# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj05118.fasta.huge -Q ../query/KIAA1380.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1380, 1265 aa vs ./tmplib.24314 library 1986240 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9947+/-0.00626; mu= 14.2688+/- 0.426 mean_var=160.7853+/-37.931, 0's: 0 Z-trim: 4 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.101147 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1082 ( 1787 res) fg06837 (1787) 1783 273.5 2.2e-73 KIAA0742 ( 1338 res) hk04073s1 (1338) 1509 233.3 2e-61 >>KIAA1082 ( 1787 res) fg06837 (1787 aa) initn: 2389 init1: 693 opt: 1783 Z-score: 1409.5 bits: 273.5 E(): 2.2e-73 Smith-Waterman score: 2904; 40.113% identity (68.650% similar) in 1244 aa overlap (82-1259:560-1784) 60 70 80 90 100 110 KIAA13 KDRVSERSSAGAHKTDCLKLAEAGETGRIILPNVNSDSVHTKSEKNFQAVSQGSVPSSVM ::. : .. ..: . .. :. : .:. 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KIAA10 SHSSADSASLAKKKPLFITTDSSKLVSGVLGSALTSGGPSLSAMGNGRSSSPTS-SLTQP 710 720 730 740 750 760 280 290 300 310 320 330 KIAA13 LKKAWLTRHSEEDKNT---NKMENSG-NSVSEIIKPCSVNLIASTSSDIQNSVDSKIIVD .. :. :.. : ....: .. :... : ....: .. :.. : KIAA10 IEMPTLSSSPTEERPTVGPGQQDNPLLKTFSNVFGRHSGGFLSSPADFSQENKAPFEAVK 770 780 790 800 810 820 340 350 360 370 380 390 KIAA13 KYVKDDKVNRRKAKRTYESGSESGDSDESESKSEQRTKRQPKPTYKKKQNDLQKRKGEIE .. :.. .. .:...: :: :.:. . ..: : .. .. : .:: KIAA10 RFSLDER--SLACRQDSDSSTNSDLSDLSDSEEQLQAKTGLKGIPEHLMGKLGP-NGERS 830 840 850 860 870 400 410 420 430 440 450 KIAA13 EDLKPNGVLSRSAKERSKLKLQSNSNTGIPRSVLKDWRKVKKLKQTGESFLQDDSCCEIG .: .:..: ... .. . .::::: :::::::.:: :::: :: ... 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KIAA10 KASLPNFLDHIIASVVENKKTSDASKRACNLTDTQKEVKEMVMGL---NVLDPHTSHSWL 1360 1370 1380 1390 1400 1410 890 900 910 920 930 940 KIAA13 CEKHILWLKDYKNSSNWKLFKECWKQGQPAVVSGVHKKMNISLWKAESISLDFGDHQADL :. ..: :.: .:..:::.:.::::::::..:::::::.. ::: :..: .:::...:: KIAA10 CDGRLLCLHDPSNKNNWKIFRECWKQGQPVLVSGVHKKLKSELWKPEAFSQEFGDQDVDL 1420 1430 1440 1450 1460 1470 950 960 970 980 990 1000 KIAA13 LNCKD-SIISNANVKEFWDGFEEVSKRQKNKSGETVVLKLKDWPSGEDFKTMMPARYEDL .::.. .:::...:..:::::: . :: ....:. .:::::::: ::::. :::.:.::: KIAA10 VNCRNCAIISDVKVRDFWDGFEIICKRLRSEDGQPMVLKLKDWPPGEDFRDMMPTRFEDL 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1010 1020 1030 1040 1050 1060 KIAA13 LKSLPLPEYCNPEGKFNLASHLPGFFVRPDLGPRLCSAYGVVAAKDHDIGTTNLHIEVSD ...:::::: . .:..::::.::..::::::::.. .:::...:.:. .::::::..::: KIAA10 