# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj01443.fasta.huge -Q ../query/KIAA1353.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1353, 640 aa vs ./tmplib.24314 library 1986865 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.3363+/-0.00472; mu= 17.5989+/- 0.322 mean_var=84.1075+/-20.115, 0's: 0 Z-trim: 4 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.139848 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1925 ( 1147 res) fj02353(revised) (1147) 1681 349.8 7.7e-97 KIAA0766 ( 640 res) hk04860 ( 640) 373 85.5 1.5e-17 KIAA0543 ( 1111 res) hg04390 (1111) 163 43.5 0.00012 KIAA1586 ( 739 res) fj08085 ( 739) 158 42.2 0.00019 >>KIAA1925 ( 1147 res) fj02353(revised) (1147 aa) initn: 1351 init1: 572 opt: 1681 Z-score: 1830.4 bits: 349.8 E(): 7.7e-97 Smith-Waterman score: 1681; 41.121% identity (75.078% similar) in 642 aa overlap (8-640:506-1142) 10 20 30 KIAA13 QNMNFKYVGRYIKNIAYLFLKITVIQIF--HSDLPMP :: .. . : : . . . : ::. KIAA19 KRKHDEIQRSLPVKPSKMLKPSGTPFSPDKVGDWMAKQASLDFFVKKRHAFSEHSSSNKR 480 490 500 510 520 530 40 50 60 70 80 90 KIAA13 NEKNDAELDSPPSKKKRLGFFQTYDTEYLKVGFIICPGSKESSPRPQCVICGEILSSENM : .: . . .:. . .: . :: :.. ::. .. .:::.:::..:..: : KIAA19 NVNNRSYPEEGKTKRVHASFTRKYDPSYIEFGFVAVIDGEVL--KPQCIICGDVLANEAM 540 550 560 570 580 590 100 110 120 130 140 150 KIAA13 KPANLSHHLKTKHSELENKPVDFFEQKSLEMECQNSSLKKCLLVEKSLVKASYLIAFQTA ::..:..:: .::.:. ..: .:::.:: :.. : ... . .. : ..::: .:. .: KIAA19 KPSKLKRHLYSKHKEISSQPKEFFERKSSELKSQPKQVFNVSHINISALRASYKVALPVA 600 610 620 630 640 650 160 170 180 190 200 210 KIAA13 ASKKPFSIAEELIKPYLVEMCSEVLGSSAGDKMKTIPLSNVTIQHRIDELSADIEDQLIQ :: :..::: :.: . :.: :.:: ::. :. .:::: :: .::.::. :.:::::. KIAA19 KSKTPYTIAETLVKDCIKEVCLEMLGESAAKKVAQVPLSNDTIARRIQELANDMEDQLIE 660 670 680 690 700 710 220 230 240 250 260 270 KIAA13 KVRESKWFALQIDESSEISNITLLLCYIRFIDYDCRDVKEELLFCIEMPTQITGFEIFEL ... .:.:.::.:: .:.:. .:: :.:: ..: :.:::..: .::. :. :..: KIAA19 QIKLAKYFSLQLDECRDIANMIILLVYVRF-EHD-DDIKEEFFFSASLPTNTTSSELYEA 720 730 740 750 760 770 280 290 300 310 320 330 KIAA13 INKYIDSK-SLNWKHCVGLCTDGAASMTGRYSGLKAKIQEVAMNTAAFTHCFIHRERLVA ...:: .: .:..: :::.:.::::::::..: . ..:.:.: . . :::::::: :. KIAA19 VKNYIVNKCGLEFKFCVGVCSDGAASMTGKHSEVVTQIKELAPECKT-THCFIHRESLAM 780 790 800 810 820 830 340 350 360 370 380 390 KIAA13 EKLSPCLHKILLQSAQILSFIKSNALNSRMLTILCEEMGSEHVSLPLHAEVRWISRGRML .:.: :...: . ..:...::::.::::....::..: ..: .: ::::.::.:::..: KIAA19 KKISAELNSVLNDIVKIVNYIKSNSLNSRLFSLLCDNMEADHKQLLLHAEIRWLSRGKVL 840 850 860 870 880 890 400 410 420 430 440 450 KIAA13 