# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj07927s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1395.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1395, 2051 aa vs ./tmplib.24314 library 1985454 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2603+/-0.0059; mu= 20.5765+/- 0.403 mean_var=122.9702+/-29.240, 0's: 0 Z-trim: 5 B-trim: 46 in 1/39 Lambda= 0.115658 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 42, opt: 30, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1771 ( 1302 res) pj02581(revised) (1302) 5540 936.9 0 KIAA1058 ( 2095 res) hh12146s1 (2095) 739 136.0 9.8e-32 KIAA0716 ( 1388 res) ah04178 (1388) 249 54.0 3.1e-07 KIAA0209 ( 1842 res) ha04649 (1842) 220 49.4 1.1e-05 >>KIAA1771 ( 1302 res) pj02581(revised) (1302 aa) initn: 5264 init1: 3733 opt: 5540 Z-score: 4993.3 bits: 936.9 E(): 0 Smith-Waterman score: 5661; 66.334% identity (84.969% similar) in 1304 aa overlap (821-2051:1-1302) 800 810 820 830 840 850 KIAA13 VIRPPIISGQIVNLGRGAFEAMAHVVSLVHRSLEAAQDARGHCPQLAAYVHYAFRLPGTE ..::. .: .:. ::.:.::.::::.: KIAA17 KNLEGNHDQHGRNSLLASYIHYVFRLPNTY 10 20 30 860 870 880 890 900 KIAA13 PSLPDGAPPV---TVQAATLARGSGRPASLYLARSKSISSSNPDLAVAPGSVDDEVSRIL :. . .: .:. ::.::.. ::::: : ::.:.:.::::.. .: : :::: :. 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KIAA17 LSSHDSDPRYSDPQIKARVAMLYLPLIGIIMETVPQLYDFTETHNQRGRPICIATDDYES 400 410 420 430 440 450 1210 1220 1230 1240 1250 1260 KIAA13 EGDIAGTINPSVAMAIAGGPLAPGSRASISQGPPTASRAGCALSAESSRTLLACVLWVLK :. .. :. .::::::: . .: . :..: ..::::::.:: :.::::: KIAA17 ES--GSMISQTVAMAIAGTSVPQLTRPGSFLLTSTSGRQHTTFSAESSRSLLICLLWVLK 460 470 480 490 500 1270 1280 1290 1300 1310 1320 KIAA13 NTEPALLQRWATDLTLPQLGRLLDLLYLCLAAFEYKGKKAFERINSLTFKKSLDMKARLE :.. ..::.: :::.. ::.:::::::::.. :::::::.:::.:::::::: ::.:.:: KIAA17 NADETVLQKWFTDLSVLQLNRLLDLLYLCVSCFEYKGKKVFERMNSLTFKKSKDMRAKLE 510 520 530 540 550 560 1330 1340 1350 1360 1370 KIAA13 EAILGTIGARQEMVRRSR---ERSP----FGNPENVRWRKSVTHWKQTSDRVDKTKDEME :::::.:::::::::::: :::: ::. ::.::::..:::.:.....::.. :.: KIAA17 EAILGSIGARQEMVRRSRGQLERSPSGSAFGSQENLRWRKDMTHWRQNTEKLDKSRAEIE 570 580 590 600 610 620 1380 1390 1400 1410 1420 1430 KIAA13 HEALVEGNLATEASLVVLDTLEIIVQTVMLSEARESVLGAVLKVVLYSLGSAQSALFLQH ::::..:::::::.:..::::::.:::: ..:..::.::.::::.:.:.. :::..::: KIAA17 HEALIDGNLATEANLIILDTLEIVVQTVSVTESKESILGGVLKVLLHSMACNQSAVYLQH 630 640 650 660 670 680 1440 1450 1460 1470 1480 1490 KIAA13 GLATQRALVSKFPELLFEEDTELCADLCLRLLRHCGSRISTIRTHASASLYLLMRQNFEI .:::::::::::::::::.:: ::::::::::::.: :.:::.:::::::::::::::: KIAA17 CFATQRALVSKFPELLFEEETEQCADLCLRLLRHCSSSIGTIRSHASASLYLLMRQNFEI 690 700 710 720 730 740 1500 1510 1520 1530 1540 1550 KIAA13 GHNFARVKMQVTMSLSSLVGTTQNFSEEHLRRSLKTILTYAEEDMGLRDSTFAEQVQDLM :.:::::::::::::::::::.:::.:: :::::::::::::::. ::..:: .:::::. 