# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj06480.fasta.huge -Q ../query/KIAA1387.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1387, 950 aa vs ./tmplib.24314 library 1986555 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3808+/-0.00557; mu= 8.1757+/- 0.379 mean_var=116.4081+/-27.208, 0's: 0 Z-trim: 1 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.118873 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA2010 ( 920 res) fj14762 ( 920) 2811 493.8 4.1e-140 >>KIAA2010 ( 920 res) fj14762 (920 aa) initn: 3178 init1: 2023 opt: 2811 Z-score: 2607.4 bits: 493.8 E(): 4.1e-140 Smith-Waterman score: 3961; 71.842% identity (87.370% similar) in 863 aa overlap (101-946:100-911) 80 90 100 110 120 130 KIAA13 RHYCLYRLLRVRSADEVSEEAAARAVETAATMSDTRRRVKVYTLNEDRQWDDRGTGHVSS ::.::::::::::::::::::::::::::: KIAA20 AGALTPRPSPLQGPFPGRLLAGPPPRFPGGTMTDTRRRVKVYTLNEDRQWDDRGTGHVSS 70 80 90 100 110 120 140 150 160 170 180 190 KIAA13 TYVEELKGMSLLVRAESDGSLLLESKINPNTAYQKQQDTLIVWSEAENYDLALSFQEKAG :::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA20 GYVERLKGMSLLVRAESDGSLLLESKINPNTAYQKQQDTLIVWSEAENYDLALSFQEKAG 130 140 150 160 170 180 200 210 220 230 240 250 KIAA13 CDEIWEKICQVQGKDPSVEVTQDLIDESEEERFEEMPETSHLIDLPTCELNKLEEIADLV ::::::::::::::::::..::::.::::::::..: .: ..::.:::..:::::.:: KIAA20 CDEIWEKICQVQGKDPSVDITQDLVDESEEERFDDM--SSPGLELPSCELSRLEEIAELV 190 200 210 220 230 240 260 270 280 290 300 310 KIAA13 TSVLSSPIRREKLALALENEGYIKKLLQLFQACENLENTEGLHHLYEIIRGILFLNKATL .: : ::.:::::::::::::::::::.::..::.::: ::::::::::.::..::...: KIAA20 ASSLPSPLRREKLALALENEGYIKKLLELFHVCEDLENIEGLHHLYEIIKGIFLLNRTAL 250 260 270 280 290 300 320 330 340 350 360 370 KIAA13 FEVMFSDECIMDVVGCLEYDPALAQPKRHREFLTKTAKFKEVIPITDSELRQKIHQTYRV ::::::.::::::.:::::::::.::..:::::::::::::::::.: ::.::::::::: KIAA20 FEVMFSEECIMDVIGCLEYDPALSQPRKHREFLTKTAKFKEVIPISDPELKQKIHQTYRV 310 320 330 340 350 360 380 390 400 410 420 430 KIAA13 QYIQDIILPTPSVFEENFLSTLTSFIFFNKVEIVSMLQEDEKFLSEVFAQLTDEATDDDK :::::..::::::::::.:::: :::::::::::.:::::::::...::::::::::..: KIAA20 QYIQDMVLPTPSVFEENMLSTLHSFIFFNKVEIVGMLQEDEKFLTDLFAQLTDEATDEEK 370 380 390 400 410 420 440 450 460 470 480 490 KIAA13 RRELVNFFKEFCAFSQTLQPQNRDAFFKTLAKLGILPALEIVMGMDDLQVRSAATDIFSY :.:::::.::::::::::::::::::::::...:::::::...:::: :::::::::::: KIAA20 RQELVNFLKEFCAFSQTLQPQNRDAFFKTLSNMGILPALEVILGMDDTQVRSAATDIFSY 430 440 450 460 470 480 500 510 520 530 540 550 KIAA13 LVEFSPSMVREFVMQEAQQSDDDILLINVVIEQMICDTDPELGGAVQLMGLLRTLIDPEN :::..::::::::::::::.::::::::..::.::::::::::::::::::::::.:::: KIAA20 LVEYNPSMVREFVMQEAQQNDDDILLINLIIEHMICDTDPELGGAVQLMGLLRTLVDPEN 490 500 510 520 530 540 560 570 580 590 600 610 KIAA13 MLATTNKTEKSEFLNFFYNHCMHVLTAPLLTNTSEDKCEKDFFLKHYRYSWSFVCTPSHS ::::.:::::.:::.:::.:::::::::::.::.::: ::. KIAA20 MLATANKTEKTEFLGFFYKHCMHVLTAPLLANTTEDK-------------------PSK- 550 560 570 580 620 630 640 650 660 670 KIAA13 HSHSTPSSSISQDNIVGSNKNNTICPDNYQTAQLLALILELLTFCVEHHTYHIKNYIMNK :..::::::::.:::::::::::::::::::.:: KIAA20 --------------------------DDFQTAQLLALVLELLTFCVEHHTYHIKNYIINK 590 600 610 620 680 690 700 710 720 730 KIAA13 DLLRRVLVLMNSKHTFLALCALRFMRRIIGLKDEFYNRYITKGNLFEPVINALLDNGTRY :.:::::::: :::.::::::::: :.::::::::::::: :. :::::..:.:.::.:: KIAA20 DILRRVLVLMASKHAFLALCALRFKRKIIGLKDEFYNRYIMKSFLFEPVVKAFLNNGSRY 630 640 650 660 670 680 740 750 760 770 780 KIAA13 NLLNSAVIELFEFIRVEDIKSLTAHIVENFYKALESIEYVQTFKGLKTKYEQEKDRQ-NQ ::.:::.::.:::::::::::::::..::..::::...::::::::: ..::...:: : KIAA20 NLMNSAIIEMFEFIRVEDIKSLTAHVIENYWKALEDVDYVQTFKGLKLRFEQQRERQDNP 690 700 710 720 730 740 790 800 810 820 830 840 KIAA13 KLNSVPSILRSNRFRRDAKALEEDEEMWFNEDEE--EEGKAVVAPVEKPKPEDDFPDNYE ::.:. ::::..:.::::..::..:::::: ::. :.:.:::.: .: : .::. : KIAA20 KLDSMRSILRNHRYRRDARTLEDEEEMWFNTDEDDMEDGEAVVSPSDKTKNDDDIMDPIS 750 760 770 780 790 800 850 860 870 880 890 900 KIAA13 KFMETKKAKESEDKE-----NLPKRTSPGGFKFTFSHSASAANGTNSKSVVAQIP--PAT :::: :: ::::.:: :: : ::. ::...: :.. .: : :.: ....: :.. KIAA20 KFMERKKLKESEEKEVLLKTNLSGRQSPS-FKLSLS-SGTKTNLT-SQSSTTNLPGSPGS 810 820 830 840 850 910 920 930 940 950 KIAA13 --SNGSSSKTTNLP--TSVTA---TKGSLVGLVDYPDDEEEDEEEESSPRKRPRLGS : :: .. ..: :: :: :::.::::::::::.:.:.:.:.. : KIAA20 PGSPGSPGSPGSVPKNTSQTAAITTKGGLVGLVDYPDDDEDDDEDEDKEDTLPLSKKAKF 860 870 880 890 900 910 KIAA20 DS 920 950 residues in 1 query sequences 1986555 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:20:14 2008 done: Thu Dec 18 15:20:15 2008 Total Scan time: 0.630 Total Display time: 0.050 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]