# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh12985.fasta.huge -Q ../query/KIAA1391.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1391, 1194 aa vs ./tmplib.24314 library 1986311 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.1073+/-0.00703; mu= 2.2958+/- 0.476 mean_var=197.7383+/-47.729, 0's: 0 Z-trim: 15 B-trim: 16 in 1/39 Lambda= 0.091207 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0131 ( 942 res) ha01235 ( 942) 375 62.7 3.1e-10 KIAA0411 ( 1061 res) hg02120 (1061) 272 49.2 4.1e-06 KIAA0672 ( 824 res) hk02382 ( 824) 268 48.5 4.9e-06 KIAA1304 ( 1051 res) fh04032 (1051) 263 48.0 9.2e-06 KIAA0456 ( 1095 res) hg00633 (1095) 251 46.4 2.8e-05 KIAA0013 ( 1086 res) ha00450s1 (1086) 250 46.3 3.1e-05 KIAA0782 ( 1281 res) hk05405s1 (1281) 247 45.9 4.6e-05 KIAA0189 ( 1132 res) ha02928 (1132) 220 42.3 0.00049 KIAA1723 ( 1554 res) pf00881 (1554) 214 41.7 0.0011 KIAA0621 ( 753 res) hg04539 ( 753) 200 39.6 0.0023 KIAA0580 ( 1631 res) hj00601s1 (1631) 200 39.8 0.004 KIAA0053 ( 666 res) ha01417 ( 666) 186 37.7 0.0074 KIAA1478 ( 570 res) fj05212 ( 570) 183 37.2 0.0087 KIAA1204 ( 1445 res) fg03451 (1445) 190 38.5 0.0091 >>KIAA0131 ( 942 res) ha01235 (942 aa) initn: 277 init1: 220 opt: 375 Z-score: 275.6 bits: 62.7 E(): 3.1e-10 Smith-Waterman score: 375; 27.027% identity (59.760% similar) in 333 aa overlap (282-606:417-741) 260 270 280 290 300 KIAA13 GKEEAPYPLIGHEYPYGIKMSHLRDSALLTPGSKDSTTPFNLQ---EPFLMEQLPREMQC :::... . : : : . .: . .. 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KIAA04 LQKTLGESQRTDCSLARRSSTVRKQDSSQAIPLVVESCIRFISRHGLQHEGIFRVSGSQV 500 510 520 530 540 550 410 420 430 440 450 460 KIAA13 ---NVKSCRELKEKLNSGVEVHLDCESIFVIASVLKDFLRNIPGSIFSSDLYDHWVSVMD ..:. : : .: . : .:: :.::: ..:.. .: .:.. .. . KIAA04 EVNDIKNAFERGEDPLAGDQNDHDMDSI---AGVLKLYFRGLEHPLFPKDIFHDLMACVT 560 570 580 590 600 610 470 480 490 500 510 520 KIAA13 QGNDEEKINTVQRLLDQLPRANVVLLRYLFGVLHNIEQHSSSNQMTAFNLAVCVAPSILW . : .:. ....: ::.......::::. :... : : :.: .:::.: .::.. KIAA04 MDNLQERALHIRKVLLVLPKTTLIIMRYLFAFLNHLSQFSEENMMDPYNLAICFGPSLM- 620 630 640 650 660 670 530 540 550 560 570 KIAA13 PPASSSPELENEFTKK--VSLLIQFLIENCLRIFGEEITSLFREVSVRCDTRENASDIS- : :: ... . . :. ::. .: . :: : : : . :. : KIAA04 ----SVPEGHDQVSCQAHVNELIKTIIIQHENIFPSP-RELEGPVYSRGGSMEDYCDSPH 680 690 700 710 720 580 590 600 610 620 KIAA13 --CFQLNDSSYD-SLENELNEDVDAPCSDLVK--KLGQGSRSMD-----SVLTLSDYDLD ..::. : . :.. ..: : ..: .:. .: .. :.: . . : KIAA04 GETTPVEDSTQDVTAEHHTSDDECEPIEAIAKFDYVGRTARELSFKKGASLLLYQRASDD 730 740 750 760 770 780 630 640 650 660 670 680 KIAA13 QPE-----VEGLLTLSDFDLAHSKDEDVQMKRPLESKPVNILVYTKIPLRD-HARAPSAM : ..::. . . . ..: :. . : .:. : : .. : . ::: .: KIAA04 WWEGRHNGIDGLIPHQYIVVQDTEDGVVERSSP-KSE---IEVISEPPEEKVTARA-GAS 790 800 810 820 830 840 690 700 710 720 730 740 KIAA13 CTPSYLSTAAANAAKSLRRHRRCSEPSIDYLDSKLSYLREFYQKKLRKSSCDAI-LSQKD : :: .: :. ....: : . . . . ...: :: .. : . KIAA04 C-PSGGHVADIYLANINKQRKR---PESGSIRKTFRSDSHGLSSSLTDSSSPGVGASCRP 850 860 870 880 890 750 760 770 780 790 800 KIAA13 EDYLKQNQPLQEEGKT-CFKQSLVTGTDVSKKNATTQNTKKKSLSGSE-GNHVKLFPKSK . ..: : .:: : .. . ...:.... . . .. . ... : : . . KIAA04 SSQPIMSQSLPKEGPDKCSISGHGSLNSISRHSSLKNRLDSPQIRKTATAGRSKSFNNHR 900 910 920 930 940 950 810 820 830 840 850 860 KIAA13 