# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj03222.fasta.huge -Q ../query/KIAA1369.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1369, 653 aa vs ./tmplib.24314 library 1986852 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0700+/-0.00653; mu= 16.1582+/- 0.444 mean_var=172.8576+/-42.151, 0's: 0 Z-trim: 23 B-trim: 24 in 1/39 Lambda= 0.097551 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1101 ( 467 res) hk08029 ( 467) 286 52.6 8.8e-08 KIAA1338 ( 1495 res) fh16948 (1495) 262 50.1 1.6e-06 KIAA0204 ( 1164 res) ha02801 (1164) 190 39.8 0.0016 KIAA0623 ( 1100 res) hg04615 (1100) 189 39.6 0.0017 KIAA0722 ( 1066 res) hk02030s1 (1066) 186 39.2 0.0023 KIAA0687 ( 1175 res) hk02992 (1175) 181 38.5 0.0039 >>KIAA1101 ( 467 res) hk08029 (467 aa) initn: 203 init1: 85 opt: 286 Z-score: 231.5 bits: 52.6 E(): 8.8e-08 Smith-Waterman score: 286; 31.301% identity (58.943% similar) in 246 aa overlap (418-651:47-275) 390 400 410 420 430 440 KIAA13 NVNFLGQTEAQYHLMLHIQMQLCELSLWDWIVERNKRGREYVDESACPYVMANVATKIFQ :: .... .:::. .:: :.. 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KIAA11 QNDPPSLETGVQDKEMLKKYGKSFRKMISLCLQKDPEKRPTAAELLRHKFFQKAKNKEF- 190 200 210 220 230 620 630 640 650 KIAA13 LQMKIIEQEKEIAELKKQLNLLSQDKGVRDDGKDGGVG :: : ... :.: :.. . ..: .::: KIAA11 LQEKTLQRAPTISERAKKVRRVPGSSGRLHKTEDGGWEWSDDEFDEESEEGKAAISQLRS 240 250 260 270 280 290 KIAA11 PRVKESISNSELFPTTDPVGTLLQVPEQISAHLPQPAGQIATQPTQVSLPPTAEPAKTAQ 300 310 320 330 340 350 >>KIAA1338 ( 1495 res) fh16948 (1495 aa) initn: 472 init1: 171 opt: 262 Z-score: 208.8 bits: 50.1 E(): 1.6e-06 Smith-Waterman score: 598; 33.898% identity (59.958% similar) in 472 aa overlap (160-606:404-847) 130 140 150 160 170 180 KIAA13 FTCSDEFSSLRLHHNRAITHLMRSAKERVRQDPCEDISRIQKIRSREVALEAQT--SRYL :: : . ... : :.: :::. 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KIAA13 WLLNHDPAKRPTATELLKSELLPPPQMEESELHEVLHHTLTNVDGKAYRTMMAQIFSQRI 830 840 850 860 870 880 >>KIAA0204 ( 1164 res) ha02801 (1164 aa) initn: 200 init1: 70 opt: 190 Z-score: 155.0 bits: 39.8 E(): 0.0016 Smith-Waterman score: 190; 28.205% identity (58.462% similar) in 195 aa overlap (445-629:147-325) 420 430 440 450 460 470 KIAA13 WDWIVERNKRGREYVDESACPYVMANVATKIFQELVEGVFYIHNMGIVHRDLKPRNIFLH . .. .... :.:. :.::::: :: : KIAA02 WILIEFCAGGAVDAVMLELERPLTESQIQVVCKQTLDALNYLHDNKIIHRDLKAGNI-LF 120 130 140 150 160 170 480 490 500 510 520 KIAA13 GPDQQVKIGDFGLACTDILQKNTDWTNRNGKRTPTHTSRVGTCLYASPEQL--EGSE--- : ..:..:::.. ::: :. .: . : .:: . .:: . : :. 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KIAA06 LKELQHENIVALYDVQELPNSVFLVMEYCNGGDLADYLQAKGTLSEDTIRVFLHQIAAAM 130 140 150 160 170 180 460 470 480 490 500 KIAA13 YI-HNMGIVHRDLKPRNIFLHGPDQQ--------VKIGDFGLACTDILQKNTDWTNRNGK : :. ::.::::::.::.: ... .::.:::.: :..: KIAA06 RILHSKGIIHRDLKPQNILLSYANRRKSSVSGIRIKIADFGFA--RYLHSNM-------- 190 200 210 220 230 510 520 530 540 550 560 KIAA13 RTPTHTSRVGTCLYASPEQLEGSEYDAKSDMYSLGVVLLELF---QPFGTEMERAEVLTG .. :. .: .:: . ...::::.:..:.:.:. . . :: .. . . KIAA06 ---MAATLCGSPMYMAPEVIMSQHYDAKADLWSIGTVIYQCLVGKPPFQANSPQDLRMFY 240 250 