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KIAA10 ---DSYLPELAKSAREAEIKLKSESRVK--------LFYLDPDAQKLDFSSAEPEVKSFE 340 350 360 370 380 260 270 280 290 300 KIAA13 EHFGQRILVKCLSLKFEIE-------------IEPIFGILALYDVREKKKISENFYFDLN :.::.:::::: .:.:... .::.: :.:.:.. ..::: .:. ::: KIAA10 EKFGKRILVKCNDLSFNLQCCVAENEEGPTTNVEPFFVTLSLFDIKYNRKISADFHVDLN 390 400 410 420 430 440 310 320 330 340 KIAA13 SDSMKGLLRA------HGT-----------HPAISTLARSAIFSVTYPSPDIFLVIKLEK :.. .: . .:. : : ...::::: : :::::: ..:: KIAA10 HFSVRQMLATTSPALMNGSGQSPSVLKGILHEAAMQYPKQGIFSVTCPHPDIFLVARIEK 450 460 470 480 490 500 350 360 370 380 390 400 KIAA13 VLQQGDISECCEPYMVLKEVDTAKNKEKLEKLRLAAEQFCTRLGRYRMPFAWTAVHLANI ::: :.:..: :::: : :..: .:. : :.: : :::.:::::::.: : . KIAA10 VLQ-GSITHCAEPYM--KSSDSSKVAQKVLK---NAKQACQRLGQYRMPFAWAARTLFK- 510 520 530 540 550 560 410 420 430 440 450 460 KIAA13 VSSAGQLDRDSDSEGERRPAWTDRRRRGPQDRASSGDDACSFSGFRPATLTVTNFFKQEA ...:.::... ::.. ..:.. KIAA10 -DASGNLDKNA-----------------------------RFSAI----------YRQDS 570 580 470 480 490 500 510 520 KIAA13 ERLSDEDLFKFLADMRRPSSLLRRLRPVTAQLKIDISPAPEN-PHFCLSPELLHIKPYPD ..::..:..:.:::.:.: .. . : . ..: : :. . . :.. .. . : . KIAA10 NKLSNDDMLKLLADFRKPEKMAK-LPVILGNLDITIDNVSSDFPNY-VNSSYIPTKQFET 590 600 610 620 630 530 540 550 560 570 580 KIAA13 PRGRP-TKEILEF-PAREVYA-PHTSYRNLLYVYPHSLNFSSRQG--SVRNLAVRVQYM- : : :. :: : .. :.: : : :::::. :...:... ..::.:. ... KIAA10 CSKTPITFEVEEFVPCIPKHTQPYTIYTNHLYVYPKYLKYDSQKSFAKARNIAICIEFKD 640 650 660 670 680 690 590 600 610 620 630 640 KIAA13 TGEDPSQALPVIFGKSSCSEFTREAFTPVVYHNKSPEFYEEFKLHLPACVTENHHLLFTF . :. :: : :.:. . ::: ::. :..:...::::.:.:..::. . :.::::.:: KIAA10 SDEEDSQPLKCIYGRPGGPVFTRSAFAAVLHHHQNPEFYDEIKIELPTQLHEKHHLLLTF 700 710 720 730 740 750 650 660 670 680 690 KIAA13 YHVSCQ-PRPGTA-----LETPVGFTWIPLLQHRRLRTGPFCLPVSVDQPPP--SYSVLT .::::. :.. .:: ::..:.:::. :. :. .:::.. : .:. : KIAA10 FHVSCDNSSKGSTKKRDVVETQVGYSWLPLLKDGRVVTSEQHIPVSANLPSGYLGYQELG 760 770 780 790 800 810 700 710 720 730 740 750 KIAA13 PDVAL-PGMRWVDGHKGVFSVELTAVSSVHPQDPYLDKFFTLVHVLEEGAFPFRLKDTVL : ..:::: : .... ::.:. :: .: .:: . : :: . KIAA10 MGRHYGPEIKWVDGGKPLLKISTHLVSTVYTQDQHLHNFFQYCQKTESGAQAL------- 820 830 840 850 860 870 760 770 780 790 800 810 KIAA13 SEGNVEQELRASLAALRLASPEPLVAFSHHVLDKLVRLVIRPPIISGQI-VNLGRGAFEA :: :: : .:. . ..:: .:..: :.. : . .. ::. : . KIAA10 --GN---ELVKYLKSLHAMEGHVMIAFLPTILNQLFRVLTRA--TQEEVAVNVTR----V 