# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha02572.fasta.nr -Q ../query/KIAA1398.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1398, 1586 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7796334 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.1018+/-0.000216; mu= 5.9300+/- 0.012 mean_var=189.2124+/-36.607, 0's: 27 Z-trim: 202 B-trim: 578 in 1/66 Lambda= 0.093239 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|168273230|dbj|BAG10454.1| ribosome-binding prot (1560) 9906 1346.8 0 gi|152949522|dbj|BAF73807.1| p180/ribosome recepto (1540) 8180 1114.6 0 gi|23822112|sp|Q9P2E9.4|RRBP1_HUMAN RecName: Full= (1410) 7389 1008.1 0 gi|23822106|sp|Q99PL5.2|RRBP1_MOUSE RecName: Full= (1605) 6881 939.9 0 gi|123239483|emb|CAM26890.1| ribosome binding prot (1464) 6600 902.0 0 gi|109468922|ref|XP_230637.4| PREDICTED: similar t (1327) 6535 893.2 0 gi|109470913|ref|XP_001053669.1| PREDICTED: simila (1417) 6343 867.4 0 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7.9e-94 gi|37590277|gb|AAH59298.1| MGC68897 protein [Xenop (1055) 2469 346.2 8.1e-92 gi|49250498|gb|AAH74706.1| Ribosome binding protei (1037) 2389 335.4 1.4e-88 gi|49115824|gb|AAH73565.1| MGC82852 protein [Xenop (1012) 2387 335.1 1.6e-88 gi|193787517|dbj|BAG52723.1| unnamed protein produ ( 346) 2134 300.6 1.4e-78 gi|116284008|gb|AAH09700.1| RRBP1 protein [Homo sa ( 304) 1935 273.7 1.5e-70 gi|123238660|emb|CAM20086.1| ribosome binding prot ( 300) 1929 272.9 2.6e-70 gi|13094687|gb|AAK11968.1|AF273688_1 ribosome rece ( 398) 1780 253.0 3.4e-64 gi|148696496|gb|EDL28443.1| mCG11496, isoform CRA_ ( 449) 1734 246.9 2.7e-62 gi|13094685|gb|AAK11967.1|AF273687_1 ribosome rece ( 380) 1691 241.0 1.3e-60 gi|13094683|gb|AAK11966.1|AF273686_1 ribosome rece ( 380) 1684 240.1 2.5e-60 gi|148696497|gb|EDL28444.1| mCG11496, isoform CRA_ ( 398) 1676 239.0 5.5e-60 gi|220678214|emb|CAX14268.1| novel protein similar (1336) 1616 231.6 3.3e-57 gi|189527049|ref|XP_694934.3| PREDICTED: sb:cb360 (1332) 1613 231.1 4.3e-57 gi|27924223|gb|AAH45038.1| MGC68897 protein [Xenop ( 733) 1552 222.7 8.6e-55 gi|148696492|gb|EDL28439.1| mCG11496, isoform CRA_ ( 330) 1515 217.3 1.6e-53 gi|13094689|gb|AAK11969.1|AF273689_1 ribosome rece ( 330) 1504 215.8 4.5e-53 gi|13094691|gb|AAK11970.1|AF273690_1 ribosome rece ( 284) 1330 192.3 4.5e-46 >>gi|168273230|dbj|BAG10454.1| ribosome-binding protein (1560 aa) initn: 9906 init1: 9906 opt: 9906 Z-score: 7209.2 bits: 1346.8 E(): 0 Smith-Waterman score: 9906; 100.000% identity (100.000% similar) in 1560 aa overlap (27-1586:1-1560) 10 20 30 40 50 60 KIAA13 GPGGAISLSVEAKAGADLLVKGKQARMDIYDTQTLGVVVFGGFMVVSAIGIFLVSTFSMK :::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|168 MDIYDTQTLGVVVFGGFMVVSAIGIFLVSTFSMK 10 20 30 70 80 90 100 110 120 KIAA13 ETSYEEALANQRKEMAKTHHQKVEKKKKEKTVEKKGKTKKKEEKPNGKIPDHDPAPNVTV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|168 ETSYEEALANQRKEMAKTHHQKVEKKKKEKTVEKKGKTKKKEEKPNGKIPDHDPAPNVTV 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 KIAA13 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AQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKVEG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|168 AQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKVEG 340 350 360 370 380 390 430 440 450 460 470 480 KIAA13 AQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQDKKAEG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|168 AQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQDKKAEG 400 410 420 430 440 450 490 500 510 520 530 540 KIAA13 AQNQGRKAEGAQNQGRKAEGAQNQGKKAEGAPNQGKKAEGAPNQGKKAEGTPNQGKKAEG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|168 AQNQGRKAEGAQNQGRKAEGAQNQGKKAEGAPNQGKKAEGAPNQGKKAEGTPNQGKKAEG 460 470 480 490 500 510 550 560 570 580 590 600 KIAA13 TPNQGKKAEGTPNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGTPNQGKKAEGAQNQGKKAEG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|168 TPNQGKKAEGTPNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGTPNQGKKAEGAQNQGKKAEG 520 530 540 550 560 570 610 620 630 640 650 660 KIAA13 AQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKVEGAQNQGKKAEG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|168 AQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGKKVEGAQNQGKKAEG 580 590 600 610 620 630 670 680 690 700 710 720 KIAA13 AQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGQKGEGAQNQGKKTEGAQGKKAERSPNQGKKGEGAP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|168 AQNQGKKAEGAQNQGKKAEGAQNQGQKGEGAQNQGKKTEGAQGKKAERSPNQGKKGEGAP 640 650 660 670 680 690 730 740 750 760 770 780 KIAA13 IQGKKADSVANQGTKVEGITNQGKKAEGSPSEGKKAEGSPNQGKKADAAANQGKKTESAS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|168 IQGKKADSVANQGTKVEGITNQGKKAEGSPSEGKKAEGSPNQGKKADAAANQGKKTESAS 700 710 720 730 740 750 790 800 810 820 830 840 KIAA13 VQGRNTDVAQSPEAPKQEAPAKKKSGSKKKGEPGPPDADGPLYLPYKTLVSTVGSMVFNE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|168 VQGRNTDVAQSPEAPKQEAPAKKKSGSKKKGEPGPPDADGPLYLPYKTLVSTVGSMVFNE 760 770 780 790 800 810 850 860 870 880 890 900 KIAA13 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