PVAISVASYSPMSSQDHSKNQPFDVNTSGYSPPHTADALKGPRTHRRCSEPNIEDQNRKL :. : . . .... . :. ... .. : :: :.. KIAA04 PMDPEVIAQDIEATMNSALNELRELERQS-SVKHTPDVVLDTLEPLKTSPVVAPTSEPSS 960 970 980 990 1000 1010 870 880 890 900 910 920 KIAA13 TYLRGIYSKKQHKTSCEAGLLHGEEDYLKRHKSLQMEGQKLINQSLVMGIEVGKSSATNQ KIAA04 PLHTQLLKDPEPAFQRSASTAGDIACAFRPVKSVKMAAPVKPPATRPKPTVFPKTNATSP 1020 1030 1040 1050 1060 1070 >>KIAA0013 ( 1086 res) ha00450s1 (1086 aa) initn: 205 init1: 113 opt: 250 Z-score: 185.9 bits: 46.3 E(): 3.1e-05 Smith-Waterman score: 250; 30.198% identity (65.347% similar) in 202 aa overlap (356-548:100-296) 330 340 350 360 370 380 KIAA13 SGHKTFKRRRSIINWAFWRGSSTHLDNLPSSPTSPMPGQLFGI---SLPN--ICENDNLP . .. . :..::. .::. . : ..: KIAA00 VRLALLQHLRAFYGIKVKGVRGQCDRRRHETAATEIGGKIFGVPFNALPHSAVPEYGHIP 70 80 90 100 110 120 390 400 410 420 430 440 KIAA13 KPVLDMLFFLNQKGPLTKGIFRQSANVKSCRELKEKLNSGVEVHLDCESIFVIASVLKDF . ..: :... :.:.::.:..: . ::.:.. : : :. ::..::.: KIAA00 SFLVDACTSLEDH-IHTEGLFRKSGSVIRLKALKNKVDHG-EGCLSSAPPCDIAGLLKQF 130 140 150 160 170 180 450 460 470 480 490 KIAA13 LRNIPGSIFSSDLYDHWVSVMDQGNDEEKINTVQRLLDQLPRANVV-LLRYLFGVLHNIE .:..: :. .::.. ..... :..:.. :. ::. : ..: .:::.:. :.:. 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KIAA01 HGESPAWAQAEVQPAVLAPAQAPAEAEPVAQEEAEAPAPAPAPAPAQDSEQEAHSGGEPT 480 490 500 510 520 530 220 230 240 250 260 270 KIAA13 MNSDTANEVINMSLPMLGITGSERDYQLWVNSGKE-EAPYPLIGHE--YPYGIKMSHLRD . :. . : . :. ..:: : . :: .: :: : : . .: . : . KIAA01 FASSLSVEE-GHSISDTVASSSELDSSG--NSMNEAEAAGSLAGLQASMPRERRDSGV-G 540 550 560 570 580 590 280 290 300 310 320 330 KIAA13 SALLTPGSKDSTTPF-NLQEPFLMEQLPREMQCQFILKPSRLAAAQQLSDSGHKTFKRRR ..: : : : : ..: : . :.. :: . . : .. : . .: .. KIAA01 ASLTRPCRKLRWHSFQNSHRPSLNSE-SLEINRQFAGQINLLHKGSLLRLT---AFMEKY 600 610 620 630 640 340 350 360 370 380 390 KIAA13 SIINWAFWRGSSTHLDNLPSSPTSPMPGQ-LFGIS-LPNICENDN-LPKPVLDMLFFLNQ .. . : : .. . . : . :: .::. : .. .. . ::. . . . .: . 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KIAA17 NLAVCLAPSLFHLNTLKRENSSPRVMQRKQSLGKPDQKDLNENLAATQGLAHMIAECKKL 1250 1260 1270 1280 1290 1300 >>KIAA0621 ( 753 res) hg04539 (753 aa) initn: 226 init1: 168 opt: 200 Z-score: 152.4 bits: 39.6 E(): 0.0023 Smith-Waterman score: 203; 24.913% identity (57.439% similar) in 289 aa overlap (413-697:367-636) 390 400 410 420 430 440 KIAA13 VLDMLFFLNQKGPLTKGIFRQSANVKSCRELKEKLNSGVEVHLDCE-SIFVIASVLKDFL . : : .:. . : : .:.:.:: .: KIAA06 HAVETRGINEQGLYRIVGVNSRVQKLLSVLMDPKTASETETDICAEWEIKTITSALKTYL 340 350 360 370 380 390 450 460 470 480 490 500 KIAA13 RNIPGSIFSSDLYDHWVSVMDQGNDEEKINTVQRLLDQLPRANVVLLRYLFGVLHNIEQH : .:: .. .. .... :.: ... .. :. .::. : .:. :.. : :. .. KIAA06 RMLPGPLMMYQFQRSFIKAAKLENQESRVSEIHSLVHRLPEKNRQMLQLLMNHLANVANN 400 410 420 430 440 450 510 520 530 540 550 560 KIAA13 SSSNQMTAFNLAVCVAPSILWPPASSSPELENEFTKKVSLLIQFLIENCLRIFGEEITSL ..: ::. ::.: .:..: : . . . : ...:..:::: .::. 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KIAA06 MFSAPSSPMPTSSTSSDSSPVRSVAGFVWFSVAAVVLSLARSSLHAVFSLLVNFVPCHPN 620 630 640 650 660 670 1194 residues in 1 query sequences 1986311 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:20:24 2008 done: Thu Dec 18 15:20:25 2008 Total Scan time: 0.730 Total Display time: 0.290 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]