRGTTFSILSDVHNRLLKQTSKT 700 710 720 730 740 750 1110 1120 1130 1140 1150 KIAA14 EEYEPVHSLEELQRKQSERK-FYFDSSTGLLFLYLKAKSHRHGHSYCSSQGCERVKIQA- . . ........ :. .:.: ..::::: :::...:. ..:: .::::.::.: KIAA11 GVFVRTLQMDKVEQSYPGRSHYYWDEDSGLLFLKLKAQNEREKFAFCSMKGCERIKIKAL 760 770 780 790 800 810 1160 1170 1180 1190 1200 1210 KIAA14 ATDSKDISNCMAKAYPQYYRKPSVVKRMPAMLTGLCQGCGTRQVVFTSDPHKSYLPVQFQ . .:.: : :::.. .. : :: : : . . :.: : .: :... KIAA11 IPKNAGVSDCTATAYPKFTERAVVDVPMPKKLFG--------SQLKTKD-H--FLEVKME 820 830 840 850 860 1220 1230 1240 1250 1260 1270 KIAA14 SPDKAETQR-GDPSVISVNGTDFTFRSAGVLLLVVDPCSVPFRLTEKTVFP---LADVS- : . . .: . : :.: . :. ..:.: . :.. .: : : . KIAA11 SSKQHFFHLWNDFAYIEVDGKKYPSSEDGIQVVVID--GNQGRVVSHTSFRNSILQGIPW 870 880 890 900 910 920 1280 1290 1300 1310 1320 1330 KIAA14 RIEEYLKTGIPPRSIVLLSTRGE-IKQLNISHLLVPLGLAKPAHLYDKGSTIFLGFSGNF .. .:. : :: ::::....:. ... ...: :: . .: : . :.::.:.: KIAA11 QLFNYVAT-IPDNSIVLMASKGRYVSRGPWTRVLEKLGADRGLKL--KEQMAFVGFKGSF 930 940 950 960 970 980 1340 1350 1360 1370 1380 KIAA14 KPSWTKLFTSPAGQGLGVLEQFIPLQLDEYGCPRATTVRRRDLELLKQASKAH .: :. : KIAA11 RPIWVTLDTEDHKAKIFQVVPIPVVKKKKL 990 1000 1010 1386 residues in 1 query sequences 1986119 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:21:23 2008 done: Thu Dec 18 15:21:24 2008 Total Scan time: 0.750 Total Display time: 0.070 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]