# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj02042.fasta.huge -Q ../query/KIAA1359.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1359, 517 aa vs ./tmplib.24314 library 1986988 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.8607+/-0.00888; mu= -16.6309+/- 0.598 mean_var=404.6573+/-99.552, 0's: 0 Z-trim: 5 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.063757 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0170 ( 2090 res) ha02399 (2090) 297 42.1 0.00047 KIAA0309 ( 3053 res) hg00096s1 (3053) 296 42.2 0.00065 >>KIAA0170 ( 2090 res) ha02399 (2090 aa) initn: 122 init1: 43 opt: 297 Z-score: 164.6 bits: 42.1 E(): 0.00047 Smith-Waterman score: 312; 25.000% identity (51.504% similar) in 532 aa overlap (5-507:1065-1571) 10 20 30 KIAA13 SPLEPRLTKSVLTNTGPSTRRADTAMTTDDTEVP : : . .: . :..:.. . . :.: KIAA01 PDACLPPAVPEAPAPPQKPLNSQSQKHLAPPPLLSPLLPSIKPTVRKTRQDGSQEAPEAP 1040 1050 1060 1070 1080 1090 40 50 60 70 80 KIAA13 AMT-LAPGHAALETQTL-SAETSSRASTPAGPIPEAETRGAKRISP---ARETRSFTKTS . : : : . .: :.. . .: :.: :. : :. ..: .. ::: :. : KIAA01 LSSELEPFHPKPKIRTRKSSRMTPFPATSAAPEPHPSTSTAQPVTPKPTSQATRSRTNRS 1100 1110 1120 1130 1140 1150 90 100 110 120 130 140 KIAA13 ----PNFMVLIATSVETSAASGSPEGAGMTTVQTITGSDPREAIF--DTLCTDDSSEEAK :. .: : .. :... .: .. : :. : : .. .:. . . 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