# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj03335.fasta.huge -Q ../query/KIAA1372.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1372, 773 aa vs ./tmplib.24314 library 1986732 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.5869+/-0.00799; mu= -6.9417+/- 0.538 mean_var=271.1337+/-66.464, 0's: 0 Z-trim: 11 B-trim: 5 in 1/39 Lambda= 0.077890 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1891 ( 780 res) fk02783 ( 780) 1152 143.1 1e-34 KIAA1063 ( 593 res) hj04848 ( 593) 221 38.4 0.0026 >>KIAA1891 ( 780 res) fk02783 (780 aa) initn: 2045 init1: 1148 opt: 1152 Z-score: 715.1 bits: 143.1 E(): 1e-34 Smith-Waterman score: 1852; 43.839% identity (63.981% similar) in 844 aa overlap (22-773:9-780) 10 20 30 40 50 60 KIAA13 PLGCPHPSILGVPCPCVTVTPLTRMIDWVSWPLGKNIDKWIIALLKGLAAVKKFSILIEV : :::::.::::....: :.::::::::::.::.:::.: KIAA18 KDASMTQALCRMIDWLSWPLAQHVDTWVIALLKGLAAVQKFTILIDV 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 KIAA13 SLTKIEKVFSKLLYPIVRGAALSVLKYMLLTFQHSHEAFHLLLPHIPPMVASLVKEDSNS .: ::: ::..: .:.:: .::.::..:::.:::: :::::..::. .: :. .. : KIAA18 TLLKIELVFNRLWFPLVRPGALAVLSHMLLSFQHSPEAFHLIVPHVVNLVHSFKNDGLPS 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 KIAA13 GTSCLEQLAELVHCMVFRFPGFPDLYEPVMEAIKDLHVPNEDRIKQLLGQDAWTSQKSEL .:. : ::.::.:::.... ::::::::..:::::. :.:..:: .:.:.:::::.. : KIAA18 STAFLVQLTELIHCMMYHYSGFPDLYEPILEAIKDFPKPSEEKIKLILNQSAWTSQSNSL 110 120 130 140 150 160 190 200 210 220 230 240 KIAA13 AGFYPRLMAKSDTGKIGLINLGNTCYVNSILQALFMASDFRHCVLRLTENNSQPLMTKLQ :. :: .::.::: ::::::::::.::..::::::.:::. :: :. :. . :: ::: KIAA18 ASCLSRLSGKSETGKTGLINLGNTCYMNSVIQALFMATDFRRQVLSLNLNGCNSLMKKLQ 170 180 190 200 210 220 250 260 270 280 290 KIAA13 WLFGFLEHSQRPAISPENFLSASWTPWFSPGTQQDCSEYLKYLLDRLHEEEKT------- ::.:: :.:: : .:. :. :: :::.: .::::::::..:::::::::: KIAA18 HLFAFLAHTQREAYAPRIFFEASRPPWFTPRSQQDCSEYLRFLLDRLHEEEKILKVQASH 230 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 KIAA13 -GTRI--CQK--LKQSSSPSPP-EEPPAPSS---TSVEKMFGGKIVTRICCLCCLNVSSR ..: :.. :.. .: . : : :. : .:::::::. :.: :: : ..:.. 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