MENLPLPEYTKRDGRLNLASRLPSYFVRPDLGPKMYNAYGLITAEDRRVGTTNLHLDVSD 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1070 1080 1090 1100 1110 1120 KIAA13 VVNILVYVGIAKGNGILSKAGILKKFEEEDLDDILRKRLKDSSEIPGALWHIYAGKDVDK .::..::::: :.: .. .:: ..: : :.. ..:..:..: :::::::::.::..: KIAA10 AVNVMVYVGIPIGEGAHDEE-VLKTIDEGDADEVTKQRIHDGKEKPGALWHIYAAKDAEK 1600 1610 1620 1630 1640 1650 1130 1140 1150 1160 1170 1180 KIAA13 IREFLQKISKEQGLEVLPEHDPIRDQSWYVNKKLRQRLLEEYGVRTCTLIQFLGDAIVLP :::.:.:...::: : :.::::.:::::... ::.:: :::::. ...::::::. .: KIAA10 IRELLRKVGEEQGQENPPDHDPIHDQSWYLDQTLRKRLYEEYGVQGWAIVQFLGDAVFIP 1660 1670 1680 1690 1700 1710 1190 1200 1210 1220 1230 1240 KIAA13 AGALHQVQNFHSCIQVTEDFVSPEHLVESFHLTQELRLLKE-EINYDDKLQVKNILYHAV ::: :::.:..:::.:.::::::::. . :.::::.: :.. . :..::::::::.:::: KIAA10 AGAPHQVHNLYSCIKVAEDFVSPEHVKHCFRLTQEFRHLSNTHTNHEDKLQVKNIIYHAV 1720 1730 1740 1750 1760 1770 1250 1260 KIAA13 KEMVRALKIHEDEVEDMEEN :. : .:: ::... KIAA10 KDAVGTLKAHESKLARS 1780 >>KIAA0742 ( 1338 res) hk04073s1 (1338 aa) initn: 2223 init1: 756 opt: 1509 Z-score: 1194.8 bits: 233.3 E(): 2e-61 Smith-Waterman score: 2600; 41.756% identity (71.220% similar) in 1025 aa overlap (249-1256:380-1332) 220 230 240 250 260 270 KIAA13 QYKSSNASETEPNAIKNQTLSASLPLDSTVICST--INKANSVGNGQASQTSQPNYHTKL .:.. ..:....:.:. . ..: KIAA07 IPQGCHKQSLPEEISSCLNTKSEALRTKPDVCKAGLLSKSSQIGTGDLKILTEP------ 350 360 370 380 390 400 280 290 300 310 320 330 KIAA13 KKAWLTRHSEEDKNTNKMENSGNSVSEIIKPCSVNLIASTSSDIQNSVDSKIIVDKYVKD :. :. . . . :..:. .... . : : : ...:: . . . ..:... KIAA07 -KGSCTQPKTNTDQENRLESVPQALTGLPKEC---LPTKASSKAELEIANPPELQKHLEH 410 420 430 440 450 340 350 360 370 380 390 KIAA13 DKVNRRKAKRTYESGSESGDSDESESKSEQRTKRQPKPTYKKKQNDLQKRKGEIEEDLKP .. ... ..:: .. : . : .:. ..:: :.. . ..... KIAA07 APSPSDVSNAPEVKAGVNSDSPNNCSGK----KVEPSALACRSQN-LKESSVKVDNE--- 460 470 480 490 500 510 400 410 420 430 440 450 KIAA13 NGVLSRSAKERSKLKLQSNSNTGIPRSVLKDWRKVKKLKQTGESFLQDDSCCEIGPNLQK : ::. :.: :. .::: : :.:::.:.::.:.::::: .: .: : KIAA07 ------SCCSRSNNKIQ---NAPSRKSVLTDPAKLKKLQQSGEAFVQDDSCVNIVAQLPK 520 530 540 550 560 460 470 480 490 500 510 KIAA13 CRECRLIRSKKGEEPAH-SPVFCRFYYFRRLSFSKNGVVRIDGFSSPDQYDDEAMSLWTH :::::: .: .: . :::::::..::::.:.:.::.:..:: .:..::.::..:: KIAA07 CRECRLDSLRKDKEQQKDSPVFCRFFHFRRLQFNKHGVLRVEGFLTPNKYDNEAIGLWLP 570 580 590 600 610 620 520 530 540 550 560 570 KIAA13 ENFEDDELDIETSKYILDIIGDKFCQLVTSEKTALSWVKKDAKIAWKRAVRGVREMCDAC . . .:..:.:::: :::.:::.: ::: :.: .. ..::::::.:::::::.: KIAA07 