KRLFELRHEIEIFLSQKHSDLAKYFHDEEWVGKLAYLSDIFSLINELNLSLQGTLTTFFN .:.::.:.:. .::. :. .. :.: .:...:::::::::..:.:: :.:: .:.:. KIAA19 SRMFEIRNELLVFLQGKKPMWSQLFKDVNWTARLAYLSDIFSIFNDLNASMQGKNATYFS 900 910 920 930 940 950 460 470 480 490 500 510 KIAA13 LCNKIDVFKRKLKMWLKRTQENDYDMFPSFSEFSNSSG--LNMTDITRIIFEHLEGLSQV . .:.. :.::. : .: . . :::: ... . : : :... . ..: ::: .: . KIAA19 MADKVEGQKQKLEAWKNRISTDCYDMFHNLTTIINEVGNDLDIAHLRKVISEHLTNLLEC 960 970 980 990 1000 1010 520 530 540 550 560 570 KIAA13 FSDCFPPEQDLRSGNLWIIHPFMNHQNN-NLTDFEEEKLTELSSDLGLQALFK-SVSVTQ : :: ..: : ::::: .::.. ..: ::: ..:: .:..: ::. :. ..:. . KIAA19 FEFYFPSKEDPRIGNLWIQNPFLSSKDNLNLTVTLQDKLLKLATDEGLKISFENTASLPS 1020 1030 1040 1050 1060 1070 580 590 600 610 620 KIAA13 FWINAKTSYPELHERAMKFLLPFSTVYLCDAAFSALT--ESKQKNLLGSGPALRLAVTSL :::.::..:::: : :.:.:: : ..:::...::.:. ..:..: :. ::.:..:. KIAA19 FWIKAKNDYPELAEIALKLLLLFPSTYLCETGFSTLSVIKTKHRNSLNIHYPLRVALSSI 1080 1090 1100 1110 1120 1130 630 640 KIAA13 IPRIEKLVKEKE ::..::...:. KIAA19 QPRLDKLTSKKQAHLSH 1140 >>KIAA0766 ( 640 res) hk04860 (640 aa) initn: 260 init1: 89 opt: 373 Z-score: 407.0 bits: 85.5 E(): 1.5e-17 Smith-Waterman score: 389; 22.006% identity (54.693% similar) in 618 aa overlap (45-639:37-635) 20 30 40 50 60 70 KIAA13 IAYLFLKITVIQIFHSDLPMPNEKNDAELDSPPSKKKRLGFFQTYDTEYLKVGFIICPGS .: .: .. .. :. . ... : KIAA07 RCLALLRLLLSPCGLSNVGPALVASRRMWMTPKRSKMEVDEALVFRPEWTQRYLVVEPPE 10 20 30 40 50 60 80 90 100 110 120 130 KIAA13 KESSPRPQCVICGEILSSENMKPANLSHHLKTKHSELENKPVDFFEQKSLEMECQNSSLK ... :..: ... . . .. .: ...: : .: . .: :.. KIAA07 GDGA---LCLVCRRLIVA--TRERDVRRHYEAEHEYYERYVADGERAALVERLRQGDLPV 70 80 90 100 110 120 140 150 160 170 180 190 KIAA13 KCLLVEKSLVKASYLIAFQTAASKKPFSIAEELIKPYLVEMCSEVLGSSAGDKMKTIPLS . :. ..:. . : . . .. .. . . . : . ::: .. .. . :: KIAA07 ASFTPEERAARAGLGLCRLLALKGRGWGEGDFVYQCMEV-LLREVLPEHVS-VLQGVDLS 130 140 150 160 170 200 210 220 230 240 250 KIAA13 NVTIQHRIDELSADIEDQLIQKVRESKWFALQIDESSEISNITLLLCYIRFIDYDCRDVK ..:: .. ....::....:. : ..: .:... .. . :: .:: . . .:. KIAA07 PDITRQRILSIDRNLRNQLFNRARDFKAYSLALDDQAFVAYENYLLVFIRGVGPEL-EVQ 180 190 200 210 220 230 260 270 280 290 300 310 KIAA13 EELLFCIEMPTQITGFEIFELINKYIDSKSLNWKHCVGLCTDGAASMTGRYSGLKAKIQE :.:: :.. ... .. : . ... .:. .. ::: : . : :. ::: . ..: KIAA07 EDLLTIINLTHHFSVGALMSAILESLQTAGLSLQRMVGLTTTHTLRMIGENSGLVSYMRE 240 250 260 270 280 290 320 330 340 350 360 370 KIAA13 VAM--NTAAFTHC--FIHRERLVAEKLSPCLHKILLQSAQILSFIKSNALNSRMLTILCE :. : : :.: : : . .. ...:. .. . .::. .. . : KIAA07 KAVSPNCWNVIHYSGFLHLELLSSYDVD--VNQIINTISEWIVLIKTRGVRRPEFQTLLT 