# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj06145.fasta.nr -Q ../query/KIAA1383.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1383, 907 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7825398 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8686+/-0.000193; mu= 10.9201+/- 0.011 mean_var=97.5118+/-18.625, 0's: 34 Z-trim: 44 B-trim: 145 in 2/63 Lambda= 0.129881 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|149192843|ref|NP_061963.2| hypothetical protein (1047) 5983 1132.1 0 gi|109019975|ref|XP_001104413.1| PREDICTED: hypoth ( 907) 5479 1037.6 0 gi|194206121|ref|XP_001916667.1| PREDICTED: hypoth ( 922) 3844 731.2 4.9e-208 gi|194042586|ref|XP_001925574.1| PREDICTED: hypoth ( 920) 2945 562.8 2.5e-157 gi|26348349|dbj|BAC37814.1| unnamed protein produc ( 891) 1098 216.7 3.7e-53 gi|74217209|dbj|BAB30348.3| unnamed protein produc ( 889) 1097 216.5 4.3e-53 gi|149043227|gb|EDL96759.1| rCG50901 [Rattus norve ( 888) 1031 204.1 2.2e-49 gi|126307235|ref|XP_001378915.1| PREDICTED: hypoth ( 930) 622 127.5 2.7e-26 gi|210127053|gb|EEA74737.1| hypothetical protein B ( 863) 265 60.6 3.5e-06 gi|210127047|gb|EEA74731.1| hypothetical protein B ( 863) 265 60.6 3.5e-06 gi|198428875|ref|XP_002125530.1| PREDICTED: simila ( 738) 235 54.9 0.00015 gi|49642482|emb|CAH00444.1| KLLA0D06446p [Kluyvero (1423) 215 51.4 0.0034 gi|57636368|gb|AAW53156.1| serine threonine rich a (1870) 212 50.9 0.0062 >>gi|149192843|ref|NP_061963.2| hypothetical protein LOC (1047 aa) initn: 5983 init1: 5983 opt: 5983 Z-score: 6056.5 bits: 1132.1 E(): 0 Smith-Waterman score: 5983; 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