# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj02695.fasta.huge -Q ../query/KIAA1366.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1366, 550 aa vs ./tmplib.24314 library 1986955 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.4552+/-0.00979; mu= -10.3932+/- 0.659 mean_var=446.8306+/-108.576, 0's: 0 Z-trim: 5 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.060674 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1070 ( 826 res) hj05602 ( 826) 2149 202.5 1e-52 KIAA1260 ( 817 res) hh15752 ( 817) 2090 197.3 3.6e-51 KIAA0951 ( 679 res) hj05306 ( 679) 2076 196.0 7.5e-51 KIAA1480 ( 682 res) fj05645 ( 682) 2056 194.3 2.5e-50 >>KIAA1070 ( 826 res) hj05602 (826 aa) initn: 2129 init1: 1912 opt: 2149 Z-score: 1038.3 bits: 202.5 E(): 1e-52 Smith-Waterman score: 2364; 63.016% identity (79.892% similar) in 557 aa overlap (1-550:294-826) 10 20 30 KIAA13 KAIAQSGTAISSWSVNYQPLKYTRLLAAKV .::::::::.:::.:..:: ::.:.::.:: KIAA10 GAGGSCVNLLTLSHYSEGNRWSNSTKGLFQRAIAQSGTALSSWAVSFQPAKYARMLATKV 270 280 290 300 310 320 40 50 60 70 80 90 KIAA13 GCDREDSAEAVECLRRKPSRELVDQDVQPARYHIAFGPVVDGDVVPDDPEILMQQGEFLN ::. :..: ::::..:: .::::::.::::::::::::.::::.::::.:::.:::::: KIAA10 GCNVSDTVELVECLQKKPYKELVDQDIQPARYHIAFGPVIDGDVIPDDPQILMEQGEFLN 330 340 350 360 370 380 100 110 120 130 140 150 KIAA13 YDMLIGVNQGEGLKFVEDSAESEDGVSASAFDFTVSNFVDNLYGYPEGKDVLRETIKFMY ::...::::::::::::. ..:.::.::: :::.:::::::::::::::::::::::::: KIAA10 YDIMLGVNQGEGLKFVENIVDSDDGISASDFDFAVSNFVDNLYGYPEGKDVLRETIKFMY 390 400 410 420 430 440 160 170 180 190 200 210 KIAA13 TDWADRDNGEMRRKTLLALFTDHQWVAPAVATAKLHADYQSPVYFYTFYHHCQAEGRPEW :::::: : : :::::::::::::::::::::: ::... ::.:::.::::::.. : : KIAA10 TDWADRHNPETRRKTLLALFTDHQWVAPAVATADLHSNFGSPTYFYAFYHHCQTDQVPAW 450 460 470 480 490 500 220 230 240 250 260 270 KIAA13 ADAAHGDELPYVFGVPMVGATDLFPCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGDPNQPVPQDT ::::::::.:::.:.::.: :.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA10 ADAAHGDEVPYVLGIPMIGPTELFPCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGDPNQPVPQDT 510 520 530 540 550 560 280 290 300 310 320 KIAA13 KFIHTKPNRFEEVVWSKFNSKEKQYLHIGLKPRVRDNYRANKVAFWLELVPHLHNLH--T :::::::::::::.:.....:.. ::::::::::...:::::: .:::::::::::. . 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KIAA14 KFIHTKANRFEEVAWSKYNPRDQLYLHIGLKPRVRDHYRATKVAFWKHLVPHLYNLH-DM 420 430 440 450 460 470 340 350 360 370 380 KIAA13 F---TTTTRLPP----YATRWPPRPPAGAPGTRRPP-PPATLPPEPEPEPGPRAYDRFPG : .:::..:: .... :: . . .:.:: :: : : :. : KIAA14 FHYTSTTTKVPPPDTTHSSHITRRPNGKTWSTKRPAISPAY---SNENAQGSWNGDQDAG 480 490 500 510 520 390 400 410 420 430 KIAA13 -----DSRDYSTELSVTVAVGASLLFLNILAFAALYYKRDRRQELRCRRLSPPGGSGSGV . ::::::::::.::::::::::.::::::::..:.:.. :. :: :.:. KIAA14 PLLVENPRDYSTELSVTIAVGASLLFLNVLAFAALYYRKDKRRQEPLRQPSPQRGAGA-- 530 540 550 560 570 580 440 450 460 470 480 490 KIAA13 PGGGPLLPAAGRELPPEEELVSLQL--KRGGGVGADPAEALRPACPPDYTLALRRAPDDV : : :: :::::..::: . .. : ..:: . :::::.:::.:::. KIAA14 ----PELGAA-----PEEELAALQLGPTHHECEAGPPHDTLRLTALPDYTLTLRRSPDDI 590 600 610 620 630 500 510 520 530 540 550 KIAA13 PLLAPGALTLLPSGLGPPPPPPPPSLHPFGPFPPPPPTATSHNNT-LPHPHSTTRV ::..:...:..:..: .:::.. : :.. :.: ::: :::::: KIAA14 PLMTPNTITMIPNSL-----VGLQTLHPYNTF------AAGFNSTGLPHSHSTTRV 640 650 660 670 680 550 residues in 1 query sequences 1986955 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:19:28 2008 done: Thu Dec 18 15:19:28 2008 Total Scan time: 0.460 Total Display time: 0.080 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]