# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh12985.fasta.nr -Q ../query/KIAA1391.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1391, 1194 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7822424 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6132+/-0.00019; mu= 12.7319+/- 0.011 mean_var=87.5786+/-16.937, 0's: 23 Z-trim: 49 B-trim: 243 in 2/65 Lambda= 0.137049 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|143458429|sp|Q9P2F6.2|RHG20_HUMAN RecName: Full (1191) 7922 1577.2 0 gi|42766763|gb|AAS45469.1| RhoGTPase regulating pr (1168) 7705 1534.3 0 gi|42766765|gb|AAS45470.1| RhoGTPase regulating pr (1165) 7699 1533.1 0 gi|42766759|gb|AAS45467.1| RhoGTPase regulating pr (1155) 7687 1530.8 0 gi|114640254|ref|XP_522177.2| PREDICTED: Rho GTPas (1168) 7654 1524.2 0 gi|194212666|ref|XP_001499947.2| PREDICTED: simila (1191) 7027 1400.3 0 gi|73955170|ref|XP_854212.1| PREDICTED: similar to (1255) 6633 1322.4 0 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( 388) 2332 471.6 3.9e-130 gi|74013206|ref|XP_533307.2| PREDICTED: similar to ( 653) 1884 383.2 2.7e-103 gi|73984117|ref|XP_851810.1| PREDICTED: similar to ( 853) 1869 380.3 2.6e-102 gi|210104561|gb|EEA52583.1| hypothetical protein B (1425) 1464 300.4 4.9e-78 gi|11611595|dbj|BAB18980.1| hypothetical protein [ ( 267) 1419 291.0 6.4e-76 gi|115699971|ref|XP_787609.2| PREDICTED: similar t (1373) 1220 252.2 1.6e-63 gi|47221994|emb|CAG08249.1| unnamed protein produc ( 953) 1136 235.4 1.2e-58 gi|156217851|gb|EDO38760.1| predicted protein [Nem (1507) 1129 234.2 4.4e-58 gi|62643414|ref|XP_227116.3| PREDICTED: similar to ( 834) 1113 230.8 2.5e-57 gi|51858679|gb|AAH81933.1| Similar to T-cell activ ( 834) 1099 228.1 1.7e-56 gi|109464849|ref|XP_574935.2| PREDICTED: similar t (1454) 1099 228.3 2.6e-56 gi|26338496|dbj|BAC32919.1| unnamed protein produc ( 217) 1077 223.3 1.2e-55 gi|125826145|ref|XP_001336763.1| PREDICTED: Rho GT ( 907) 1083 224.9 1.6e-55 gi|73964251|ref|XP_854524.1| PREDICTED: similar to ( 567) 1042 216.7 3.2e-53 gi|109464834|ref|XP_227129.4| PREDICTED: similar t (2857) 1044 217.6 8.3e-53 gi|109464836|ref|XP_001071387.1| PREDICTED: simila (1087) 1037 215.9 1e-52 gi|109466737|ref|XP_001064263.1| PREDICTED: simila ( 683) 1022 212.8 5.7e-52 gi|109464926|ref|XP_001076600.1| PREDICTED: simila ( 810) 1022 212.8 6.4e-52 gi|109464840|ref|XP_001071430.1| PREDICTED: simila ( 758) 1012 210.8 2.4e-51 gi|109466285|ref|XP_001053294.1| PREDICTED: simila ( 933) 1012 210.9 2.8e-51 gi|194667582|ref|XP_001787305.1| PREDICTED: simila ( 812) 999 208.3 1.5e-50 gi|74221450|dbj|BAE21461.1| unnamed protein produc ( 650) 995 207.4 2.2e-50 gi|194679097|ref|XP_001789537.1| PREDICTED: simila ( 777) 947 198.0 1.8e-47 gi|109466281|ref|XP_001053090.1| PREDICTED: simila ( 467) 943 197.0 2.1e-47 gi|149048440|gb|EDM00981.1| rCG65904 [Rattus norve (1288) 933 195.4 1.8e-46 gi|52352320|gb|AAU43630.1| GTPase activating prote (1288) 933 195.4 1.8e-46 gi|74013220|ref|XP_849686.1| PREDICTED: similar to ( 486) 902 188.9 6e-45 gi|183986042|gb|AAI66500.1| LOC304239 protein [Rat (1194) 907 190.2 6.1e-45 gi|118089262|ref|XP_420168.2| PREDICTED: similar t (1004) 878 184.4 2.8e-43 gi|109464842|ref|XP_001071475.1| PREDICTED: simila ( 819) 854 179.6 6.5e-42 >>gi|143458429|sp|Q9P2F6.2|RHG20_HUMAN RecName: Full=Rho (1191 aa) initn: 7922 init1: 7922 opt: 7922 Z-score: 8459.1 bits: 1577.2 E(): 0 Smith-Waterman score: 7922; 100.000% identity (100.000% similar) in 1191 aa overlap (4-1194:1-1191) 10 20 30 40 50 60 KIAA13 IFFMEAMSPQQETLGGQPGRSSSLTGVSRLAGGSCTKKKMKTLAERRRSAPSLILDKALQ ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|143 MEAMSPQQETLGGQPGRSSSLTGVSRLAGGSCTKKKMKTLAERRRSAPSLILDKALQ 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 KIAA13 KRPTTRDSPSASVDTCTFLSSLVCSNRTLLIDGRAELKRGLQRQERHLFLFNDLFVVAKI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|143 KRPTTRDSPSASVDTCTFLSSLVCSNRTLLIDGRAELKRGLQRQERHLFLFNDLFVVAKI 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 KIAA13 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