LTKNVVGIDLDTAKYILANIGDHFCQMVISEKEAMSTIEPHRQVAWKRAVKGVREMCDVC 630 640 650 660 670 680 580 590 600 610 620 630 KIAA13 EATLFNIHWVCQKCGFVVCLDCYKAKERKSSRDK--ELYAWMKCVKGQPHDHKHLMPTQI ..:.::.:::: .::: ::.:::. :... .. . ..:.::::.: :. ..:::::: KIAA07 DTTIFNLHWVCPRCGFGVCVDCYRMKRKNCQQGAAYKTFSWLKCVKSQIHEPENLMPTQI 690 700 710 720 730 740 640 650 660 670 680 690 KIAA13 IPGSVLTDLLDAMHTLREKYGIKSHCHCTNKQNLQVGNFPTMNGVSQVLQNVLNHSNKIS :::..: :. : .:..: :.:::..: :.:.: ... . :. .. :... ..: . KIAA07 IPGKALYDVGDIVHSVRAKWGIKANCPCSNRQ-FKLFSKPA---SKEDLKQTSLAGEKPT 750 760 770 780 790 700 710 720 730 740 750 KIAA13 LCMPESQQQNTPPKSEKN--GGSSPESDVGTDNKLTPPESQSPLHWLADLAEQKAREEKK : ::: : : :: . . .:. : . : : :::.:::::. .. .:.: KIAA07 L--GAVLQQN-PSVLEPAAVGGEAASKPAGS-MKPACPASTSPLNWLADLTSGNVNKENK 800 810 820 830 840 850 760 770 780 790 800 KIAA13 ENKELT--LENQIK-----EEREQDNSESPNGRTSPLVSQNNEQGSTLRDLLTTTAGKLR :.. :.:.:: .... . .. :. .:.... ::.::....:: KIAA07 EKQPTMPILKNEIKCLPPLPPLSKSSTVLHTFNSTILTPVSNNNSGFLRNLLNSSTGK-- 860 870 880 890 900 910 810 820 830 840 850 860 KIAA13 VGSTDAGIAFAPVYSMGAPSSKSGRTMPNILDDIIASVVENKIPPSKTSKINVKPE-LKE :. :. .. :.:::::.::.:.:: :: .. .:. : KIAA07 ---TENGL----------------KNTPKILDDIFASLVQNKT----TSDLSKRPQGLTI 920 930 940 870 880 890 900 910 920 KIAA13 EPEESIISAVENNKLYSDIPHSWICEKHILWLKDYKNSSNWKLFKECWKQGQPAVVSGVH .: :: : : :: :.:....: :.: .:.:::..:.::::::::..::::: KIAA07 KP--SI--------LGFDTPHYWLCDNRLLCLQDPNNKSNWNVFRECWKQGQPVMVSGVH 950 960 970 980 990 930 940 950 960 970 980 KIAA13 KKMNISLWKAESISLDFGDHQADLLNCK-DSIISNANVKEFWDGFEEVSKRQKNKSGETV .:.: ::: ::. .::....::.::. . ::..:.: .::::::.: .: ::.. : . 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KIAA07 KRFIEGKEKPGALWHIYAAKDTEKIREFLKKVSEEQGQENPADHDPIHDQSWYLDRSLRK 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1170 1180 1190 1200 1210 1220 KIAA13 RLLEEYGVRTCTLIQFLGDAIVLPAGALHQVQNFHSCIQVTEDFVSPEHLVESFHLTQEL :: .::::. ...:::::.. .:::: :::.:..:::.:.::::::::. . : ::::. KIAA07 RLHQEYGVQGWAIVQFLGDVVFIPAGAPHQVHNLYSCIKVAEDFVSPEHVKHCFWLTQEF 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1230 1240 1250 1260 KIAA13 RLLKE-EINYDDKLQVKNILYHAVKEMVRALKIHEDEVEDMEEN : :.. . :..:::::::..:::::. : :: : KIAA07 RYLSQTHTNHEDKLQVKNVIYHAVKDAVAMLKASESSFGKP 1300 1310 1320 1330 1265 residues in 1 query sequences 1986240 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:19:58 2008 done: Thu Dec 18 15:19:59 2008 Total Scan time: 0.770 Total Display time: 0.180 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]