880 890 900 910 920 820 830 840 850 860 870 KIAA13 MAHVVSLVHRSLEAAQDARGHCPQLAAYVHYAFRLPGTEPSLPDGAPPVTVQAATLARGS . :::. :. .: .: .::.::.. .:: . KIAA10 IIHVVAQCHE--------EGLESHLRSYVKYAYK---AEPYV------------------ 930 940 950 880 890 900 910 920 930 KIAA13 GRPASLYLARSKSISSSNPDLAVAPGSVDDEVSRILASKLLHEELALQWVVSSSAVREAI :: : .: .:... ... : . . ....:.. . KIAA10 ---ASEY------------------KTVHEELTKSMTTIL---KPSADFLTSNK-----L 960 970 980 940 950 960 970 980 990 KIAA13 LQHAWFFFQLMVKSMALHLLLGQRLDTPRKLRFPGRFLDDITALVGSVGLEVITRVHKDV :...::::....:::: ::. .... :. :::. . . ..:. . .. . . . KIAA10 LKYSWFFFDVLIKSMAQHLIENSKVKLLRNQRFPASYHHAVETVVNMLMPHITQKFRDNP 990 1000 1010 1020 1030 1040 1000 1010 1020 1030 1040 1050 KIAA13 ELAEHLNASLAFFLSDLLSLVDRGFVFSLVRAHYKQVATRLQSSPNPAALLTLRMEFTRI : ... : ::: :.. ....::::::. . . . : .: .:. ..:: :. KIAA10 EASKNANHSLAVFIKRCFTFMDRGFVFKQINNYISCFAP-----GDPKTLFEYKFEFLRV 1050 1060 1070 1080 1090 1060 1070 1080 1090 1100 1110 KIAA13 LCSHEHYVTLNLPCCPLSPPASPSPSVSSTTSQSSTFSSQAPDPKVTSMFELSGPFRQQH .:.::::. :::: :.. .. . ... : . :. : ..: KIAA10 VCNHEHYIPLNLPM-PFGK------------GRIQRYQDLQLD------YSLTDEFCRNH 1100 1110 1120 1130 1120 1130 1140 1150 1160 1170 KIAA13 FLAGLLLTELALALEPEAEGAFLLHKKAISAVHSLLCGHDTDPRYAEATVKARVAELYLP ::.:::: :.. ::. : .. :::....:: :. : ::: . .::.: :::: KIAA10 FLVGLLLREVGTALQEFREVRLI----AISVLKNLLIKHSFDDRYASRSHQARIATLYLP 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1180 1190 1200 1210 KIAA13 LLSIARDTLPRLH--DFAEGP---GQRSRLASM-------LDSDTEG-------EGDIAG :... ... :.. : . : :. . :. : . .: . :. : KIAA10 LFGLLIENVQRINVRDVSPFPVNAGMTVKDESLALPAVNPLVTPQKGSTLDNSLHKDLLG 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1220 1230 1240 1250 KIAA13 TINPSVAMAIAGGPLAPGSRASISQGPPTASRAGCALSAESS------------------ .:. .. .. : . : . :.: .. .: .: ..: KIAA10 AISGIASPYTTSTPNINSVRNADSRGSLISTDSGNSLPERNSEKSNSLDKHQQSSTLGNS 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1260 1270 1280 1290 1300 KIAA13 ------------RTLLACVLWVLKN-TEPALLQRWATDLTLPQLGRLLDLLYLCLAAFEY ..:: : :..::. .. ::. : . . .: .. . .:: :.: KIAA10 VVRCDKLDQSEIKSLLMCFLYILKSMSDDALFTYW-NKASTSELMDFFTISEVCLHQFQY 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1310 1320 1330 1340 1350 1360 KIAA13 KGKKAFERINSLTFKKSLDMKARLEEAILGTIGARQEMVRRSRERSPFGNPENVRWRKSV ::. . : . :.:::.. ::.. ... . .: KIAA10 MGKRYIARTGM--------MHARLQQ--LGSLD------------------NSLTFNHSY 1380 1390 1400 1370 1380 1390 1400 1410 KIAA13 THWKQTSDRVDKTKDEMEHEALVEGNLATEASLVVLDTLEIIV----QTVMLSEARESVL : :: .. :..:.:.:.:::. :..:::: ... . .. ..... .. 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