300 310 320 330 340 350 380 390 400 410 420 KIAA13 EMGSEH-VSLPLHAEVRWISRGRMLKRLFELRHEIEIFLSQKHSDLAKYFHDEEWVGKLA : ::: . . :. ::. :: .: ::.:.: :: . . . .: :..:. .. KIAA07 ESESEHGERVNGRCLNNWLRRGKTLKLIFSLRKEMEAFLVSVGATTV-HFSDKQWLCDFG 360 370 380 390 400 410 430 440 450 460 470 480 KIAA13 YLSDIFSLINELNLSLQGTLTTFFNLCNKIDVFKRKLKMWLKRTQENDYDMFPSFSEF-- .: ::. . ::. :. . . ..: .:. ::... .. .:.. ::.. : KIAA07 FLVDIMEHLRELSEELRVSKVFAAAAFDHICTFEVKLNLFQRHIEEKNLTDFPALREVVD 420 430 440 450 460 470 490 500 510 520 530 540 KIAA13 ----SNSSGLNMTDITR---IIFEHLEGLSQVFSDCFPPEQDLRSGNLWIIHPFMNHQNN .:. .. : : .: . . . . :.: ..::. . .:: : . . KIAA07 ELKQQNKEDEKIFDPDRYQMVICRLQKEFERHFKDLRFIKKDLE----LFSNPF-NFKPE 480 490 500 510 520 530 550 560 570 580 590 KIAA13 NLTDFEEEKLTELSSDLGLQALFKSVSVTQFWIN-AKTSYPELHERAMKFLLPFSTVYLC . .::.:... .: .. .. ::. . . ::: .. : : :.. .: KIAA07 YAPISVRVELTKLQANTNLWNEYRIKDLGQFYAGLSAESYPIIKGVACKVASLFDSNQIC 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 KIAA13 DAAFSALTESKQKNLLGSGP-------AL-RLAVTSLIPRIEKLVKEKE . ::: ::.. :..: : : :: :.:.: . : . ::.:. KIAA07 EKAFSYLTRN-QHTL--SQPLTDEHLQALFRVATTEMEPGWDDLVRERNESNP 600 610 620 630 640 >>KIAA0543 ( 1111 res) hg04390 (1111 aa) initn: 137 init1: 61 opt: 163 Z-score: 175.4 bits: 43.5 E(): 0.00012 Smith-Waterman score: 168; 21.239% identity (49.779% similar) in 452 aa overlap (202-606:545-988) 180 190 200 210 220 230 KIAA13 LVEMCSEVLGSSAGDKMKTIPLSNVTIQHRIDELSADIEDQLIQKVRESKWFALQIDESS : .: .. .... ::.: .. .: :. KIAA05 NDFEKILQLLQSTGTVILGKYRNRTACTQFIKYISETLKREILEDVRNSPCVSVLLDSST 520 530 540 550 560 570 240 250 260 270 280 KIAA13 EISNITLLLCYIRFIDYDCRDVKEELLFCIEMPTQIT-GFEIFELINKYIDSKSLNWKH- . :. . . :::. . .::: . . .. . :. :: : . .: .. ... KIAA05 DASEQACVGIYIRY--FKQMEVKESYITLAPLYSETADGY--FETIVSALDELDIPFRKP 580 590 600 610 620 630 290 300 310 320 330 340 KIAA13 --CVGLCTDGAASMTGRYSGLKAKIQEVAMNTAAFTHCFIHRERLVAEKLSPCLHKILLQ ::: :::.: .. : .:: :.::: . .:: :: .:.. . . KIAA05 GWVVGLGTDGSAMLSCR-GGLVEKFQEVIPQLLP-VHCVAHRLHLAVVDACGSIDLVKKC 640 650 660 670 680 350 360 370 380 390 KIAA13 SAQILSFIKSNALNSRMLTILCE---EMGSEHVSLPLHAEVRWI-SRGRMLKRLFE---- . .: . .: ... :. : : . .: . : :::. :: : :. :. KIAA05 DRHIRTVFKFYQSSNKRLNELQEGAAPLEQEIIRLKDLNAVRWVASRRRTLHALLVSWPA 690 700 710 720 730 740 400 410 420 430 440 450 KIAA13 -LRHEIEIF-----LSQKHSDLAKYFHDEEWVGKLAYLSDIFSLINELNLSLQGTLTTFF :: .. .... . . : .. ..: .: :..:. :. : .. . KIAA05 LARHLQRVAEAGGQIGHRAKGMLKLMRGFHFVKFCHFLLDFLSIYRPLSEVCQKEIVLIT 750 760 770 780 790 800 460 470 480 490 500 KIAA13 NLCNKIDVFKRKLKMWLKRTQENDYDMFPSFSEFSNSSGLNM-----------TDITRII .. . :. ... .. .. ::.. . :. . .: : . KIAA05 EVNATLGRAYVALESLRHQAGPKEEEFNASFKD-GRLHGICLDKLEVAEQRFQADRERTV 810 820 830 840 850 860 510 520 530 540 550 KIAA13 FEHLEGLSQVFSDCFPPE---QDLRSGNLWI----IHPFMNHQNNNLTDFEEEKLTELSS . .: :.: :. ::. ... . : . : : . ::. . : .: : KIAA05 LTGIEYLQQRFDADRPPQLKNMEVFDTMAWPSGIELASFGNDDILNLARYFECSLPTGYS 870 880 890 900 910 920 560 570 580 590 600 KIAA13 D-------LGLQALFKSVSVTQFWINA---KTSYPELHE-RAMKFLLPFSTVYLCDAAFS . :::... . . ... :: . .: : . :. .:.:: :. .:. KIAA05 EEALLEEWLGLKTIAQHLPFSMLCKNALAQHCRFPLLSKLMAVVVCVPISTS-CCERGFK 930 940 950 960 970 980 610 620 630 640 KIAA13 ALTESKQKNLLGSGPALRLAVTSLIPRIEKLVKEKE :. KIAA05 AMNRIRTDERTKLSNEVLNMLMMTAVNGVAVTEYDPQPAIQHWYLTSSGRRFSHVYTCAQ 990 1000 1010 1020 1030 1040 >>KIAA1586 ( 739 res) fj08085 (739 aa) initn: 94 init1: 61 opt: 158 Z-score: 171.9 bits: 42.2 E(): 0.00019 Smith-Waterman score: 158; 22.064% identity (53.381% similar) in 281 aa overlap (199-467:245-514) 170 180 190 200 210 220 KIAA13 KPYLVEMCSEVLGSSAGDKMKTIPLSNVTIQHRIDELSADIEDQLIQKVRESKWFALQID .: :.. : ..:. :. . . :: KIAA15 LSDIEGARELQEKNGEVNCLNTRYSATRIAEHIAKEMKMKIFKNIIE---ENAKICIIID 220 230 240 250 260 270 230 240 250 260 270 280 KIAA13 ESSEISNITLLLCYIRFIDYDCRDVKEELLFCI--EMPTQITGFEIFELINKYIDSKSLN :.: .:. : :. :.. . .:: :. . :. . :.. : : KIAA15 EASTVSKKTTLVIYLQCTIQSA--PAPVMLFVALKELVSTIAECIVNTLLTTLNDCGFTN 280 290 300 310 320 290 300 310 320 330 340 KIAA13 W---KHCVGLCTDGAASMTGRYSGLKAKIQEVAMNTAAFTHCFIHRERL-VAEKLSPC-- . ...:.::: .. :: ::. .:. : . . .:. :: .: . ...: KIAA15 EYLKANLIAFCSDGANTILGRKSGVATKLLE-NFPEIIIWNCLNHRLQLSLDDSISEIKQ 330 340 350 360 370 380 350 360 370 380 390 KIAA13 LHKILLQSAQILS-FIKSNALNSRMLTILCEEMGSEHVSLPLHAEVRWISRGRMLKRLFE .... . .: : . . : ....: . .:. .: ... :: . . :. KIAA15 INHLKIFIDKIYSIYHQPNKNQTKLLGTVAKELETEIIKIGRVMGPRWAACS--LQAATA 390 400 410 420 430 440 400 410 420 430 440 450 KIAA13 LRHEIEIF---LSQKHSDLAKYFHDEEWVGKLAYLSDIFSLINELNLSLQGTLTTFFNLC . : :. .:...: ::: . . ... :: . ::. .. :. .::. : :. KIAA15 VWHAYPILYMHFSHSYSGLAKRLANINFLQDLALMIDILEEFSVLSTALQSRST---NIK 450 460 470 480 490 500 460 470 480 490 500 510 KIAA13 NKIDVFKRKLKMWLKRTQENDYDMFPSFSEFSNSSGLNMTDITRIIFEHLEGLSQVFSDC . ..:: .. KIAA15 KAQKLIKRTIRALENLKIGTGKYESQIEDLIKSDKFKDIPFNKNNKFNALPRSILLDNII 510 520 530 540 550 560 640 residues in 1 query sequences 1986865 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:18:56 2008 done: Thu Dec 18 15:18:57 2008 Total Scan time: 0.510 Total Display time: 0.090 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]