# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj02442.fasta.huge -Q ../query/KIAA1364.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1364, 811 aa vs ./tmplib.24314 library 1986694 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9452+/-0.00544; mu= 11.1047+/- 0.370 mean_var=116.6772+/-27.480, 0's: 0 Z-trim: 5 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.118736 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0750 ( 1125 res) hk04329 (1125) 2504 440.5 4.6e-124 KIAA0302 ( 2414 res) hf00409s2 (2414) 333 68.9 7e-12 KIAA0903 ( 962 res) hk09970 ( 962) 324 67.0 1.1e-11 KIAA1668 ( 791 res) fh11717 ( 791) 244 53.2 1.2e-07 >>KIAA0750 ( 1125 res) hk04329 (1125 aa) initn: 2850 init1: 1778 opt: 2504 Z-score: 2319.2 bits: 440.5 E(): 4.6e-124 Smith-Waterman score: 2521; 48.898% identity (62.539% similar) in 953 aa overlap (1-733:167-1110) 10 20 30 KIAA13 LLKVALILGIEIHVNVEFQGLIQPPEDQEN :.::::.::.:::::::: ...::::::: KIAA07 DLRGLGAKKFYGKFCAGSIDHISIRQLQLILFKVALMLGVEIHVNVEFVKVLEPPEDQEN 140 150 160 170 180 190 40 50 60 70 80 90 KIAA13 ERIGWRALVHPKTHPVSEYEFEVIIGGDGRRNTLEGFRRKEFRGKLAIAITANFINRNTT ..::::: : : .::.::.::::.:::::::::::::::::::::::::::::::.: KIAA07 QKIGWRAEFLPTDHSLSEFEFDVIIGADGRRNTLEGFRRKEFRGKLAIAITANFINRNST 200 210 220 230 240 250 100 110 120 130 140 150 KIAA13 AEAKVEEISGVAFIFNQKFFQELREATGIDLENIVYYKDDTHYFVMTAKKQSLLDKGVIL :::::::::::::::::::::.:.: ::::::::::::: :::::::::::::::::::. KIAA07 AEAKVEEISGVAFIFNQKFFQDLKEETGIDLENIVYYKDCTHYFVMTAKKQSLLDKGVII 260 270 280 290 300 310 160 170 180 190 200 210 KIAA13 HDYADTELLLSRENVDQEALLSYAREAADFSTQQQLPSLDFAINHYGQPDVAMFDFTCMY .:: :::.:: :::.:. :::::::::::.:. ::::::::.::::::::::::::::: KIAA07 NDYIDTEMLLCAENVNQDNLLSYAREAADFATNYQLPSLDFAMNHYGQPDVAMFDFTCMY 320 330 340 350 360 370 220 230 240 250 260 270 KIAA13 ASENAALVREQNGHQLLVALVGDSLLEPFWPMGTGIARGFLAAMDSAWMVRSWSLGTSPL ::::::::::...:::::::::::::::::::::: :::::::.:.::::.::. :: :: KIAA07 ASENAALVRERQAHQLLVALVGDSLLEPFWPMGTGCARGFLAAFDTAWMVKSWNQGTPPL 380 390 400 410 420 430 280 290 300 310 320 330 KIAA13 EVLAERESIYRLLPQTTPENVSKNFSQYSIDPVTRYPNINVNFLRPSQVRHLYDTGETKD :.::::::.:::::::::::..::: ::..:: :::::.: . .:: ::.::: : : . 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KIAA09 KITNFTTSWRNGLSFCAILHHFRPDLIDYKSLNPQDIKENNKKAYD-GFASIGISRLLEP 200 210 220 230 240 250 440 450 460 470 480 490 KIAA13 KEMASVGEPDKLSMVMYLTQFYEMFKDSLPSSDTLDLNAEEKAVLIASTRSPISFLSKLG ..:. .. ::::... :: :. : KIAA09 SDMVLLAIPDKLTVMTYLYQIRAHFSGQELNVVQIEENSSKSTYKVGNYETDTNSSVDQE 260 270 280 290 300 310 >>KIAA1668 ( 791 res) fh11717 (791 aa) initn: 329 init1: 217 opt: 244 Z-score: 228.9 bits: 53.2 E(): 1.2e-07 Smith-Waterman score: 245; 28.889% identity (54.444% similar) in 180 aa overlap (588-755:42-219) 560 570 580 590 600 610 KIAA13 KYMATQLLAKFEENAPAQSIGIRRQLTQERGASQP----SCCLPGQVRPAP--TPRWKQG :.: : . : : .: :.: . :: KIAA16 DMVSMSVPDCLSIMTYVSQYYNHFCSPGQAGVSPPRKGLAPCSPPSVAPTPVESEDVAQG 20 30 40 50 60 70 620 630 640 650 660 KIAA13 ---SMKKEFPQNLGG--SDTCYFCQKRVYVMERLSAEGKFFHRSCFKCEYCATTLRLSAY : . :. : :.:: ::..:....: :.:...:: ::.:. :..:: .:: KIAA16 EELSSGSLSEQGTGQTPSSTCAACQQHVHLVQRYLADGRLYHRHCFRCRRCSSTLLPGAY 80 90 100 110 120 130 670 680 690 700 710 720 KIAA13 AYDIEDGKFYCKPHYCYRLS-GYAQRKRPAVAPLSGKEAKGPLQDGATTDANGRANAVAS :.: : : : : ::. : . ::. .. . : . : .: .. : KIAA16 ENGPEEGTFVCAEH-CARLGPGTRSGTRPGPFSQPKQQHQQQLAEDAKDVPGGGPSSSAP 140 150 160 170 180 190 730 740 750 760 770 780 KIAA13 STERTPGSGVNGLEEPSIAKRLRGTPERIELENYRLSLRQAEALQEVPEETQAEHNLSSV . .. : .. .:.: . : .: ... KIAA16 AGAEADGPKASPEARPQIPTKPR-VPGKLQELASPPAGRPTPAPRKASESTTPAPPTPRP 200 210 220 230 240 811 residues in 1 query sequences 1986694 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:19:22 2008 done: Thu Dec 18 15:19:23 2008 Total Scan time: 0.600 Total Display time: 0.110 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]