260 270 280 290 570 580 590 600 610 620 KIAA13 LRTGQLPESL-RKRCPVQAKYIQHLTRRNSSQRPSAIQLLQSELFQNSGNVNLTLQMKII .. .: :. :. : :. . : .::...: KIAA06 EKNRSLMPSIPRETSPYLANLLLGLLQRNQKDRMDFEAFFSHPFLEQGPVKKSCPVPVPM 300 310 320 330 340 350 630 640 650 KIAA13 EQEKEIAELKKQLNLLSQDKGVRDDGKDGGVG KIAA06 YSGSVSGSSCGSSPSCRFASPPSLPDMQHIQEENLSSPPLGPPNYLQVSKDSASTSSKNS 360 370 380 390 400 410 >>KIAA0722 ( 1066 res) hk02030s1 (1066 aa) initn: 123 init1: 91 opt: 186 Z-score: 152.3 bits: 39.2 E(): 0.0023 Smith-Waterman score: 186; 23.923% identity (55.024% similar) in 209 aa overlap (417-612:105-300) 390 400 410 420 430 440 KIAA13 ENVNFLGQTEAQYHLMLHIQMQLCELSLWDWIVERNKRGREYVDESACPYVMANVATKIF ..: . : . .: .... . ..: KIAA07 LLGKEIKILKELKHENIVALYDFQEMANSVYLVMEYCNGGDLADYLHAMRTLSEDTIRLF 80 90 100 110 120 130 450 460 470 480 490 KIAA13 QELVEGVFYI-HNMGIVHRDLKPRNIFLHGP--------DQQVKIGDFGLACTDILQKNT . . :.. . :. ::.::::::.::.: .: . .:::.:::.: ::.: KIAA07 LQQIAGAMRLLHSKGIIHRDLKPQNILLSNPAGRRANPNSIRVKIADFGFA--RYLQSNM 140 150 160 170 180 190 500 510 520 530 540 550 KIAA13 DWTNRNGKRTPTHTSRVGTCLYASPEQLEGSEYDAKSDMYSLGVVLLELFQ---PFGTEM .. :. .: .:: . ...::.:.:..:.:... . . :: . KIAA07 -----------MAATLCGSPMYMAPEVIMSQHYDGKADLWSIGTIVYQCLTGKAPFQASS 200 210 220 230 240 560 570 580 590 600 610 KIAA13 ERAEVLTGLRTGQL-PESLRKRCPVQAKYIQHLTRRNSSQRPSAIQLLQSELFQNSGNVN . : .. : : :. . . : .:: ..: . .... ... : .: KIAA07 PQDLRLFYEKNKTLVPTIPRETSAPLRQLLLALLQRNHKDRMDFDEFFHHPFLDASPSVR 250 260 270 280 290 300 620 630 640 650 KIAA13 LTLQMKIIEQEKEIAELKKQLNLLSQDKGVRDDGKDGGVG KIAA07 KSPPVPVPSYPSSGSGSSSSSSSTSHLASPPSLGEMQQLQKTLASPADTAGFLHSSRDSG 310 320 330 340 350 360 >>KIAA0687 ( 1175 res) hk02992 (1175 aa) initn: 82 init1: 51 opt: 181 Z-score: 148.1 bits: 38.5 E(): 0.0039 Smith-Waterman score: 182; 24.286% identity (56.667% similar) in 210 aa overlap (445-646:96-281) 420 430 440 450 460 470 KIAA13 WDWIVERNKRGREYVDESACPYVMANVATKIFQELVEGVFYIHNMGIVHRDLKPRNIFLH : .:...:. ..: ..:::.: .:..: KIAA06 LVMEFCGAGSITDLVKNTKGNTLKEDWIAYISREILRGLAHLHIHHVIHRDIKGQNVLLT 70 80 90 100 110 120 480 490 500 510 520 KIAA13 GPDQQVKIGDFGLACTDILQKNTDWTNRNGKRTPTHTSRVGTCLYASPEQLEGSE----- . .::. :::.. :.... :.:. . .:: . .:: . .: KIAA06 -ENAEVKLVDFGVSAQ--LDRTV------GRRN----TFIGTPYWMAPEVIACDENPDAT 130 140 150 160 170 530 540 550 560 570 580 KIAA13 YDAKSDMYSLGVVLLELFQ--PFGTEMERAEVLTGLRTGQLPESLRKRCPVQA-KYIQHL :: .::..: :.. .:. . : .:. ..: . . :. :. . ..:. KIAA06 YDYRSDLWSCGITAIEMAEGAPPLCDMHPMRALFLIPRNPPPRLKSKKWSKKFFSFIEGC 180 190 200 210 220 230 590 600 610 620 630 640 KIAA13 TRRNSSQRPSAIQLLQSELFQNSGNVNLTLQMKIIEQEKEIAELKKQLNLLSQDKGVRDD .: ::::. :::. ..... : :..: .:: ... . .: .:. KIAA06 LVKNYMQRPSTEQLLKHPFIRDQPNER---QVRI--------QLKDHIDRTRKKRGEKDE 240 250 260 270 280 650 KIAA13 GKDGGVG KIAA06 TEYEYSGSEEEEEEVPEQEGEPSSIVNVPGESTLRRDFLRLQQENKERSEALRRQQLLQE 290 300 310 320 330 340 653 residues in 1 query sequences 1986852 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:19:34 2008 done: Thu Dec 18 15:19:35 2008 Total Scan time: 0.530 Total Display time: 0.100 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]